청구인이 체납법인 경영에 지배적 영향력을 행사한 것으로 보이므로 제2차납세의무자 지정은 정당함

A세무서장이 2024.10.11. 청구인 B, 청구인 C을 다음과 같이 주식회사D의 제2차납세의무자로 지정하고 체납세액을 납부고지한 처분은 ① B에 한 처분은 이를 취소하고, ② C의 심사청구는 기각합니다. * 제2차납세의무자 지정 및 납부고지 내역

• 가. 주식회사D(이하 “체납법인”이라 한다)는 2020.10.6. 설립되었고, 경기도 A시 B5호에서 소프트웨어 개발 및 공급업을 영위하고 있는 법인사업자이다.
• 나. F지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.2.28.부터 2024.5.17.까지 체납법인에 대한 세무조사를 실시하여, ‘세무회계 G’(대표:이ㅇㅇ, 이하 “G”이라 한다)의 실사업자를 체납법인으로 보고, 체납법인이 2022년 제1기부터 2023년 제2기까지 ‘G’에 용역의 공급 없이 15,564백만원의 매출세금계산서를 발급하고, ‘G’ 명의로 발급된 17,036백만원의 매출세금계산서는 실제 공급자(체납법인)가 다른 세금계산서로 보았다.
• 다. 이에 대하여 처분청은 2024.6.1. 체납법인에 2022년 제1기부터 2023년 제2기까지 부가가치세 합계 4건, 847,519,400원, 법인세 2건 합계 145,964,510원 등 과 2024.9.10. 기타소득세(원천분) 36,899,056원 등을 결정·고지하였으나, 체납법인은 납부기한 내 납부하지 아니하고 체납하였다. 체납법인에 대한 세무조사 후 부과처분은 현재 조세불복(조세심판원, 조심 0000) 중임
• 라. 체납법인이 부가가치세 등을 체납하자, 처분청은 2024.10.11. 체납법인이 체납세액을 납부할 능력이 없고 법인의 재산으로 해당 체납세액을 충당하여도 부족할 것으로 보아 체납법인의 대표이사 H, 청구인 C (이하 “청구인1”이라 한다) 및 청구인 B (이하 “청구인2”이라 하고, 이들을 합하여 “청구인들”이라 한다)를 체납법인의 제2차납세의무자로 지정하고 주식 지분비율(H: 55%, 청구인1 25%, 청구인2: 10%)에 따라 체납세액을 납부고지하였는바, 그 중 청구인들에 대한 제2차납세의무자 지정내역은 다음 <표1>과 같다. * C은 H의 배우자이고, B는 자녀임 <표1> 청구인들의 제2차납세의무자 지정·납부고지 내역
• 마. 이에 청구인들은 위 <표1>과 같이 제2차납세의무자 지정 및 납부고지한 각 4건 총합계 293,737,090원(청구인1: 합계 209,812,240원, 청구인2: 합계 83,924,850원)에 대하여 불복하여 이의신청을 거쳐 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 청구인들은 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 사실이 없음에도 처분청이 체납법인의 과점주주로 보아 제2차납세의무자로 지정하고 납부고지하는 것은 부당하다.

1. 처분청이 청구인들을 과점주주로 보는 것은 2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 국세기본법(이하 “개정법률”이라 한다) 제39조의 내용을 반영하지 않은 것이다.

• 가) 개정법률 제39조를 보면, 과점주주로서 제2차납세의무를 지기 위해서는 주식 보유 비율(100분의 50 초과)만으로는 부족하고, 실제로 법인의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하는 자들이어야 한다. 이렇게 개정된 취지는 과점주주 기준을 명확히 하여 법인의 경영에 실질적으로 영향을 미치는 과점주주에게 제한적으로 제2차납세의무를 지도록 하기 위함이다.
• 나) 출자자의 제2차납세의무는 주주 유한책임 원칙의 예외로 적용되는 제도인 만큼 그 요건을 엄격하게 해석하여야 하고, 경영 관여 여부는 단순한 지분 보유나 가족관계 등 외형만 따질 것이 아니라 실질적인 의사결정 관여, 경영방침 결정, 대표이사 임명권 행사 등 실질 지배 행위의 존재 여부를 중심으로 판단하여야 한다(대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결 등 참조).

2. 청구인들은 체납법인에 경영에 관여하거나 실질적 영향력을 행사한 사실이 없다.

• 가) 청구인1은 체납법인의 지분 25%를 보유하고 있으나. 경영에 직접 관여하거나 지배적인 영향력을 행사한 적이 없고 체납법인이 중요한 의사결정을 할 때 경영활동에 참여한 이력이 없으며 의결권을 실질적으로 행사하지도 않았다.

(1) 청구인1이 비록 체납법인이 대표이사이자 대주주인 H과 특수관계인이지만, 경영에 실질적인 영향력을 행사하지 않았음에도 제2차납세의무를 부담하게 하는 것은 개정법률의 입법취지와 부합하지 않는다.

(2) 한편, 조세심판원은 ‘과점주주의 특수관계인에 해당하나 임원 등재이력이나 업무에 관여한 내용이 확인되지 않고, 주주총회 참여 및 배당금 수령 등 그 권리를 행사할 수 있는 지위에 있는 것으로 볼 수 있다 하더라도 법인의 업무에 권한과 책임을 지는 지배적인 영향을 행사하였다고 보기 어려운 이상 제2차납세의무를 지울 수 있는 과점주주로 보기 어렵다’고 판단하고 있다(조심 2022부5834, 2023.1.11., 조심 2025서1299, 2025.8.19.. 등 같은 뜻임).

• 나) 청구인2는 체납법인의 지분 10%를 보유하고 있으나, 경영에 직접 관여하거나 지배적인 영향력을 행사한 적이 없고 체납법인이 중요한 의사결정을 할 때 경영활동에 참여한 이력이 없으며 의결권을 실질적으로 행사하지도 않았다. 더구나 청구인2는 그 당시 I대학교를 다니고 있던 대학생으로, 체납법인 또는 ‘G’에 근무한 사실이 없고 체납법인의 임․직원으로 등재되었거나 회사업무에 권한과 책임을 지는 지배적인 영향력의 행사가 요구되는 직책을 맡은 사실이 전혀 없다.
• 나. 한편, 조사청이 체납법인에 대한 세무조사시 확인하고, 체납법인의 심판청구(조심2000)와 관련하여 조세심판원에 제출한 i) ‘세무회계 G, 주식회사D 자리배치도’ 자료, ii) ‘업무분장표’ 자료, iii) 비상연락망 자료를 보아도 청구인들이 나타나지 않는데, 이는 청구인들이 체납법인 경영에 지배적 영향력을 행사한 사실이 없다는 것을 알 수 있는 자료이다.
• 다. 처분청은 청구인들이 체납법인으로부터 배당 등을 받았다는 이유로 체납법인의 과점주주로 보는 것은 부당하다.

1. 청구인1이 배우자 H으로부터 2022.12.1. 주식 50,000주(지분율 25%)를 증여받고, 청구인2가 父 H으로부터 2022.12.1. 주식 10,000주(지분율 10%)를 증여받았지만, 청구인들은 단순 주주에 지나지 않는다. 청구인1․청구인2가 2023년 귀속 배당금을 각 72,750천원, 29,100천원을 받은 사실은 있지만, 체납법인의 임․직원으로 등재되어 경영에 참여하거나 근무한 사실이 없다.

2. 처분청은 청구인들이 2023년 귀속 배당금을 받은 사실을 근거로 삼아 체납법인 실질경영에 참여하였다고 보고 있으나, 청구인1이 주주총회에 참석 및 배당금을 수령한 것은 주주로서의 정당한 권리 행사일 뿐이며 이러한 행위가 체납법인 업무에 권한과 책임을 지면서 경영에 지배적인 영향을 미쳤다고 볼 수 없다.

3. 청구인1이 체납법인이 아닌 매출거래처 ‘G’에 근무한 사실은 있으나 재택근무하면서 단순 근로를 제공하였을 뿐이다.

• 가) 청구인1이 2022년 12월부터 2023년 9월까지 ‘G’에 근로를 제공하였으나, 이는 원격․재택근무하면서 수행한 업무로 단순 전산DB 입력업무였으며, 체납법인의 경영과 무관하다. 청구인1이 체납법인 또는 ‘G’에 정식으로 출근한 사실이 없다.
• 나) 청구인1이 ‘G’으로부터 2023년 7월 상여로 2,300만원을 받는 등 월평균하면 약 500만원을 급여를 수령한 사실은 있으나, 이는 청구인1과 ‘G’ 간 정식계약에 따른 것이며, 특정시기에 발생한 업무량 증가와 이에 따른 성과보상으로 지급받은 것이다. 세무사사무실은 법인세 정기신고 후, 종합소득세 신고 후 통상 상여금과 포상휴가를 주는 것이 관례이다. 그래서 청구인이 단순 입력업무를 수행하였다고 하더라도 세무데이터의 정확성과 신속성은 매우 중요하며, 이에 상응하는 대가를 받은 것이므로 일반적인 고용관계에서 당연하다.

4. 과세관청이 원칙적으로 과세의 적법성에 대한 입증책임을 지고 있으므로 청구인들에게 제2차납세의무를 부과하기 위해서는 단순히 지분소유 관계만을 입증하여서는 부족하고, 청구인들이 체납법인 경영에 실제로 지배적인 영향력을 행사하였는지를 구체적으로 입증하여야 할 것이다. 그러나 처분청이 이를 입증하지 못하면서 지분소유비율을 근거로 청구인들을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하는 것은 위법․부당하다.

• 가. 청구인들은 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한 사실이 없는 단순 주주로 보기는 어려워 과점주주로 보아 제2차납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분은 적법하다.

1. 먼저 체납법인이 제출한 주주명부를 보면, 청구인1이 각 체납세액의 납세의무성립일 현재 청구인1이 지분 25%를, 청구인2가 지분 10%를 소유하고 있는바, 대주주 H의 지분 55%를 합하면 이들은 체납법인의 지분 90%를 소유하고 있다.

2. 조사청은 체납법인을 ‘G’의 실사업자로 보아 부가가치세 등을 경정․고지하였는데, 청구인1은 해당 기간 ‘G’의 근로자로 고용되어 있었고, 체납법인으로부터 2023년 배당금 72,750천원을 수령한 사실에 비추어 청구인1이 체납법인의 경영에 참여하지 않았다고 보기는 어렵다.

• 나. 청구인들은 조사청이 체납법인 조사시 확인한 ‘세무회계 G, 주식회사D 자리배치도’ 등에 청구인들이 없어 청구인들이 체납법인 경영에 참여하지 않는 근거라고 주장한다.

1. 그러나 체납법인은 고용증대세액공제 프로그램을 개발․관리하는 업체로 자리배치표를 보면, 체납법인이 ‘G’의 실사업자임이 드러난다.

2. 청구인1이 ‘G’에 단순히 재택근무를 하면서 근로를 제공하였다고 주장하나, 2023년 ‘G’의 급여지급내역을 보면 아무런 직책이 없는 청구인이 다른 직원들(대리, 주임, 팀장)보다 많은 급여를 받았고, 상여는 H 다음으로 많은 사실만 보아도 청구인이 과점주주 집단의 일원으로 경영에 참여한 것으로 봄이 타당하다.

• 다. 청구인들은 개별적으로 경영에 지배적인 영향력을 행사하지 않았다고 하나, 체납법인의 과점주주 중 H이 대표로 경영에 참가하여 지배적인 영향력을 행사한 이상 청구인들이 제2차 납세의무자에 해당하지 않는다고 보기 어렵다.

1. 개정법률 및 국세기본법 시행령제20조에 따르면, 제2차 납세의무를 지는 과점주주의 범위를 주주 등 1명과 그 특수관계자로서 ‘그들’의 소유주식 합계가 해당 법인의 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 자들로 규정하고 있다. 그러므로 지배적인 영향력을 행사하는 주체는 주주 1인만이 아니라 주주 1인과 그 특수관계자의 합으로 볼 수 있는 ‘그들’로 해석해야 하고 ‘그들’이 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하고 있다면 그 과점주주 중 1인이 개별적으로 지배적인 영향력을 행사하지 않았다 하더라도 법령에서 규정하는 제2차 납세의무를 지는 과점주주에서 제외된다고 단정하기 어렵다.

2. 더구나 이 건에서 체납법인은 가족회사로서 H(지분율 55%)이 경영에 지배적인 영향력을 행사하고 있음이 명백하고, 특수관계인으로 청구인들이 포함된 체납법인의 과점주주 그룹이 체납법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다고 보아야 한다.

3. 한편, 경영에 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 권능은 주주권에서 나오는 것인바, 주주권을 행사하여 대표이사에게 경영을 위임한 것에 불과한 경우라면 대표이사가 반드시 해당 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사한다고 볼 수 없고, 오히려 대표이사에 대한 임면권을 가지고 있는 과점주주 등 최대주주에 해당하는 자들이 주주총회 등을 통해 경영에 지배적인 영향력을 행사한다고 봄이 타당한 해석이라 할 것이다. 반대로, 청구주장과 같이 개정법률을 근거로 경영에 참가한 자만이 제2차납세의무를 지는 것으로 해석한다면, 주식만 보유하면서 회사의 경영은 주식이 없는 타인에게 위임하는 방식을 취하는 경우, 제2차납세의무를 얼마든지 회피할 수 있는 길을 터주는 수단이 되기 때문에 이러한 해석은 개정법률의 취지가 몰각될 우려가 크다.

4. 따라서 체납세액에 대하여 청구인들을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인들이 체납법인의 경영에 지배적 영향력을 행사한 사실이 없어 과점주주에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 1) 국세기본법 제21조 【납세의무의 성립시기】

② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

4. 부가가치세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때를 말한다.

③ 다음 각 호의 국세를 납부할 의무의 성립시기는 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 원천징수하는 소득세 또는 법인세에 있어서는 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때 2) 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】 (2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정되기 전의 것) 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다) 3) 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】 (2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정된 것) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

• 가. 합자회사의 유한책임사원
• 나. 유한책임회사의 사원
• 다. 유한회사의 사원 3-1) 국세기본법 시행령 제20조 【출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위】 (2022.2.15. 대통령령 제32424호로 일부개정된 것, 이하 같다)

② 법 제39조 제2호에서 "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자"란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 3-2) 국세기본법 시행령 제18조의2 【짜고 한 거짓 계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위】 법 제35조 제4항 후단에서 "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자"란 해당 납세자와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

※ 국세기본법 기본통칙 39-0…1 【주주】 법 제39조에서 “주주”라 함은 주식의 소유자로서 주주명부등에 기재유무와 관계없이 사실상 주주권을 가진 자를 말하며, 주권의 발행 전에 주식 또는 주주권이 양도된 경우에는 그의 양수인을 말한다. ※ 국세기본법 기본통칙 39-0…2 【과점주주의 요건】

① 법인의 주주에 대하여 제2차납세의무를 지우기 위해서는 과점주주가 주금을 납입하는 등 출자한 사실이 있거나 주주총회에 참석하는 등 운영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있음을 요하며, 형식상 주주명부에 등재되어 있는 것만으로는 과점주주라 할 수 없다. ※ 국세기본법 기본통칙 39-0…3 【과점주주의 판정】 과점주주의 판정은 국세의 납세의무성립일 현재 주주 또는 유한책임사원과 그 친족 기타 특수관계에 있는 자의 소유주식 또는 출자액을 합계하여 그 점유비율이 50％를 초과하는지를 계산하는 것이며, 이 요건에 해당되면 당사자 개개인을 전부 과점주주로 본다.

• 다. 사실관계

1. 기초 사실관계

• 가) 국세청 대내포털시스템(NTIS)에 따라 체납법인의 관한 내용을 살펴보면 다음과 같다.

(1) 체납법인의 사업자등록 현황을 보면, 다음과 같이 체납법인은 2020.11.3. 개업하여 현재까지 ‘소프트웨어 개발 및 공급업’을 영위하고 있는 것으로 나타난다.

(2) 체납법인의 주주현황은 다음 <표2>와 같으며, 청구인1․청구인2가 2022.12.1. H으로부터 체납법인의 주식을 50,000주(25%), 20,000주(10%)를 증여받았으며, 이 건 체납세액의 각 납세의무 성립일 현재 청구인들이 이 주식을 보유하고 있다는 사실에 다툼이 없다. <표2> 체납법인의 주주현황

(3) 체납법인의 법인등기부를 보면, 청구인들이 체납법인의 임원에 등재된 이력은 없는 것으로 나타난다.

• 나) 국세청 대내포털시스템에 따라 청구인들에 관한 내용을 살펴보면, 다음과 같다.

(1) 청구인들의 사업자등록 현황을 보면, 청구인1은 다음과 같이 ㈜ ‘J’라는 상호로 ‘컴퓨터프로그램 개발 및 공급업’을 사업자등록하여 사업을 영위하고 있고, 청구인2가 사업자등록한 사실은 없다.

(2) 청구인1은 2022․2023년 ‘G’에서 사업 및 근로소득이 발생하였고, 청구인1․청구인2는 체납법인으로부터 2023년 귀속분 배당받은 사실이 나타는바, 이를 요약하면 다음 <표3>과 같다. <표3> 청구인들의 소득발생 내역

(3) I대학교 총장이 2025.2.10. 발급한 재학증명서 등을 보면, 청구인2는 2019.2.25. 입학하여 2019년, 2022〜2024년 학기를 등록하였으며, 2025.2.10. 현재 재학 중인 것으로 확인된다.

2. 청구인들이 제출한 증빙자료

• 가) 청구인1이 체납법인에 경영에 지배적 영향력을 행사한 사실이 없고, ‘G’에서 원격․재택근무를 하였다며, 그 증빙으로 체납법인 이사 K의 ‘경영 불참 진술서’(2025.1.16. 작성)를 제시하고 있다.
• 나) 또한, 청구인1이 ‘G’에서 원격․재택근무를 하였다며, L 팀장의 진술서(2025.1.17. 작성), M 부장의 진술서(2025.5.28. 작성)를 제시하고 있다.
• 다) 청구인1이 제시하고 있는 카카오톡 대화내용을 보면, 청구인1이 2022․2023년 ‘G’에 근로용역을 제공한 사실이 나타난다.
• 라) 청구인1, H, K은 체납법인이 2023.3.30. 개최한 정기주주총회(안건: 2022사업연도 재무제표 승인, 정기배당)에 주주로 참석하여, 의결권을 행사한 것으로 나타난다.

3. 개정법률의 개정 취지 2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 국세기본법 제39조 및 같은 법 시행령 제20조의 개정취지를 개정세법해설 책자를 통하여 보면, 다음과 같다. * 2021년 개정세법해설 내용 발췌 출자자에 대한 제2차 납세의무 제도 합리화 (국세기본법 제39조 및 같은 법 시행령 제20조)

• 가. 개정취지

○ 주주 유한책임 원칙에 부합하도록 제도 개선

• 나. 개정내용 종전 개정 ▢ 출자자의 제2차 납세의무 요건

○ 법인의 재산으로 납세의무를 이행할 수 없는 경우 ▢ 제2차 납세의무 대상자

○ 무한책임사원

○ 과점주주

• 주주 또는 유한책임사원 1명과 그 특수관계인이 다음을 모두 충족 ❶ 지분율 합계 50% 초과 ❷ 권리를 실질적으로 행사 ▢ 제2차 납세의무 적용대상 축소

○ 코스피⋅코스닥 상장법인은 적용대상에서 제외 ▢ 제2차 납세의무 대상자 조정

○ 무한책임사원(합명회사 사원, 합자회사 무한책임사원)

○ 과점주주

• 주주 또는 유한책임사원(합자회사 유한책임사원, 유한책임회사 사원, 유한회사 사원) 1명과 그 특수관계인이 다음을 모두 충족 ❶ (좌 동) ❷ 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사 (예) 임원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 법인경영에 사실상 영향력을 행사한다고 인정되는 경우 등

• 다. 적용시기 및 적용례

○ 2021.1.1. 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용

• 라. 판단

1. 관련 법리

• 가) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호는 법인의 재산으로 그 법인이 납부할 국세 등에 충당하여도 부족한 경우에 과점주주에게 그 국세의 납세의무성립일 현재 제2차 납세의무를 지울 수 있도록 하면서 그 과점주주의 범위를 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’로 규정하였다가 2020.12.22. 개정된 개정법률(법률 제17650호)은 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 규정(적용시기는 2021.1.1. 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터)하고 있다.
• 나) 이와 같은 개정은 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제2차납세의무 제도의 취지(대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결)에 부합하도록 제2차납세의무를 지울 수 있는 과점주주의 범위를 법인의 임원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 사실상 법인 경영에 영향력을 행사하였다고 인정되는 경우 등인 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 한정한 것이라 하겠다(조심 2022부5834‧6898, 2023.1.11. 등 같은 뜻임). 이는 출자자의 제2차납세의무의 과세요건이므로 해당 주주가 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는지 여부는 원칙적으로 과세관청이 이를 입증해야 할 것이다(조심 2025서1299, 2025.8.19. 참조).

2. 청구인들을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분에 대한 판단

• 가) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 청구인1(C)에 대하여 살피건대, 청구인1은 체납법인의 경영에 지배적 영향력을 행사하지 않았으므로 처분청이 청구인1을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차납세의무자로 지정하고 납부고지하는 것은 부당하다고 주장하나, 다음과 같은 사정에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 첫째, 청구인1이 체납법인의 실질주주(지분율 25%)임이 분명하고 체납법인의 대표자이자 배우자 H 및 자녀 청구인2 지분을 합할 경우 이들이 체납법인의 지분 90%를 소유하고 있어 체납법인이 가족 주주로 이루어진 개인유사 법인이다. 둘째, 청구인1이 체납법인의 임원에 등재되거나 근로를 제공한 사실이 나타나지 아니하지만, 체납법인과 사실상 동일체로 조사된 ‘G’에 근무하면서 사업․근로소득이 발생하였고, 아무런 직책이 없던 청구인이 다른 직원들보다 상대적으로 많은 급여를 받은 사실에 비추어 청구인1이 체납법인의 단순 주주로 보이지 않는다. 셋째, 청구인1이 대표자 H과 함께 체납법인의 과점주주로서 주주총회에 참석하여 의결권을 행사하고 배당받은 것으로 보여, 청구인1이 H과 함께 체납법인 경영에 지배적 영향력을 행사한 것으로 봄이 타당하다.
• 나) 다음으로, 청구인2(B)에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인2 역시 체납법인의 경영에 지배적 영향력을 행사한 것으로 보아 체납법인의 제2차납세의무자로 지정하고 납부고지하였으나, 다음과 같은 사정에 비추어 청구인2 가 체납법인의 경영에 지배적 영향력을 행사한 것으로 보기 어렵다고 판단된다. 첫째, 비록 청구인2가 체납법인의 실질주주(지분율 10%)이고, 체납법인의 대표자이자 父 H 및 母 청구인1 지분을 합할 경우 이들이 체납법인의 지분 90%를 소유하고 있는 것은 사실이나, 청구인2가 체납법인의 경영에 주요 권한과 책임이 있는 임원에 등재된 이력이 없고, 체납법인에서 근무하면서 급여 등을 수령한 사실이 없으며, 체납법인의 각 체납세액의 납세의무성립일 현재 대학교에 재학하고 있는 것으로 나타나며, 달리 청구인2가 체납법인의 경영에 관여하였다는 사실이 확인되지 않는다. 둘째, 청구인2가 체납법인 주주로서 배당금을 수령한 사실은 있으나, 이러한 단순히 배당금을 수령한 행위를 체납법인의 업무에 권한과 책임을 지는 지배적인 영향력을 행사한 것으로 보기는 어렵다. 따라서 처분청이 청구인2를 체납법인의 과점주주로 보아 제2차납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 B의 청구주장은 이유 있으므로 국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 따라, C의 청구주장은 이유 없으므로국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.