주택신축판매업을 영위하는 법인의 보유토지를 유예기간 내에 업무에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 과세한 처분의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 주택신축판매업을 영위하고 있는 법인으로, 처분청은 청구법인에 대한 법인세를 경정하면서 청구법인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 4,162㎡(이하 “쟁점1 토지”라 한다), 쟁점1 토지 지상 건물 2,297.04㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다), 같은 곳 620 답 644㎡(이하 “쟁점2 토지”라 한다), 같은 곳 ○○번지 및 ○○번지 대지 145㎡(이하 “쟁점3 토지”라 하고, 쟁점1ㆍ2ㆍ3 토지 및 쟁점건물 전체를 “쟁점부동산”이라 한다)를 1993.05.04. 취득 후 3년 이내에 업무용으로 사용하지 않았다 하여 비업무용부동산으로 보아 관련 지급이자 1,310,522,624원과 세금과공과 47,774,190원, 감가상각비 82,789,480원 및 다른 손금불산입대상금액 43,914,935원의 합계 1,485,001,229원을 손금불산입하고, 다른 손금산입대상금액 1,674,981원을 손금에 산입하여 청구법인에게 1995~1997 사업연도에 대한 법인세 609,927,440원(1995년 165,068,720원, 1996년 339,072,370원, 1997년 105,786,350원)을 1998.12.12. 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.03.09. 심사청구하였다.

쟁점부동산을 1993.05.04. 취득한 후 쟁점1 및 쟁점2 토지에 대하여 주택건설사업계획 심의신청하였으나 1993.06.03. 신규급수확대불가라는 사유로 부결통보받았고, 2차 주택건설사업계획 심의신청에 대해 동일한 사유로 취하를 종용받아 1993.10.04. 취하하였다가, 1997.02.27. 조건부 상수도 공급 가능 승인 및 1997.04.22. 주택 및 부대복지시설계획 승인을 받아 1997.04.30. 건축물 착공신고수리 및 착공하여 1997.09.30. 기존 쟁점건물을 철거완료하였고, 그 후 쟁점1ㆍ2 토지에 터파기 공사를 70% 완료한 상태에서 진입로에 대한 집단민원 야기로 공사가 중단되었는바, 쟁점1ㆍ2 토지는 법령에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지로서 조건부 상수도 공급 가능 승인일인 1997.02.27. 이후부터 유예기간을 다시 기산하여야 하고, 조건부 승인후 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우로서 업무용 부동산에 해당되며, 1998.04.14. 정부의 경제대책조정회의에서 확정발표된 『금융ㆍ기업구조개혁 촉진방안』과 1998.06월 재경부 발표 “기업구조조정 촉진을 위한 비업무용부동산 제도개선”안에서 법인의 금융기관부채 상환을 위한 매각부동산은 비업무용에서 제외하며 1998.06월 말경 공포ㆍ시행될 예정임을 입법예고하여, 청구법인은 1998.07.02. 쟁점1 토지를 청구외 ○○공사에 매각하여 금융기관에 매각대금 전액을 부채상환하였으나, 정부의 법령심의 지연으로 1998.08.22.에야 법개정되면서 시행일 이후 양도분부터 적용하도록 하였는바, 쟁점1 토지를 비업무용부동산으로 간주함은 당초의 입법취지나 신의성실의 원칙에 위배되므로 취소되어야 하고, 쟁점3 토지는 쟁점1ㆍ2 토지와 인접한 토지로서 쟁점1ㆍ2 토지에 공사착공시 공사장 진입도로로 상용되었으며, 현재 사도법에 의한 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 통행로로서 건축행위 등이 불가한 토지이므로 이 또한 비업무용부동산에서 제외하여야 한다.

청구법인은 1994.09.27. ○○구청장으로부터 건축승인에 따른 착공신고서 수리통보를 받았음에도 실제 건축을 위한 예비적인 공사가 없었으며, 1997.04월 주택건설사업 승인후 착공으로 볼 만한 공사시공 또한 없었는바, 착공에 따른 업무용부동산으로의 의제규정은 착공일 이후 특단의 사정이 없는 한 준공을 전제조건으로 하고 부지조성 등의 예비적인 공사는 착공으로 인한 업무용 부동산으로 볼 수 없어, 1994.09.27.에 근린시설 사업승인 후 착공신고서 수리통보를 ○○구청장으로부터 회시받았으므로 청구법인이 주장하는 유예기간(취득시부터 1997.02.27.까지) 간주는 사실과 다르고, 1997.04월에 주택사업승인에 의한 실질 착공이 ○○구청 세무과의 취득세 중과(1999.02.) 검토내용에 의하듯이 건축물 일부 철거 후 단지 부지조성 등의 예비적인 공시만 있었으므로 착공으로 인한 업무용 사용 의제 적용은 불가하다고 판단되므로, 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 보아 관련 지급이자 등을 손금불산입하여 법인세를 과세함은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 보아 법인세를 과세한 처분이 맞는지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제18조 의 3 【지급이자의 손금불산입】 제1항 제1호에 의하면 “당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다”라고 규정하고, 같은 법 시행령 제43조의 2 【지급이자의 손금불산입】 제1항에서는 “법 제18조의 3 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산

3. 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정율에 미달하는 부동산

4. 법인의 주된 사업에 사용되지 아니하는 부동산으로서 과다보유의 소지가 있는 부동산

5. 업무에 적합한 시설기준을 갖추지 못하였거나 업무와의 관련정도가 적은 부동산“이라고 규정하였으며, 같은 법 시행규칙 제18조 【지급이자의 손금불산입】 제3항에서는 “영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 비업무용부동산이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.”라고 규정하고, 제12호에서 “매매용부동산. 다만, 주택신축판매업을 영위하는 법인이 취득한 건물신축용 토지로서 당해 부동산을 취득한 후 3년이 경과되지 아니한 것(도시계획법에 의한 도시계획의 변경등 정당한 사유로 취득한 후 3년이 경과한 것과 주택 등 건물의 신축용 토지를 취득한 후 3년 이내에 공사에 착공하고 공사가 진행중인 것을 포함한다)을 제외한다.”라고 열거하고 있다. 한편, 1998.08.22. 신설된 같은 법 시행규칙 제18조 【지급이자의 손금불산입】 제5항 제21호에서는 “제2항 또는 제4항 제12호에 규정된 기간내에 조세감면규제법 제40조의 3 제1항 또는 제40조의 9 제1항의 규정에 의한 요건을 갖추어 양도하는 부동산”을 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하고, 같은 날 재정경제부령 제41호에 의하여 제정된 같은 법 시행규칙 부칙 제1조 【시행일】에서 “이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.”라고, 같은 부칙 제4조 【비업무용부동산의 범위에 관한 적용례】에서 “제18조 제5항 제21호의 개정규정은 이 규칙 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.”라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 처분청은 청구법인에 대한 법인세를 경정하면서 청구법인이 쟁점부동산을 1993.05.04. 취득 후 3년 이내에 업무용으로 사용하지 않았다 하여 비업무용부동산으로 보아 관련 지급이자 1,310,522,624원과 세금과공과 47,774,190원, 감가상각비 82,789,480원 및 다른 손금불산입대상금액 43,914,935원의 합계 1,485,001,229원을 손금불산입하고, 다른 손금산입대상금액 1,674,981원을 손금에 산입하여 1995~1997 사업연도에 대한 법인세 609,927,440원(1995년 165,068,720원, 1996년 339,072,370원, 1997년 105,786,350원)을 1998.12.12. 청구법인에게 결정고지하였음을 결정결의서 등에 의하여 알 수 있다. (나) 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 쟁점1ㆍ2 토지에 대하여 주택건설사업계획 심의신청하였으나 1993.06.03. 신규급수확대가 불가하다는 사유로 부결통보를 받았고, 1993.08.27. 2차 주택건설사업계획 심의신청하였으나 1993.10.04. 취하하였다가, 1994.09.27. 건축물 착공신고 수리되었으나 착공하지 않았고, 1997.02.27. 조건부 상수도 공급 가능 승인 및 1997.04.22. 주택 및 부대복지시설계획 승인을 받아 1997.04.30. 건축물 재착공신고 수리 및 착공하여 1997.09.30. 기존 쟁점건물을 철거완료하였고, 그 후 쟁점1ㆍ2 토지에 터파기 공사를 70% 완료하였음이 ○○구청 건축58551-1201호(1993.06.03), 건축58551-3718호(1993.09.20.), 건축58551-3341호(1994.09.27.), 부진58440-336호(1997.02.27.), 건축58551-1048호(1997.04.22.) 및 건축58551-1132호(1997.04.30.)공문과 건축사 청구외 ○○의 공정확인서에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 정부의 “1998.04.14. 금융ㆍ기업구조개혁 촉진방안”과 청구외 ○○공사가 기업의 구조조정 지원을 위해 기업보유토지를 매입한다는 “기업보유토지매입(1차)공고”에 의하여, 1998.07.02. 쟁점1 토지를 한국토지공사에 매각하였고, 매각대금 전액을 금융기관에 부채상환하였음을 청구법인의 이사회의사록, 청구외 ○○공사의 동 공고문 및 기업(총)4311-153호(1998.06.02.)공문, 매매계약서, 청구외 ○○은행○○지점장의 “금융기관 부채상환용 부동산 매각확인서” 등에 의하여 알 수 있다. (라) 쟁점3 토지는 이 건 심리일 현재 지목이 대지임을 쟁점3 토지의 도시계획 확인도면에 의하여 알 수 있다.

(2) 판단 (가) 청구법인은 쟁점1 토지를 1993.05.04. 경락에 의하여 취득하여 1997.04.22. 주택건축 사업승인, 1997.04.30. 건축물 착공신고 수리되었고, 1998.07.02. 양도하여 결국 매매용에 공한 것으로서 (터파기 공사를 70% 완료한 상태라 하더라도) 비업무용 부동산에 해당하고, 전시의 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제12호 에서 주택신축판매업을 영위하는 법인이 취득한 주택신축판매용 토지로서 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 취득한 후 3년이 경과된 경우는 비업무용부동산에서 제외하도록 규정하고 있는데, 주택신축판매업을 영위하는 법인이 취득한 주택신축용 토지의 비업무용부동산 판정을 위한 동 규정을 적용함에 있어 동 규정에서 정한 정당한 사유라 함은 법인이 토지를 취득하여 직접 업무에 사용하기 위한 최선의 노력을 다하였으나 외부의 불가항력적인 사유로 직접 업무에 사용하지 못한 경우를 말하는 것(법인46012-314, 1996.01.30)인바, 주택신축목적 취득토지가 상수도공급이 불가능하다는 사유로 착공하지 못한 경우는 법령에 의해 사용이 금지ㆍ제한된 부동산에 해당되지 않는다고 할 것이므로(법인46012-2776, 1997.10.27.), 쟁점1ㆍ2 토지는 법령에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지로서 조건부 상수도 공급 가능 승인일이 1997.02.27. 이후부터 유예기간을 다시 기산하여야 한다는 청구주장은 사실과 다르고, 착공의 예비적 준비(설계ㆍ자재구입 등)와 부지조성을 위한 정지작업 개시는 건설에 착공한 것으로 볼 수 없어(법인22601-216, 1992.01.25.), 조건부 상수도 공급가능 승인일인 1997.02.27. 이후 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였으므로 쟁점1ㆍ2 토지가 업무용 부동산에 해당된다는 청구주장을 받아들일 수 없으며, (나) 청구주장은 1998.04.14. 확정발표된 『금융ㆍ기업구조개혁 촉진방안』과 1998.06월 재경부 발표 “기업구조조정 촉진을 위한 비업무용부동산 제도개선”안에서 법인의 금융기관부채 상환을 위한 매각부동산은 비업무용에서 제외하며 1998.06월말경 공포ㆍ시행될 예정임을 입법예고하여, 이에 따라 1998.07.02. 쟁점1 토지를 청구외 ○○공사에 매각하여 금융기관에 매각대금 전액을 부채상환하였으나, 1998.08.22.에야 법개정되면서 시행일 이후 양도분부터 적용하도록 하였는바, 쟁점1 토지를 비업무용부동산으로 간주함은 당초의 입법취지나 신의성실의 원칙에 위배된다고 하나, 청구법인도 이미 알고있는 바와 같이 1998.08.22. 개정ㆍ시행된 법인세법 시행규칙 제18조 제5항 제21호 는 시행일 이후 양도분부터 적용하도록 하였는바, 쟁점1 토지를 1998.07.02. 양도하여 개정법률의 적용을 받을 수 없고, 또한 쟁점1 토지를 1993.05.04. 취득하여 5년이 약간 경과한 1998.07.02. 양도하여 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제12호 에 규정된 기간(주택 신축용 토지의 경우 5년)“을 경과하여 양도하였으므로, 당초의 입법취지나 신의성실의 원칙에 위배되므로 취소되어야 한다는 청구주장은 법리를 오해한 잘못이 있다고 할 것이고, (다) 또한, 청구주장은 쟁점3 토지가 쟁점1ㆍ2 토지에 공사착공시 공사장 진입도로로 사용되었으며, 현재 사도법에 의한 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 통행로로서 건축행위 등이 불가한 토지이므로 이 또한 비업무용부동산에서 제외하여야 한다고 하나, 도시계획법상 고시된 도로 또는 불특정다수인이 이용하는 마을도로는 비업무용으로 보지 아니하나(법인46012-214, 1996.01.22.), 쟁점3 토지는 이 건 심리일 현재 지목이 대지이므로 청구주장을 받아들일 수 없다. (라) 위의 내용을 종합하면, 청구법인은 쟁점1 토지를 취득하여 주택건축사업 승인 및 건축물 착공신고가 수리되었음에도 중도에 양도하여 비업무용 부동산에 해당하고, 단지 상수도공급이 불가능하다는 사유는 법령에 의해 사용이 금지ㆍ제한된 경우에 해당되지 않으므로 상수도 공급 가능 승인일 이후부터 유예기간을 다시 기산하여야 한다는 청구주장은 사실과 다르고, 착공의 예비적 준비(설계ㆍ자재구입 등)와 부지조성을 위한 정지작업 개시는 건설에 착공한 것으로 볼 수 없어 건설에 착공하였다는 청구주장을 받아들일 수 없으며, 1998.08.22. 개정ㆍ시행된 법인세법 시행규칙 제18조 제5항 제21호 는 시행일 이후 양도분부터 적용되므로 1998.07.02. 양도한 쟁점1 토지는 개정법률의 적용을 받을 수 없고, 또한 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제12호 에 규정된 기간을 경과하여 양도하였으므로, 당초의 입법취지나 신의성실의 원칙에 위배되므로 취소되어야 한다는 청구주장은 법리를 오해한 잘못이 있다고 할 것이고, 쟁점3 토지는 이 건 심리일 현재 지목이 대지인바, 현재 사도법에 의한 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 통행로로서 건축행위 등이 불가한 토지여서 비업무용부동산에서 제외하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없으므로, 처분청이 쟁점부동산을 비업무용으로 보아 관련 지급이자 등을 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못을 발견할 수 없다. 따라서 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.