신탁재산인 유가증권의 시가 평가 가능 및 시기에 의한 보수를 결정, 계산할 수 있는지 여부

○○세무서장이 1999.07.02. 청구법인에게 경정고지한 1997년 사업연도 법인세 1,017,221,480원, 1998년 사업연도 법인세 4,840,000원은 신탁계정의 유가증권평가차손 1997년 사업연도 2,391,572,912원, 1998년 사업연도 9,769,142원을 신탁부소과속계상으로 보고 익금기산하여 과세한 금액을 익금에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 ○○구 ○○가 ○○번지에서 금융업을 영위하는 법인으로서 1999.01.04. 합병한 피합병인 (주)○○신용은행(이하 “쟁점법인“이라 한다)에 대한 ○○지방국세청 법인세정기조사시 위탁자인 금융기관에 지급하는 특정금전신탁의 이익중 채권 등의 이자는 원천징수 과세대상이라하여 1994~1996년 사업연도 과소 및 부징수한 13,713,748,808원에 대하여 이자소득에 대한 원천징수불성실 가산세를 적용하여 1999.07.02. 청구법이에게 1994년 사업연도 이자소득세 106,373,956원, 1995년 사업연도 이자소득세 70,601,233원, 1996년 사업연도 이자소득세 97,290,786원, 계 274,274,975원을 결정고지하였고, 신탁계정의 유가증권 평가손을 신탁보수의 파소계상으로 보아 평가차손 1997년 사업연도 2,391,572,912원, 1998년 사업연도 9,769,142원을 익금가산하는 등 처분청은 1999.07.02. 청구법인에게 1997년 사업연도 법인세 1,017,221,480원, 1998년 사업연도 법인세 4,840,000원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.09.21. 심사청구하였다.

신탁소득은 원천이 채권 또는 증권의 이자라 하더라도 금융보험업을 영위하는 법인에게 지급할 때에는 소득세법제16조제1항제5호(구법17조제1항제5호의) 규정에 이한 신탁이익에 해당되어 원천징수면제 대상에 해당되므로 신고를 불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다. 신탁보수는 위탁자가 자금을 위탁하고 신탁회사가 이를 운용하여 주고 보수를 받는 것을 말하는 것으로서 신탁보수는 원칙적으로 위탁자가 수탁자간의 계약에 의해 결정되며, 신탁계약에 보수산정 등에 필요한 유가증권 평가 등의 규정이 없다면 신탁업법, 재경원의 지침, 은행감독원의 지침 등에 의해야 할 것이고, 신탁재산이나 신탁보수에 관한 세법의 규정이 없으면, 국세기본법제20조의 기업회계존중의 원칙에 따라 기업회계기준에 의하거나, 신탁회사들이 동일하게 시가법을 적용하는 것은 관행에 해당하므로 신탁보수를 과소계상하였다고 보아 유가증권평가손상당액을 익금가산한 처분은 부당하므로 이를 경정하여야 한다.

금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액이라하더라도 특정금전신탁의 운용원천중 채권ㆍ증권에서 발행한 이자는 원천징수대상소득에 포함되어야하며, 신탁이익을 지급할 때에는 신탁보수, 중도해지수수료 등 제 경비를 차감하지 않는 운용수익총액에 대항 원천징수하여야 한다. 신탁보수는 은행계정의 영업수익이므로 신탁보수에 영향을 미치는 유가증권평가는 원가법에 의한다고 규정하고 있으므로, 청구법인이 신고한 방법(원가법: 이동평균법)이 아닌 시가법으로 평가하여 당해연도 신탁보수에 반영한 바, 이는 타당한 회계초리로 볼 수 없으며, 청구법인이 신탁보수에 영향을 미치는 유가증권평가는 세법상 인정하는 방법인 원가법으로 세무조정 하여야 하나, 청구법인은 1997~1998년 사업연도에 신탁계정의 유가증권을 시가로 평가하여 평가차손으로 처리한 금액상당액을 익금가사(손금불산입)한 처분청의 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점1) 금융기관에 지급한 특정금전신탁 운용원천중 특정채권중에서 발생한 이자가 원천징수대상에 해당하는지 여부 쟁점2) 신탁계정의 유가증권평가를 시가로 평가한 손실을 신탁보수 과소계상으로 보아 익금가산(손금불산입)한 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련법령 법인세법 제39조 【원천징수】② 신탁회사의 신탁재산의 귀속되는 이자소득액으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 제4조의 규정에 불구하고 당해 신탁재산을 내국법인으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 금융기관 등(이하 이항에서 “금융기관”이라 한다.)이 신탁업법 및 증권투자신탁업법에 의한 신탁재산을 직접운영하거나 보관ㆍ관리하는 경우 금융기관 해당 신탁재산에 귀속되는 이자소득금액을 지급하는 자간에 대리 또는 위임의 관계가 있는 것으로 본다. 동 법시행령제100조의(원천징수대상소득의 범위) ① 법제20조에 규정하는 이자소득금액 증권투자신탁수익의 분배금에는 다음 각호의 소득은 포함하지 아니하는 것으로 한다.

2. 신탁회사의 신탁재산에 귀속되는 소득, 다만, 제91조의 3제4항에서 채권등의 이자와 할인액으로서 법 제30조의 규정에 의하여 원천징수 되는 소득을 제외한다.

3. 총리령이 정하는 금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액. 다만, 제91조의 3 제4항의 이자와 할인액으로 법 제39조의 규정에 의하여 원천징수 되는 소득을 제외한다. 동 법시행령제100조의5(신탁재산귀속 채권이자금액에 대한 원천징수 등) ① 법제39조제2항에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 제91조의3제4항의 채권 등의 이자와 할인액으로서 제91조의3지2항에 규정에 의한 보유기간 이자상당액을 말한다.

② 법제39조제3항에서 “대통령령이 정하는 금융기관 등”이라 함은 신탁업을 겸영하는 금융기관과 증권투자신탁업법에 의한 수탁회사를 말한다.

③ 신탁업을 겸영하는 금융기관(증권투자신탁업법에 의한 수탁사를 포함한다.)은 매월별로 소득세법제16조제1항5호의 신탁의 이익 및 동법제17조제1항제5호의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금을 지급함에 따라 원천징수하여 납부할 법인세액에서 다음 각호의 금액을 차감하여 납부한다.

1. 제2항의 법인이 신탁재산에 귀속되는 소득에 대하여 원천징수 납부한 세액

2. 신탁재산이 선이자지급방식의 채권등을 취득하면서 원천징수 당한 금액

④ 제3항의 규정을 적용함에 있어서 동항 각호의 합계액이 동항의 규정에 의하여 원천징수하여 납부할 법인세액(동항 각호의 금액을 차감하기 전의 법인세액을 말한다.)을 초과하는 경우에는 당해 초과금액을 당해법인에게 즉시 환급한다. 다만, 총리령이 정하는 법인이 신탁의 이익 및 금융투자신탁수익의 분배금 외에 원천징수하여 납부할 법인세액이 있는 경우에는 그 환급세액을 납부할 세액을 충당할 수 있다.

⑤ 신탁재산이 제3항제2호의 세액에 대하여 제3항 및 제4항의 규정에 따라 차감ㆍ환급 또는 충당한 금액이 당해 채권 등의 만기일이 도래하기 전의 이를 매도함으로써 제91조의3제2항을 준용한 보유기간 이자상당액에 대한 세액을 초과하는 경우에는 동 초과금액을 채권 등을 매도한 날의 다음 날에 법인세액 추가하여 납부하여야 한다. 소득세법제16조(이자소득) ① 이자소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

5. 내국법인으로부터 받는 신탁(공제 및 사채 외의 증권 투자신탁을 제외한다.)의 이익 법인세법시행령제91조의3(채권등이 보유기간이자 상당액에 대한 원천징수대상금액등) ④ 제4항 및 법제39조의 제6항의 규정을 적요하는 채권등은 소득세법 제46조제1항 에서 규정하는 채권등으로 하되, 법인세가 비과세 또는 면제되는 것을 제외한다. 소득세법제46조(채권 등에 대한 소득금의 계산과 원천징수에 대한 특례) ① 제16조제1항제1호ㆍ제6호 및 제7호에 규정하는 채권 또는 증권 및 다른 사람에게 양도가 가능한 증권으로서 대통령령이 정하는 것(이하 이 조에서 “채권들”이라한다.)에서 발생하는 이자와 할인액(이하 이조에서 “이자등”이라 한다.)은 당해 채권 등의 상환기간중에 보유한 거주자 또는 비거주자(이하 이조에서 “거주자등”이라 한다.)에게 그 보유기간별 이자상당액이 각각 귀속되는 것으로 보아 소득금액을 계산한다.

② 거주자등이 발행법인 또는 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “법인”이라 한다.)으로부터 채권 등의 이자 등을 지급받거나 채권 등의 이자 등을 받기 전에 법인에게 매도(매도를 위탁ㆍ중개ㆍ알선시키는 경우를 포한한다)하는 경우 세액의 징수는 그 채권 등의 발행일 또는 직전 원천징수일 등을 시기로 하고 매도일 또는 이자 등의 지급일 등울 종기로하여 대통령령이 정하는 기간계산방법에 따른 기간(이하 이조에서는 “원천징수기간”이라 한다)의 이자상당액을 제16조이 규정에 의한 이자소득으로 보고, 당해 법인을 원천징수의무자로 하며, 이자 등의 지급일 또는 채권 등의 매도일등 대통령령이 정하는 날을 원천징수시기로하여 제127조 내지 재131조 및 제133조의 규정을 적용한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어 당해 거주자등이 원천징수기간동안의 각 보유자가 당해 채권 등을 각각 보유한 기간을 대통령령이 정하는 바에 따라 입증하지 못하는 경우에는 원천징수기간의 이자상당액이 당해 거주자등에게 귀속하는 것으로 보아 소득금액을 계산한다.

④ 제1항내지 제3항의 규정에 의한 채권 등의 보유기간 및 원천징수기간의 이자 상당액의 계산과 보유기간의 입증방법, 원천징수 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑤ 신탁계산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 수익자(수익자가 특정되지 아니하거나 존재하지 아니하는 경우에는 신탁의 위탁자 또는 그 상속인)에게 당해 소득이 귀속되는 것으로 보아 소득금액을 계산한다. 동 법제102조(채권 등의 범위등) ① 법제46조제1항에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 이자 또는 할인액을 발생시키는 유가증권(다음 각호의 증권을 포함하는 것으로 하되, 법률의 규정에 의하여 소득세가 면제된 채권 등을 제외한다.)을 말한다.

1. 금유기간이 발행한 예금증서 및 이와 유사한 증서

2. 신탁업법에 의하여 신탁회사가 발행한 개발신탁수익증권

3. 증권투자신탁업법에 의하여 위탁회사가 발행한 증권투지신탁수익증권(제17조제1항제5호의 것을 제외한다.)으로서 통장에 의하여 거래되지 아니하는 것

4. 어음(법 제127조제3항의 단기금융회사 등이 발행, 매출 또는 중개하는 어음을 포함하여, 상업어음을 제외한다.)

② 제1항의 유가증권이 신탁재산 등에 편입된 경우에도 법제46조제1항 내지 제4항의 규정을 적용한다. 법인세법시행령제37조의3(재고자산의 평가방법) ① 법인이 법제17ㅈ호제4항의 규정에 의한 자산 등을 평가함에 있어서 재고재산(유가증권을 제외한다)이 평가방법은 다음 각호의 1에 해당하는 방법으로 한다.

⑥ 유가증권의 평가는 원가법중 다음 각호의 1에 해당하는 방법으로 한다.

1. 개별벌(채권의 경우에 한한다)

국세기본법제20조(기업회계의 존중) 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것을 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것을 그러하지 아니한다. 기업회계기준 제92조(유가증권의 평가) ③ 유가증권을 저가기준에 의하여 평가하는 경우에는 유가증권의 총계를 기준으로 한다. 재정경제원 장관명의로 시달한 공문(금융41231-367, 1997,12,26) 『1997년 회계연도 은행신탁계정결산기준』에서 신탁계정의 유가증권 평가충당금도 은행계정과 동일한 기준(은행감독원 결산기준)을 적용하여 유가증권평가충당금을 적립토록 하였다. 신탁업감독업무 시행세칙제9조(신탁재산의 평가) ① 신탁재산에 평가는 다음과 같이 한다.(개정1998.06.29)

• 가. 시가가 형성된 경우에는 평가일 현재의 최종시가(기세 포함, 이하 같음)
• 나. 평가일 현재 최종시가가 없는 경우에는 최근 거래가격
• 다. 권리락, 배당락, 자본감소, 합병 등의 사유로 최종시가가 없는 경우에는 시가가 형성될 때까지 금융감독위원회에서정하는 방법 라, 단독운용 실적배당신탁의 경우는 취득원가(원본보전신탁 제외)(1999.02.08 개정)

• 가. 사장채권은 평가일이 속하는 달의 직전월부터 소급하여 계속 3월간 매월 10일이상 거래소에서 시세(기세 포함)가 형성된 채권은 평가일 최종원가
• 나. 가목에 해당하는 상장채권중 평가일에 시세가 형성되지 안한 채권과 가목에 해당하지 아니한 사양채권은 다목의 규정을 준용하여 평가
• 다. 비상장채권의 경우 ○○증권협회가 매일 고시하는 채권시가평가 기준 수익율에 잔존기간 등을 반영하고 매도실현위험에 대한 가산금리를 감안한 조정수익율을 가격으로 환산하여 평가한 금액
• 라. “가”및 “다”의 기준으로 시가산출이 불가능한 채권일 경우 시가평기위원회에서 산출한 공정가액
• 마. 단독운용 실적배당신탁의 경우 취득원가(원본보존신탁 제외)

3. 제1호 내지 제2호의 이외의 자산: 취득원가

② 신탁재산중 파생금융상품은 은행감독업무 시행세칙상의 파생금융상품거래회계처리기준에 따른다.

③ 제1항의 규정에 의한 잔존기간의 반영방법 및 상이한 신용평가등급을 부여 받은 채권에 대한 평사방벙 등에 관한 ○○증권협회가 정하는 바에 의한다. 신탁업감독 규정제11조(신탁업무의 종류) ① 신탁회사는 법제3조제1항 및 제8조제2항의 규정에 의하여 인가 또는 신고된 법위내에서 다음 각호에서 정하는 업무를 영위할 수 있다.

• 가. 위탁자가 신탁재산인 금전의 운용방법을 지정하는 금전신탁(이하 “특정금전신탁”이라 함)
• 나. 위탁자가 신탁재산인 금전의 운영방법을 지정하지 아니하는 금전 신탁(이하 “불특정금전신탁”이라 함)

동 규정제17조(신탁보수) ① 동일상품의 신탁보수는 신탁기간에 관계없이 신탁계약의 해지시까지 일정하게 적용하여야 한다. 신탁업무방법서 제13조(손익의 계산방법) ① 다음 각호에 해당하는 것은 신탁수익으로 한다.

② 다음 각호에 해당하는 것은 신탁손실로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 쟁점1)에 대하여 금융보험업을 영위하는 법인의 수입금액이라 하더라고 특정금전신탁의 운용원천중 채권ㆍ증권에서 발생한 이자는 원천징수대상소득에 포함되어야 하며, 신탁이익을 지급할 때에는 신탁보수, 중도해지수수료 등 제 경비를 차감하지 않는 운용수익총액에 대하여 원천징수(같은 뜻 46013-2221, 1996.08.06. 법인46013-1830, 1998.07.07)하여야 하며, 1995년까지 신탁재산이 운영하는 채권 등의 이자를 신탁재산에게 지급하는 자는 당해이자에 대한 이자를 원천징수를 하고, 신탁재산의 원천징수세액은 신탁재산에서 매월별로 위탁자에게 신탁이익을 지급하면서 원천징수한 세액과 차감하는 방법으로 환급 받도록하고 있어, 신탁재산이 보유하고 있는 채권 등의 이자에 대한 원천징수는 결과적으로 신탁재산을 위탁한 위탁자가 부담하게 된다. 신탁업겸영 금융기관의 특정금전신탁재산에서 운영하는 채권 등의 이자를 금융기관에게 지급하는 경우 당해 소득은 단순한 신탁이익이 아닌 채권 등의 이자를 지급한 것이므로 동 채권의 이자에 대하여는 종전 법인세법제39조의 규정에 따라 원천징수하여야 하는 것이고, 특정금전신탁에서 운용하는 채권 등의 이자에 대하여 원천징수당한 세액과 차감하는 원천징수 세액도 신탁이익의 지급에 따른 세액이 아닌 채권 등의 이자지급에 따른 세액이며, 신탁재산이 운용하는 채권 등의 이자에 대하여 원천징수당한 세액을 환급해 주도한 과세체계에 적합하며, 원천징수를 하지 않을 경우 위탁자가 동일한 재산을 운영하면서 은행계정의 채권이자는 원천징수하고 신탁계정의 채권이자에는 원천징수를 하지 않는 차등이 발생하게 되므로 처분청의 당초 처분에 잘못이 없다고 판단된다.(같은 취지: 국심95서3524, 1996,06,05) 쟁점2)에 대하여 신탁보수는 위탁자가 자금을 위탁하고 신탁회사가 이를 운용하여 신탁이익을 지급하는 대가로 받는 보수를 말하는 것으로서, 신탁보수는 원칙적으로 위탁자와 수탁자간의 계약에 의해 결정되며. 세법에 신탁보수 산정에 필요한 유가증권 평가 등의 규정이 없으므로 신탁회사들은 신탁업법, 은행신탁계정 결산기준 시행에 관한 재경원의 업무지침(금융41231-367, 1997,12,26),은 은행감독원의 신탁계산 업무지침 등에 따라 유가증권을 시가로 평가하고 있다. 신탁계정의 유가증권을 시가로 평가하지 아니하고 장부가액인 원가로 평가한다면, 중도해약자의 신탁보수를 계상할 경우 중도해약시점에 실가치가 증가 되거나 감소된 경우라고 이를 반영하지 못하는 문제점이 있고, 원가법을 적용할 경우 중도해약자는 중도해약시 수수료만 징취당하므로 인하여 신탁재산의 수익이란 있을 수 없는 문제점이 발생되고. 불특정금전신탁의 경우 위탁자가 신탁회사에 유가증권매매에 관한 권한을 위임한 경우로서 위탁자가 많기 때문에 중도해약자도 많아 해약시마다 신탁보수 재산을 위하여 유가증권을 평가해야하므로 실무적으로 어려움이 많다. 신탁재산에 속한 유가증권의 평가방법이나 신탁보수 결정방법에 관하여 세법에 특별한 규정이 없으면, 국세기본법제20조의 기업회계존중의 원칙에 따라 기업회계기준에 의하거나 신탁회사들이 동일하게 적용하는 시가법에 따라 신탁재산의 유가증권을 평가하여 신탁보수를 계상하는 것이 달리 잘못이 없으므로 신탁보수를 과소계상한 것으로 보아 유가증권평가차손 상당액을 익금가산(손금불산입)한 당초 처분은 부당하다고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항제1호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.