조업중단으로 폐업상태인 경우 결손금소급공제에 의한 법인세의 환급 해당여부

○○세무서장은 청구법인이 1998. 1. 1∼1998. 12. 31 사업연도의 법인세과세표준신고시 신청한 직전사업연도의 법인세 42,568,400원의 결손금소급공제신청에 대하여 이를 환급결정한다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 선박제조업을 영위하는 법인으로 1997. 1. 1∼1997. 12. 31사업연도에 과세표준을 223,169,922원으로 하여 법인세 44,867,380원(감면세액공제하고 가산세포함된 금액임)을 납부하고, 거래처의 부도로 조업이 중단되어 1998. 1. 1∼1998. 12. 31사업연도에 973,078,608원의 결손금이 발생한 것으로 1999. 3. 31 법인세과세표준 신고를 하면서 직전사업연도에 납부한 법인세 42,568,402원의 결손금소급공제의 환급신청을 하였으나 처분청은 환급결정을 하지 아니하였고, 청구법인은 이에 불복하여 1999. 6. 1 심사청구를 하였는 바, 청구법인이 1999. 3. 31 환급신청한 법인세 42,568,402원을 즉시 환급결정하지 아니함은 환급신청 거부처분에 해당한다 할 것이며 신고기일로부터 90일 이내인 1999. 6. 1 청구한 이 건 심사청구는 적법한 심사청구라 할 것이므로 본안을 심리한다.

청구법인은 거래처인 청구외 ○○조선공업주식회사(이하 “○○조선공업”이라 한다)로부터 선박선체를 주문받아 납품하는 중소기업으로 ○○조선공업에서 받은 어음 19억원의 부도로 조업이 중단되어 1998. 1. 1∼1998. 12. 31사업연도에는 결손금이 발생하였고 이에 대한 법인세과세표준신고를 하였으며 이후 휴업 및 폐업신고를 하거나 세무서에서 직권으로 사업자등록을 취소한 사실도 없으며, 1998년도 부가가치세신고 및 법인세신고 등 제반 신고의무를 이행하였고 1999. 1기의 부가가치세 예정신고도 마치고 우선채권확보 등 회사살리기에 총력을 기울이고 있으므로 직전 사업연도에 이익이 발생하여 납부한 법인세에 대하여 결손금소급공제에 의한 환급신청을 하였으나 환급하지 아니함은 부당하다.

청구법인은 ○○조선공업에서 수취한 어음 19억원이 부도된 이후 조업중단으로 폐업상태이므로 결손금 소급공제를 적용할 수 없다.

• 가. 쟁점 결손근소급공제에 의한 법인세의 환급해당여부.
• 나. 관련법령 법인세법 제38조의2 【결손금소급공제 의한 환급】제1항에서 『대통령령이 정하는 중소기업은 각 사업연도에 제9조 제4항의 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 부과된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제8조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다』고 규정하고, 제2항에서 『제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 법인은 제26조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다』고 규정하고 있으며 제3항에서 『납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다』고 규정하고 있고, 제4항에서 『제1항 내지 제3항의 규정은 당해 법인이 제26조의 규정에 의한 신고기한내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 적용한다』고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제100조의2【결손금소급공제에 의한 환급세액의 계산】제1항에서 『법 제38조의 2 제1항에서 “대통령령이 정하는 법인세액”이라 함은 법 제8조의 규정에 의한 직전 사업연도의 과세표준금액에 제22조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 “직전 사업연도 법인세액”이라 한다)을 말한다. 다만, 직전사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액을 직전 사업연도 법인세로 한다』고 규정하고 있다. 국세기본법 제51조 제1항 에 의하면 『세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1997. 1. 1∼1997. 12. 31사업연도와 1998. 1. 1∼1998. 12. 31사업연도의 법인세과세표준 및 세액신고를 아래와 같이 신고하였고, (법인세과세표준신고 및 결정내역) 사업연도 과세표준표 산출세액 감면세액 총결정세액 1997.01~12 223,169,922 50,487,578 7,919,176 44,867,384(가산세포함) 1998.01~12 △973,078,608 0 0 3,574,974(감면추가납부세액) 청구법인은 1997. 1. 1∼1997. 12. 31사업연도에는 이익이 발생하여 법인세를 납부하였고, 1998. 1. 1∼1998. 12. 31사업연도에는 조업중단으로 결손금이 발생하여 과세표준을 △973,078,608원으로 신고하면서 결손금 소급공제 신청을 하였고, 중소기업에 해당된다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구법인이 조업중단으로 폐업상태이므로 결손금소급공제의 사유에 해당하지 아니한다고 하여 결손금소급공제의 환급신청에 대하여 환급결정을 하지 아니하므로서 소급공제의 환급의 사유에 해당하는지에 다툼이 있으므로 이에 대하여 살펴본다. 결손금의 공제방법은 법인세법 제8조 의 규정에 의한 이월공제방법과 소급공제방법이 있는 바 소급공제제도는 이월공제방법의 적용을 못하는 경우의 보완적인 기능이 있다고 할 것이고, 청구법인의 경우 1999. 1기 부가가치세 예정신고도 하였고 1999. 5. 11 발급된 사업자등록증명원으로 볼 때 결손금소급공제 신청일 현재 정상사업자로 판단되고, 청구법인의 경우 당해 사업연도와 직전 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 신고기한내에 신고하였고 중소기업에 해당하므로 직전사업연도의 소득에 부과된 법인세액을 한도로 결손금소급공제의 환급신청을 할 수 있는 것이고 청구법인이 신청한 결손금소급공제는 적법하다 할 것이므로 조업중단으로 인한 폐업상태라 하여 결손금 소급 공제의 신청을 환급결정을 하지 아니한 처분은 잘못이라고 판단된다. 따라서 이건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.