주택조합에 국민주택건설용지의 양도시 특별부가세 감면을 배제한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 지류 제조업을 영위하는 영리법인으로, 청구법인이 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 외 13필지 공장부지 16,165㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1998.06.11. 청구외 ○○조합(이하 “○○조합”이라 한다)에 국민주택건설용지로 양도하고 1999.03월 1998년 사업연도 법인세 신고시 쟁점토지의 양도에 대한 특별부가세를 신고ㆍ납부한 후, 1999.04.16. 쟁점토지의 양도에 대하여 신고ㆍ납부한 특별부가세 중 50%(1,961,261,093원)를 감면하여 줄 것을 처분청에 경정청구하였으며, 처분청은 청구법인의 경정청구에 대하여 1999.04.17. 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.05.03 심사청구하였다.

청구법인이 쟁점토지를 ○○조합에 양도하기로 계약할 당시(1997.05.03.)의 조세감면규제법 제66조에 국민주택건설용지를 ○○조합에 양도하는 경우에는 특별부가세의 50%를 감면하도록 규정하고 있어 계약당시의 법만 믿고 계약을 하였는데 계약 진행중의 법 개정으로 인하여 감면대상에서 제외된다는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되고 법적안전성을 저해하여 국민의 생활에 막대한 손해를 끼치는 것이므로, 쟁점토지의 계약일 당시의 조세감면규제법을 적용하여 쟁점토지의 양도에 대한 특별부가세의 50%는 감면되어야 한다.

청구법인의 쟁점토지 양도시기는 1998.06.11.이며, 양도 당시의 조세감면규제법에서 국민주택건설용지를 주택건설등록업자ㆍ사원용 임대주택 건설업자 또는 기숙사 건설자에게 양도하는 경우에 한하여 감면하도록 규정하고 있으므로, 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 1998.01.01. 이후 주택조합에 국민주택건설용지로 양도한 것에 대하여 특별부가세 감면을 배제한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제59조 의 2 및 같은법 시행령 제124조의 2 제13항에서 “토지의 양도시기는 소득세법 시행령 제162조 규정을 준용한다”라고, 소득세법 시행령 제162조 제1항 에서 양도시기를 “당해 자산의 대금을 청산한 날”이라고 규정하고 있다. 조세감면규제법 제66조 【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】 제1항에서 『내국인이 다음 각 호의 1에 해당하는 건설용지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)로서 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25에 상당하는 세액을 감면한다(1998.04.10. 개정)』라고 규정하면서, 제1호에서 『주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설업자(동조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록이 면제된 경우를 제외하며, 이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지.(1997.12.13. 개정)』를 열거하고 있다. 부칙(1997.12.13. 법률 제5417호로 개정된 것) 제1조 【시행일】 본문에서 “이 법은 1998년 01월 01일부터 시행한다”라고, 제5조 【양도소득 등에 관한 적용례】 본문에서 “이 법중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다”라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점토지를 주택건설촉진법 제6조 제1항 단서의 규정에 의하여 주택건설업등록이 면제된 ○○조합과 1997.05.03. 매매계약을 체결하여 1998.06.11. 잔금을 받고 1997.05.07. 매매를 원인으로 1998.06.27. 소유권 이전등기하였으며, 쟁점토지의 양도시기가 잔금청산일인 1998.06.11.임에는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 주택조합에 양도하기로 계약할 당시(1997.05.03.)의 조세감면규제법 제66조에 국민주택건설용지를 ○○조합에 양도하는 경우에는 특별부가세의 50%를 감면하도록 규정하고 있어, 계약당시의 법만 믿고 계약을 하였는데 계약 진행중의 법 개정으로 인하여 감면대상에서 제외된다는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되고 법적안전성을 저해하여 국민의 생활에 막대한 손해를 끼치는 것이므로, 쟁점토지의 계약일 당시의 조세감면규제법을 적용하여 쟁점토지의 양도에 대한 특별부가세의 50%는 감면되어야 한다고 주장하고 있다.

(3) 특별부가세는 토지 등의 양도시에 납세의무가 성립되는 것으로 양도 당시의 법에 의하여 과세 여부 및 납세의무의 범위가 결정되는 것이므로, 양도 당시의 개정법이 적용된다 하여 이를 소급과세라 볼 수 없는 것인 바(같은 뜻. 대법 97누13191, 1997.12.12), 청구법인은 쟁점토지를 1998.06.11. 양도하였고, 1997.12.13. 법률 제5417호로 개정된 조세감면규제법 제66조 제1항 제1호의 규정은 부칙 제1조에서 “개정 법령은 1998.01.01.부터 시행”하며, 부칙 제5조에서 “특별부가세에 관한 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 것부터 적용한다”라고 규정하고 있어, 쟁점토지의 양도와 관련한 조세감면규제법은 1997.12.13. 법률 제5417호로 개정된 조항을 적용하여야 할 것이므로, 청구법인에서 쟁점토지의 계약일 당시의 조세감면규제법을 적용하여 특별부가세를 감면하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없으며, 경정청구를 거부한 처분청의 당초 처분은 정당하다 할 것이다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.