부동산을 비업무용으로 보아 지급이자를 손금불산입한 처분이 맞는지 여부

○○세무서장이 1999.01.12 청구법인에게 경정고지한 법인세 1993사업연도 3,486,450원, 1994사업연도 55,114,500원, 1995사업연도 40,406,360원, 1996사업연도 33,746,760원, 1997사업연도 14,662,320원은

1. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 대지 3,055㎡, 건물 1,624.88㎡ 중 청구법인 지분 3,055분의 396.69를 1996.12.06부터 1997.04.26까지 비업무용부동산에서 제외하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 기각합니다.

○○세무서장은 청구법인이 1993.12.15 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 3,055㎡, 건물 1,624.88㎡ 중 3,055분의 396.69(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 비업무용부동산으로 보아 1993~1997사업연도 지급이자 294,331,668원, 세금과공과 5,304,560원 및 1994~1997사업연도 가지급금인정이자 66,039,619원을 각각 손금불산입하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고 1999.01.12 청구법인에게 법인세 1993사업연도 3,486,450원, 1994사업연도 55,114,500원, 1995사업연도 40,406,360원, 1996사업연도 33,746,760원, 1997사업연도 14,662,320원 계 147,416,390원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.04.06 심사청구하였다.

청구법인은 ○○구 ○○동 ○○번지에서 제조ㆍ도ㆍ소매, 가스ㆍ목재업을 영위하고 있는 법인으로 청구법인 소유 쟁점부동산 중 건물 132.43㎡를 합판출고 사무실 및 창고로 업무에 직접 사용하였으며 78.56㎡는 1,300,000원의 월임대료를 지급받고 청구외 남○○에게 임대하였는 바, 임대료 수입금액이 임대부동산가액의 4.25%를 차지하므로 비업무용부동산에 해당되지 아니함에도 비업무용부동산으로 보아 관련지급이자를 손금불산입한 당초처분은 부당하다.

청구법인은 스스로 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 신고하였고, 임대계약서 외에는 창고 및 출고사무실로 업무에 직접 사용하였다고 인정할만한 근거서류가 없으며, 청구인이 출고사무실로 사용하였다는 2층 사무실은 임대관리사무실로 사용된 것으로 인근의 ○○부동산에 의하여 탐문조사되고 있어 청구법인 지분 전체를 임대에 사용하여 쟁점부동산의 임대수입금액이 기준수입금액에 미달하므로 비업무용부동산으로 보아 관련지급이자를 손금불산입한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 보아 관련지급이자를 손금불산입한 처분이 맞는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제18조 의 3 【지급이자의 손금불산입】 제1항 제1호에서 “당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 바에 의하여 계산한 금액(차입금이자 중 당해 자산에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고 같은법 시행령 제42조의 2 【지급이자의 손금불산입】 제1항에서 “법 제18조의 3 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 다음 각호의 부동산을 말한다.”라고 규정하고, 제1항에서 “부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”이라고 열거하고 있으며, 제3항에서는 “제1항의 규정에 의한 비업무용부동산 등의 판정기준에 관하여는 총리령으로 정한다.”라고 규정하고 있다. 같은법 시행규칙 제18조 【지급이자의 손금불산입】 제3항에서는 “영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 비업무용부동산 등이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.”라고 규정하고 있다. 1.~10.(생략)

11. 임대(전세권 또는 지상권설정계약에 의한 부동산의 사용을 포함한다)에 쓰이고 있는 부동산으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것

• 가. 1년간의 수입금액에 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달하는 부동산 중 다음의 것을 제외한 부동산 (1) 소득세법 시행령 제156조 의 규정에 의한 고급주택외 주택 및 그 부속토지

(2) 법령의 규정 또는 법령에 의한 주무부장관의 승인 등에 의하여 임대료가 제한된 부동산

(3) 공장을 경영하는 자가 당해 공장의 일부를 임대하여 준 경우의 임대한 공장용 건축물과 그 부속토지

(4) 토지와 건축물의 소유자가 다른 경우 당해 건축물의 부속토지

• 다. 사실관계 및 판단 먼저 사실관계를 살펴본다. 쟁점부동산의 등기부등본을 보면 쟁점부동산이 1993.12.15 청구외 손○○으로부터 청구법인에게 소유권이전등기된 사실, 1997.04.26 쟁점부동산 중 3,055분의 224.7934가 청구외 남○○에게, 3,055분의 158.6777이 청구외 남○○에게, 3,055분의 13.2231이 청구외 남○○에게 각각 소유권이전등기된 사실이 확인되고, 쟁점부동산상에는 1층 정비차고 239.67㎡, 지층 120.73㎡(점포, 보일러실), 1층 165.12㎡(소매점), 2층 165.12㎡(사무실), 옥탑 19.11㎡, 지하실 85.95㎡, 1층 264.46㎡(소매점), 2층 264.46㎡(사무실), 3층 300.26㎡(교회 및 옥탑), 계 1,624.88㎡의 건물(3개동)이 있는 것으로 『건축물관리대장 및 등기부등본』에 의하여 확인되며, 청구법인은 1994.01~1997.04월까지 매월 1,300,000원의 임대료를 지급받고 쟁점부동산을 공동소유자인 남○○에게 임대한 사실이 『임대차계약서 및 법인의 수입금액명세서』에 의하여 확인된다. 또한 청구법인이 1995사업연도 장부가액이 824,016,340원이고, 기준시가가 1,255,785,078원인 쟁점부동산을 비업무용으로 보아 장부가액을 기준으로 계산한 지급이자 1994사업연도 3,312,900원, 1995사업연도 112,917,311원, 1996사업연도 128,510,715원, 1997사업연도 70,875,745원을 각각 손금불산입하여 법인세 과세표준과 세액을 신고한 사실이 『보유토지명세서』 및 『법인세 과세표준 및 세액 경정결의서』에 의하여 확인되며, 청구법인의 건축허가 불허확인요청에 대하여 ○○구청장은 “쟁점부동산의 토지에 대하여 ○○시 고시 제330호(1996.12.06)에 의거 도시계획입안 예정지로 상세계획확정시까지 건축허가가 불가하다”고 회신한 사실이 『관련공문(건축 58550-1131, 1997.07.02)』에 의하여 확인되며, ○○구청장은 1996.08.05 청구법인의 대표이사인 남○○외 1인에게 쟁점토지에 석유판매업(주유소)을 허가한 사실이 ○○구청장의 관련공문(산업57222-1961, 1996.08.05)된다. 비업무용부동산이라 함은 부동산을 취득한 후 6월이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산을 말하고, 임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달하는 부동산은 비업무용부동산에 해당되고, 손금불산입되는 지급이자를 산정함에 있어서 자산가액의 합계액은 취득가액이나 당해 사업연도 종료일 현재의 장부가액 또는 기준시가 중 많은 금액으로 하는 것(법인세법 시행령 제43조 의 2 제4항, 제5항)인 바, 청구법인은 1995사업연도 기준시가로 1,225,785,078원인 쟁점부동산을 청구법인의 대표이사에게 월 1,300,000원에 임대한 것으로 법인세 수입금액을 신고하고 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 보아 장부가액을 기준으로 계산한 1994~1997사업연도 지급이자를 스스로 손금불산입하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하였는데, 청구법인은 쟁점부동산의 일부는 직접 업무용에 사용하였고 임대한 부분은 임대수입금액이 기준수입금액을 초과하므로 비업무용부동산이 아니라고 주장하고 있으나, 청구법인 소유 쟁점부동산 중 132.43㎡를 합판출고사무실 및 창고료 업무에 직접 사용하였다고 인정할만한 근거서류가 전혀 없고, 청구법인이 업무에 직접사용하였다는 2층도 임대관리사무실로 사용하였다고 인근 부동산중개인의 탐문조사되고 있으며, 청구법인이 신고한 임대수입금액이 기준시가로 계산한 쟁점부동산가액의 1.3%에 불과하여 기준수입금액에 미달하므로 취득시부터 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 보아 장부가액과 취득가액 및 기준시가 중 가장 많은 금액인 기준시가를 기준으로 계산한 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분은 적법하고 달리 잘못이 없다. 다만, 당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산은 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것인 바(법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호), ○○구청장이 1996.08.05 쟁점토지상에 석유판매업(주유소)을 허가하였음에도 ○○시 고시 제330호(1996.12.06)에 의하여 도시계획입안예정지로 건축허가가 불가능한 사실이 ○○구청장의 관련공문에 의하여 확인되고 있는 이건의 경우, 취득후 법령에 의하여 사용이 제한된 경우에 해당되므로 도시계획고시일(1996.12.06)부터 양도일인 1997.04.26까지는 비업무용부동산에서 제외하여 비업무용부동산 관련 지급이자 손금불산입액을 재계산함이 타당하다. 따라서 이건 심사청구는 청구주장 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.