기업합리화 적립금 과소적립에 따른 조세감면을 배제한 처분의 당부

○○세무서장이 1999.03.11 청구법인에 경정고지한 1997사업연도 법인세 19,942,170원은 취소합니다.

○○세무서장은 청구법인이 1997사업연도에 중소기업투자세액공제 18,268,440원과 임시투자세액공제 78,854,140원을 적용하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하고 동 세액공제에 대한 농어촌특별세 19,424,516원을 차감한 77,698,064원에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하여야 함에도 60,000,000원만을 기업합리화적립금으로 적립한 사실에 대하여 과소적립한 금액에 대하여 세액공제를 배제하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고 1999.03.11 청구법인에게 해당세액 19,942,170원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.04.22 심사청구하였다.

청구법인의 1997사업연도 결산시 총투자액의 5%만을 중소기업투자세액공제를 적용하였으나 조세감면규제법의 개정으로 1997.06.03이후 투자액에 대하여는 10%의 임시투자세액공제가 가능하게 됨에 따라 세무조정시 임시투자세액공제를 적용하여 세액감면이 증가되었고 결산업무를 담당하던 경리책임자의 조세감면규제법에 대한 소양부족으로 1997사업연도 총투자액(1,153,910,138원)의 5%에 상당하는 60,000,000원을 기업합리화적립금으로 적립하였고, 과소적립한 금액을 1998사업연도 주주총회시 기업합리화적립금으로 적립하였는 바, 기업합리화 적립금의 적립은 감면이나 소득공제의 사전요건이 아니라 사후요건이고 이익잉여금의 사외유출을 방지하여 이월결손금에 보전하거나 자본에의 전입을 통하여 기업의 재무구조를 개선하는데 그 목적이 있으므로 청구법인의 경우에도 과소적립한 이익잉여금을 유보하고 있다가 1998사업연도 이익잉여금처분시 과소적립액 이상으로 기업합리화적립금을 적립하였음에도 불구하고 과소적립액에 상당하는 금액에 대하여 세액공제를 배제하여 법인세를 경정고지한 처분은 부당하다.

법인이 당해연도의 이익처분에 있어서 그 공제받고자하는 세액에서 당해 공제받고자하는 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 하고, 기업합리화적립금을 적립하여야 할 내국법인이 이를 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 경우에 그 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 부분에 대하여는 그 감면 또는 공제받은 세액을 지체없이 추징하는 것이므로 1997사업연도 법인세 결산서상 처분가능이익이 있음에도 기업합리화적립금을 부족하게 적립하였으므로 부족하게 적립한 금액에 상당하는 공제세액을 추징한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 과소적립한 기업합리화적립금에 상당하는 금액에 대하여 세액공제를 배제하여 법인세로 경정고지한 처분이 맞는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제123조 【기업합리화적립금의 적립】 제1항에서는 “제5조 내지 제7조ㆍ제9조 내지 제11조ㆍ제20조ㆍ제25조 내지 제27조ㆍ제31조 제7항 내지 제9항ㆍ제32조 제8항ㆍ제34조ㆍ제37조ㆍ제45조ㆍ제46조ㆍ제50조ㆍ제51조ㆍ제53조ㆍ제54조ㆍ제88조ㆍ제93조ㆍ제96조 또는 제98조의 규정에 의하여 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업연도의 잉여금처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)에서 당해 공제받은 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.”고 규정하고, 제2항에서는 “제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니한다.”고 규정하고 있으며 같은법 제124조 【감면세액의 추징】 제3호에서 『제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제ㆍ세액공제 또는 세액감면을 받은 거주자가 공제받은 세액에 상당하는 금액을 제123조 제4항의 규정에 의하여 사용하지 아니한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다. 다만, 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.』고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제108조 【기업합리화적립금의 적립 등】 제1항에서는 “법 제123조 제2항 단서에서 대통령령이 정하는 경우라 함은 다음의 경우를 말한다.”라고 규정하고, 제1호에서는 “기업회계상 처분가능이익이 당해연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로써 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못할 경우”와 제2호에서 “내국법인이 당해 과세연도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우”를 열거하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 먼저 사실관계를 살펴본다. 청구법인은 1997사업연도 법인세 과세표준과 세액 신고시 중소기업투자세액공제 18,268,440원과 임시투자세액공제 78,854,140원을 적용하여 신고하였음이 『법인세 과세표준신고서와 세액공제신고서』에 의하여 확인되고, 1998사업연도 임시투자세액공제 364,178,183원, 특정설비투자세액공제 2,450,000원의 감면세액을 적용하여 법인세 과세표준과 세액을 신고한 사실과 1997사업연도에 60,000,000원, 1998사업연도에 390,000,000원의 기업합리화적립금을 적립한 사실이 『이익잉여금처분계산서』 및 『기업합리화적립금명세서』에 의하여 확인된다. 기업합리화적립금의 적립은 내국법인이 세액공제 등을 받은 경우 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제세액 상당액을 사내적립금으로 적립하여 동 세액공제에 상당하는 금액을 사외에 유출시키지 않고 적립하고 있다가 이월결손금의 보전에 사용하거나 자본에의 전입을 통하여 당해기업의 재무구조를 건실화하기 위한 것으로서 내국법인의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 세액공제 등이 증가됨으로써 당해 과세연도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증가된 세액공제만큼 미달하게 적립하고 다음연도의 이익잉여금처분시 그 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하는 경우에는 조세감면규제법 제123조 제2항 단서 및 같은법 시행령 제108조 제1항 제2호, 제3항의 규정에 의하여 증가된 세액공제의 적용을 배제하지 않는 것(법인 46012-434, 1997.02.12)인 바, 청구법인의 경우 1997.06.03 조세감면규제법 시행령 제24조 제1항의 개정으로 투자액의 10%에 해당하는 임시투자세액공제가 가능함에 따라 결산확정후 세무조정과정에서 임시투자세액공제액이 증가되었음에도 업무착오로 종전의 중소기업투자세액공제액을 적용하여 투자액의 5%(57,695,506원)에 상당하는 60,000,000원을 기업합리화적립금으로 적립하고 1999.03.19 임시주주총회에서 미처분이익잉여금 중 1997사업연도 기업합리화적립금 과소적립액 18,000,000원과 1998사업연도 적립대상금액 321,000,000원을 초과한 390,000,000원을 기업합리화적립금으로 적립함으로써 세액공제에 상당하는 이익잉여금이 사외에 유출된 바 없으므로 처분청이 1997사업연도에 미달하게 적립한 금액에 대하여 세액공제를 배제한 당초처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.