특수관계 법인간 불공정합병으로 특수관계자인 주주 간의 이익이 이전되는 경우 부당행위에 해당하는지 여부

○○세무서장이 1999.06.17. 및 1999.07.10. 청구법인에게 결정고지한 1997사업년도 법인세 220,570,800원 및 12,287,290원은 부당행위계산부인 규정을 적용하여 익금산입한 658,170,000원을 1997사업연도의 각사업연도 소득금액에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인이 100% 출자한 청구외 ○○약품(이하 “피합병법인”이라 한다.)은 1997.03.01. 청구외 ○○한농종묘(주)(이하 “합병법인”일 한다.)에 장부가액에 의한 1: 1의 비율로 흡수합병되었다. 처분청은 비상장법인인 합병법인과 피합병법인의 주식을 상속세 및 증여세법에 의하여 평가한 1주당 가액이 피합병법인은 62,600원, 합병법인은 3,043인데도 특수관계있는 계열법인간에 1: 1의 비율로 합병함으로써 청구법인이 합병법인의 기존 주주에게 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 분여이익으로 계산한 658,170,000원[(62,600×1.1-3,043원)×10,000주]을 익금산입하여 1996.06.17. 및 1999.07.10. 1997 사업연도 법인세 220,570,800원과 12,287,290원{(1999.06.17. 1997사업연도 법인세 220,570,800원과 12,287,290(1999.05.17. 결정고지서 가산세 과세계산분)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.09.16. 심사청구하였다.

이건 청구법인이 보유하고 있는 주식을 유상으로 양도한 것이 아니라 청구법인이 합병법인의 주식으로 다시 교부받은 상법상의 절차로서 지분율 변화에 해당되는 것일뿐이며, 이건과 같이 “특수관계 있는 법인간의 합병시 합병법인과 피합병법인의 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비울로 합병한 경우”는 1998.12.28. 법인세법 개정시 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세할 수 있는 대상으로 신설되었으므로 이건은 소급과세로서 부당하다.

합병 당시 비상장법인인 합병법인과 피합병법인의 주식의 시가를 확인할 수 없으므로 상속세 및 증여세법에 의하여 평가한 1주당 가액으로 합병비율을 산정하여야 하는데도 불구하고 합병비율을 1: 1로 결정함으로써 청구법인이 100% 출자한 피합병법인의 주식가치를 상기 평가방법에 의한 금액보다 상대적으로 과소평가하여 청구법인에 합병법인의 주식을 교부함에 따라 합병법인의 기존 주주로서 청구법인과 특수관계 있는 청구외 ○○한농화학(주) 및 ○○제강(주)에게 이익을 분여하였으므로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 특수관계법인간에 불공정한 비율로 합병하여 법인 주주간에 이익의 분여가 있는 경우 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 구 법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】에서 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다.』고 규정하고, 같은법 시행령 제46조 【법인의 부당한 행위 또는 계산】 제2항에서는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우로 제9호에서 『기타 출자자들에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때』를 열거하고 있다. 1998.12.28. 법률 제5581호로 개정된 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 및 1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정된 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형등】 제1항에서 『“조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당되는 경우를 말한다.

8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 주주들에게 이익을 분여한 경우

• 가. 특수관계자인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다.)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우』로 규정하고 있으며, 같은법 시행령 부칙 제3조 【합병 및 분할에 관한 특례의 적용례】에서 『제88조 제1항 제8호 개정 규정은 이 영 시행 후 최초로 합병하거나 이 영 시행일이 속하는 사업년도에 분할하는 것부터 적용한다.』고 규정하고, 제4조 【부당행위계산부인등에 관한 적용례】제1항에서 『제87조 내지 제89조의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 거래하는 분부터 적용한다』고 규정되어 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 합병계약서와 주식변동상황명세서에 의하면 합병법인인 ○○한농종묘(주)는 청구법인이 100% 출자(주식수: 10,000주, 액면가액: 1주당 5,000원)한 피합병법인인 (주)○○약품을 1997.03.01. 흡수합병하면서 피합병법인의 자산 및 부채를 장부가액에 의한 1: 1의 비율로 합병하기로 약정한 후 청구법인에게 액면가액 1주당 5,000원인 합병법인의 주식 10,000주를 교부한 사실을 알 수 있고, 합병법인의 출자자별 주식수 및 지분율이 합병전에는 청구외 ○○한농화학(주)가 1,222,000주 98.39%, 청구외 ○○제강(주)가 20,000주 1.61%였으나 합병후에는 ○○한농화학(주)가 1,222,000주 97.6%, ○○제강(주)가 20,000주 1.6%, 청구법인이 10,000주 0.8%로 변경되었음이 확인된다. 처분청은 비상장법인인 합병법인과 피합병법인의 주식가치를 상속세 및 증여세법에 의하여 평가하면 1주당 가액이 피합병법인은 62,600원, 합병법인은 3,043원으로서 현저한 차이가 있는데도 특수관계 있는 계열법인간에 1: 1의 비율로 합병하여 피합병법인의 주주인 청구법인이 합병법인의 기존주주에게 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이건 법인세를 부과하였는바, 청구법인은 이건 합병을 통한 유가증권의 저가양도에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세할 수 있도록 법인세법상 규정이 신설된 1998.12.31. 이전에 합병이 이루어졌는데도 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 국세기본법상 소급과세 금지 원칙에 위배되어 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 법인간의 합병시 합병법인과 피합병법인의 주식을 상속세 및 증여세법에 의하여 평가한 가액의 비율로 합병하지 아니하고 별도의 다른 가액의 비율로 합병함으로써 합병법인 또는 피합병법인의 주주인 법인의 그 상대방 법인의 주주인 법인에게 이익을 분여한 경우, 그 이익분의(합병으로 인하여 법인 주주가 얻은 이익 및 이익을 분여한 법인)와 관련하여 특수관계 없는 법인간의 경우에는 구 법인세법 시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전) 제12조 제1항 제6호 무상으로 받은 자산의 가액 및 같은법 시행령 제40조 제1항 제1호기부금의 규정을 적용할 수 없고, 특수관계있는 법인간의 경우에는 합병계악 승인 자체에 대하여 같은법 시행령 제46조 제2항 『부당행위계산부인』의 규정이 적용되지 않는 것(같은뜻: 재정경제부 법인 46012-192, 1999,12,07.-14 1998.01.26-69 1999.05.14)인바 특수관계 있는 법인간에 합병에 있어서 합병법인과 피합병법인의 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계자인 다른 법인 주주등에게 이익을 분여한 경우 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세할 수 있도록 법인세법상 규정이 신설되기 이전인 1997.03.01. 합병이 이루어진 이건의 경우 불공정한 비율로 합병이 이루어져 이익의 분여가 있었다 하더라도 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다 할 것이다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.