지자체설립 공기업이 지자체로부터 교부받은 보조금의 국고보조금 해당여부 및 익금누락액에 대한 과세처분의 당부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 설립된 공기업으로, 1997 사업연도중 ○○시로부터 ○○터미널 주변도로 조성사업비ㆍ지하철 연결통로 설치시설비 등으로 받은 470,000,000원(이하 “쟁점보조금”이라 한다)에 대하여 익금가산 누락하였기에, 처분청은 이를 익금가산하고 다른 손금불산입사항을 포함하여 1997 사업연도에 대한 법인세 228,236,000원을 1998.12.16. 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.02.01. 심사청구하였다.

쟁점보조금은 지방공기업법 제71조 의 2의 규정과 지방공사○○터미널 설치조례 제30조의 규정에 의하여 지급받은 공공보조금으로서, 보조금 교부의 근거법률이 지방공기업법이라는 점ㆍ재원이 국고가 아닌 시금고라는 점만 다를 뿐 성격상 국고보조금과 다를 바가 전혀 없고, 자금의 사용목적이 공익적이며 쟁점보조금을 교부받아 당해 사업연도에 전액 자본적지출 완료하였으므로, 이를 국고보조금으로 보아 익금에 가산함과 동시에 손금(일시상각충당금)에도 산입하여야 한다.

법인세법 제14조 의 4의 규정에 의한 국고보조금의 손금산입은, 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률의 규정에 의한 보조금을 지급받아 당해 목적에 지출한 금액에 한해 적용하도록 규정하고 있는바, 쟁점보조금 지바공기업법 제71조의 2 등의 규정에 따라 ○○시가 청구법인의 운영비로 지급한 것으로서 시금고에서 지급하였기에 국고보조금에 해당되지 아니하므로, 이를 일시상각충당금으로 손금에 산입함에 없이 익금에만 가산하여 법인세를 과세함은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점보조금이 국고보조금에 해당되는지에 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제14조 의 4 【국고보조금으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】 제1항에서 『내국법인이 대통령령이 정하는 사업용자산을 취득 또는 개량할 목적으로 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률의 규정에 의한 보조금(이하 “국고보조금”이라 한다)을 지급받아 당해 목적에 지출한 금액은 대통령령이 정하는 바에 의하여 국고보조금을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입할 수 있다.』고 규정하고, 같은법 시행령 제23조의 2 【국고보조금의 손금산입】 제2항에서 『법 제14조의 4 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 지급받은 국고보조금 중 사업용 자산의 취득 또는 개량에 소요된 금액으로 하되, 그 금액은 다음의 구분에따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

1. 감가상각대상자산: 일시상각충당금

2. 제1호 이외의 자산: 압축기장충당금』이라고 규정하고 있다. 한편, 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 제2조 【용어의 정의】에서는 『이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.』고 규정하고, 제1호에서 『“보조금”이라 함은 국가외의 자가 행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 대한 것과 기타 법인 또는 개인의 시설자금이나 운영자금에 대한 것에 한한다)ㆍ부담금(국제조약에 의한 부담금은 제외한다) 기타 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.』고 열거하고 있다. 지방공기업법 제71조 의 2 【재정지원】에서는 『지방자치단체는 사업의 운영을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 공사에 보조금을 교부하거나 장기대부를 할 수 있다.』고 규정하고 있다. 지방공사○○터미널 설치조례 제30조 【기금, 보조금 및 융자금 등】 제2항에서 『시는 제1항의 규정에 의한 기금의 조성과 공사의 시설, 경영등을 위하여 출연금 및 보조금을 교부하거나 자금을 융자지원할 수 있다.』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구법인은 1997 사업년도중 ○○시로부터 ○○터미널 주변도로 조성사업비ㆍ지하철 연결통로 설치시설비 등으로 받은 쟁점보조금에 대하여 익금가산을 누락하였으며, 처분청은 쟁점보조금이 국고보조금에 해당하지 아니한다 하여 이를 손금에는 산입함이 없이 익금에만 가산하고 다른 손금불산입사항을 포함하여 1997 사업연도에 대한 법인세 228,236,000원을 1998.12.16. 결정고지하였음을 법인세 신고서 및 동 결정결의서에 의하여 확인할 수 있다. (나) 청구법인은 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 설립된 공기업으로, 쟁점보조금은 지방공기업법 제71조 의 2의 규정 등에 따라 ○○시가 청구법인의 운영비로 지급한 것으로서 국고가 아닌 시금고에서 지급한 것임을 관련규정에 의하여 알 수 있다.

(2) 판단 (가) 국고보조금의 손금산입은 “보조금의 예산 및 관리에 관한 법률”의 규정에 의한 보조금을 지급받아 당해목적에 지출한 경우에 한하는 것으로, 청구법인은 동 규정이 아닌 지방공기업법 제71조 의 2 등의 규정에 의해 ○○시의 시금고에서 쟁점보조금을 지급받았으므로 국고보조금에 해당되지 않는바, 국고보조금에 해당하지 않는 보조금을 수령해 사업용고정자산을 취득한 경우 당해 보조금은 수령한 사업연도의 익금에 산입하는 것(같은뜻: 국세청 법인46012-4167, 1998.12.30.)인 반면, 이를 교부받아 당해 사업연도에 자본적지출로 전액 사용하였다 하더라도 지출한 사업연도에 손금에 산입할 수 없는 것이며, (나) 설령 쟁점보조금이 국고보조금에 해당된다 하더라도, 지급받은 연도에 손금에 산입하지 아니한 경우에는 그 후 사업연도에 실제로 고정자산 등의 취득에 지출하였다 하더라도 그 지출한 사업연도의 손금으로 산입할 수 없는 것인바(같은뜻: 국세청 법인22601-642, 1988.03.04.), 청구법인은 쟁점보조금을 교부받은 1997 사업연도에 이를 손금에 산입하지 않았으므로, (다) 처분청이 쟁점보조금을 일시상각충당금으로 손금에 산입함이 없이 익금에만 가산하여 법인세를 과세한 당초처분은 달리 잘못을 발견할 수 없다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.