매각 의뢰 후 계속되는 유찰로 유예기간이 도과한 토지가 비업무용 부동산에 해당하는지 여부

○○세무서장이 1999.07.02 청구법인에게 결정고지한 1994사업연도분 법인세 962,174,670원과 농어촌특별세 40,370,890원, 1995사업연도분 법인세 967,779,570원과 농어촌특별세 45,934,210원, 1996사업연도분 법인세 906,126,090원, 1997사업연도분 법인세 1,224,061,480원 및 1998사업연도분 법인세 1,175,240,400원(제 5,311,687,310원(의 부과처분은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 외 대지 80,220.5㎡(명세 비업부용부동산내역 따로 붙임)을 비업무용부동산에서 각사업연도의 법인세과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 1965. 03. 31 설립하여 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 일반토목공사 등 건설업을 영위하는 법인으로서, 1982.11.16 매립허가를 받아 1989.09.07 준공한 매립지 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 외 80,220.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)을 그 취득일로부터 1년 이내인 1990.09.07까지 업무에 적접 사용하지 아니하고 현재까지 보유하고 있다. 처분청은 쟁점토지를 비업무용부동산 등으로 보아, 지급이자 중 1994사업연도분 1,550,636,187원, 1995사업연도분 1,807,340,063원, 1996사업연도분 2,133,996,758원, 1997사업연도분 2,561,606원 및 1998사업연도분 3,196,930,8167원과 세금과공과금 중 1994사업연도분 284,404,478원, 1995사업연도분 162,539,974원 및 1998사업연도분 105,824,959원(합계 12,229,902,602원으로, 이하 “쟁점금액”이라 한다)등은 손금불산입하여 1999.07.02 청구법인에게 1994사업연도분 법인세 962,174,670원과 45,934,210원, 1996사업연도분 법인세 906,126,090원, 1997사업연도분 법인세 1,224,064,480원 및 1998사업연도분 법인세 1,175,240,400원을 각각 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 09. 22 심사청구하였다.

청구법인의 고유목적사업인 토목건설의 일환으로 쟁점토지에 대하여 1982. 11. 16 매립허가를 받아 공사 진행 중에 산업합리화대상기업으로 지정되고 회사정리절차 개시됨으로 인하여 쟁점토지의 명의만 청구법인으로 되어 있을 뿐 보유 및 처분권한이 청구법인에게 없으며, 산업합리화절차에서 정해진 바에 따라 1990.12.20부터 공매 진행 중이나, 현재까지 유찰되어 부득이하게 보유하고 있으며, 지가상승으로 인한 이득을 취득하기 위하여 보유하는 것이 아님에도 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 이 건 부과처분함은 부당하다.

사업합리화대상으로 지정된 기업이 보유하는 합리화대상 부동산은 합리화기준의 처분기한까지만 비업무용에서 제외되는 것이나, 청구법인은 쟁점토지를 처분기한(1987.04.04부터 5년간)인 1992.04.04 후에도 계속 보유 중이고, ○○공사에서 3회 이상 유찰되었을 경우 비업무용부동산으로 보지 아니하는 규정은 1999.01.01 이후 개시하는 사업연도부터 적용되는 것이므로 이 건 과세언도와는 무관하여, 또한 비업무용에서 제외되는 규정 어디에도 해당하지 아니하므로 비업무용부동산으로 보다 과세한 당초의 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 매립공사 진행 중에 산업합리화대상기업으로 지정 및 회사정리절차 개시결정되었고 매립지 준공 후 ○○공사에 매각의뢰하였으나 경락되지 아니함으로 인하여 산업합리과기준상 처리기한이 경과된 경우, 비업무용부동산에 해당하는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 비업부용부동산 관련 지급이자 등의 손금불산입에 대하여, 법인세법(1993.12.31 법률 제4664호 개정분, 이하 같다)제18조의 3 제1항 제1호와 같은 법 시행령(1994.02.18 대통령령 제14169호 개정분, 이하 같다) 제43조의 2 제1항 제1호의 규정을 종합하면, 『당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(이하 “비업무용부동산 등”이라 한다)을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(괄호 생략)은 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하기 아니한다』라고 규정하고 있고, 같은법 시행규칙(1994.03.12 재무부령 제1968호 개정분, 이하 같다) 제18조 제2항은 『영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용부동산 등”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다』라고 하면서, 제1호에서 “부동산(제12호에 규정된 매매용부동산을 제외한다)을 취득한 후 6월 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 ”정당한 사유“없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산. 다만, (일부 생략) 기타 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 취득한 후 1년 아내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 ”정당한 사유“없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산”이라고 규정하고 있으며, 같은규칙 같은조 제4항은 『다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다』라고 하면서, 제8호에서 “조세감면 규제법 제39조 제1항의 규정에 의하여 합리화대상으로 지정된 기업이 동조 제2항의 규정에 의한 합리화기준에 따라 처분하도록 되어 있는 부동산으로서 합리화기준상의 처분기한이 경과되지 아니한 것(이하 생략)”이라고 규정하고 있다. 한편, 회사정리법(1996.12.12 법률 제5182호 개정분, 이하 같다) 제53조 【개시후의 업무와 재산의 관리】제1항에서 『정리절차개시의 결정이 있은 때에는 회사사업의 경영과 재산의 관리 및 처분을 하는 관리는 관리인에게 전속한다』라고 규정하고 있고, 같은법 제54조 【법원의 허가를 요하는 행위】에서 『법원은 필요하다고 인정할 때에는 관리인이 다음 각 호의 행위를 함에 있어서는 법원의 허가를 얻어야 하는 것으로 할 수 있다.

2.~9. (생략)』이라고 규정하고 있으며, 같은법 제55조 【동전】에서 『전조의 허가를 얻지 아니하고 한 행위는 무효로 한다. 그러나 선의의 제3자에게 대항하지 못한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1965. 03. 31 설립하여 일반토목공사 등을 주업으로서, 쟁점토지와 관련하여 취득부터 이 건 과세표준에 이르기까지의 과정을 보면, 청구법인의 고유목적사업인 토목공사를 쟁점토지를 매립하여 매매하기 위하여 1982. 11. 16 매립허가 받아 공사 착공한 이후, 1987. 04. 04 산업화합리화대상기업으로 지정되었고 그 조건은 쟁점토지를 5년 이내에 처분하는 것이었다.

1987. 09. 22 회사정리절차 개시결정되었고, 1989. 09. 07 매립지(쟁점토지) 준공되었으며, 1990. 10. 18 회사정리법의 규정에 따라 ○○민사지방법원에 매각 허가 신청하여 1990.10.22 매각 호가를 받고 ○○공사에 공매의뢰하여 1990. 12. 20 1차 공매에 들어간 이후 계속 유찰(65차)되어 현재는 수의계약으로 그 처분방법을 변경하여 처분 중에 있으며, 1999. 11. 02 쟁점토지 중 일부(661㎡)가 매각되었음이 관련 서류에 의하여 확인된다.

(2) 앞서 관련법령에서 살펴본 바와 같이, 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 부동산을 취득한 후 1년(1998년도는 2년)이내에 도시계획법에 의한 토지계획의 변경 등 “정당한 사유”없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산은 비업무용부동산으로 하는 것이므로, 법인의 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 때에는 당해 부동산 취득 후 도시계획의 변경 등 “정당한 사유”가 있다면 비업무용부동산에서 제외하는 것이 타당하다고 할 것이다. “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 있는 외부적 사요는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 법인의 비업무용부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 하고 있는 일반취지를 충분히 고려하면서 해당법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득 목적에 비추어 업무에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 1999. 03. 09 선고 97누 829호 및 결의회신 1996. 06. 22 법인46012-1794호와 1996. 05. 28 법인46012-157호 외 다수 같은 뜻임)이다. 청구법인은 일반토목공사를 주업으로 하는 법인이므로 쟁점토지의 공사허가를 받아 매립공사를 하여 조성된 토지를 매각하는 것은 청구법인의 업무와 관련이 있다고 보아야 하며, 매립지의 취득일을 매립공사의 준공일로 보아야 할 것이나, 이 건의 경우 매립허가를 받은 1982. 01. 16 당시에는 청구법인이 산업합리화대상기업으로 지정되고 회사정리절차개시결정이 이루어 질 줄을 전혀 예상하지 못하였을 것이고, 앞서 관련법령에서 살펴본 바와 같이 회사정리법에 의한 정리절차개시의 결정이 있은 때에는 회사재산의 처분을 반드시 법원의 허가를 얻은 후에 관리인이 처분할 수 있고, 법원의 허가를 얻지 아니하고 한 행위는 무효가 되므로, 쟁점토지는 명의상으로는 청구법인의 소유이나 그 재산에 관한 처분권한 등은 청구법인이 어떻게 할 수 없는 상황이었다고 판단되고, ○○공사에 매각의뢰한 후 65차례나 유찰되어 수의계약의 방법으로 처분방법이 변경된 후 쟁점토지 중 일부인 661㎡을 1999. 11. 12 매도한 점, 이와 같이 ○○공사에 매각의뢰하였으나 수십차례 유찰되는 경우까지 비업무용 부동산으로 보는 것은 비합리적이라고 보아 1999. 05. 24 법인세법시행규칙 개정시 같은 규칙 제26조 제5항 제12호에서 금융기관부실지산 등의 효율적 처리 및 ○○공사설립에 관한 법률에 의하여 설립된 ○○공사에 매각을 위임한 부동산으로써 3회 이상 유찰된 경우에는 비업무용부동산에서 제외하도록 한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 청구법인의 업무에 직접 사용하지 못한 데에는 그 “정당한 사유”가 있다고 판단된다. 따라서, 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 쟁점금액을 손금불산입하여 과세한 이 건 부과처분은 쟁점금액을 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

(3) 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.