중소기업 특별세액감면이 경정청구시에도 가능한지

○○세무서장이 1999.04.01. 청구법인에게 결정고지한 1996 사업연도 법인세 142,187,690원, 1997 사업연도 법인세 3,762,440원, 합계 145,950,130원의 부과처분은,

1. 1996 사업연도는 특정현금과 예금 익금가산 상여처분액을 154,720,321원으로 하고, 1997 사업연도는 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용하여 그 과세표준과 세액을 결정한다.

2. 나머지 청구주장은 받아들일 수 없어 이를 기각한다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○공단 ○호에서 전자관 제조ㆍ판매업을 영위하고 있는 법인으로, 처분청은 1996연도 중 청구법인의 부외 예금계좌에 입금된 365,033,131원 및 관련 수입이자 1,849,559원을 익금가산하여 그 중 1996연도에 인출된 221,000,000원은 대표자 상여처분하고 인출되지 않은 145,512,810원과 선납법인세 369,880원은 유보로 처분하였고, 인출되지 않고 1997연도로 이월된 금액과 1997연도에 발생한 수입이자 중 1997연도에 인출된 154,054,507원을 익금가산 대표자 상여처분하고 선납법인세 2,138,490원과 다른 이자수입 누락금액 21,400,756원을 익금가산 유보처분 및 1997연도로 이월된 금액 145,515,810원을 손금가산 △유보처분하여 청구법인에게 1996 사업연도 법인세 142,187,690원, 1997 사업연도 법인세 3,762,440원, 합계 145,950,130원을 1999.04.01. 결정고지하고, 같은 날 대표자 상여처분금액에 대하여 소득금액변동통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.05.29. 심사청구하였다.

• 가. 부외 예금계좌 입금액 365,033,131원 중 65,000,000원(이하 “쟁점입금액”이라한다)은 대표자 개인자금을 입금한 것으로서 1996연도 인출액 중 일부를 상환한 것이므로 상여처분금액에서 차감하여야 하고,
• 나. 예금을 인출하여 사외로 유출된 것으로 법인의 순자산이 감소하였으므로 손금가산하여야 함에도 익금가산함은 부당하며,
• 다. 이 건 과세전인 1999.03.31. 경정청구시 1996~1997 사업연도분 기업합리화적립금을 적립한 수 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 신청하였음에도 감면을 배제하고 과세한 처분은 부당하다.

• 가. 대표자 개인자금으로 65,000,000원을 상환하였다고 주장하나, 당초 인출된 금액 221,000,000원에 대한 상환으로 볼 수 없고, 개인예금이 인출된 은행이 법인 거래은행의 인근은행이며 개인 자금원에 대한 증빙이 없어 청구주장이 신빙성이 없고,
• 나. 부외예금은 법인의 자산으로 계상하여야 하는 것으로 자산의 증가에 해당함에도 청구법인이 이를 자산으로 계상하지 아니하여 익금가산하였으며, 동 예금계좌에서 인출된 221,000,000원의 사용처를 청구법인이 입증하지도 않으면서 손금에 가산하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없으며,
• 다. 당초 당해 과세기간의 법인세 과세표준 신고시 조세감면구제법 시행령 제7조의 규정에 의하여 중소제조접 등에 대한 특별세액감면을 신청하지 않았고, 기업합리화적립금도 적립하지 아니하였으므로, 동 감면을 배제하고 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점입금액이 기 인출된 금액을 회수한 것인지와 예금 사외유츨금액이 손금가산사항인지 및 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 경정청구에 의하여 적용받을 수 있는지에 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제9조 【각 사업년도의 소득】 제1항에서『내국법인의 각 사업연도소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.』라고 규정하고, 제2항에서『제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.』라고 규정하였으며, 제3항에서는『제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순 자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다.』라고 규정하고 있다. 조세감면규제법 제7조 【중소제조업 등에 대한 특별세액 감면】 제1항에서『제조업ㆍ부가통신업ㆍ연구 및 개발업ㆍ방송업ㆍ엔지니어링사업ㆍ정보처리 및 컴퓨터의 운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.』라고, 제3항에서『제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.』라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제7조 【중소제조업 등에 대한 특별세액 감면】 제4항에서『법 제7조의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 감면받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 총리령이 정하는 세액감면신청서를 소관사무서장에게 제출하여야 한다.』라고 규정하고 있다. 국세기본법 제45조 의 2 【정정 등의 청구】 제1항에서『과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세력의 결정 또는 정정을 관할세무서장에게 요구할 수 있다.』라고 규정하고, 제1호에서『과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때』를 열거하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 처분청은 1996연도 중 청구법인의 부외 예금계좌(○○은행 ○○지점 계좌번호 000-00-000000)에 입금된 365,033,131원 및 관련 수입이자 1,849,559원을 익금가산하여 그 중 1996연도에 인출된 221,000,000원은 대표자 상여처분하고 인출되지 않은 145,512,810원과 선납법인세 369,880원은 유보로 처분하였고, 인출되지 않고 1997연도로 이월된 금액과 1997연도에 발생한 수입이자 중 1997연도에 인출된 154,054,507원을 익금가산 대표자 상여처분하고 선납법인세 2,138,490원과 다른 이자수입 누락금액 21,400,756원을 익금가산 유보처분 및 1997연도로 이월된 금액 145,512,810원을 손금가산 △유보처분하여 청구법인에게 1996 사업연도 법인세 142,187,690원, 1997 사업연도 법인세 3,762,440원을 과세하고, 같은 날 대표자 상여처분금액에 대하여 소득금액변동통지하였음이 결정결의서 등 관련서류에 의하여 확인된다. (나) 위 부외 예금게좌에 입금된 금액 중 65,000,000원은 대표자 조○○의 ○○은행 ○○지점의 계좌(000-000000-00-000)에서 32,000,000원이 12,000,000원 및 20,000,000원의 수표 2매(각 동 지점발행 수표번호 바가10620137 및 바가10620210)로, 동인의 ○○증권 ○○지점 계좌(000-00-000000)에서 33,000,000원이 1,000,000원권 수표 3매(○○은행 ○○지점 발행 수표번호 자가34080648, ○○은행 ○○지점 발행 수표번호 자가88769946 및 자가88769947)와 10,000,000원원 수표 3매(○○은행 ○○지점 발행 수표번호 바가11044645~7)로 각각 출금되어 입금된 것임이 ○○은행 ○○지점장의 입금증명원과 ○○은행 ○○지점장의 사실증명원 및 계좌사본 등에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 제조업 영위 중소기업에 해당함이 1996~1997 사업연도 법인세 신고서상 중소기업검토표에 의하여 확인되고 이에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. (라) 청구법인아 1999.03.31. 제출한 1996~1997 사업연도분 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구서에는 중소제조업 등에 대한 특별세액감면신청서가 첨부되어 있고, 기업합리화적립금이 적립되어 있으며, 동 경정청구 내용은 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용하여 달라는 것임을 알 수 있다.

(2) 판단 (가) 청구주장 “가”에 대하여 부외 예금계좌(○○은행 ○○지점 계좌번호 000-00-00000)에 입금된 금액 중 65,000,000원은 대표자 조○○의 ○○은행 ○○지점의 계좌(000-000000-00-000)에서 32,000,000원이 12,000,000원 및 20,000,000원의 수표 2매(각 동 지점발행 수표번호 바가10620137 및 바가10620210)로, 동인의 ○○증권 ○○지점 계좌(000-00-000000)에서 33,000,000원이 1,000,000원권 수표 3매(○○은행 ○○지점 발행 수표번호 자가34080648, ○○은행 ○○지점 발행 수표번호 자가88769946 및 자가88769947)와 10,000,000원권 수표 3매(○○은행 ○○지점 발행 수표번호 바가11044645~7)로 각각 출금되어 입금된 것임이 확인되므로 쟁점입금액을 상여처분금액에서 차감하여야 한다는 청구주장이 신빙성이 있다고 보아진다. (나) 청구주장 “나”에 대하여 부외 예금계좌에서 인출된 221,000,000원을 손금으로 인정받기 위해서는 인출된 금액이 법인의 손금으로 사용되었음을 입증하여야 하는 것으로, 이의 입증을 제시함이 없는 경우에는 인출된 금액을 손금에 가산할 수 없는 것인바, 예금을 인출하여 사외로 유출된 경우 법인의 순자산이 감소하였으므로 손금가산하여야 함에도 익금가산함은 부당하다는 청구주장은 법리를 오해한 잘못이 있다고 할 것이므로 받아들일 수 없다. (다) 청구주장 “다”에 대하여 청구법인은 제조업의 영위 중소기업에 해당하며 이에 대하여는 다툼이 없고, 중소제조업 등에 대한 특별세액감면은 조세감면규제법 제7조 및 동 시행령 제7조의 규정에 의한 감면신청서를 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 제출하는 경우에도 그 요건만 충족하면 적용하는 것(재일46011-3045, 1996.11.01. 등 다수 같은 뜻)으로, 청구법인이 1999.03.31. 1996~1997 사업연도분 중소제조업 등에 대한 특별세액감면신청서를 첨부하고 기업합리화적립금을 적립하여 경정청구를 하였는바, 1996 사업연도분은 경정청구 기간을 도과하여 청구하였으므로 이에 대한 세액감면을 배제함은 타당하다고 할 것이나, 1997 사업연도분에 대하여도 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 배제하고 과세한 처분청의 처분은 잘못이라고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.