조세심판원 심사청구 조세특례

연구전담부서 설치 미신고시 세액공제가 불가능한지 여부

사건번호 심사법인1999-0263 선고일 1999.10.08

과학기술처장관에게 연구개발부서를 신고한 사실이 없어, 조세지원의 대상이 되는 연구개발부서에 해당하지 아니하므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당함

주문

이 검 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

1. 처분내용

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 타이어 튜브 제조업을 영위하는 영리법인으로서, 1997년 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서 조세감면규제법 제9조에 의한 기술 및 인력개발비 공제세액 19,162,230원(이하 “쟁점금액”이라한다)을 감면 신청하였으나 조정계산서에 이기시 이를 누락하여, 1999.03.31. 쟁점금액을 추가로 공제하여야 한다는 경정청구를 처분청에 제출한 것에 대하여, 처분청은 쟁점금액이 공제대상이 아니라 하여 1999.05.21. 이를 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.08.14 심사청구를 하였다.

2. 청구주장

청구법인은 자동차를 제외한 운송수단에 사용되는 타이어 및 튜브를 생산공급하는 업체로서, 기술개발애만 전념하여 그 수준이 동업계에서는 산학을 아울러 세계적인 수준에 이르고 있고, 청구법인내에 기술개발전담부서가 설치되었으며, 기술개발촉진법시행규칙 제5조제1항 및 같은법 시행령 제14조에 신고를 필수 요건으로 하는 “기업부설연구소”와 신고를 하지 않아도 명칭, 업무, 인적구성의 세가지 요건만 갖추면 되는 “기업내의 연구개발부서”라는 명칭의 두 종류가 있는바, 법규상 연구개발부서를 과학기술부장관에게 신고를 하지 않으면 세액 공제가 불가능하다는 규정이 없음에도 쟁점금액을 세액공제하지 아니함은 부당하다.

3. 처분청 의견

청구법인은 기술개발축진법 시행규칙 제4조 및 제5조의 규정에 의하여 과학기술처장관에게 연구개발부서를 신고한 사실이 없어, 구 조세감면규제법 제9조의 규정에 의하여 조세지원의 대상이 되는 연구개발부서에 해당하지 아니하므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 연구전담부서 설치 신고를 하지않은 경우 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제가 불가능한지를 가리는데 있다.
  • 나. 관련법령 구 조세감면규제법 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 제1항에서 『제조업ㆍ광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술 및 인력개발비”라고 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술ㆍ인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술ㆍ인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하거나, 당해 과세연도에 지출한 기술ㆍ인력개발비의 100분의 5(중소기업의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다』라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 제2항에서 『법 제9조 제1항에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표4의 비용을 말한다.』라고 규정하고 있고, 같은법 시행규칙 제7조 【기술ㆍ인력개발비 및 시험연구용 시설의 범위】 제1항에서 『영 별표의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 기록에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 에 규정하는 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다』라고 규정하고 있다. 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항 에서 『영 별표1 기술개발준비금의 사용기준 제1호 가목의 규정에서 “총리령에서 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 영 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발전담부서를 말한다. 1~3호 (생략)』라고 규정하고, 제2항에서 『과학시술처장관은 조세ㆍ금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다.』라고 규정하고 있다. 1994.11.04 과학기술처 고시 제1994-16호(기업부설연구소와 기업내 연구개발전담부서 및 과학기술 분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령) 제4조(전담부서의 신고 사항 등) 제1항에서 『규칙 제5조 제2항의 규정에 의하여 전담부서를 신고하고자 하는 자는 별지 제1호에 서식에 의한 신고서에 다음 각호의 사항을 기재한 서류를 첨부하여 한국산업진흥협회장에게 제출하여야 한다.』라고 규정하면서, 제1호에서 제3호에서 기재할 사항을 『1.연구사업의 개오, 2.전담부서의 조직 및 직원의 현황, 3.연구시설의 명세서』라고 규정하고 있다.
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 기술개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항 의 연구개발전담부서의 신고규정에 따란 설치 신고를 한 사실이 없음에도 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 법규상 연구개발부서를 과학기술부장관에게 신고를 하지 않으면, 기술 및 인력개발비의 세액 공제가 불가능하다는 규정이 없음에도, 쟁점금액을 세액공제하지 아니함은 부당하다고 주장하고 있는바, 구 조세감면규제법 시행규칙 제7조에서 연구개발 전담부서라함은 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 에 규정된 기업의 연구개발전담부서를 말한다라고 규정하고, 같은 법 시행규칙 제5조 제2항에서 연구개발전담부서를 갖춘 자로서 조세ㆍ금융 가기타의 지원이 필요하다고 인정되는 자에게는 연구개발전담부서를 갖춘 사실을 신고하도록 규정하고 있어, 연구개발전담부서의 신고의부를 강제하지는 아니하였으나, 조세의 지원이 필요한 경우에는 과학기술처장관(위임받은 한국산업기술진흥협회장)에게 신고하도록 고시하였으며, 연구개발전담부서를 신고하지 아니한 경우에는 조세감면규제법 시행령 별표4의 전담부서에 해당하지 아니하는 것으로 해석(같은 뜻, 재경원 조예 46019-139, 1998,04,19, 법인 22601-474호 1995.02.22)하고 있으므로, 처분청에서 청구법인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조제1항제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)