연구개발전담부서 설치 미신고로 인한 세액공제의 배제가 소급과세인지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에서 제조업(철강압연 및 압출)을 영위하고 있는 법인으로 처분청은 청구법인이 1993~1996사업연도의 법인세 과세표준 및 세액 신고시 산출세액에서 공제한 기술 및 인력개발비에 대한 세액공제액 44,819,549원(아래 표 참조, 이하 “쟁점세액공제”라 한다)에 대하여, 한국산업기술진흥협회장에게 연구개발전담부서 설치신고를 하지 않았다 하여 세액공제를 배제하고 가산세를 가산하여, 1993~1996사업년도에 대한 법인세 60,557,865원을 1998.08.16. 결정고지하였다. 연도 1993 1994 1995 1996 합계 쟁점세액공제 12,829,038 2,360,773 3,508,546 26,121,192 44,819,549 가산세 8,174,663 1,159,611 1,211,150 5,192,892 15,738,316 계(고지세액) 21,003,701 3,520,384 4,719,696 31,314,084 60,557,865 청구법인은 이에 불복하여 1998.10.15. 이의신청을 거쳐 1999.01.29. 심사청구하였다.

1998.03.21. 개정되기 전의 조세감면규제법 시행규칙 제7조의 규정은 단지 연구개발전담부서의 범위를 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 에 규정된 기업의 연구개발전담부서로 한정한다는 규정일 뿐이고, 동 조항이 1998.03.21. 개정되어 연구개발전담부서를 과학기술부장관에게 신고하도록 규정하고 있음에도, 개정된 규정을 소급적용하여 쟁점세액공제를 배제함은 부당하다.

기술개발촉진법 시행규칙 제5조 의 규정에 의하여 과학기술처장관(한국산업기술진흥협회장 포함)에게 연구개발전담부서를 신고하여야 하는 요건을 갖춘 경우에만 기술ㆍ인력개발비 세액공제가 가능함에도, 청구법인은 이를 신고한 사실이 없으므로 쟁점세액공제를 배제하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 연구개발전담부서 설치신고를 하지 않아 쟁점세액공제를 배제하여 법인세를 과세한 처분이 소급과세에 해당하는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 제1항에서 『제조업ㆍ광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술ㆍ인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술ㆍ인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다.』라고 규정하고, 제2항에서는『제1항의 규정의 적용을 받는 내국인에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 당해 과세연도에 지출한 기술ㆍ인력개발비의 100분의 5(중소기업의 경우에는 100분의 15)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 수 있으며, 이 경우 제1항의 규정은 이를 적용하지 아니한다.』고 규정하고 있다. 같은법 시행령 제9조 【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】 제2항에서 『법 제9조 제1항에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용중 별표4의 비용을 말한다.』라고 규정하고 있다. 1998.03.21. 개정 이전(1995.04.01. 개정분을 말한다)의 같은법 시행규칙 제7조 【기술ㆍ인력개발비 및 연구시험용 시설의 범위】 제1항에서 『영 별표 3의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 에 규정된 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.』라고 규정하고 있는 반면, 1998.03.21. 개정된 같은법 시행규칙 제7조 【기술ㆍ인력개발비 및 연구시험용 시설의 범위】 제1항에서는 『영 별표 3의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.』라고 규정하고 있다. 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제1항 에서 『영 별표1 기술개발준비금의 사용기준 제1호 가목의 규정에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 영 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발전담부서를 말한다.(1~3호 생략)』라고 규정하고, 제2항에서『과학기술처장관은 조세ㆍ금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다.』라고 규정하고 있다. 1994.11.04 과학기술처 고시 제1994-16호(기업부설연구소와 기업내 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령) 제4조(전담부서의 신고사항 등) 제1항에서 『규칙 제5조 제2항의 규정에 의하여 전담부서를 신고하고자 하는 자는 별지 제1호 서식에 의한 신고서에 다음 각호의 사항을 기재한 서류를 첨부하여 한국산업기술진흥협회장에게 제출하여야 한다. 1.연구사업의 개요 2.전담부서의 조직 및 직원의 현황 3.연구시설의 명세서』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 이 건의 과세경위와 청구주장을 보면, 처분청은 청구법인이 기술ㆍ인력개발비 세액공제를 받기 위해서는 과학기술처장관에게 연구개발전담부서를 신고하여야 하는데 그 요건을 갖추지 못하였다하여 기술ㆍ인력개발비 세액공제를 배제하여 과세하였음을 관련서류에 의하여 알 수 있고, 이에 대하여 청구법인은 조세감면규제법 시행규칙 제7조의 규정이 1998.03.21. 개정되어 비로소 연구개발전담부서를 과학기술처장관에게 신고하도록 규정하고 있음에도, 개정된 규정을 소급적용하여 쟁점세액공제를 배제함은 부당하다는 주장인 바,

(1) 청구법인이 1993~1996사업년도 중에 연구개발전담부서에 대하여 과학기술처장관(한국산업기술진흥협회장 포함)에게 신고한 사실이 없음에는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2) 조세감면규제법 제9조 제1항에서 규정하고 있는 기술 및 인력개발비 세액공제는 조세감면규제법 시행규칙 제7조 및 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 에서 규정한 연구개발전담부서에 지출한 비용 중 제한적으로 적용되는 것이고, 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항 에서 연구개발전담부서의 신고의무를 강제하지는 아니하였으나 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자로서 조세ㆍ금융 기타의 지원이 필요한 경우에는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 사실을 과학기술처장관 등에게 신고하도록 규정하고 있고, 과학기술처장관이 고시한 연구개발전담부서 신고요령(과학기술처고시 제92-3호, 1992.02.)에 의하면 과학기술처장관은 연구개발전담부서의 신고를 받은 후 그 요건이 충족되면 확인서를 교부할 수 있으며 매년 신고사항의 변경, 전년도 실적 및 당년도 사업계획을 보고받을 뿐만 아니라 연구개발전담부서로 신고한 자 중 요건에 미달하거나 연구개발활동 등 실적이 없는 경우에 전담부서 확인을 취소하도록 고시하고 있고, 기술개발촉진법의 소관부처인 과학기술처장관도 연구개발전담부서가 조세지원을 받기 위해서는 과학기술처장관의 확인을 받아야 하는 것으로 해석(기지71313-43, 1998.02.04.)하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 볼 때 조세감면규제법 시행규칙 제7조의 1998.03.21. 개정 이전에도 조세지원의 대상이 되는 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 제2항 의 규정에 의하여 과학기술처장관 등에게 신고하여 확인받은 연구개발전담부서만을 의미하는 것으로 해석하고 있는 점으로 미루어 동 규칙 제7조의 1998.03.21. 개정취지는 기존의 규정을 보완하는 정도의 개정에 불과하다고 할 것이므로, 처분청이 쟁점세액공제를 배제하고 이 건 법인세를 과세한 당초처분은 달리 잘못을 발견할 수 없다.(국심 99부186, 1999.02.24. 등 같은 뜻 다수) 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.