이미 납세의무가 성립된 것이 아니므로 특별부가세 감면율 50%를 적용할 수 없으며, 사회간접자본투자금을 손금에 산입한 법인이 최저한세의 적용으로 손금에 산입하지 아니한 준비금상당액은 추가로 손금에 산입할 수 없음
이미 납세의무가 성립된 것이 아니므로 특별부가세 감면율 50%를 적용할 수 없으며, 사회간접자본투자금을 손금에 산입한 법인이 최저한세의 적용으로 손금에 산입하지 아니한 준비금상당액은 추가로 손금에 산입할 수 없음
○○세무서장이 청구법인에게 1999.03.16 결정고지한 1993.01.01~1993.12.31 사업년도 법인세 9,459,360,250원과 1999.04.15 결정고지한 1994.01.01~1994.12.31사업년도 법인세 31,514,399,930원 및 동 농어촌특별세 1,112,757,080원, 1995.01.01~1995.12.31사업년도 법인세 15,266,407,590원 및 동 농어촌특별세 424,151,920원, 1996.01.01~1996.12.31사업년도 법인세 4,732,001,700원 및 동 농어촌특별세 85,123,830원, 1997.01.01~1997.12.31 사업년도 법인세 1,939,457,220원 및 동 농어촌특별세 40,885,200원의 각 부과처분은
1. 각 사업년도의 매출원가로서 손금부인한, 1993.01.01~1993.12.31 사업년도분 14,124,601,143원(특별부가세의 과세표준계산에 있어서는 13,951,106,459원), 1994.01.01~1994.12.31 사업년도분 67,404,313,685원, 1995.01.01~1995.12.31 사업년도분 39,918,880,921원, 1996.01.01~1996.12.31 사업년도분 15,481,139,221원, 1997.01.01~1997.12.31 사업년도분 4,708,431,151원을 각각 각 사업년도의 매출원가로서 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 경정하고,
2. 나머지 청구는 이를 기각한다.
청구법인은 다목적댐건설ㆍ관리, 광역상수도 시설ㆍ관리, 국가산업단지ㆍ신도시 건설을 목적으로 설립된 정부투자 공공법인으로서, ○○개발사업을 하고 있다. 동 ○○개발사업은 1단계사업으로 ○○공업단지조성사업(이하 “1단계사업”이라 한다)과 2단계사업으로 ○○지구산업도시와 농경지조성사업(이하 “2단계사업”이라 한다) 및 이들을 연결하는 ○○방조제건설로 구성되어 있는 바, 1985.12.07 건설부는 1단계사업은 1985년부터 1990년까지의 사업으로 하고 2단계사업은 1단계사업 완료 후 시행하도록 하는 내용의 ○○지구개발계획안을 수립하였고, 1단계사업은 1986.09.27 건설부고시 제424호의 산업단지지정고시(개발계획승인)와 1986.12.12. 건설부고시 제577호의 실시계획승인고시로 개발에 착수하게 되었으며, ○○방조제건설은 1단계사업에 포함하여 건설하게 되었다. 이에 따라 청구법인은 1987.06.01부터 ○○방조제건설공사에 착수하게 되었고, 1990년도부터 1단계사업에 따른 분양을 시작하였으며, ○○방조제건설원가의 각 단계별 사업에 배부함에 있어 각 ‘사업(용도)별편익기준’에 의하여 1990년도에는 1단계사업과 2단계사업에 50: 50으로, 1995~1997년도는 50: 50으로, 1991~1994년도는 회계추정변경의 사유가 발생한 것으로 보아 100: 0으로 하여 법인세(특별부가세 포함) 과세표준 및 세액을 신고납부하였다. 처분청은 1단계사업과 2단계사업의 공통원가인 ○○방조제건설 원가를 각 사업에 배부함에 있어 청구법인이 택한 용도별편익기준에 의한 방법은 불합리하다하여 ‘공사비절감편익기준’에 의해 1단계사업과 2단계사업에 20: 80의 비율로 다시 계산하여 매출원가 과다계상액 141,637,366,121원(1993년 14,124,601,143원, 1994년 67,404,313,685원, 1995년 39,918,880,921원, 1996년 15,481,139,221원, 1997년 4,708,431,151원으로 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 손금불산입 및 1993.01.01~1993.12.31사업년도의 분양수입누락 85,184,574원을 익금에 가산하고, 기타의 사항을 시부인한 후, 1999.03.16에 1993.01.01~1993.12.31 사업년도 법인세 9,459,360,250원을 1999.04.15에 1994.01.01~1994.12.31사업년도 법인세 31,54,399,930원 및 동 농어촌특별세 1,112,757,080원, 1995.01.01~1995.12.31 사업년도 법인세 15,266,407,590원 및 동 농어촌특별세 424,151,920원, 1996.01.01~1996.12.31 사업년도 법인세 4,732,001,700원 및 동 농어촌특별세 85,123,830원, 1997.01.01~1997.12.31 사업년도 법인세 1,939,457,220원 및 동 농어촌특별세 40,885,200원을 각각 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.04.21 심사청구하였다.
1. 당초 ○○지구 개발에 관한 타당성 조사시 공동시설인 방조제 공사의 원가 배부는 공사비절감편익기준(20:80)이 경제성이 있는 것으로 판단하였으나, 이는 어디까지나 ○○지구개발이 경제성 있는가를 판단하기 위한 것일 뿐 원가배부를 위한 것이 아니였으며, 원가배부를 위하여 88년 12월 외부전문기관인 ○○연구원의 용역 의뢰 결과에 따라 ○○방조제 공사원가를 1단계사업과 2단계사업에 50: 50의 비율로 배부하였고, 또한 1992.07.18 ○○회 경영회계연구원에 ○○방조제 공사비의 합리적인 배부방안에 대하여 용역의뢰한 결과 보고서에서 “방조제사업비의 비용배부는 ○○방조제사업이 계획대로 1,2단계가 진행될 경우에는 용도별편익비율에 의거 50:50으로 배부함이 타당하나, 현상황과 같이 2단계사업의 진행이 유보된 경우에는 1단계사업에 전액(100%) 배부함이 타당하다.” 라고 한 바 있으며, 이 용역보고서가 나오기 전인 1992.04 감사원 정기감사에서 ○○회 용역결과 보고서 내용과 같은 원가배부가 타당하다“ 라고 한 바 있다. 따라서, 용도별 공사비절감 편익비율보다는 경제적 효익(단지조성 외에 얻어지는 용수편익, 교통편익, 관광편익 등)을 고려한 용도별 편익기준 (50:50)으로 배부하는 것이 합리적이다.
2. 1단계사업은 1986.12.29 개발사업을 착수하여 1990년 최초분양이 시작되었으나, 2단계사업은 1992.01.01 제3차 국토종합개발사업계획(1992~2001, 10년간)에서 2단계개발계획이 제외되는 즉 회계추정의 변경(새로운 사건의 발생)사유가 발생되었기에 1단계사업수익에 대한 비용으로 전액 배부하였으며, 1995년도에 와서 2단계사업이 가시화(1995.12.16 자동차 주행시험장 매립사업승인 등)되는 회계추정변경 사유가 발생하였기에 다시 용도별 편익비율(50:50)기준에 의해 배부하였다.
3. 위와같이 원가 배부기준을 정함에 있어 등급별 원가계산의 일종인 용도별편익기준을 선택결정하여 계속성의 원칙에 의거 계속 적용하여 온 것은 수익비용대응 및 재무적 기초를 견고히 하는 안정성 및 보수주의와 계속성의 원칙을 규정한 기업회계원칙에 부합되며, 이 방법을 세법에서 제한하고 있지 않은 이상 이를 부인할 수 없음에도 임의로 부인하고 이건 부과처분함은 국세기본법 제20조 (기업회계 관행기준)의 규정에 반하는 것으로 부당하므로 쟁점금액을 손금(원가에 가산)에 산입하여야 한다.
1. ○○공사에서 실시한 “○○지구개발 타당성 조사 및 기본계획”의 방조제 건설공사에 대한 경제성 검토내용에 의하면, 공동시설 투자비의 용도별 비용부담을 적용은 용도별 공사비 절감편익비율을 기준한 비용부담방식이 적용되어야 할 것으로 결론지은 바 있고, 매출액기준의 공통비 배부가 타당성을 갖기 위해서는 제품별 직접원가의 구성비율이 동일하다는 전제가 있어야 하나 이건의 경우 1단계사업이 전체조성 예정면적에서 차지하는 비율은 12.84%에 불과하고, 1단계사업토지는 개발착수 전부터 토지화(염전,전답등)가 되어 있어 방조제 없어도 개발이 가능한 상태 (단, 방조제가 있으므로서 방수제 높이를 낮게 쌓을수 있기 때문에 얻어지는 공사비절감편익은 있음)였던 점 등 용도별 직접원가(공사비)가 서로 상이하고, 분양가액은 기존의 지역별 경제적 가치가 상이한 조건하에서 결정된 것이라 할 것이므로 공사비 절감편익비율에 의해 1단계사업과 2단계사업에 20: 80의 비율로 배부함이 합리적이다.
2. 1991년도에 확정된 제3차 국토종합 5개발계획에 2단계사업이 미반영되었다고하여 2단계사업이 완전히 취소된 것이 아니며, ○○1단계와 2단계 사업은 별도로 이루어지고 있는 사업이므로 ○○2단계사업이 유보되었다고하여 이를 회계추정의 변경사유로 보아 1단계사업에 전액 원가배부함은 잘못이다.
1. ○○방조제 공사원가의 합리적 배부방법 및
2. 특별부가세 감면율 50% 적용함이 정당한지 여부
3. 사회간접투자준비금의 추가 손금산입이 가능한지 여부를 가리는데 있다.
(1) 관련법령 국세기본법 제20조 는 “국세의 과세표준을 조사ㆍ경정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정하고 있고, 같은조 제3항은 “내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 있고, 기업회계기준 등을 적용 배제하는 예외 규정으로서 위 규정을 위임받은 같은법시행령 제37조의 2에서 「법 제17조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (1996.12.31 개정)
1. 법 및 조세감면규제법에 의한 준비금ㆍ충당금외의 준비금 또는 충당금을 손금으로 계상하는 경우(1994.12.31 개정)
2. 제1호외에 법(법 제17조를 제외한다) 및 조세감면규제법에서 익금과 손금의 귀속 사업년도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 기업회계기준 또는 관행과 달리 규정하고 있는 경우(1994.12.31 개정)
3. 제36조 제1항 제7호의 규정에 의하지 아니하고 장기도급계약에 의한 건설 또는 제조의 손익을 계상하는 경우
4. 제37조의 3ㆍ제37조의 4ㆍ제38조 및 제38조의 2의 규정에 의하지 아니하고 자산 등을 평가하는 경우. 다만, 총리령이 정하는 외화부채 등의 평가에 대하여는 그러하지 아니하다. (1995.12.30 단서신설)
5. 기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금과 손금에 산입함에 따라 그 익금과 손금의 귀속사업연도가 제36조 제1항에 규정하는 귀속사업연도와 다르게 된 경우 (1996.12.31 신설)
6. 제19조 제3항에 규정하는 금융기관 등의 손익귀속 등 기타 기업회계기준 또는 관행의 적용을 배제할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 총리령이 정하는 경우(1996.12.31 호번신설)」의 6가지 경우를 열거하고 있다. 한편, 기업회계기준 제3조 4호는 “회계처리에 관한 기준 및 추정은 기간별 비교가 가능하도록 매기 계속하여 적용하고 정당한 사유없이 이를 변경하여서는 아니된다.”라고 규정하고, 같은조 제6호는 “회계처리과정에서 2이상의 선택가능한 방법이 있는 경우에는 재무적기초를 견고히 하는 관점에 따라 처리하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 같은기준 제82조 제1항은 “회계처리기준 및 회계추정의 변경은 그 변경으로 인하여 재무제표를 보다 적절히 표시할 수 있으며 객관적으로 입증되는 경우 또는 회계규정등에서 새로운 회계처리기준을 채택하거나 기존의 회계처리기준을 폐지함으로 인하여 그 변경이 불가피한 경우에 한하여 할 수 있다.”라고 규정하고, 원가계산 준칙 제6조 4호는 “제조원가는 그 발생의 경제적효익 또는 인과관계에 비례하여 관련제품 또는 원가부분에 직접부과하고 직접부과가 곤란한 경우에는 합리적인 배부기준을 설정하여 배부한다.”, 같은준칙 제16조 제2항은 “부문개별비는 원가발생액을 당해 발생부문에 직접부과하고, 부문공통비는 인과관계 또는 효익관계 등을 감안한 합리적인배부기준에 의하여 관련부문에 배부한다.”라고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 처분청은 ○○방조제 건설사업비를 ‘공사비절감편익기준’에 의해 1단계사업(20%)과 2단계사업(80%)에 배부하여야 한다고 주장하면서 그 근거로 1986.04월 ○○공사의 “○○지구개발 타당성조사 및 기본계획”에서 공사비절감기준으로 배부해야 한다고 결론을 내린 바 있고, 매출액 기준으로 공통비를 배부하기 위해서는 제품별 직접원가의 구성비가 동일하여야 하는데 1단계사업이 전체조성 예정면적에서 차지하는 비율은 12.84%에 불과하고, 1단계사업토지는 개발 착수 전부터 토지화(염전,전답 등)가 되어 있어 방조제 없어도 개발이 가능한 상태였던 점 등 용도별 직접원가(공사비)가 서로 상이하므로 용도별편익기준을 배부기준으로 삼을 수 없고, 또한, 회계추정변경의 사유로 볼 만한 사정도 없다고 하였다. 살펴보면, ○○공사의 “○○지구개발 타당성조사 및 기본계획”은 건설부에서 ○○지구종합개발사업(1단계사업, 2단계사업, ○○방조제건설)을 착수하기 전에 경제성 유무를 판단하기 위하여 의뢰하였던 것으로서, ○○방조제 건설사업비를 공사비절감편익기준을 적용할 경우 1단계사업과 2단계사업중 산업단지조성사업은 경제적타당성이 있고 2단계사업중 농업개발사업은 경제적 타당성이 없으며, 용도별편익기준을 적용할 경우 2단계사업중 산업단지개발사업만 경제적 타당성이 있고 나머지 사업은 경제적 타당성이 없다고 하였음이 확인된다. 그러나, 위와 같이 ○○지구종합개발사업의 경제적 타당성을 인정받았으나 실제 사업시행내용을 보면, 1단계사업만이 산업단지지정고시(1986.09.27 ○○부고시 제424호), 실시계획승인고시(1986.12.12 ○○부고시 제577호) 등을 거쳐 시행되고 있었을 뿐, 2단계사업은 1989.07.01 관계기관 차관회의시 유보되고 1991.12.27 정부 제3차국토종합개발(1992년~2001년)공고에서 제외되는 등 전혀 시행준비조차 되지 아니하다가 1998.11.14 ○○부 제1998-374호로 유보지역으로 고시되기에 이르렀음이 관련서류에 의해 확인되는 바, 이와같이 ○○지구종합개발사업이 동시에 착수되지 못하고 1단계사업을 우선 착수하게 되었으며, ○○방조제 건설사업이 위 1단계사업에 포함되어 진행됨에 따라, 청구법인은 ○○연구원에 1단계사업의 합리적분양방안을 의뢰하였고, ○○연구원은 1988.12 청구법인에게 “○○공업단지 합리적 분양방안 조사연구” 보고서를 제출하였는 바, 그 내용을 보면 “그러나, ○○지구종합개발사업이 동시에 착공되지 못하고 1단계조성사업의 사업계획에 방조제 건설비용이 포함되어 공업단지의 조성원가를 크게 상승시키고, 이에 따라 용지분양가격 또한 상승하는 문제점이 발견되었다. 이 결과 ○○공업단지의 입주업체들만이 방조제 건축에 따른 편익을 전액 부담케 되는 모순이 발생되었다. 본 과업은 방조제 건설비용을 단계별 편익비율에 의해 합리적으로 배분함으로써 ○○공단의 건설사업비를 감소시켜 입주업체들의 부담을 경감시키고 2단계사업과의 연계성을 새롭게 조명하는데 그 목적이 있다.”, “○○공업단지 조성사업은 정부의 투기억제대책과 사업주체가 국고지원없이 대규모 개발사업추진에 따른 투자재원조달상의 위험부담보전 및 재투자재원 확보를 위해 조성원가에 개발이익을 감안한 적정수익이 환수되도록 용지분양가 책정건의”를 하면서 방조제조성원가의 배분을 ‘용도별편익비율’에 의거 1단계사업과 2단계사업에 50: 50으로 배부하였음이 관련서류에 의해 확인된다. 또한, 1989.07월의 관계기관차관회의에서 2단계사업이 유보되고, 1991.12.27 정부제3차국토종합개발(1992년~2001년)에서도 2단계사업이 미반영되자, 청구법인은 1992.07.18 사단법인 ○○회 경영회계연구원에 “○○방조제 공사비의 합리적인 배부방안”에 대하여 용역의뢰하였고, 그 결과 “계획대로 1, 2단계가 진행될 경우에는 ‘용도별편익비율’에 의거 50: 50으로 배부함이 타당하나,”, “그러나 현 상황과 같이 2단계사업의 진행이 유보된 경우에는 1단계사업에 전액(100%) 배부함이 타당하다”라고 한 사실이 관계보고서에 의해 확인된다. 그리고, 1995.12.16 2단계사업에 자동차주행시험장 매립승인 등 2단계사업이 가시화되자, 청구법인은 1995.12.22 ○○회 경영회계연구원에 방조제사업비 배부에 대하여 자문을 하였고, ○○회 경영회계연구원은 답변서에서 1, 2단계사업의 용도별편익기준에 따라 50: 50으로 배부하는 것이 합리적이라고 회신한 사실이 관련서류에 의하여 확인된다. 이러한 사실관계와 관계법령 및 기업회계기준과 원가계산준칙을 종합하여 보면, 첫째, 청구법인은 시화방조제공사원가를 1단계사업과 2단계사업에 배부함에 있어 관계 연구기관에 합리적 원가배부방법을 자문하였고, 그 결과 합리적이라고 판단되는 “용도별편익기준” 에 의하여 배부하여 왔고, 둘째, 위 관계법령에서 살펴 본 바와 같이 법인세법시행령 제37조 의 2에서 열거하고 있는 6가지 예외 사항 외에는 기업회계기준 또는 관행에 따라야 하는 바, 청구법인의 경우 기업회계기준 등의 적용에서 제외할 사유에 해당하지 아니하며, 셋째, 청구법인은 그 주주구성이 국가가 91.7%, 지방자치단체가 6.0%, ○○은행이 2.3%를 소유하고 있는 공공법인인 점, 2단계사업이 시행되는 것을 전제하에 원가배부하던 중 2단계사업이 불투명하게 됨에 따라 재투자재원의 조기회수 필요성 등으로 보아 이익조절을 목적으로 회계추정변경한 것으로는 보이지 않으며, 넷째, 청구법인의 원가배부(용도별편익기준에 의하여 1단계사업과 2단계사업에 50: 50으로 배부하되 2단계사업이 불투명하게 되었을 때 1단계사업에 전액 배부) 방법에 대하여 1992.04월 감사원감사에서 달리 지적받은 바 없고, 오히려 청구법인의 회계처리를 터잡아 1991회계연도에 1단계사업의 공사원가를 과소하게 계상하였음을 지적받은 사실이 관계서류에 의해 확인되고 있는 점에 비추어, 청구법인의 원가배부방법은 기업회계기준의 수익비용대응원칙, 재무적기초를 견고히 하는 안전성의 원칙에 부합하고 있는 것으로 판단되는 반면, 공사비절감편익기준으로 할 경우 ○○지구종합개발사업이 경제성이 있다는 ○○공사의 연구보고서와 매출액기준의 배부가 타당성을 갖기 위해서는 원가부담율이 균일해야 한다는 이유로 청구법인의 원가배부방법을 부인하고 공사비절감편익기준으로 원가부인한 처분청은 관계법령과 청구법인의 동 사업수행과정, 원가배부방법채택 경위 등의 조사를 소홀히 한 것으로 여겨진다. 이 부분, 청구법인의 주장은 이유있다고 판단되므로 쟁점금액을 원가로 손금산입하여 할 것이다.
(1) 사실관계 처분청은 1993사업연도 특별부가세를 경정함에 있어서 ○○지구방조제 공사원가배부를 공사비절감편익기준에 의하여 다시 계산하여 13,951,106,459원(법인소득금액계산시에는 14,124,601,143원인 바, 그 차이는 토지 분양후 면적정산조정에 따른 것임)을 원가에서 제외하고, 분양수입누락액 85,184,574원을 양도가액에 가산한 후, 조세감면규제법(1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 것) 제59조 제5호의 규정에 의거 특별부가세감면비율을 50% 적용하여 1993사업연도 특별부가세 3,186,764,424원을 결정고지한 사실이 관련서류에 의하여 확인된다.
(2) 관련법령 법인세법(1988.12.26 법률 제4020호로 개정되기 전의 것) 제59조의 3 제1항 제14호는 “산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고, 법인세법(1988.12.26 법률 제4020호로 개정되고, 1989.12.30 법률 제4165호로 개정되기 전의 것) 제59조의3 제2항 제4호는 “산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 세액의 100분의 50을 면제한다”고 하면서 그 부칙 제16조는 “이 법 시행당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 종전의 제59조의3 제1항 제14호의 규정에 의한다”라고 규정하고 있고, 1989.12.30 법률개정시 위 구 법인세법 제59조의3 제2항 제4호 가 삭제되고 대신 조세감면규제법(1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 것) 제59조 제5호가 신설되었으며 그 부칙 제1조는 “이 법은 1990.01.01부터 시행한다”라고 규정하고 같은 부칙조 제5조 제1항은 “제59조의 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 것부터 적용한다”라고 규정하고, 같은조 제3항은 “이 법 시행당시 종전의 법인세법 또는 이 법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다』라고 규정하고 있다.
(3) 판단 청구법인은, 구 조세감면규제법 개정시 그 부칙에서 특별부가세 감면에 관하여 개정 구 법인세법상의 비과세 경과조항에 대하여는 이를 폐지하거나 개정하는 규정이 없으므로 1988.12.31 이전의 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지구지정을 받은 지역의 사업시행자인 청구법인이 조성한 ○○지구내 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 특별부가세 3,186,764,424원은 그 양도시기에 관계없이 전액 감면 되어야 한다고 주장한다. 그러나, 조세감면규제법을 개정함에 있어 특별부가세 감면규정에 관하여 조세감면규제법 부칙 제5조 제1항에서 제59조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용한다고 적용례를 분명히 규정하고 있고, 특별히 경과 규정이 없는 한 조세감면규제법(1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 것) 제59조의 시행일인 1990.01.01 부터는 특별법인 조세감면규제법의 규정을 적용받아야 하는 것이며, 같은법 부칙 제5조 제3항에서 “종전의 법인세법의 규정에 의하여 부과하였거나 부과할 특별부가세에 대하여는 종전의 규정에 의한다” 라고 하는 것은, 1990.01.01.현재 이미 납세의무가 성립된 것에 대하여만 구 법인세법에 의하도록 하는 것으로 해석하여야 할 것이므로 산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성된 토지 등을 1990.01.01.이후 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 조세감면규제법(1989.12.30 법률 제4165호로 개정된 것) 제59조의 규정에 의하여 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액만을 감면하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 시화방조제 공사원가 배부차이로 인하여 발생한 세액 상당액은 취소하여야 할 것이나 매출누락으로 발생한 세액 상당액에 대한 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.
(1) 관련법령 법인세법 시행령 제84조 는 ①항은 “법인이 조세감면규제법에 규정된 준비금과 특별감가상각비를 제82조 제3항 제4호에 규정된 세무조정계산서에 손금으로 산입한 경우에는 그 금액을 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한 것으로 한다.”라고 규정하고, 같은조 제2항은 “제1항의 규정은 그 손금에 산입한 금액 상당액을 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금 및 특별감가상각충당금의 적립금으로 적립하고, 당해 준비금 및 특별감가상각충당금을 익금에 산입할 때 그 적립금을 처분하는 경우에 한하여 적용한다.”라고 규정하고 있다. 또한, 조세감면규제법(1995.12.29 법률 제5038호로 개정된 것) 제28조는 “도로ㆍ항만 등 대통령령이 정하는 시설(이하 “사회간접자본”이라 한다)을 건설하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인이 1998.12.31 이전에 종료하는 사업연도까지 투자준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 사업연도에 사회간접자본에 투자한 금액에 100분의 15를 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액에 있어서 이를 손금에 산입한다.
(2) 사실관계 및 판단 청구법인은 1996사업연도에 사회간접자본에 투자한 금액이 358,741,101,514원이고, 준비금의 손금산입한도는 53,811,165,227원이나 법인세 신고시 최저한세 적용에 따른 손금부인액 7,382,725,796원을 차감한 46,428,439,431원만을 세무조정으로 손금산입하였기에, 경정으로 인하여 세액이 증가되어 한도액이 늘어났으므로 당초 신고시 최저한세 적용으로 손금에 산입하지 아니한 7,382,725,796원은 추가로 손금산입되어야 한다고 주장하나, 법인세과세표준 신고시 법인세법시행령 제84조 의 규정에 의한 세무조정방법으로 조세감면규제법 제28조의 사회간접자본투자금을 손금에 산입한 법인이 최저한세의 적용으로 손금에 산입하지 아니한 준비금상당액은 관계법령의 규정에서 확인되는 바와 같이 경정에 의하여 손금산입 한도액이 늘어났다 하더라도 추가로 손금에 산입할 수 없는 것(국세청법인46220-1076-1076, 1999.03.24 같은 뜻임)이므로 이 부분 청구법인의 주장을 받아 들일 수 없다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.