이자지급일 사이에 보유하던 자기사체를 매각한 경우 보유기간이자소득에 대한 의제원천징수세액 공제가 가능한지 여부

1. ○○세무서장이 청구법인에게 1999.06.01. 고지 결정한 1993.04.01~1994.03.31. 사업연도 법인세 7,014,490원, 1999.08.12. 고지 결정한 1996.04.01.~1997.03.31. 사업연도 법인세 3,908,336,520원, 동 농어촌특별세 174,364,470원, 1997.04.01.~1998.03.31. 사업연도 법인세 836,315,510원과 1999.08.12. 환급 결정한 1994.04.01.~1995.03.31. 사업연도 법인세 1,237,512,580원, 동 농어촌특별세 73,004,250원은,

• 가. 1994년~1998년 사업연도에 손금 불산입한 운용리스계약 중도해지자산의 감가상각비 29,058,830,736원 및 1995년~1998년 사업연도에 손금 추인한 운용리스계약 중도해지자산 매각분 감가상각비 11,205,445,151원은 운용리스계약이 중도 해지된 자산을 감가상각대상인 유휴자산으로 보아 감가상각비시부인 계산을 다시 하여 경정하고,
• 나. 1994년~1998년 사업연도에 손급 불산입한 영업부 등의 인건비(리스자산 감가상각비) 4,620,206,624원은 당해 사업연도 손금으로 인정하여 그 과세표준과 세액을 경정하며,
• 다. 1994년 사업연도(1963.04.01.~1994.03.31.)의 의제원천징수세액 공제 부인한 112,609,544원은 세액공제대상으로 보아 그 세액을 경정합니다.

2. 나머지 청구주장은 이를 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

청구법인은 시설대여법에 의하여 리스업을 영위하는 영리법인으로, ○○국세청이 청구법인이 1993.04.01.~1994.03.31. 사업연도의(이하 “1994년 사업연도”라 하다. 이하 같다)부터 1997.04.01.~1998.03.31. 사업연도 까지의 법인세 조사에서 붙임의 각사업연도 소득금액 적출내용과 같이 54,187,959천원을 익금산입 및 손금불산입, 27,120,007천원을 손금산입 및 익금분산입하여 법인세의 과세표준 및 세액을 계산하여 처분청에 통보하였고, 처분청은 위 통보내용에 의하여 청구법인에게 아래와 같이 1994년~1997년 사업연도 법인세 등을 고지 및 환급 결정하였다. 아래 (단위:원) 구분 1994년 1995년 1996년 1997년 고지(환급)일자 1999.06.01. 1999.08.12. 1999.08.12. 1999.08.12. 법인세 7,104,491,490 △1,237,512,580 3,908,336,520 836,315,510 농어촌특별세 △73,004,250 174,364,470 계 7,104,491,490 △1,310,516,830 4,082,700,990 836,315,510 청구주장은 이에 불복하여 1999.08.30. 심사청구하였다.

(1) 원칙적으로 유흥설비도 감각상각 대상 자산이며, “리스기간 종료 후 리스자산을 철거하여 사업에 공하지 아니하거나, 폐기하지 아니한 상태로 보유하고 있는 경우에 그 자산에 대한 감가상각비를 손금에 산입할 수 없으나, 재리스에 공하는 경우는 제외하는 것”(법인 46012-2987, 1994.10.28.)으로, 리스계약이 중도 해지된 운용리스자산은 새로운 리스이용자와의 계약을 체결할 때까지 당초 설치된 장소에 보관 중으로, 리스계약이 중도 해지 후 운용리스자산에 대한 재리스하기 전까지의 유휴기간동안의 감가상각비를 손금 계상한 것은 정당하다.

(2) 1995.01.01. 이후 개시한 사업연도에 회수한 규정손실금의 손익귀속시기는, 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하는 것(법인세법 기본통칙 2-3-57...9)인데, 구 리스회계처리기준(제7조제1항)에서는 잔여리스기간에 걸쳐 균등하게 환입하도록 규정하고 있으며, “당해 법인이 일반적으로 공평타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 1994.12.22. 개정된 법인세법 제17조제3항 의 규정에 의하여 당해 기업회계기준 또는 관행을 적용하는 것”으로 해석하고 있고, 1995.01.01. 이후에 회수한 규정손실금에 대한 거래의 발생 시점은 당초 리스계약시점이 아닌 중도해지발생시점으로 판단하여야 하는바(법인 46012-1737, 1996.06.18), 쟁점 규정손실금은 리스계약에 의한 리스료가 아니므로, 1995.01.01. 이후 개시 사업연도에 회수한 규정손실금을 잔여리스기간에 이연하여 수익으로 인식한 것은 정당하다.

(3) 리스이용자인 청구외 (주)○○(이하 “(주)○○이라”한다)이 1993.05월 부도 발생으로 법정관리에 들어갔고, 청구법인은 1993.06.05. (주)○○에 리스계약 해지를 통한 후, 1993.12.03. ○○민사지방법원에서 (주)○○과 청구법인간의 리스재계약 및 리스료 금원지출 허가결정을 받아 리스 변경계약을 체결한 것이며, 당초 리스계약 해지 통보일부터 변경계약 체결일까지의 리스료(이하 “쟁점리스료”라 한다) 상당액에 대하여는 수익으로 인식한 사실이 없고, 수익으로 계상한 해지일 전의 미수리스트 등과 쟁점리스료 상당액 등을 취득원가에 포함하여 리스변경계악을 체결한 것으로, 변경 계약은 리스계약의 주요부분인 취득원가, 리스료, 리스기간 등이 모두 당초 계약과는 별개의 것으로, 이는 새로운 재리스 계약으로 보아야 할 것이다.

(4) 리스물건의 선정과 가격결정, 설치, A/S 등에 관한 규정은 리스자산 공급자와 리스이용자간에 리스계약 이전에 미리 결정하며, 청구법인의 영업부 직원들은 고객개발을 위한 마케팅, 기존고객관리, 리스계약요청에 의한 리스물건의 구입절차대행, 담보징구 및 관리 등의 업무를 담당하고 있어, 리스자산의 취득업무에는 관여하지 아니하므로, 영업부 등의 인건비는 지출한 사업연도의 손금에 해당한다.

(5) 법인이 유흥자금의 일시적운용 및 매각을 전제로 자기사채를 취득 후 보유하다가 이자지급기간 중 타인에게 매각한 경우에는 실제로 법인이 보유한 자기사채에 대한 이자까지 최종사채권자에게 지급되는바. 증권회사에 이자총액을 지급하고 추후 동 이자금액 중 자기사채 보유기간에 대한 이자에 대하여는, 자기사채보유기간 분에 대하여는 원천징수를 하여야 하고 동 원천징수세액은 법인세 신고시 공제받을 수 있는 것임에도 이를 불공제함은 부당하다.

(1) 리스계약이 중도 해지된 운용리스자산의 경우 사업에 공하지 아니하는 경우는 감가상각대상자산이 되는 유휴설비로 보지 아니하는 것이며, 운용리스자산의 계약 해지한 운휴자산에 대한 감가상각비는 손금에 산입할 수 없는 것(법인 46012-2987, 1994.10.28)이고, 리스료 수입이 발생하지 아니함에도 감가상각비를 손금계상함은 수익비용대응 원칙에도 어긋나므로, 리스계약이 중도 해지된 운용리스의 감가상각비를 손금 불산입한 처분은 정당하다.

(2) 운용리스계약의 중도 해지로 인하여 임차인 또는 보증인에게서 회수한 규정손실금액에 대하여, 청구법인은 1995.03.31.종료 사업연도까지는 회수한 시점에 익금산입하였고, 이후 사업연도는 회수한 시점부터 잔여리스기간까지 이연하여 수익을 계상하였는바, 규정손실금을 잔여리스기간에 이연하여 수익으로 인식하는 것은 법인세법 제17조 제3항 (기업회계기준존중)에 의거 1995.01.01. 이후 개시 사업연도부터로, 그 이전에 자산 등의 임대 또는 용역의 제공 등을 한 것에 대한 손익의 귀속은 개정전의 규정에 의한다(부칙 제7조제1항)라고 규정하고 있으므로, 1995.01.01. 이전에 개선된 사업연도에 리스계약이 체결된 분은 회수한 시점에 수익을 인식하여야 하므로 당초 처분은 정당하다.

(3) 리스계약 해지 후 동일인에게 리스방식을 변경하지 아니하고 재리스를 할 경우의 취득원가는 리스실행일 현재의 해지된 당해 운용리스자산의 장부가액으로 결정하여야 하며, 리스계약이 해지된 이후의 연체리스료 및 연체이자 상당액을 변경계약시 임의로 취득원가에 포함시켜 이를 나누어 받기로 약정하였는바, 이는 실질적으로 당초 계약이 해지되지 않았고, 변경계약시 리스료 회수기간을 새로이 정한 것에 지나지 않으며, 변경계약서 제1조에 당초리스계약을 승계한다고 명백하게 규정하고 있으며, 계약해지후 장부상 수입리스료를 계상하였다는 것은 청구법인 스스로 수익인식을 하였고, 사실상 리스계약이 계속 유효하였다고 인정한 것으로, 연체리스료 및 연체이자를 1994년 사업연도 익금으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

(4) 청구법인의 영업부서에서는 리스자산이 국내리스자산인 경우 리스계약체결, 발주, 납품, 설치 확인 등의 업무를, 수입리스자산인 경우 리스계약체결, 수입허가,신용장개설, 통관업무, 설치 확인 등의 업무를 담당하고 있으므로, 영업부 등의 인건비는 운용리스자산 취득에 관련된 비용이며, 자산의 취득가액에는 구입가격 뿐만 아니라 자신이 본래 의도한 용도에 사용할 수 있도록 하기 위하여 지출된 모든 부대비용이 포함되는 것이고, 법인세법에서도 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 취득세, 등록부, 기타부대비용을 가산한 금액을 자산의 취득가액으로 하는 것이므로, 영업부 등의 인건비를 리스자산위득비용으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

(5) 법인이 자기사채를 취득하여 보유하다가 양도하는 경우에는 자기사채 보유기간 분의 수입이자는 원천징수대상이 아니며, 국세청에서 1993.01. 발간한 “채권이자에 대한 원천징수세액공제 검토요령”에 자기사채 보유기간 부분의 이자에 대한 원천징수세액은 세액공제를 하지 아니하는 것으로 되어 있는바, 청구법인이 세액 공제한 자기사채 보유기간 분의 이자에 대한 의제원천징수세액을 불공제하여 과세함은 정당하다.

• 가. 쟁점 처분청에서 청구법인의 1994년~1998년 사업연도 법인세 조사와 관련하여 54,187,959천원을 익금산입 및 손금불산입하고, 27,120,008천원을 손금산입 및 익금불산입하여 법인세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제17조 (1973.02.16,. 개정) 【손익의 귀속사업연도】 제1항에서 『내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.』라고, 제2항에서 『내국법인이 각사업연도에 있어서 상품ㆍ제품 또는 생산품을 인도한 날이 속하는 사업연도로 한다. 단서 생략.』라고 규정하고 있으며, 법인세법 제17조 (1994.12.22. 개정) 【손익과 귀속시기 및 취득가액의 계산】 제1항에서 『내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.』라고, 제2항에서 『내국법인이 매입, 제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가엑은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.』라고, 제3항에서 『내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 단서 생략』라고 규정하고 있다. 같은법 시행령 부칙 제7조(대통령령 제14468호, 1994.12.31. 개정) 【손익의 귀속사업연도등에 과한 경과조치】 제1항에서 『이 영 시행전에 자산등의 판매ㆍ양도ㆍ임대ㆍ건설ㆍ제조 또는 용역의 제공등을 한 것에 대한 손익의 귀속은 종전의 규정에 의한다.』라고 규정하고 있다. 구리스회계처리기준 제7조 【운용리스계약의 해지】 제1항에서 『리스계약이 해지되었을 경우 당해 리스계약과 관련하여 리스이용자 또는 보증인 등으로부터 회수한 금액은 이연처리하고 잔여 리스기간에 걸쳐 균등하게 환입한다.』라고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제37조(1994.12.31. 개정) 【자산의 취득가액 등】 제1항에서 『법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 의한다.』라고 규정하면서, 제1호에서 『타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액』열거하고 있다. 같은법 시행령 제60조(1970.08.20. 개정) 【자산의 취득가액 등】 본문에서 『상각범위액 계산의 기초가 될 자산의 가액에는 유휴설비의 가액을 포함하되, 건설중의 자산 또는 부당행위계산에 의한 시가초과액은 이를 포함하지 아니한다.』라고, 같은법 시행령 제48조(1994.12.31. 개정) 【상각액의 범위】 제1항에서 『법 제16조 제12호 및 ㅈ제12조 제2항 제5호의 규정에 의한 감가상각비의 계산은 법인이 고정자산의 상각액을 계상하였을 경우에 고정자산의 내용년수에 따른 상각비율에 의하여 계상한액을 한도로 하여 이를 소득계산상 손금으로 계산한다.』라고, 제3항에서 『시설대여업법에 의한 시설대여회사와 중소기업진흥및제품구매촉진에관한법률에 의하여 설립된 중소기업진흥공단은 제1항과 제50조제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 시설대여하는 특정물건에 대하여는 총리령이 정하는 바에 의하여 시설대여기간에 걸쳐 균등하게 계산한 금액을 한도로 감가상각액을 계산할 수 있다. 단서 생략.』라고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제91조의 3(1989.12.30. 개정) 【채권이자소득에 대한 원천징수공제세액의 계산】 제1항에서 『법인이 소득세법 제71조제1항 에 규정하는 채권 증권의 이자계산기간중에 당해 채권 등을 타인에게 양도하거나 타인으로부터 취득한 경우에 있어서 법 제30조 또는 법 31조의 규정에 의하여 공제할 원천징수세액은 약정이자율을 적용하여 계산한 이자에서 당해채권의 보유기간 분에 대한 이자를 원천징수세액으로 안분한 금액으로 한다.』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) ○○국세청장이 청구법인에 대한 1994년~1998년 사업연도 법인세 조사에서 적출한 익금산입 및 손급불산입액 54,187,959천원의 내용은, ① 청구법인이 1994년~1998년 사업연도에 손금계산한 운용리스계약이 중도해지된 운용리스자산의 감가상각비를 중도해지된 운용리스자산은 감가상각대상 자산이 아니라고 보아 손금불산입한 29,028,828천원, ② 1995.01.01. 이전에 리스계약이 체결된 운용리스자산 중 1996년~1998년 사업연도에 운용리스계약이 중도해지로 인하여 회수한 규정손실금은 회수한 시점의 수익으로 보아 익금산입한 13,351,876천원, ③ (주)○○과 1993.06.월 리스계약 해지 통보일부터 1993.12월 변경계약 체결일까지의 리스료(쟁점리스트) 상당액을 1994년 사업연도 수익으로 보아 익금산입한 6,784,951천원, ④ 1994년~1998년 사업년도에 청구법인의 영업 등에 근무하는 직직원에게 지급한 인건비는 리스자산의 취득부대비용이라 하여 청구법인에서 당기 비용으로 계상한 금액을 손급불산입한 4,620,205천원, ⑤ 기타 익금산입 및 손금불산입의 372,099천원의 합계액이고, (나) 손급산입 및 익금불산입 27,120,008천원의 내용은 ① (가)의 ①과 관련하여 1995년~1998년 사업연도에 운용리스계약이 중도해지된 운용리스자산 중 매각분에 대한 감가상각비 상당액을 손금산입한 11,205,443천원, ② (가)의 ②와 관련하여 1995.01.01. 이전에 리스계약이 체결된 1996년~1998년 사업연도에 이연수익으로 계상한 금액을 익금불산입한 8,951,916천원, ③ (가)의 ③과 관련하여 청구법인의 (주)○○과 1993.06월 리스계약 해지 통보일로부터 1993.12월 변경계약 체결일까지의 리스료(쟁점리스료) 상당액을 1995년~1997년 사업연도의 이연수익으로 계상한 금액을 익금불산압한 6,784,951천원, ④ 청구법인이 자기사채 보유기간 분의 이자소득에 상당하는 원천징수액 상당엑을 의제원천징수액으로 세액 공제한 것을 배제하고 세액공제 상당액을 자기사체 매각 사업연도의 손금에 산입한 177,698천원의 합계액임이 법인세 결정결의서 등에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 리스이용자인 (주)○○의 부도 발생으로 법정관리에 들어가자 1993.06.05. (주)○○에 리스계약을 해지한다고 통보하였고, 1993.12.03. ○○민사지방법원에서 (주)○○과 청구법인간의 리스 재계약 및 리스료 금원지출 허가 결정으로 리스변경계약을 체결하였으며, (라) 청구법인이 1994년 사업연도 및 1996년 사업연도 법인세 신고시 자기사채 보유기간분의 이자상당액에 해당하는 의제원천징수세액 112,609천원과 65,089천원을 세액 공제한 것에 대하여 처분청은 이를 불공제하여 과세하였음이 법인세 신고서 등에 의하여 확인된다.

(2) 판단 (가) 청구 주장(1)에 대하여 살펴본다.

① 원칙적으로 유휴설비도 감가상각 대상 자산에 포함되며, “리스자산을 철거하여 사업에 공하지 아니하거나, 폐기하지 아니한 상태로 보유하고 있는 경우에 그 자산에 대한 감가상각비를 손금에 산입할 수 없으나, 재리스 등 리스사업에 공하기 위하여 일시적으로 보관하고 있는 경우는 제외하는 것”(법인 46012-2987, 1994.10.28)으로,

② 운용리스계약이 중도 해지된 경우의 리스자산은 계약 해지 후 바로 처분하거나 폐기하는 것이 아니고, 새로운 리스이용자를 물색하여 재리스 계약을 체결하거나, 새로운 리스이용자가 없는 경우 이를 매각(또는 금융리스로 전한)하는 것으로, 이는 리스자산을 철거하여 사업에 공하지 아니하거나, 폐기하지 아니한 상태로 보유하고 있는 경우에 해당하지 아니한다 할 것이다.

③ 리스계약이 중도 해지된 운용리스자산을 철거하여 청구법인에서 별도로 보관하고 있는 것이 아니고, 새로운 리스이용자와의 계약을 체결할 때까지 당초 설치된 장소에 보관 중이고 감가상각대상인 해당되며, 리스계약이 중도 해지된 후 운용리스자산에 대한 재리스 및 매각(또는 금융리스로 전환)하기 전까지 기간에 대한 감가상각비를 손금 계상한 것은 정당하다 할 것이며, 리스계약이 중도 해지된 운용리스자산을 철거하여 사업에 공하지 아니하거나, 폐기하지 아니한 상태로 보유하고 있는 폐기할 자산으로 확인되어 이를 구분하여 감가상각대상 자산에서 제외하는 것은 변론으로 하더라고 운용리스계약 해지일 다음 날부터 즉시 감가상각대상이 아니라고 판단하여 감가상각비를 전부 부인한 과세처분은 잘못이 있다 할 것이다. (나) 청구 주장 (2)에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 운용리스계약의 체결로 인한 리스료와 운용리스계약의도 해지로 인하여 회수하는 규정손실금은 별개의 것이므로, 규정손실금의 회수로 인한 수익의 인식은 회수시점을 기준으로 판단하여야 한다고 주장하나, 리스계약의 중도해지로 인한 규정손실금은 당초 리스계약에 의하여 발생하는 것이며, 1995.01.01. 이전에 리스계약이 체결된 분 중 리스계약의 중도 해지로 ㅈ인하여 회수한 규정손실금은 1995.01.01. 이전에 자산 등의 임대를 제공하여 발생된 것으로 보아야 할 것이다.

② 청구법인은 1995년 03월말 사업연도까지는 운용리스계약의 중도 해지로 인한 규정손실금에 대하여는 회수한 시점에 수익으로 계상한 사실이 있고, 규정손실금을 잔여리스기간에 이연하여 수익으로 인식하였는데 1995년 4월 개시 사업연도부터는 규정손실금을 이연하여 수익을 인식할 수 있는 것은 법인세법 제17조 제3항 (기업회계기준준종)에 의거 1995.01.01. 이후 개시 사업연도부토이고, 법인세법 시행령 부칙 제7조제1항에서 “1995.01.01. 이후 개시하는 사업연도 이전에 자산 등의 임대 또는 용역의 제공 등을 한 것에 대한 손익의 귀속은 개정전의 규정에 의한다.”라고 규정하고 있으므로, 청구법인이 1995년 03월말 이전에 운용리스계약을 체결한 분 중 리스계약의 중도해지로 인하여 1995년 4월 개시 사업연도 이후에 회수한 규정손실금을 처분청이 회수한 시점의 수익으로 확정하여 과세한 처분은 정당하다 할 것이다. (다) 청구 주장 (3)에 대하여 살펴본다. 리스계약 해지 후 동일인에게 리스방식을 변경하지 아니하고 재리스를 할 경우의 취득원가는 리스실행일 현재의 해지된 당해 운용리스자산의 장부가액으로 결정하여야 하는 것인데도, 계약해지일 전의 미수리스료 등과 해지일로부터 재계약일 기간의 리스료 상당액을 취득원가에 포함하여 변경계약한 사실, 리스계약 해지 통보일 이후에도 리스이용자인 (주)○○에서 리스자산을 계속 사용하고 있었던 점, 변경계약서 제1조에 당초리슥계약을 승계한다고 명벽하게 규정하고 있는 점등으로 보아 이는 실질적으로 계약이 해지되지 않았고 단지 변경계약시 연체 리스료의 회수기간을 새로이 정한 것에 불과하다 할 것이므로, 계약 해지일로부터 재계약일 까지의 연체 리스료 등을 1994년 사업연도(1993.04.01.~1994.03.31.) 익금으로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다. (라) 청구 주장 (4)에 대하여 살펴본다.

① 자산 취득의 부대비용을 외부부대비용과 내부부대비용으로 구분할 수 있고, 영업부 종사자의 인건비는 내부부대비용에 해당한다 할 것이며, 내부부대비용은 재고자산별로 내부원가를 구분하여 집계하기가 어렵고, 중요성의 원칙에 비추어 그 금액이 크지 아니하는 경우에는 이를 원가에 산입하지 아니하고 판매비 및 일반관리비로 계상하는 것이 원가계산 및 회계처리 관행(법인 46012-932, 1993,04,12,)이다.

② 국내 모든 리스회사가 같은 방법으로 회계 처리하고 있고, 세법이나 리스회계처리기준에서도 별도로 정한바 없고, 청구법인의 영업부서에서 리스자산이 국내리스자산인 경우에는 리스계약체결, 발주, 납품, 설치 확인 등의 업무를, 수입리스자산인 경우에는 리스계약체결, 수입허가, 신용장개설, 통관업무, 설치 확인등의 업무를 담당하고 있다.

③ 리스회사 영업부서의 인건비를 자산별로 내부원가를 구분하여 집계하기가 어렵고, 실질적으로 리스자산은 기존 생산물품을 취득하여 대여하는 것이 아니고, 리스이용자가 사용 목적에 맞도록 별도로 주문하여 제작 사용하는 자산에 대한 “물적금융”에 해당하는 점등을 종합하여 판단할 때, 판매비 및 일반관리비로 계상한 영업부 종사자의 인건비 등을 운용리스자산의 취득부대비용(취득원가(으로 보아 과세함은 불합리하다 할 것이다. (마) 청구 주장 (5)에 대하여 살펴본다.

① 법인이 자기사채를 취득하여 약정상 이자기간계산일까지의 보유하고 있는 경우에는 보유하고 있는 기간에 대하여는 법인세법 시행령 제91조 의 3의 의제원천징수세액공제 규정을 적용하지 아니하는 것(법인 22601-3360, 1989,09,07)이며, 국세청에서 1993.01월 발간한 “채권 등의 이자에 대한 원천징수세액공제 검토요령” 책자 15-16에서 자기사채 보유기간 분의 이자소득에 대한 원천징수액은 공제하지 아니한다 되어 있다.

② 청구법인이 1996년 3월말 사업연도에 취득한 자기사채는 약정상 이자기간계산일까지 보유한 사실이 있어 원천징수대상이 아니므로, 의제원천징수세액 공제를 배제하여 과세한 처분은 정당하다 할 것이다.

③ 법인이 유휴자금의 일시적운용 등 매각을 전제로 자기사채를 취득 후 보유하다가 이자지급기간 중 타인에게 매각한 경우에는 실제로 법인이 보유한 자기사채에 대한 이자까지 최종사채권자에게 지급되고, 최종사채권자가 이자 전액에 대하여 원천징수를 과세당하게 되는바, 자기사체 보유기간 분에 대하여는 원천징수를 하여야 하고 동 원천징수상당세액은 법인세 신고시 의제원천징수세액으로 공제받을 수 있는 것이다.

④ 청구법인이 1994. 03월말 사업연도에 취득한 자기사채는 약정상의 이자기간 계산 만기일 전에 처분하였는바, 만기일 현재의 소지자가 청구법인이 보유한 기간 분에 대한 이자상당액을 포함하여 원천징수 과세를 받았다고 보아야 할 것이므로, 청구법인이 자기사채를 보유한 기간 분(취득일로부터 양도일까지)의 이자소득에 대한 원천징수상당세액(112,609,544원)은 의제원천징수세액 공제를 적용함이 타당하다 할 것이다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.