기업합리화적립금을 적립하지 아니하여 감면세액을 추징한 처분의 당부

○○세무서장이 1999. 01. 05 청구법인에 결정고지한 1996사업연도 법인세 50,176,550원은 취소합니다.

○○세무서장은 청구법인이 1996.04.30 법인전환하고 개인사업자로 영위하면서 1992~1996과세연도에 감면받은 창업중소기업감면세액중 미사용액에 상당하는 금액을 최초로 이익이 발생한 1996사업연도 법인세 신고시 기업합리화적립금으로 적립하지 아니한데 대하여 감면받은 세액을 추징하여 1999.01.05 청구법인에게 1996사업연도 법인세 50,176,550원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.02.03 이건 심사청구하였다.

기업합리화적립금의 적립은 공제ㆍ감면받은 세액상당액을 기업내에 유보시켜 법정용도에만 사용하도록 함으로써 자본의 충실을 기하는데 있는 바 청구법인은 법인설립일 이후 1998.12.31까지 잉여금 전액을 사내에 유보하고 있으며, 1998.10.07 임시주주총회를 개최하여 미처분잉여금중 60,000,000원을 기업합리화적립금으로 적립하였으므로 단지 최초 이익이 발생한 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였다하여 감면세액을 추징하는 것은 부당하다는 주장이다.

청구법인은 1996사업연도에 처분가능이익이 발생하였는데도 창업중소기업감면세액중 미사용분 상당액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였으므로 감면세액을 추징한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 창업중소기업감면세액중 미사용분 상당액을 법인전환 후 최초로 이익이 발생한 사업연도에 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하여 감면세액을 추징한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제6조 【창업중소기업에 대한 세액감면】 제1항에서 『대통령령이 정하는 농어촌지역에서 중소기업을 창업하여 영위하는 자에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.』고 규정하고 같은법 제123조 【기업합리화적립금의 적립】 제4항에서 『제1항의 세액공제∙세액감면 또는 소득공제를 받은 거주자는 공제받은 세액에서 당해 공제받은 세액에 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다.』고 규정하고 같은법 제124조 【감면세액의 추징】 제3호에서 『제123조 제1항의 규정에 의한 소득공제∙세액공제 또는 세액감면을 받은 거주자가 공제받은 세액에 상당하는 금액을 제123조 제4항의 규정에 의하여 사용하지 아니한 때에는 그 공제 또는 감면받은 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세에 가산하여 지체없이 징수한다. 다만, 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.』고 규정하고 같은법시행령 제108조 【기업합리화적립금의 적립 등】 제9항에서 『법 제123조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 현물출자 또는 제8항의 규정에 의한 사업양수도방법에 의하여 설립된 법인이 당해 법인의 최초사업연도의 이익금처분시에 감면세액 미사용분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립한 경우를 말한다.』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 청구외 황○○이 1990.11.20 엔진 및 터빈 자동화기계 제조업을 개업하여 영위하던중 1996.04.30 법인전환되어 설립되었으며, 청구법인의 대차대조표 및 이익잉여금처분계산서에 의하면 1996사업연도에 42,485,287원, 1997사업연도에 136,159,201원의 당기순이익을 미처분이익잉여금으로 하고 있으며, 청구법인이 제시한 임시주주총회의사록 및 대채전표에 의하면 1998.10.07 미처분이익잉여금중 60,000,000원을 기업합리화적립금으로 적립한 사실이 확인된다. 처분청은 청구법인이 법인전환전 1992~1996과세연도에 창업중소기업감면세액 56,783,790원을 감면받고 고정자산취득 등에 19,082,755원을 사용하고 37,701,035원을 미사용한 상태에서 법인전환하고 법인전환후 1996사업연도에 최초로 이익이 발생하였는데도 감면받은세액중 미사용액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니한데 대하여 감면세액에 이자상당액을 가산하여 법인세를 추징하였다. 기업합리화적립금은 내국법인이 세액공제 등을 받은 경우 당해사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제세액 상당액을 사내적립금으로 적립하도록 규정하고 있는 기타 적립금으로써 이는 감면한 경우 그 감면세액의 사후관리를 위한 요건이며 기업합리화적립금을 적립하지 못한 사실을 알고 주주총회를 개최하여 당기순이익을 기업합리화적립금으로 처분을 하였다면 감면세액을 추징하지 아니하는 것(재경원 기법 46019-125, 1997.04.02)인 바, 청구법인은 이익이 발생한 1996사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니하였어도 법인설립일 이후 이익잉여금을 사외유출한 사실이 없고 1998.10.07 주주총회를 개최하여 기업합리화적립금을 적립하였으므로 감면세액을 추징한 당초처분은 잘못이라고 판단된다. 따라서, 청구주장은 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.