종합과세방법에서 분리과세방법으로 과세방법의 변경이 경정청구 대상인지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 부동산 임대업을 영위하는 비영리내국법인으로, 청구법인의 1995년 사업연도 법인세 신고시 이자소득을 과세표준에 포함하여 법인세차감전순이익을 432,986,435원으로 계산하고 법인세 16,089,991원을 신고ㆍ납부한 후 1999년 06월 이자소득을 과세표준에서 제외하여 당초 납부한 법인세 16,089,991원의 환급을 요구하는 경정청구를 하였으며, 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 과세방법의 변경은 경정청구 대상에 해당하지 아니한다고 보아 1999.07.03. 이를 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.07.16. 심사청구 하였다.

비영리내국법인은 수익사업에서 발생된 소득에 대하여는 법인세의 납세의무가 있고, 예외적으로 이자소득에 대하여는 법인의 선택에 따라 다른 수익사업에 발생된 소득과 분리과세 할 수 있는 것이며, 법인세법 제27조 에는 신고방법 중 선택할 수 있다는 내용만 있을 뿐이지 일단 선택한 과세방법은 어떠한 경우에도 변경할 수 없다는 명문 규정이 없고, 착오에 의하여 상실한 권리를 회복할 수 있는 기회를 주는 것이 과세형평에 맞고 실질과세원칙 및 신의성실원칙에 부합되는 것이므로, 선택적 과세제도에서는 당초신고시 선택한 과세방법을 경정청구에 의하여 변경할 수 있다는 판례 등으로 보아 경정청구를 거부함은 부당하다.

국세기본법 제45조의2 경정청구의 범위는 과세표준신고시의 기재사항에 누락 오류 및 수입금액의 누락, 비용의 계상 누락분이며, 비영리내국법인이 이자소득을 각 사업연도의 소득에 포함하여 법인세 과세표준과 세액을 신고한 것은 적법한 신고이고, 종합과세방법에 분리과세방법으로의 과세방법의 변경은 경정청구 대상이 아니므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비영리내국법인이 이자소득을 과세표준에 포함하여 법인세를 신고한 후, 이자소득의 분리과세를 요구한 경정청구 대상에 해당하는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제45조 의 2 [경정 등의 청구] 제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다』라고 규정하면서, 제1호에 『과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때』를, 제2호에 『과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급금액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때』를 열거하고 있다. 법인세법 제26조 [과세표준의 신고] 제1항에서 『납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다』라고 규정하면서, 같은법 제27조 [비영리내국법인의 과세표준신고] 제1항에서 『비영리내국법인은 제1조제1항제3호의 규종에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익에 대하여 제26조제1항의 구정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다』라고, 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제9조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 비영리내국법인이며 부동산임대수입금액 12,983,636원과 이자소득금액 465,721,783원을 합산하여 법인세차감전순이익을 432,986,435원으로 계산하여 1998년 사업연도 법인세과세표준 및 세액계산서를 1999.03.31. 처분청에 제출 하였으며 법인세 16,089,991원을 자진 납부하였음에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. (2) 국세기본법 제45조의2제1항 에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 경정청구할 수 있도록 규정되어 있는바, 청구법인의 경우를 보면 1998년 사업연도 법인세의 신고기한내인 1999.03.31. 법인세 과세표준신고서를 제출하였고, 법정신고기한내인 1999.03.31.로부터 1년이내인 1999.06.월 경정청구를 하였으므로 경정청구할 수 있는 형식요건을 갖춘 것이지만, 국세기본법 제45조의2제1항제1호 에서는 경정청구할 수 있는 사유에 대하여 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때”라고 규정하고 있는바, 법인세법상 비영리내국법인의 이자소득은 비영리내국법인의 선택에 의하여 법인세 신고시 과세표준에 포함하거나 제외할 수 있도록 규정하고 있고, 이 건과 같이 청구법인에서 이자소득을 과세표준에 포함하여 과세표준에 포함하여 과세표준을 신고한 것은 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준을 신고한 경우에 해당한다 할 것이며, 또한 법인이 적법한 절차에 의하여 결산을 확정하고 법인세 과세표준신고를 한 후에는 당초의 재무제표를 정정하여 경정 등을 청구할 수 없는 것(같은 듯. 징세 46101-3629, 1996.10.14.)이므로 청구법인의 경우에는 위 경정청구 사유에 해당되는 것으로 볼 수 없다 할 것이며, 처분청에서 청구법인이 이자소득을 과세표준에 포함하여 신고한 후 분리과세 방법으로 변경하여 당초 납부한 법인세를 환급신청한 경정청구에 대하여 이를 거부한 처분은 정당하다 할 것이다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조제1항제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.