취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하는지 여부

○○세무서장이 1998.12.18 청구법인에게 경정고지한 1997사업연도 법인세 113,635,810원의 부과처분은 이를 취소합니다.

○○세무서장은 청구법인이 1995.05.16 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 임야 15,449㎡와 같은곳 ○○번지외 1필지 과수원 17,625㎡ 계 33,074㎡의 33,074분의 24,801(이하 “쟁점토지”라 한다)를 학교법인 ○○학원으로부터 600,400,000원에 취득한 사실에 대하여 재점토지가 비업무용부동산에 해당한다고 보아 1995~1997사업연도 지급이자 616,669,698원을 손금불산입하여 1997사업연도 법인세 과세표준과 세액을 경정하고 1998.12.18 청구법인에게 해당세액 113,635,810원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.01.30 이의신청을 거쳐 1999.05.13 심사청구하였다.

쟁점토지는 1994.07.12 학교시설경정지에서 해제되어 1995.05.16 취득당시 도시계획상 자연녹지지역으로 지정된 토지로서 10,000㎡이하의 규모로 연립주택을 신축할 수 있었으나, 1996.05.11 2016년 ○○도시기본계획 수립으로 토지이용계획상 주거용지로서 도시의 건전한 발전과 공공시설의 확충을 위하여 개별법에 의한 개발을 지양하고 계획적인 개발을 도모하기 위하여 건축허가를 제한하고 있음이 ○○시 토지이용 관련 질의에 대한 회신공문에 의하여 확인되므로 쟁점토지는 취득후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 경우임에도 비업무용부동산으로 보아 관련지급이자를 손금불산입한 처분은 부당하다.

청구법인이 쟁점토지를 취득하기 위하여 1989.11.16 학교법인 ○○학원과 매매계약을 체결하고 1995.05.16 잔금을 청산하였으나 쟁점토지가 학교시설지인 관계로 1995.05.16 토지거래허가를 득하지 못하였으며, 쟁점부동산이 학교시설부지에서 해제된 이후 1996.02.14 매매계약서를 재작성하여 토지거래허가를 득한 후 청구법인 명의로 소유권이전등기를 경료한 사실로 보아 잔금청산일인 1995.05.16 취득당시 학교시설부지인 쟁점토지를 취득하여 취득시부터 건축이 제한된 토지에 해당되고, 쟁점토지를 취득한 날로부터 3년이 경과한 1998.07.16에 주택사업계획승인신청을 관계기관에 하였는 바, 취득당시부터 건축이 불가능한 토지를 취득하였으므로 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 관련지급이자를 손금불산입하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되는지 여부
• 나. 관련법령 법인세법 제18조 의 3 【지급이자의 손금불산입】 제1항 제1호에 의하면 “당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.”고 규정하고 같은법 시행령 제43조의 2 【지급이자의 손금불산입】 제1항 제1호에서는 “법 제18조의 3 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산을 말한다.”고 열거하고 있다. 같은법 시행규칙 제18조 【지급이자 손금불산입】 제3항에서는 “영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 비업무용부동산 등이라 함은 부동산을 취득한 후 6월 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산”이라고 규정하고 있고, 제3항 제12호 나목에서는 “주택신축판매업을 영위하는 법인이 취득한 주택신축용 토지로서 당해 부동산을 취득한 후 3년이 경과되지 아니한 것을 제외한다.”고 규정하고, 제4항 제1호에서는 “당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(그 사용이 금지 또는 제한된 기간을 말한다)과 문화재보호법에 의하여 지정된 보호구역안의 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 먼저 사실관계를 살펴본다. 쟁점토지의 등기부등본을 보면 쟁점토지가 학교법인 ○○학원 명의에서 1996.02.14 매매를 원인으로 1996.04.03 청구법인 명의로 소유권이전등기된 사실이 확인되고, 1989.11.16 작성된 것으로 기재되어 있는 『부동산매매계약서』를 보면 청구법인과 청구외 ○○○은 쟁점토지를 학교법인 ○○학원으로부터 800,400,000원에 취득하기로 1989.11.16 매매계약을 체결하고 계약당일 100,000,000원, 1990.03.26 100,000,000원, 1990.11.22 400,000원, 1991.04.30 100,000,000원, 1991.07.02 50,000,000원, 1991.09.27 300,000,000원을 지급하기로 약정하고, 제9항에서 매도인은 쟁점토지가 학교시설결정지이므로 학교시설결정지에 해지시에 잔금 150,000,000원을 수령하고 등기관계 일체서류를 제공한다고 기재되어 있고, 쟁점토지가 ○○도 고시 제160호(1994.07.12)에 의거 도시계획시설(학교: ○○대학교) 폐지 결정고시 된 사실이 ○○시장의 『도시계획관련 질의에 대한 회신공문』에 의하여 확인되며, 청구법인은 쟁점토지 잔금조로 1995.05.16 150,000,000원을 학교법인 ○○학원에 지급한 사실이 예금입금의뢰서(무통장입금 겸용)에 의하여 확인된다. 청구법인은 1994.06.18 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 주택건설사업자로 등록한 사실이 ○○도지사의 『주택건설 사업자등록증』에 의하여 확인되고, 토지이용계획 질의에 대한 회신(도시 58400-420, 1996.07.31)을 보면 마산시장은 “쟁점토지 일원의 토지이용에 관한 사항에 대하여 해당지역은 현 도시계획상 자연녹지 지역이며, 우리시 도시기본계획상 주거용지로서 장래에는 택지로 활용할 토지로서 해당토지를 비롯한 자연녹지 지역내의 토지는 토지이용 제고를 위하여 앞으로 공영개발 또는 율구만을 비롯한 매립사업과 관련하여 부분적 개발은 지양하고 전체적인 계획을 수립한 후 주변 계획과 연계하여 개발할 계획이므로 현 시점에서 국지적 공동주택사업 추진은 불가능하다”고 회신하고 있다. 청구법인은 주택신축판매업을 영위하는 법인으로 1989.11.16 학교시설결정지인 쟁점토지를 청구외 ○○○과 공동으로 800,400,000원에 매수하면서 학교시설경정지 해지시에 잔금을 지급한다는 약정에 따라 1990.03월~1991.09월사이에 중도금 550,400,000원을 지급하고, 쟁점토지가 1994.07.12 ○○도 고시 제160호에 의거 학교시설결정지에서 해제됨에 따라 잔금(150,000,000원)을 1995.05.16 청산하고 1996.04.03 청구법인 명의로 소유권이전등기한 사실에 대하여는 청구법인과처분청과 다툼이 없으므로 쟁점토지의 취득시기는 1995.05.16로 봄이 타당하고 쟁점토지는 1995.05.16 당시 자연녹지지역이므로 10,000㎡이하, 건폐율 20%이하로 공동주택(연립주택 및 다세대주택)의 건축이 가능하나, 1996.05.11 2016년 ○○시 도시기본계획 수립으로 토지이용계획상 주거용지로서 도시의 건전한 발전과 공공시설의 확충을 위하여 개별법에 의한 개발을 지양하고 계획적인 개발을 도모하기 위하여 건축허가를 제한하고 있는 사실이 ○○시장의 공문(도시 58407-236)에 의하여 확인되는 바, 주택신축판매업을 영위하는 법인이 취득한 주택신축용 토지는 취득후 3년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산은 비업무용부동산에 해당되나(시행규칙 §18 ③ 제12호), 당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한 된 부동산은 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것(시행규칙 §18 ④ 제1호)이므로 주택신축판매업을 영위하는 청구법인의 경우 쟁점토지 취득시부터 3년되는 날(1998.05.16)까지는 비업무용부동산 판정대상에서 제외되어야 하고, 더구나 청구법인이 쟁점토지를 취득한(1995.05.16) 후 1996.05.11부터 ○○시의 도시기본계획으로 건축이 제한되어 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 경우에 해당되므로 비업무용부동산에 해당되지 아니함에도 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 관련지급이자를 1997사업연도에 익금산입한 당초처분은 사실관계조사를 소홀히 한 그릇된 처분이라고 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.