대행사업에 선집행한 자금에 대해 이자를 받지 않은 경우 부당행위인지 여부

○○세무서장이 1998.12.16 청구법인에게 1993사업연도 법인세 47,255,170원, 1994사업연도 법인세 3,853,407,170원 및 농어촌특별세 150,292,210원, 1995사업연도 법인세 2,919,165,780원 및 농어촌특별세 87,362,040원, 1997사업연도 법인세 403,447,270원 및 농어촌특별세 8,698,340원, 1993.1기분~1997.2기분 부가가치세 736,786,640원의 부과처분과, 1998.10.01 청구법인이 경정청구한 1997사업연도 법인세 및 농어촌특별세에 대하여 한 경정청구 거부처분은

1. 토지 고가매입으로 보아 부당행위계산부인하여 익금산입한 1996사업연도 10,276,300,148원, 1997사업연도 710,553,829원 합계 10,986,853,977원을 부당행위계산부인 대상에서 제외하고, 영구임대주택 자산누락으로 보아 즉시상각의제한 1994사업연도 1,163,016,058원, 1995사업여도 2,531,341,421원, 1996사업연도 2,348,022,998원 합계 6,042,380,477원을 자산누락에서 제외하여 각 사업연도의 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구주장은 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

(1) 청구법인은 ○○시의 택지개발사업을 대행하면서 동 대행사업에 필요한 자금을 청구법인의 자금으로 선집행하였는데, 동 자금에 연 9.5%의 이자율을 적용하여 계산한 금액 11,069,224,722원(이하 “쟁점 이자”라 한다)이 청구법인의 1997사업연도 법인세 과세표준과 세액계산시 익금에 산입된데 대하여 1998.09.01 이는 청구법인의 회계상의 착오로 수입이자로 익금에 산입된 것이며 ○○시로부터 이자를 받기로 약정한 바도 없고 실제 받은 사실도 없으므로 이자수익에서 제외하여 법인세 등을 경정하여야 한다는 감액경청청구를 하였으나 ○○세무서장은 1998.10.01 청구법인에게 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.11.19 심사청구하였다(사건번호 법인 98-365).

(2) ○○세무서장은 청구법인의 1993~1997사업연도 법인세를 실지조사에 의하여 경정하면서 청구법인이 ○○시로부터 토지를 매입함에 있어서 60㎡이하의 국민주택용지는 택지조성원가의 90%로 분양받아야 함에도 이보다 고가로 매입하였다고 보아 10,986,853,977원을 부당행위계산부인하고, 청구법인이 ○○시에 보고한 영구임대주택 취득자금 253,240,073,924원과 청구법인의 결산서상의 영구임대주택 자산가액 247,197,693,000원과의 차액 6,042,379,000원을 영구임대주택 자산누락으로 보아 즉시상각의제하여 감가상각비 한도초과액 6,744,779,247원, 접대비 한도초과액 87,515,400원을 손금불산입하였으며, ○○시로부터 택지를 매입하면서 선급금을 지급한 결과 관련된 선납할인이자 920,692,745원을 이자수익으로 익금산입하고, 신용카드접대비 한도초과액 159,335,177원 및 감가상각비 한도초과액 과대계상액 277,068,077원을 손금산입하였으며, 청곽법인이 1994년도와 1995년도에 손금을 과다계상한 것과 관련하여 발생한 전기오류수정이익을 1996사업연도의 익금으로 산입한데 대하여 1994사업연도 및 1995사업연도에서 손금불산입하여 1993사업연도 법인세 47,255,170원, 1994사업연도 법인세 3,853,407,170원 및 농어촌특별세 150,292,210원, 1995사업연도 법인세 2,919,165,780원 및 농어촌특별세 87,362,040원, 1997사업연도 법인세 403,447,270원 및 농어촌특별세 8,698,340원을 각각 고지하고, 청구법인이 ○○시로부터 대행사업과 관련하여 지급받은 인건비 및 운영비 6,171,033,678원을 용역의 공급에 대한 대가로 보아 1993.1기분~1997.2기분 부가가치세 746,786,640원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.01.06 심사청구하였다(사건번호 법인 99-1).

① 청구법인이 ○○시와 체결한 도시개발사업 대행계약서에서 ○○시가 대행사업비의 우선지급이 곤란한 경우에는 청구법인이 조달하여 사업을 시행하도록 하는 약정에 파라 대행사업비를 선집행한 것이며, 선집행 대행사업비에 대하여 이자를 받기로 약정한 사실이 없을 뿐 아니라 실제 받은 사실도 없으므로 쟁점이자는 익금에서 제외되어야 한다.

② 청구법인은 통상 택지조성이 완료되기 이전에 ○○시와 택지분양계약을 체결하게 되는데, 분양계약시에 택지조성원가를 알 수 없으므로 “택지조성예정원가”를 계산한 후 이의 90%에 상당하는 가액으로 국민주택건설용지를 ○○시로부터 분양받았는 바. 청구법인이 결과적으로 실제 택지조성원가의 90%보다 고가로 분양받았다 하더라도 특별히 조세의 부담을 감소시키기 위하여 한 것이 아니고, 일반사업자보다 높은 가격으로 택지를 분양받은 사실도 없으므로 특수관계자로부터 토지를 고가로 매입한 것으로 보아 부당행위계산부인한 것은 부당하다.

③ 청구법인이 ○○시에 보고한 국고보조금 사용내역상 ○○지구 외 6개 지구의 영구임대주택 총사업비 253,240,073,924원과 청구법인의 결산서상 영구임대주택 취득원가로 계상한 247,197,693,447원과의 차액 6,042,380,477원은 본사에서 발생한 판매비 및 일반관리비를 영구임대주택과 분양주택의 직접비 비율로 안분계산하여 영구임대주택 부분에 배분한 금액으로서 청구법인이 ○○시에 영구임대주택 취득과 관련한 자금의 사용처로서 보고한 금액이기는 하지만 기업회계상 자산으로 계상할 수 없는 기간비용인데도 이를 고정자산의 취득원가로 보아 즉시상각의제하여 감가상각비 한토초과액을 손금불산입한 것은 부당하다.

④ 청구법인이 분양주택 공사원가로 1994사업연도에 8,528,128,000원, 1995사업연도에 5,471,872,000원 합계 14,000,000,000원(이하 “쟁점원가”라 한다)을 과다계상한 것과 관련하여 1996사업연도 결산시 이를 발견하고 전기오류수정이익으로1996사업연도의 익금에 산입하였는 바, 이는 단순 착오로 인한 것이며 조세의 부담을 부당히 감소시킬 목적 또는 소득을 조작할 목적 등이 없었으므로 1996사업연도의 익금에 산입한 것은 기업회계기준에 적합하다.

⑤ ○○시의 “택지공영개발선수금운영규정” 제12조에서 택지매입 선급금에 대한 선납할인이자는 토지사용승락일 또는 택지공급계약체결일까지의 기간에 대하여 계산한다고 규정하고 있으나, 청구법인은 ○○시의 택지 분양업무도 대행하고 있으므로 별로로 사용승락을 받거나 택지공급계약을 체결할 필요가 없으므로 청구외 사업자들의 토지사용승락일(○○지구 1993.10.25, ○○지구 1997.05.29, ○○지구 1997.08.13)을 적용하여 선납할인이자를 계산하여야 한다.

⑥ 청구법인은 영구임대주택을 외부 건설업체에 도급을 주어 신축하면서 공사가 완료되었을 때에는 청구법인이 도급 공사자에게 준공승인을 하고, 그 날을 건물의 취득시기로 보아 감가상각비를 계상하였는 바, 감가상각비 계산에 달리 잘못이 없다.

⑦ 청구법인이 ○○시의 택지개발 및 조성ㆍ분양사업을 대행함에 있어서 대행사업에서 발생한 인건비 및 관리비 등 모든 비용은 ○○시의 예산에 의하여 집행되었고, 이는 실비에 불과하므로 동 인건비 및 관리비를 대가성이 있는 위탁수수료로 보아 부가가치세를 과세한 것은 부당하다.

① 청구법인이 ○○시와 체결한 도시개발공사 대행계약서 제6조에 의하면 “대행사업에서 발생한 손익은 ○○시의 회계에 전입하고 사업이 종료한 때에는 정산보고하되, ○○시장이 특히 지정하는 것을 제외하고는 결산승인으로 갈음한다”고 되어 있고, 청구법인은 대행사업비 선집행자금을 대여금계정으로, 국민주택기금운용관리규정에서 정하는 이자율(9.5%)에 의하여 계산한 쟁점이자를 수입이자로 계상하여 결산에 반영한다는 결산보고를 하여 ○○시장의 결산승인을 받아 법인세를 신고하였는 바, 쟁점이자는 대행사업계약에 따른 이자수익에 해당된다.

② ○○시는 택지를 개발하여 공급할 때에는 택지개발촉진법 및 건설교통부의 택지개발 및 공급에 관한 지침에 의하여 산정된 금액으로 분양하여야 하는데 청구법인이 ○○시의 택지개발을 대행하면서 택지의 조성원가를 임의로 예정원가에 의해 산정함으로써 택지개발촉진법 및 건설교통부의 택지개발 및 공급에 관한 지침에 의하여 산정된 금액보다 고가로 택지를 매입하였으므로 부당행위계산부인함은 정 당하다.

③ 청구법인이 ○○지구외 6개 지구에 영구임대주택을 건설하고 ○○시에 보고한 영구임대주택 총사업비 현황에 의하면 영구임대주택 건설에 소요된 자금이 총 253,240,073,924원이며, 국고보조금은 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 의하여 다른 용도에 사용하지 못하도록 규정하고 있으므로 영구임대주택의 자산으로 계상할 금액은 영구임대주택에 사용된 총액으로 하여야 하는데도 장부상 영구임대주택을 247,197,693,447원만 계상하였으므로 과소계상액 6,042,380,477원을 즉시상각의제하여 감가상각비 한도액을 계산하고 한도초과액을 익금불산입하여 과세한 것은 정당하다.

④ 기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금과 손금에 산입함에 따라 그 익금과 손금의 귀속사업연도가 법인세법에 의한 귀속사업연도와 다른 경우에는 법인세법에 의한 귀속사업연도의 손익으로 하는 것(법인세법시행령 제37조 의 2 제1항제5호)이므로 원가가 과대계상된 1994사업연도 및 1995사업연도의 소득에서 조정한 당초처분은 정당하다.

⑤ ○○시의 택지개발선급금운영규정상 택지매입 선수금에 대하여는 선수금 납부일로부터 토지사용승락일 또는 택지공급계약체결일까지의 기간에 대하여 민법 제379조 에 의한 법정이자(5%)로 계산한 선납할인이자를 택지매매대금으로 대체한다고 규정하고 있으므로 동 이자상당액을 이자수익으로 계상한 당초처분은 정당하다.

⑥ 청구법인이 도급공사자에게 준공승인을 한 것은 청구법인과 도급공사자간의 내부적인 공사도급에 대한 준공승인일 뿐이고, 건물을 신축한 경우의 취득시기는 준공검사일, 사용검사필증교부일, 사실상 사용일 또는 사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이므로 청구법인이 ○○시장으로부터 사용검사필증을 받은 날을 취득시기로 보아 감가상각비를 계상하여야 한다.

⑦ 청구법인은 ○○시의 택지개발 및 조성ㆍ분양사업을 대행하면서 별도의 용역수수료를 받지 않고 청구법인의 직원에 대한 인건비 및 관리비 등에 대하여 대행사업비로 지급받고 있으므로 이는 대행사업에 대한 용역의 공급과 관련하여 지급받은 용역의 공급대가이므로 이에 대하여 부가가치세를 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 청구주장 ①에 대하여

(1) 쟁점

○○시의 사업을 대행하면서 청구법인의 자금으로 선집행하고, 이를 대여금으로 보아 관련 이자수익을 계상한 것이 정당한지 여부

(2) 관련법령 법인세법 제9조 【각사업연도 소득】 제1항에서 『내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다』고 규정하고, 제2항에서 『제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다』고 규정하고 있다.

(3) 사실관계 및 판단 청구법인이 ○○시와 체결한 도시개발사업 대행계약서의 내용을 보면, 제6조(경비 부담 등)에서 『①○○시(이하 “갑”이라 한다)는 청구법인이 시행하는 대행사업에 대하여 지방공기업법 제71조 및 동법 시행령 제53조, 부산직할시도시개발공사 설치조례 제19조 규정에 의한 경비를 부담한다. 다만, 대행사업이라도 “갑”의 경비부담이 곤란한 경우에는 청구법인의 부담으로 시행할 수 있다.

② 제1항 본문의 경비부담방법은 대행사업비 또는 보조금으로 교부할 수 있으며 다른 자금에 앞서 우선적으로 지급하여야 한다. 다만, 자금의 전부 또는 일부에 대하여 우선지급이 곤란하다고 판단될 경우에는 사후지급할 수 있다. 이 경우 정산시 수입금에서 공제하거나 기타의 방법으로 행할 수 있다.

③ 제1항 단서의 사업비는 청구법인의 책임으로 조달시행한다. 이 경우 사업에 소요되는 사업비 및 제비용 등을 제외한 수익금은 “갑”의 관련회계에 전입 후 “갑”이 지정한 도기개발사업의 시행에 사용하거나 “갑”이 자본금으로 출자할 수 있다.

④ “갑”은 청구법인에게 도시개발사업재원을 조달할 목적으로 차관, 사채 및 주식발행을 하게한 경우에는 필요경비를 부담하여야 한다』고 약정하고 있으며, 제7조에서 『사업이 종료된 때에는 단위사업별로 예산집행상황을 “갑”에게 정산보고하여야 한다. 다만, “갑”이 특히 지정하는 것을 제외하고는 결산승인으로 갈음할 수 있다』고 약정하는 사실을 알 수 있다. 청구법인이 ○○시장에게 정산보고한 『1996년도 택지조성특별회계 결산방안(○○시 도개공 기조 110-4214, 1996.09.14)』에서 “○○시 도시개발공사 대행계약서 제2항 단서의 규정에 의거 사업지구별 선부담금에 대하여는 일정율 이자포함, 정산받는 방법 채택시행, 이자율은 공사(청구법인) 상품 매출원가 산정시 금리 9.5%를 적용(국민주택기금 이자율 적용)하고 금융이자는 원가산정시 간접비 포함하여 원가반영하고, 정산방법은 당해 사업지구 준공 후 사업비 정산한다.”고 보고한 사실과, ○○시장은 이에 대한 회신공문(주택 58540-2213호, 1990.11)에서 청구법인의 위와 같은 결산방안에 대하여 특별한 이견이 없었음을 알 수 있다. 청구법인이 자체자금을 대행사업의 선집행자금으로 지출할 때 작성한 지출예산통제원장, 지출결의서 및 공사 선부담금 납부의뢰서 둥 내부문서에 의하면 대행사업 선부담금에 대하여 택지대행사업의 수입부족으로 자체자금 대여후 정산한다고 하면서 『단기대여금』 계정으로 기재하고, 자금전도대장에 일자별로 기재하여 국민주택기금운용 및 관리규정에 정한 9.5%의 이자율을 적용하여 쟁점이자를 계산하였고, 청구법인의 법인세 신고시 첨부된 재무제표에 의하면 자체사업과 대행사업을 별도로 구분하여 제무제표를 작성하고 1997사업연도 자체사업의 손익계산서상 쟁점이자 11,069,224,722원을 이자수익으로 계상하였음이 확인된다. 위의 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인과 ○○시간의 대행계약서에 쟁점이자와 관련하여 그 지급시기 및 이자율에 대하여 명문으로 규정한 바는 없으나, 동 대행계약서 제6조 제2항에서 “자금의 전부 또는 일부에 대하여 우선 지급이 곤란하다고 판단될 경우에는 사후 지급할 수 있다. 이 경우에 정산 시 수입금에서 공제하거나 기타의 방법으로 행할 수 있다.”고 하여 선집행자금의 정산에 대하여 대략적인 사항을 규정하고 있을 뿐 아니라 동 대행계약서 제7조애서 “사업이 종료한 때에는 단위사업별로 예산집행상황을 갑에게 정산보고하여야 한다. 다만 갑이 특히 지정하는 것을 제외하고는 결산승인으로 갈음할 수 있다.”고 하였고, 이에 따라 청구법인은 ○○시에 선집행자금에 대하여 연 9.5%의 이자율을 적용하여 계산한 금액을 정산하는 방안을 결산보고하고 ○○시장이 특별한 이의없이 결산승인을 하였으며, 청구법인은 대행사업 결산서에는 이자비용으로 계상하고 자체사업에는 이자수익으로 계상하여 이사회의 결의를 거처 법인세를 신고하였는 바, 사실이 이와 같다면 대행사업비 선집행자금은 ○○시에 대한 대여금에 해당된다 할 것이고 동 대여금에 대한 쟁점이자는 이자수익에 해당한다고 판단된다. 설사, 청구법인이 ○○시로부터 선집행자금에 대한 이자에 대하여 약정하지 않거나 이자를 지급받지 않았다 하더라고 청구법인의 차입금 현황을 보면, 1996사업연도말 현재 71,093,381,280원, 1997사업연도발 현재 50,164,608,090원으로 사실상 차입금을 운영경비로 사용하는 상황에서 청구법인의 사업도 아닌 대형사업에 청구법인의 자금을 선집행하면서 이에 상당하는 이자를 지급받지 않는 경우 부당행위계산부인대상에 해당하므로 적어도 청구법인의 주된 자금원인 국민주택기금의 이자율을 적용하여 계산한 금액 상당액은 이자수익으로 계상하여야 할 것이다. 따라서, 쟁점①에 대한 청구주장은 결국 받아들일 수 없다고 판단된다.

• 나. 청구주장②어 대하여

(1) 쟁점 택지개발촉진법에 의하여 산정된 토지분양가액보다 고가로 매입하였다고 하여 부당행위계산부인한 것이 정당한지 여부

(2) 관련법령 법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】에서 『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다』고 규정하고, 같은법 시행령 제46조 【법인의 부당한 행위 또는 계산】 제2항 제4호에서 법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시키는 것으로 인정되는 경우”의 하나로 “출자자 등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때”를 열거하고 있다. 택지개발촉진법 제18조 제3항 에서 『시행자(이 건의 경우 ○○시)는 주택건설촉진법에 의한 국민주택의 건설용지로 사용할 택지의 공급에 있어서 그 가격을 택지조성원가 이하로 할 수 있다』고 규정하고, 택지개발촉진법 시행령 제13조의2 제2항 【택지의 공급방법등】에서 『택지의 공급은 시행자가 미리 정한 가격으로 추첨의 방법에 의하여 분양 또는 임대한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 택지는 경쟁입찰의 방법에 의하여 공급한다』고 규정하고, 제4항에서 『제2항 본문의 규정에 의하여 시행자가 미리 가격을 정함에 있어서는 도시의 발전과 택지공급의 원활한 수급을 위하여 용도별ㆍ지역별 공급대상자별로 그 가격을 달리하여 정할 수 있다』고 규정하고, 제6항에서 『시행자가 택지를 공급하고자 할 때에는 택지의 위치ㆍ면적 및 용도, 공급시기, 공급가격 등을 공고하여야 한다』고 규정하고 있다. 건설교통부의 『택지개발 및 공급에 관한 지침』에서 정하고 있는 택지공급가격체계에 의하면 ○○시의 경우 조성원가 대비 “임대주택건설용지(장기임대주택용지 제외)는 90%, 국민주택지 60㎡ 이하 주택용지는 90%, 60㎡ 초과 85㎡ 이하는 100%”로 하는 것으로 규정하고 있다

(3) 사실관계 및 판단 관련서류에 의하면 청구법인은 택지개발 대행사업을 한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 일원(이하 “○○지구”라 한다)외 9개 준공지구에 대하여 택지개발사업 정산보고(부산도시개발공사 기조 110-2196, 택지대행사업 준공지구 사업정산보고)를 하고 ○○시장은 이를 기준으로 분양가액을 결정한 사실을 알 수 있다. 처분청은 청구법인이 ○○시로부터 택지를 공급받으면서, ①실제 택지조성원가에 의하지 않고 택지조성예정원가로 적용하는 방법, ②분양가액 산정시 60㎡이하 주택용지의 경우 조성원가의 90%를 적용하지 않고 100%를 적용하는 방법, ③택지조성 완료후에 청구법인이 분양받은 택지의 면적이 다소 변동되었음에도 이를 정산하지 않는 방법 등에 의하여 택지개발촉진법에서 정하는 방법에 의하여 산정한 분양가액 보다 1996사업연도에 10,276,300,148원, 1997사업연도에 710,553,829원을 고가로 매입하였다고 보아 이를 부당행위계산부인하여 과세한 사실을 알 수 있다. 처분청은 이 건 고가매입 여부를 판단함에 있어서 “택지조성원가의 90%”에 해당하는 금액을 기준으로 하였으나, 택지개발촉진법 제18조 제3항 및 같은법 택지개발촉진법 시행령 제13조의2 제2항, 건설교통부외 지침을 종합하여 볼 때, “60㎡이하의 국민주택은 공급가격을 택지조성원가의 90%”로 공급한다는 기준은 통상 건설부교통부장관이 택지공급가격을 승인할 때 적용하는 기준이며 계약자유의 원칙상 모든 택지공급에 대하여 가감없이 획일적으로 적용되는 절대적인 기준은 아니라고 판단되고, 건설교통부장관이 승인하는 범위내에서는 사업시행자가 다소 가격을 달리하여 분양할 수 있다 할 것이며, 청구법인의 경우 택지조성중에 통상 택지를 분양받게 됨에 따라 택지조성예정원가를 기준으로 택지 분앙가격을 결정한 것은 적정하다고 판단되고, 최종 산정된 택지조성원가를 기준으로 볼 때 단가 또는 분양면적이 다소 차이가 있다 하더라도 청구법인이 특별히 특수관계를 이용하여 다른 사업자보다 부당하게 고가로 분양받았다고 볼 수 있는 근거가 없는 이상 부당행위계산부인대상으로 볼 수는 없다고 할 것이다.

• 다. 청구주장 ③어 대하여

(1) 쟁점 본사 발생 판매비 및 일반관리비중 영구임대주택에 안분계산한 금액을 당해사업연도의 비용으로 처리한데 대하여 이를 영구임대주택의 자산가액으로 보아 즉시상각의제한 처분의 당부

(2) 관련법령 법인세법 시행령 제56 【즉시상각의 의제】 제1항에서 『법인이 고정자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 고정자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 시ㆍ부인계산한다.』고 규정하고, 법인세법시행령 제57조 【수익적 지출과 자본적 지출의 의의】에서 『법인이 소유하는 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위하여 지출한 수선비는 수익적 지출로 하고 당해 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 수선비는 이를 자본적 지출로 본다.』고 규정하고 있다. 기업회계기준 제40조 【손익계산서 작성기준】 제4호에서 『손익계산서는 매출총손익, 영업손익, 경상손익, 법인세비용차감전 순손익과 당기순손익으로 구분 표시하여야 한다.』고 규정하고 있고, 제41조 【매출총손익계산】에서 『매출총손익은 매출액에서 매출원가를 차감하여 표시한다.』고 규정하고 있으며, 제47조 【영업손익계산】에서 『영업손익은 매출총손익에서 판매비와 관리비를 차감하여 표시한다.』고 규정하고 있다. 보조금의 애산 및 관리에 관한 법률 제22조 【용도외 사용의 금지】 제1항에서 『보조사업자는 법령의 규정, 보조금의 교부결정의 내용 또는 법령에 의한 중앙관서의 장의 처분에 따라 선량한 관리자의 주의로 성실히 그 보조사업을 수행하여야 하며 그 보조금을 다른 용도에 사용하여서는 아니된다.』고 규정하고, 제2항에서 『간접보조사업자는 법령의 규정과 간접보조금의 교부목적에 따라 선량한 관리자의 주의로 간접보조사업을 수행하여야 하며 그 간접보조금을 다른 용도에 사용하여서는 아니된다.』고 규정하고 있다.

(3) 사실관계 및 판단 청구법인이 제시한 자료에 의하면, ○○지구 등 7개 지구의 영구임대주택 총사업비는 아파트 및 상가 건축비 189,788,062,993원, 부지매입비 63,452,010,931원으로 합계 253,240,073,924원이며, 건축비는 직접비 183,745,682,516원, 간접비6,042,380,477원으로 구성되어 있고, 자금원은 국고보조금 231,220,353,924원, 입주자부담금 17,097,000,000원, 국민주택기금 4,920,000,000원으로 구성되어 있으며, 간접비는 손익계산서상 매 사업연도의 판매비 및 일반관리비를 분양주택과 영구임대주택의 직접비 비율로 안분계산한 금액이다. 처분청은 ○○시가 청구법인에게 국고보조금을 출자하면서 영구임대주택건설을 위해 지원하는 사업비라고 명시하였고, 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률 제22조에서 보조금은 다른 용도에 사용하여서는 아니되는 것으로 규정하고 있으므로 영구임대주택 건설에 사용되었다고 보고한 금액은 전부 영구임대주택이라는 자산으로 계상하여야 한다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다. 청구법인이 보고한 영구임대주택 총사업비 현황은 자금사용내역으로서 법인세법 및 기업회계상의 비용개념과는 다르며, 청구법인이 주장하는 간접비는 손익계산서상 판매비 및 일반관리비로서 이는 기업회계상 영업손익의 계산항목(기업회계기준 제47조)으로서 매출원가에 포함되지 않으며, 판매비 및 일반관리비는 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출로 볼 수 없다. 처분청 의견에 의하면 보조금은 다른 용도에 사용하여서는 아니되므로 영구임대주택에 관련된 총사업비는 전부 자간으로 계상하여야 한다고 하나, 청구법인의 경우 영구임대주택 건설에 사용한 국고보조금은 231,220,353,924원으로 부지매입비 63,452,010,931원과 건축비중 직접비 103,745,682,516원(이 건 쟁점이 되는6,042.380,477원을 제외) 합계 247,197,693,447원으로 국고보조금을 초과하고 있어 보조금의 일부를 자산취득아 직접 사용하지 않았다고 단정할 수 도 없다 할 것이고. 또한 판매비 및 일반관리비를 영구임대주택에 관련된 자금의 사용처로 보지 않을 수 있는 근거가 없으므로 청구법인이 ○○시에 6,042,380,477원을 영구임대주택에 관련된 자금의 사용처로 보고하였다 하더라도 동 금액이 판매비 및 일반관리비라면 자산과소계상으로 보아 과세할 수는 없다 할 것이다. 따라서, 이 건의 경우 쟁점이 되는 6,042,380,477원에 상당하는 금액이 판매비 및 일반관리비가 아닌 다른 항목의 누락이라면 처분청이 자산누락으로 보아 과세할 수 있으나 판매비 및 일반관리비에 해당한다면 자산누락으로 보아 과세할 수 없다 할 것이다.

• 라. 청구주장 ④에 대하여

(1) 쟁점 1994사업연도 및 1995사업연도의 원가 과대계상액을 1996사업연도에 전기오류수정이익으로 각사업연도 소득금액에 익금산입한데 대하여 각각 1994사업연도 및 1995사업연도의 각사업연도 소득에서 조정한 처분의 당부

(2) 관련법령 법인세법 제17조 【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】 제1항에서 『내국법인의 각사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.』고 규정하고, 제3항에서 『내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만. 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니한다.』라고 규정하고 있으며 같은법 시행령 제36조 【손익의 귀속사업연도】 제1항에서 『법 제17조 제1항 및 제4항의 규정에 의한 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도는 다음 각호에 의한다』고 규정하고, 같은조 제8호에서 『제1호 내지 제7호외의 경우에 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 재정경제부령이 정하는 바에 의한다.』고 규정하고 같은법 시행령 제37조의 2 【기업회계기준의 적용배제 등】 제1항 제5호(1996.12.31 신설)에서 “법 제17조 제3항 단서에서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 『기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금과 손금에 산입함에 따라 그 익금과 손금의 귀속사업연도가 제36조 제1항에 규정하는 귀속사업연도와 다르게 된 경우』라고 규정하고, 같은법시행령 부칙(1996.12.31 대통령령 제15192호) 제1항 단서에서 『제37조의 2(이하 생략)의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.』고 규정하고 있다.

(3) 사실관계 및 판단 1996사업연도에 전기오류수정이익으로 익금산입한 쟁점원가가 1994사업연도에8,528,128,000원, 1995사업연도에 5,471,872,000원이 이중으로 계상된 원가인 사실에 대하여는 다툼이 없다. 법인세법상 손익의 귀속시기에 대하여 보면, 익금과 손금의 귀속시기는 그 익금과 손금이 확정되는 날이 속하는 사업연도로 하고(법인세법 제17조 제1항), 기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금과 손금에 산입함에 따라 그 익금과 손금의 귀속사업연도가 법인세법상 손익의 귀속사업연도와 다른 경우에는 기업회계기준의 적용을 배제하고 법인세법의 규정에 의한다고 규정(법인세법 제37조 의 2 제1항 제5호)하고 있는바, 1994사업연도 및 1995사업연도에 과대계상된 공사원가를 발생한 1994 및 1995사업연도의 손금불산입으로하여 각사업연도 소득금액을 조정하여 법인세를 경정한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

• 마. 청구주장 ⑤에 대하여

(1) 쟁점

○○지구 등 3개지구의 토지 매입시 지급한 선급금에 대하여 1997.12.31 현재 토지사용승락을 받거나 토지매입계약체결을 하지 아니한 것으로 보아 1997.12.31까지의 기간에 대한 선납할인이자를 계산하여 이자수익으로 익금에 산입한 처분의 당부

(2) 관련법령 택지개발촉진법 제20조 【선수금등】 제1항에서 『시행자는 택지를 공급받을 자로부터 그 대금의 전부 또는 일부를 미리 받을 수 있다.』고 규정하고

○○시 택지공영개발선수금운영규정(택지개발촉진법 제20조 의 규정에 의한 선수금제도의 운영에 관한사항을 규정함을 목적으로 규정) 제12조 【선수금 이자】 에서 『선수금 납부일로부터 토지사용승락일 또는 택지공급계약체결일까지의 기 납부 선수금에 대한 이자는 민법 제379조 에 의한 법정이자로하여 제15조의 규정에 따라 정한다.』고 규정하고 있으며 민법 제379 【법정이자】에서 『이자있는 채권의 이율은 다른 법률의 규정이나 당사자의 약정이 없으면 연 5분으로 한다.』고 규정하고 있다.

(3) 사실관계 및 판단 청구법인은 ○○지구의 토지에 대하여 1993.12.25 업무 제1210-3425호로 청구외 ○○건설, ○○주택 및 ○○주택에, ○○지구에 대하여 1997.05.29 업무 제1210-1948호로 청구외 ○○산업개발(주)에, ○○3구에 대하여 1997.08.13 업무 제1210-2898호로 ○○건설(주)에 각각 토지사용승락을 하였슴이 관련 문서에 의하여 확인되고, 청구법인의 공사 선부담금 및 선수금 납부의뢰 문서(기조 110-492, 1996.12.12)에 의하면 1996.12.16 공사자체건립 아파트 부지대금으로 17,688,900,000원(○○ 지구 5,017,900,000원, ○○지구 5,284,000,000원, ○○지구 7,387,000,000원)을 선납부하였으며, 지출예산통제원장에 의하여 단기대여금계정으로 처리하고 있음이 확인된다. 청구법인은 ○○시의 택지분양사업을 대행하고 있으므로 별도로 토지사용승락을 받지 아니하므로 청구외 다른 사업자들에게 토지사용승락을 한 날을 청구법인이 토지사용승락을 받은 날로 보아 선납할인이자를 계산하여야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴본다.

○○시의 택지공영개발선수금운영규정에 의하면 선수금이자는 선수금 납부일부터 토지사용승락일 또는 택지공급계약체결일까지의 기간에 대하여 민법 제379조 에 규정하는 이자율(5%)로 계산한다고 규정하고 있으므로 토지사용승락일이 없으면 택지공급계액체결일까지 계산하여야 할 것인 바, ○○지구는 청구법인이 선급금을 지급하기 전인 1995.12.28 사업이 종료되어 토지매입에 대한 정산이 완료된 이후이며, 나머지 ○○지구 및 ○○지구에 대하여는 1997.12.31 현재 청구법인이 토지사용승락을 받거나 택지공급계약을 체결하여 선납할인이자를 정산한 바 없으므로 1997.12.31까지의 선납할인이자를 계산하여 이자수익으로 익금에 산입한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

• 바. 청구주장 ⑥에 대하여

(1) 쟁점 신축임대주택의 취득시기를 ○○시장의 사용검사필증교부일로 보아 감가상각비를 계상한 처분의 당부

(2) 관련법령 법인세법 시행령 제33조 【손금불산입되는 차입금의 이자등】 제2항에서 『지급이자 또는 지출금은 건설이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로하여 그 원본에 가산한다.』고 규정하고, 법인세법시행규칙 제12조 【건설자금의 이자】 제2항에서 『 영 제33조 제2항 및 제5항 후단에서 “준공된 날”이라 함은 건축물의 경우는 소득세법시행령 제162조 의 규정에 의한 취득일 또는 당해 건설의 목적물이 그 목적에 실제로 사용되기 시작한 날중 빠른 날을 말한다.』고 규정하고 있으며 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 제1항에서 『 법 제98조의규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.』고 규정하고, 제4호에서 『 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.』고 규정하고 있다.

(3) 사실관계 및 판단

○○시장이 청구법인에게 발급한 『주택건설사업 사용검사친청서 및 사용검사필증』에 의하여 지구별 임대아파트 사용검필증을 교부한 내용을 보면 ○○지구는 1993.05.25일(제93-2호), ○○지구는 1994.11.25일(제94-6호), ○○지구는 1994.07.09일(제94-3호), ○○지구는 1996.07.25일(제96-5호)에 각각 사용검사필증을 교부하였슴이 확인된다. 청구법인은 영구임대주택 건립공사를 외부 건설업체에 도급을 주고, 도급공사의 기성부분에 대하여 검사를 하고 준공검사조서를 작성하고 있으며 이때를 건물의 취득시기로 보아 감가상각비를 계상하였으나 청구법인이 도급업자에게 발급한 준공계는 단지 도급공사의 완성정도를 확인하는 절차라고 하겠으며, 법인세법에서 준공된날에 대하여 소득세법시행령 제162조 의 규정에 의한 취득일 또는 당해 건설의 목적물이 목적에 실제로 사용되기 시작한 날중 빠른 날을 말한다고 규점하고, 소득세법시행령 제162조 에서 건축물의 취득시기는 사용검사필증 교부일, 사실상 사용일 또는 사용승인일 중 빠른 날로 규정하고 있는 바, 청구법인은 위에서와 같이 ○○시장으로부터 지구별로 사용검사필증을 교부받고 있으므로 사용검사필증을 교부받은 날을 건물의 취득시기로 보아 감가상각비를 계상한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

• 사. 청구주장 ⑦에 대하여

(1) 쟁점

○○시로부터 업무를 대행하고 받은 인건비 및 운영경비등이 용역의 공급대가인지 여부

(2) 관련법령 부가가치세법 제1조 【과세대상】 제1항 제1호에서 『재화 또는 용역의 공급』에 대하여 부가가치세를 부과한다고 규정하고, 제3항에서 『 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 용역 및 기타행위를 말한다.』고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제7조 【용역의 공급】 제1항에서 『용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.』고 규정하고 있다.

(3) 사실관계 및 판단 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것은 용역의 공급에 해당되는 것(부가가치세법 제7조 제1항)인 바, 청구법인은 ○○시장과 대행계약을 체결하고 청구법인 소속 종업원에 의하여 대행업무를 수행하고 ○○시로부터 인건비 및 운영경비 명목으로 지급받은 대가는 용역의 공급에 해당다고 할 것이므로 부가가치세를 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 이건 심사청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호외 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.