연구개발전담부서 설치신고 이전의 연구개발관련비용에 대한 세액공제여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

처분청은 청구법인이 '95.7.1~'96.6.30 사업년도 법인세과세표준신고시 조세감면 규제법 제9조에 의한 기술 및 인력개발비 세액공제로 15,586,311원을 산출세액에서 공제하여 신고한 데 대하여 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제요건중 감면대상 연구개발전담부서의 요건을 갖추지 아니하였다 하여 동 세액공제를 배제하고 이자상당액을 가산하여 '99.7.2 '96사업년도 법인세 21,278,430원을 청구법인에게 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 '99.7.13 심사청구 하였다.

기술 및 인력개발비 세액공제의 취지는 제조업등 연구개발을 장려하기 위한 것이므로 전담부서 등에 대한 신고 등의 행정절차 미비로 기술 및 인력개발비 세액공제 적용을 배제함은 부당하다.

구조감법 제9조의 규정에 의한 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용할 수 있는 연구개발전담부서라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제4조 에 의거 한국산업기술진흥협회장에게 신고서를 제출하여 인정받은 전담부서를 말하는 것으로 청구법인은 '96.12.30일에 신고서를 제출하여 연구개발전담부서로 인정받았으므로 신고서 재출이전에 지출한 전담부서의 인건비에 대한 기술 및 인력개발비 세액공제를 배제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 연구개발전담부서 설치신고 이전의 연구개발관련비용에 대하여 세액공제를 배제하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 조감법 제9조 제1항 및 제2항에서 제조업ㆍ광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각과세년도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하 '기술 및 인력개발비'라 한다)이 있는 경우에 당해과세연도 개시일로부터 소급하여 2년간 지출한 기술 및 인력개발비의 평균지출액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 50 또는 당해 과세연도에 지출한 기술ㆍ인력개발비의 100분의5(중소기업인 경우에는 100분의 15, 95.12.29 개정에서 중소기업외의 자가 중소기업에 지출한 기술ㆍ인력개발비의 경우에는 100분의 10으로 추가됨)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다. 라고 규정하고. 같은 시행령 제9조 제2항에서 "법 제9조 제1항에서 '대통령령이 정하는 비용'이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 별표4의 비용을 말한다" 라고 규정하고 있으며, 같은 시행령 별표 4를 보면 1호 가목에 자체기술개발 관련 비용을, 나목에 위탁 및 공동개발 관련 비용 등을 열거하고 있는 동시에 기술개발준비금 사용기준을 정한 동 시행령 별표 3의 1호 가목의 자제기술개발에는 총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서에서 자체기술개발을 위한 비용을 열거하고 있다. 같은 법 시행령 제7조 제1항에서 "영 별표3의 1호 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 '총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서'라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제5에 규정하는 기업의 연구개발전담부서를 말한다." 라고 규정하고 있고, 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제1항 에서 "영 별표1 기술개발준비금의 사용기준 제1호 가목의 규정에서 '총리령에서 정하는 기업의 연구개발전담부서'라 함은 영 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발전담 부서를 말한다. 1~3호(생략)"라고 규정하고, 제2항에서 "과학기술처장관은 조세ㆍ금융 기타의 지원상 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다." 라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 기술 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 의 규정하는 전담부서의 요건을 갖춘경우에 적용하는 것이며, 과학기술부장관(위임받은 한국산업기술진흥협회장 포함)에게 전담부서를 신고하지 아니한 경우에는 기술 및 인력개발비 세액공제대상 전담부서에 해당하지 아니한 것이므로(법인22601-1517, 92.7.11, 법인 46012-474, 95.2.22 같은 뜻, 재경부 조예 46019-139, 98.4.19, 심사 법인98-0196, 98.9.18 같은 뜻) 처분청이 동 세액공제를 배제하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 따라서 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.