청구법인이 매입자발행세금계산서를 교부할 수 있는지

처분청이 2018.9.21. 청구법인에게 매입자세금계산서 발행 신청을 거부 통지한 처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 주식회사 QQ(이하 “QQ”라 한다)가 100% 지분을 소유한 QQ의 자회사로서 관광호텔업, 체육시설업, 휴양콘도미니엄업, 관광객 이용시설업 등을 영위할 목적으로 2009.10.30. 개업하였으며 2018.8.8. 폐업하였다.
• 나. 청구법인과 공사계약을 체결하여 공사용역을 제공하여 온 (주)AA(이하 “AA”이라 한다)은 2013.11.7. 사업부진으로 매출채권을 하도급업체인 (주)BB(이하 “BB”라 한다)에게 양도하였는데, BB가 채권양수를 원인으로 공사를 마무리하고 청구법인을 상대로 2014.10.30. 대금지급소송을 제기한 결과 청구법인이 소송에서 패소하여 공사대금을 지급하게 되었다.
• 다. 청구법인의 세금계산서 발급 요구에 대하여 BB가 이를 거부하자 청구법인은 처분청에 매입자발행세금계산서 발급을 위한 거래사실확인을 신청하였으나 처분청은 거래사실 확인불가 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.26. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 공사를 수행한 자가 BB라는 점은 BB가 청구법인을 상대로 한 민사소송 판결문에서 명백히 드러난다.
• 나. BB도 청구법인을 상대로 공사대금에 부가가치세가 포함되지 않았다는 추가소송을 제기함으로써 자신이 공사용역의 공급주체임을 자인하였다.
• 다. BB는 청구법인과 AA이 계약관계에 있고 자신은 아무런 계약관계가 없기 때문에 세금계산서 발행의무가 없다고 하나, 이는 제반 관련 사정들과 모순된다.

• 가. 청구법인이 제출한 법원판결문은 양도한 매출채권의 효력을 부정하여 대금지급을 하지않아서 발생한 대금지급 청구소송일뿐 세금계산서를 발행할 수 있는 주체를 판결한 근거서류로 인정하기 어렵다.
• 나. 부가가치세법상 세금계산서 발행시기 및 발행주체는 계약내용이나 용역의 공급방식 등 사실관계를 판단하여 결정할 사항으로 민사법상의 대금지급소송과는 그 판단 기준이 다르므로 양도받은 대금채권에 대하여 단순히 대금지급을 하였다고 해서 대금지급 상대방이 무조건 세금계산서를 발급해야하는 것은 아니다.
• 다. 부가가치세법상 과세되는 용역공급에 대한 세금계산서는 계약상, 법률상 원인에 의하여 용역을 공급하는 사업자가 용역을 공급받는 자에게 교부하는 것이므로 청구법인의 매입자발행세금계산서 신청에 대한 당초 거부통지는 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 (주)BB를 매입처로 보아 매입자 발행 세금계산서를 교부할 수 있는지
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 2) 부가가치세법 제34조 【세금계산서 발급시기】

① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우 3) 부가가치세법 제34조의2 【매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례】

① 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자(이하 이 항에서 "사업자"라 한다)가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우(사업자의 부도ㆍ폐업 등으로 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우를 포함한다) 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다. <개정 2017.12.19>

② 제1항에 따른 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)에 기재된 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제37조, 제38조 및 제63조제3항에 따른 공제를 받을 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 매입자발행세금계산서의 발급 대상 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 부가가치세법 시행령 제71조의2 【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】

① 법 제34조의2제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 법 제32조에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(법 제61조제1항에 따른 간이과세자를 제외하며, 제73조제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

② 법 제34조의2제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 3개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다.

④ 제2항에 따른 신청을 받은 관할 세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자(이하 이 조에서 "공급자"라 한다)의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 신청인 관할 세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래 당시 미등록사업자 또는 휴ㆍ폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑥ 신청인 관할 세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대해서는 거래사실확인신청서가 제출된 날(제4항에 따라 보정을 요구하였을 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실여부를 확인한 후 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1. 거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

⑩ 제9항에 따라 신청인 관할 세무서장으로부터 제8항제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다.

⑪ 제10항에도 불구하고 신청인 및 공급자가 관할 세무서장으로부터 제8항제1호의 통지를 받은 때에는 신청인이 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부한 것으로 본다.

⑫ 제10항 또는 제11항에 따라 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부하였거나 교부한 것으로 보는 경우 신청인은 법 제48조에 따른 예정신고, 법 제49조에 따른 확정신고 또는 국세기본법 제45조의2제1항 에 따른 경정청구를 할 때 기획재정부령으로 정하는 매입자발행세금계산서합계표를 제출한 경우에는 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 법 제37조, 제38조 및 제63조제3항에 따라 해당 재화 또는 용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있다.

• 다. 사실관계

1. BB(원고)는 2014.10.30. 청구법인(피고)을 상대로 공사대금 청구 소송을 제기(2014가합107486)하였으며 EE지방법원은 2016.8.31. ‘청구법인은 BB에게 860,434,356원 및 지연이자를 지급하라’는 취지로 판결하였고 2016.9.20. 그대로 확정되었으며, 판결문(이하 “공사대금 판결문”이라 한다)상세한 내용은 다음과 같다.

• 가) 도급계약의 체결

(1) 청구법인은 2010년 경, JJ군 FF읍 GG리 일원 202,812㎡ 대지에 관광호텔과 대규모 테마파크를 조성하려는 계획을 수립하고, AA과 KK의 공동수급체(대표사: AA)와 사이에 ‘FF테마파크 공간연출 설계 및 제작설치공사(이하 “이 사건 공사”라 한다)에 관한 도급계약’(이하 “이 사건 도급계약”이라 한다)을 체결하였다.

(2) 1차 도급계약 체결 이후 신축될 건축물의 연면적이 495㎡를 초과하도로 설계가 변경되었고, AA과 KK은 2012.4.4. 종합건설면허가 있는 주식회사 YY을 공동수급체의 구성원으로 추가하기로 하고 아래와 같은 내용으로 공동수급 표준협정서를 작성하였다.

(3) 이 사건 도급계약은 예산 범위 내에서 순차적으로 1차, 2차, 3차에 걸쳐 체결되었으며 그 구체적인 내역은 다음과 같다. (원) 순번 계약일 총계약금액 AA 계약금액 계약기간(계약변경 후) 1차 2011.6.30. 538,420,000 488,870,000 2011.6.30.~2011.12.31. 2차 2012.4.4. 2,742,514,000 553,355,000 2012.4. 4.~2013.4.30. 3차 2013.3.18. 4,412,356,000 2,691,995,000 2013.3.18.~2013.10.31. 계 7,693,290,000 3,734,220,000

• 나) AA이 BB에게 계약에 관한 권리 양도

(1) 2차 도급계약이 체결되고 이 사건 공사가 진행되던 중, AA은 자금난 등으로 인하여 이 사건 도급계약을 정상적으로 수행하기 어려운 상태가 되었다. 이에, AA은 2012.11.5. BB에게 이 사건 도급계약과 관련하여 자신이 보유하던 모든 권리를 양도하였고, BB는 그 무렵부터 AA을 대신하여 이 사건 공사를 시행하였다. (공사대금 판결문 4∼5쪽)

(2) BB는 이 사건 공사를 시행하면서 AA의 명의를 그대로 사용하였으며, 청구법인은 AA이 이 사건 공사를 시행하지 못하는 상황에서 이 사건 공사가 지연될 것을 우려하여 BB가 공사를 수행하도록 하였다. (공사대금 판결문 5쪽).

(3) AA은 2013.2.27. 청구법인에게 이 사건 도급계약과 관련한 계약금 및 기성금 수령계좌를 BB의 계좌로 변경해줄 것을 내용으로 하는 내용증명을 발송하였다.

• 다) 3차 도급계약의 체결, 이 사건 도급계약의 해지 및 채권양도계약의 체결

(1) 청구법인은 2013.3.18. 위 공동수급체와 3차 도급계약을 체결하였으나, 청구법인이 2013.10.17. 위 공동수급업체에게 ‘수급인들의 과실로 인하여 계약을 해지하고 같은 날 기준으로 모든 공사를 중지하며 공사대금은 원가검증기관의 사후조건부 원가검증을 통해 정산 처리하겠다’는 의사를 통보하였다.

(2) 청구법인이 AA 등 공동수급업체에게 위와 같은 통보를 한 이후, BB와 청구법인의 대표이사 및 직원들은 2013.11.11. 청구법인 대표이사실에서 청구법인의 위와 같은 해지통보에 관한 회의를 하였다. 위 회의에서 ‘2013.11.30.까지 작업한 물량을 기준으로 공사대금을 정산할 것’이 논의되었고, 이에 따라 청구법인은 회의 다음날인 2013.11.12. AA 등 공동수급체에 2013.11.30.까지 각 업체의 진행 공정별 공사를 완료하고 사후조건부 원가검증을 통한 정산처리 할 것임을 재차 통지하였으며, AA을 대신하여 이 사건 공사를 진행하던 원고는 이 사건 도급계약의 해지 및 원가검증기관의 검증을 통한 공사대금 정산에 동의하였다.

• 라) 이 사건 채권양도계약

(1) AA과 BB는 2013.11.7. 3차 도급계약에 따른 AA의 청구법인에 대한 공사대금채권에 관한 채권양도계약(이하 “이 사건 채권양도계약”이라 한다)을 체결하였으며, 다음과 같은 내용이 포함되어 있었다. (공사대금 판결문 제6쪽) 양도채권의 표시: 1,818,709,821원

2013. 3. 18. 청구법인 대 AA 간 체결한 “FF파크 공간연출설계 및 제작설치공사” 공사도급계약 3차분 계약내용에 따른 기성금 등 받을 채권 전부에 대하여 “실제로 모든 자금과 인력을 투입하면서 제작설치 전체를 실행한” 원고에게 양도합니다.

(2) AA은 2013.11.14. 아래와 같은 내용의 채권양도 승인서를 청구법인에게 교부하였고, 청구법인은 2013.11.15. 채권양도 승인서에 서명․날인하였다. (공사대금 판결문 7쪽)

• 마) 이 사건 공사대금채권액에 대한 재판부의 인정사실 및 판단 (공사대금 판결문 제11쪽∼13쪽)
• 나) 앞서 본 증거 및 갑 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 아래와 같은 사실과 사정이 인정된다.

① 이 사건 공사 착공 후 이 사건 건축물의 연면적이 495㎡를 초과하도록 변경설계되었으므로 이 사건 도급계약체결 당시 계약물량과 시공물량은 당연히 차이가 존재할 수밖에 없고, 이러한 사정으로 설계가 변경된 사실은 청구법인도 알고 있었다.

② 거진 아이템을 대신하여 이 사건 공사를 시행하게 된 DD는 디자인업체에 이 사건 공사에 관한 디자인작업을 요청하여, 이를 바탕으로 2013.3. 이 사건 공사 공간연출부문 아이템 추가 세부계획안을 작성하였고, 2013년 4.부터 7.까지에 걸쳐 시공도면을 수정하였으며, 이를 바탕으로 이 사건 공사를 진행하였다.

③ 갑 제22호증 녹취록의 기재에 따르면, 청구법인은 BB에게 “사실 우리도 그 늘어난 물량을 가지고 76억인가? 거기다 맞추라고 자꾸만 우리가 강요한 우리도 사실 잘못된 거고, 지금이라도 그 늘어난 면적에 대해서 정확한 물량과 금액이 얼만가 우리도 알고 있어야 될 것 같아요. DD에서 아니면 YY에서 이 공사가 과연 그 금액에 할 수 있는 건지 없는 건지 그것도 지금 모르고 우리는 계획, 설계, 시공 일괄입찰하는 그런 것 때문에 우리가 강요를 한 것도 사실 있습니다”라고 말하는 등 BB에게 추가 공사로 발생한 공사대금에 대하여도 기시공분으로 포함시켜 지급하겠다는 취지의 언급을 하였다.

④ 청구법인은 AA이 원고에게 추가공사 기성금에 대하여 채권양도한다는 내용의 채권양도 승인서에 서명․날인 하여 BB에게 교부하였다.

⑤ 청구법인은 설계와 시공의 상이로 인하여 모회사인 QQ에 사업비 증액을 요청하였다.

⑥ 회계연구원의 원가검증결과에 따르면 이 사건 도급계약의 계약물량을 기준으로 한 기시공분 공사대금은 2,377,544,430원이다. 한편 감정인 조UU의 감정결과에 따르면, 추가물량을 포함한 기시공분 공사대금은 3,133,548,000원이므로 추가공사 부분의 대금만 756,003,570원(=3,133,548,000원-2,377,544,430원)에 이른다. 이와 같은 대규모의 추가공사를 시행하면서, 청구법인이 발주자인 BB와 사이에 아무런 추가공사 협의없이 단독으로 추가공사를 시행하였다는 것은 경험칙상 선뜻 납득하기 어렵다.

• 다) 이러한 사실과 사정에 비추어 보면, 청구법인은 BB가 이 사건 공사를 시행하면서 이 사건 도급계약서에 정한 범위를 넘어 추가공사를 시행하는 것을 용인하였고, 청구법인과 BB 사이에, 추가공사대금을 정산하기로 하는 묵시적인 합의가 있었다고 봄이 타당하다.
• 바) 이 사건 공사대금 소송의 진행경과

(1) BB는 2014.10.30. 다음과 같은 이유로 청구법인에게 공사대금 893,037,821원 및 그 지연이자의 지급을 구하는 소송(이하 “이 사건 공사대금 소송”이라 한다)을 제기(EE지방법원 2014가합107486)하였다.

① BB는 AA과 이 사건 채권양도계약을 체결하여 AA의 채권을 양도받았으므로 청구법인은 BB에게 공사대금을 지급해야할 의무가 있다.

② 이 사건 공사의 기시공분 원가검증 대상에는 본래 이 사건 도급계약에서 예정한 물량뿐만 아니라 나중에 합의된 추가물량도 포함되어야 한다.

(2) EE지방법원은 2016.8.31. ‘청구법인은 DD에게(위 청구금액 중 청구법인에게 인도되지 아니한 각종 조형물에 대한 공사대금 합계32,603,465원을 제외한 금액인) 860,434,356원 및 그 지연손해금을 지급할 의무가 있다’는 취지의 판결을 내렸고 2016.9.20. 그대로 확정되었다.

• 사) 공사대금 판결문에서 인정한 공사대금의 구체적인 내역은 다음과 같다.

(1) AA 및 BB가 시공한 공사대금 총액은 3,133,548,000원이다. 구분 금액 구성비 비고 순공사원가 2,686,192,576 94.30% (재료비+노무비+경비) 일반관리비 90,763,703 3.19% (순공사원가)×4.00% 이윤 71,723,721 2.52% (노무비+경비+일관)×4.00% 총원가 2,848,680,000 100.00% (순공사원가+일관+이윤) 부가가치세 284,868,000 (총원가)×10.00% 합계 3,133,548,000

(2) 총 공사대금 중 청구법인이 이미 지급한 금액과 BB가 조형물을 제작하고 인도하지 아니하여 청구법인에게 지급의무가 발생하지 아니한 공사대금을 제외하면 청구법인이 BB에 지급해야할 금액은 860,434,356원(이하 “이 사건 공사대금”이라 한다)이다. 구분 감정평가에 따른 공사대금 총액(A) 이미 지급한 금액(B) 인도하지 않은 조형물(C) 공사대금 잔액 (판결 주문) (A)-(B)-(C) 금액 3,133,548,000원 2,240,510,179원 32,603,465원 860,434,356원

2. 국세청 전산시스템 자료에 의하면 청구법인, AA, BB 간의 세금계산서 수수내역은 다음과 같으며, BB는 소송으로 확정된 금액 860,434,356원에 대하여 청구법인이나, AA에게 세금계산서를 교부한 사실이 없음이 확인된다.

• 가) AA에서 청구법인으로 매출세금계산서 발행 2011.7.15.부터 2014.1.29.까지 총 13건의 매출세금계산서를 발행하였으며 공급대가금액이 2,240,510,179원이다.
• 나) BB에서 AA으로 매출세금계산서 발행 2012.5.4.부터 2013.12.30.까지 총 10건의 매출세금계산서를 발행하였으며 공급대가금액이 998,400,000원이다.

3. 공사대금 860,434,356원에 부가가치세 포함 여부에 대한 소송

• 가) BB는 2016.10.28. ‘이 사건 공사대금 소송 판결문에서 청구법인에게 지급을 명한 860,434,356원은 부가가치세를 포함한 금액이 아니다’라는 취지로 청구법인을 상대로 ‘10%에 해당하는 금액을 부가가치세로서 추가 지급하라’는 내용의 소송(이하 “이 사건 추가 소송”이라 한다)을 제기하였다(EE지방법원2016가00000).
• 나) EE지방법원은 2017.6.20. ‘이 사건 공사대금 소송에서 인용된 금원 860,434,356원은 이미 부가가치세가 포함된 것’이라는 점을 인정하여 BB의 청구를 기각하였으며, BB의 항소 및 상고 모두 기각(EE지방법원 2017나0000, 2018.4.24. 선고, 대법원 2018다0000, 2018.7.25. 선고)되어 이 사건 공사대금이 860,434,356원(공급가액: 782,213,050원)으로 확정되었다.

4. 청구법인의 세금계산서 발급요청에 대한 BB의 불가통지

• 가) 청구법인은 재판 종료 후 BB에게 공문으로 세금계산서를 발급해달라는 요청을 하였으나, BB는 2018.9.10. ‘세금계산서 발행불가 이유․경위서 통지’라는 제목으로 청구법인에게 내용증명우편물을 발송하였다. 선급금 2억여 원을 받아 소진하고, 자금사정도 악화된 AA은 자신이 수주한 2차 계약분에 대한 선 시공을 해주면 공사비를 후하게 준다고 하여 ‘BB’는 AA과 하도급 계약을 하였고, BB는 계약금도 못 받은 상태에서, 2012년 11월경부터 경기 CC에 소재한 AA 소유의 공장에서 시방서에 따라서 작품을 제작했습니다. 이 무렵 청구법인 대표이사 최MM를 비롯한 임직원들이 공장을 방문 “BB에서 AA 명의로 공사기간을 맞춰서 작품을 완성해주면 대금은 다 직불을 해준다. 부지런히 작업을 하면서 하도급 절차를 밟아 달라.”고 했습니다. 그러나 발주처인 청구법인은 AA과 BB 간 작성한 하도급계약을 “승인해줄 수 없다. 그러니 그냥 AA 이름으로 직영공사를 하는 형식으로 공사를 해 달라”고 요청했습니다. 결국 BB는 하도급업체로 등록되지 않았습니다. 사실이 이러하므로 청구법인과 BB는 애시당초부터 계약관계가 없었던 것이며, 모든 자료 등은 AA에 있습니다.
• 나) 상기 내용증명을 보면 BB가 주장하는 ‘세금계산서 발행불가’의 주된 사유는 다음과 같이 청구법인과 직접적인 계약관계가 없었다는 것이다.
• 다) BB는 내용증명에서 AA과 BB 간의 하도급계약서를 빠른 우편으로 보냈다고 하였으나, 이 건 심리담당자가 청구법인에게 하도급계약서를 요구하였으나 청구법인은 하도급계약서가 포함된 우편물을 받지 못했다고 소명하면서 AA과 BB는 하도급계약이 아니라 시공상의 권리를 양도하는 계약을 체결한 것이라고 소명하였다.

5. 청구법인의 거래사실 확인 신청 및 처분청의 확인불가 통지

• 가) BB가 청구법인에게 세금계산서 발행을 거부하자 청구법인은 이 사건 추가소송 2심 판결 직후인 2018.4월 말경, 부가가치세법 및 동법 시행령의 매입자발행세금계산서 규정에 근거하여 처분청에 거래사실의 확인을 신청하였다.
• 나) 처분청은 2018.6.28. “현재 소송 진행중인 사건으로 거래금액을 확정할 수 없음”이라는 이유로 거래사실 확인 불가통지를 하였다.
• 다) 청구법인은 이 사건 추가소송이 확정되어 거래금액이 확정되기를 기다렸다가 이 사건 추가소송이 2018.7.25. 확정되자, 2018.8.2. 처분청에 이 사건 추가소송 3심 판결문을 첨부하여 다시 거래사실의 확인을 신청하였다.
• 라) 처분청은 2018.9.21. “해당 거래에 대한 사실관계를 확인할 수 있는 객관적 증빙이 불명확하다”는 이유로 재차 거래사실 확인불가 통지를 하였다.
• 라. 판단 부가가치세법 제34조의2 【매입자발행세금계산서에 따른 매입세액공제 특례】제1항에서 “제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령이 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있는바, 살피건대, BB는 청구법인과의 직접적인 계약관계가 없었다는 주장이나, 청구법인은 BB가 이 사건 공사를 시행하면서 이 사건 도급계약서에 정한 범위를 넘어 추가공사를 시행하는 것을 용인하였고, 청구법인과 BB 사이에 추가공사대금을 정산하기로 하는 묵시적인 합의가 있었다고 보여지는 점, AA은 이 사건 도급계약의 계약당사자이기는 하나 2012.11.5. BB에게 이 사건 도급계약과 관련하여 자신이 보유하던 모든 권리를 양도하였고, BB는 그 무렵부터 AA을 대신하여 이 사건 공사를 시행한 점, BB가 제기한 이 사건 공사대금 소송 결과, 청구법인이 패소하여 860,434,356원을 BB에게 지급하였으며 청구법인의 세금계산서 발행 요구에 대하여 BB가 세금계산서를 발급하지 아니한 점 등으로 볼 때 청구법인은 추가공사로 인하여 BB로부터 공급대가 860,434,356원의 용역을 공급받은 것으로 판단된다. 따라서 청구법인은 BB를 공급자로 하여 공급대가 860,434,356원의 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있다고 할 것이므로 처분청이 청구법인의 매입자발행세금계산서 신청에 대하여 거부통지함은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.