기술이전소득과 관련한 외국납부세액을 공제 부인하여 법인세 결정한 것의 당부

○○세무서장이 1999. 3. 15 청구법인에게 결정고지한 1993사업연도 법인세 75,381,400원의 부과 처분은 취소한다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 제조업을 영위하는 법인으로, ○○지방국세청 법인세과에서 청구법인의 법인세 신고에 대한 서면분석시 청구법인이 1993∼1997년 사업연도 중 국외에 기술을 이전하고 받은 기술이전소득 4,453,901천원에 대하여 구 조세감면규제법 제19조 규정에 의하여 기술이전소득의 50％ 상당금액을 소득공제하고, 기술이전소득과 관련한 외국납부세액 633,003천원을 법인세법 제24조 의 3 규정에 의하여 세액 공제하여 법인세를 신고한 것은 이중 공제로 기술이전소득 중 소득공제하지 아니한 소득에 상당하는 외국납부세액만을 세액 공제하여야 한다고 하여, 처분청은 기술이전소득과 관련한 외국납부세액 633,003천원의 50％ 상당액인 316,501천원을 공제 부인하여 1999. 3. 15 청구법인에게 1993∼1997년 사업연도 법인세 428,766,850원을 결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999. 6. 15 심사청구하였으며, 처분청에서는 1999. 7. 8 당초 고지한 법인세 중 1994년∼1997년 사업연도 법인세 353,685,450원은 직권으로 취소하였다.

조세감면규제법 규정의 소득공제와 법인세법 규정의 세액 공제는 별개의 것이므로 당초 신고한 내용이 정당하다.

국세기본법 제26조 의 2에서 국세부과제척기간이 만료된 날 이후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있어 1993사업연도 법인세는 경정 결정할 수 없다.

• 가. 쟁점 기술이전소득에 대한 외국납부원천세액 공제액 중 조세감면규제법에 의하여 소득 공제한 금액에 상당하는 세액을 공제 부인하여 과세한 처분이 맞는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 구 조세감면규제법 제19조 [기술소득에 대한 소득세 면제 등] 제3항에서 『특허권 등을 설정등록한 내국인이 당해 특허권 등을 외국인에게 양도 또는 대여하거나 기술비법을 보유하고 있는 내국인이 계약에 의하여 당해 기술비법을 외국인에게 제공함으로써 발생하는 소득에 대하여는 당해 소득의 100분의 50에 상당하는 금액을 각 과세연도의 소득금액에서 공제한다』라고 규정하고 있고, 구 법인세법 제24조 의 3 [외국납부세액에 대한 세액공제] 제1항에서 『내국법인의 각 사업연도의 과세표준금액에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우에 그 국외원천소득에 대하여 대통령령이 정하는 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 때에는 제22조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업연도의 법인세액에서 국외원천소득이 당해 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 외국법인세액을 당해 사업연도의 법인세액에서 공제한다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 법인세법 규정의 외국납부세액공제 제도와 기술소득에 대한 소득세 면제 등의 조세감면규제법 규정과는 그 취지가 다르며, 두 규정을 동시에 적용할 경우에도 동일한 소득에 대하여 이중으로 적용되는 모순이 발생하지 않을 뿐 아니라 법인세법이나 구 조세감면규제법에서 두 규정의 중복적용을 배제하는 규정이 없음에도 불구하고 외국납부세액공제한도를 소득공제 받은 기술소득에 상당하는 외국납부세액을 차감한 것으로 보아 과세한 당초 처분은 부당하다는 청구법인 주장에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인의 1993년도 국외기술이전소득이 624,982천원, 외국납부세액이 93,747천원이며, 조세감면규제법에 의하여 기술이전소득의 50％인 312,491천원을 소득공제하고, 외국납부세액 93,747천원을 법인세에서 세액공제하여 법인세를 신고하였으며, 외국납부세액공제는 감면대상소득에 상당하는 외국납부세액을 공제한 금액이 아닌 당초 외국납부세액을 다음 산식에 의하여 산출한 금액을 한도로 계산하는 것이므로, 국외원천소득－(감면대상원천소득×공제·감면비율) 산출법인세액×──────────────────────── 당해사업연도 과세표준

(3) 위 산식에 의하여 청구법인의 1993년 사업연도 외국납부세액에 대한 세액공제액을 계산하면, 624,982,249－(624,982,249×50％) 2,129,424,422×──────────────────＝105,553,019원으로 6,304,189,479 외국납부세액 93,747,330원을 초과하여 외국납부세액 93,747,330원을 한도로 세액공제하여야 함에도, 처분청에서 청구법인이 당초 1993사업연도 법인세 신고시 공제세액 중 46,873,665원을 공제 부인하고 과세한 당초 처분은 잘못이 있다 할 것이다. (같은 뜻, 법인 46012-2111, 1999. 6. 4) 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.