매입자발행세금계산서 발급 대상금액이 청구법인이 신청한 금액인지, 당초 계약한 금액인지 여부

이건 심사청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 2015.12.21. AA산업(주)(이하 “AA산업”이라 한다)와 NN신도시 BB아파트 신축관련 부대토목공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 계약금액 1,800백만원으로 건설하도급계약(도급자: 청구법인, 수급자: AA산업)을 체결하였고, AA산업은 쟁점공사를 진행하면서 10회까지는 정상적으로 기성청구(청구금액 누계: 1,554백만원)를 하고 매출세금계산서를 발행하였으나,
• 나. 2016.12.31. 11회차 기성청구(이하 “쟁점기성청구”라 한다)를 하는 과정에 청구법인과 AA산업 당사자 간 다툼이 발생하여 쟁점공사의 잔여공사(기성청구 되지 않은 부분, 이하 “잔여공사”라 한다)에 대한 기성청구나 세금계산서 발행 없이 쟁점공사는 2017.2.22. 준공되었다.
• 다. 청구법인은 잔여공사에 대하여 AA산업과 정산이 이루어지지 않자, AA산업의 현장소장인 ○○○과 2017.2월 작성한 정산합의서(이하 “정산합의서”라 한다)를 근거로 잔여공사금액 246백만원 중 71백만원을 감액한 175백만원에 대하여 2017.4.28. 처분청에부가가치세법제34조의2에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하기 위하여 거래사실 확인신청서를 제출하였다.
• 라. 처분청은 CC세무서에 잔여공사에 대한 거래사실 확인을 요청하였고, CC세무서는 잔여공사에 대한 정산이 당사자 간 합의가 되지 않았다는 사유로 정산합의서에 적시된 감액금액 71백만원을 인정하지 않은 246백만원을 매입자발행세금계산서 대상금액으로 처분청에 통보하였으며, 처분청은 2017.7.6. 246백만원을 매입자발행세금계산서 대상금액으로 거래사실 확인통지서를 통보하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2017.8.1. 이의신청을 청구하여 2017.9.14. 기각되자 2017.11.20. 이 건 심사청구를 제기하였다.

가.부가가치세법제34조의2에 따른 매입자발행세금계산서제도는 2007.7.1.이후 거래분부터 “매입자보다 경제적으로 우월한 지위에 있는 재화․용역의 매출자가 과세표준 노출 등을 이유로 세금계산서 발급을 거부하는 사례를 방지하는 동시에 매입자의 세액공제를 허용”하는 취지로 도입된 것이고, 또한, 부가가치세법 시행령제71조의2 제7항은 “매입자발행세금계산서 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.” 라고 규정하고 있다.

• 나. AA산업은 2016.12.31. 11차 기성청구와 공사완료 후 정산한 금액으로 세금계산서를 발행하여야 하나 발행하지 아니하여, 청구법인이 부가가치세 신고 등 회계처리를 위하여 세금계산서를 발행하여 줄 것을 수차례 독촉하였으나, AA산업은 이에 응하지 아니하여 부득이 현장소장과 합의한 정산서류 등을 증빙으로 하여 매입자발행세금계산서를 신청하였다.
• 다. 매입자발행세금계산서제도의 취지는 매출자가 세금계산서 발행을 거부하는 사례를 방지하는 의미와 매입자를 보호하기 위한 제도이므로 청구법인은 납세의무를 성실히 다하기 위하여 세금계산서 수취를 위해 노력하였으나 매출자는 세금계산서를 발행하지 아니하였다.
• 라. 그러므로 처분청이 성실신고를 다하고자 노력한 청구법인의 정산금액을 인정하지 않고, 단순히 AA산업의 본사직원이 준공정산 과정에 입회하지 않았다고 하여 세금계산서 발행시기가 지났음에도 불구하고 발행하지 아니하고 있는 매출자의 주장을 인정한 처분청의 통지는 부당하다고 판단된다.
• 마. 또한, 매입자발행세금계산서 제도의 취지는 매출자가 세금계산서 발행을 거부하는 것을 방지하기위해 매입자가 증빙을 갖추어 신청하는 것이므로, 본 건과 관련하여서는 당초 계약금액이나 매입자가 주장하는 정산금액 등 어떤 금액으로도 매출자는 세금계산서를 발행할 의사가 전혀 없어 매입자가 입증책임을 가지고 매출자와 매입자가 당초 계약한 계약범위 내에서 매입자가 제출하는 증빙으로 거래사실을 확인하는 것이 제도의 취지에 적합하다고 생각한다.
• 바. 그러므로 매입자가 당초 계약보다 과다한 세금계산서발행을 요청한 것도 아닌 점, 공사현장이 있어 거래사실이 존재하고 있는 점, 공사계약금액은 당초 공사를 성실히 이행하겠다는 조건으로 합의한 것으로 계약금액 전액을 거래사실 존재로 볼 것이 아니라 매입자발행세금계산서 입법취지상 계약금액 중 계약당사자 간 다툼이 없고 매입자를 보호하기 위하여 특히 매입자가 인정하는 최소한의 금액을 우선 거래 사실이 존재하는 것으로 보아 그 금액으로 세금계산서를 발행하도록 하여야 할 것으로 판단된다. 매입자가 인정하는 금액과 당초 계약금액과의 차액은 추후 계약당사자 간 다툼을 하거나 매출자가 부당하다고 판단하면 지금이라도 세금계산서발행을 하면 되는 점 등으로 보아 우선 매입자가 증빙으로 제출한 금액을 인정하는 것이 합리적이라고 생각한다.
• 사. 한편, ‘이의신청 결정문’에 “당초 계약에 의해 확정된 금액인 246백만원을 매입자발행세금계산서 대상으로 하고 향후 협의나 소송 등을 통하여 정산이 완료된 후 수정세금계산서를 수수해야 한다는 처분청의 주장이 타당하다”는 판단에 대하여, 당사자 간 정산합의에 다툼이 있는 계약금액을 당초 계약한 금액이 확정되었다고 보아 그 금액으로 우선 세금계산서를 발행해야한다고 판단한 것은 매입자를 보호하기 위한 매입자발행세금계산서제도 취지에 맞지 않고, 오히려 매입자보호 차원에서 당사자 간 다툼이 없는 매입자가 신청한 금액으로 확인하고 추후에 정산하는 것이 취지에 맞는다고 보여 진다.

• 가. 부가가치세법 시행령제71조의2 제7항이 “신청서를 송부 받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.”고 규정한 의미는 청구법인이 제출한 증빙서류를 검토하여 적정한 공급일, 공급가액 및 부가가치세액을 공급자 관할세무서장이 결정한다는 의미이지 청구법인이 신청한 금액 그대로 결정하라는 취지는 아니다.
• 나. CC세무서는 청구법인이 제출한 거래 및 증빙자료를 바탕으로 쟁점공사에 대한 정산이 양 당사자 간 합의가 되지 않았기에 당초 계약금액을 기준으로 당초 계약금액의 잔금인 246백만원을 용역제공의 완료일인 2017.2.22.에 세금계산서를 발행해야 한다고 결정하였고, 양 당사자 간 다툼은 법원에서 소송으로 확정되어야 할 부분이며, 소송이나 합의를 통하여 정산이 이루어지면 거래사실 확인통지서상의 금액인 246백만원도 수정할 수 있으므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 매입자발행세금계산서 발급 대상금액이 청구법인이 신청한 175백만원인지, 당초 계약대로 246백만원인지 여부
• 나. 관련 법령 1) 부가가치세법 제34조의2 【매입자발행세금계산서에 따른 매입세액 공제 특례】

① 제32조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 제34조에 따른 세금계산서 발급 시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다.

② 제1항에 따른 세금계산서(이하 "매입자발행세금계산서"라 한다)에 기재된 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제37조, 제38조 및 제63조 제3항에 따른 공제를 받을 수 있는 매입세액으로 본다.

③ 제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 매입자발행세금계산서의 발급 대상 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 시행령 제71조의2 【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】

① 법 제34조의2 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 법 제32조에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(법 제61조제1항에 따른 간이과세자를 제외하며, 제73조 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다.

② 법 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 해당 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 3개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실 확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인 관할 세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

⑥ 신청인 관할 세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대해서는 거래사실 확인신청서가 제출된 날(제4항에 따라 보정을 요구하였을 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자 관할 세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할 세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실여부를 확인한 후 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1. 거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할 세무서장은 공급자 관할 세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

⑩ 제9항에 따라 신청인 관할 세무서장으로부터 제8항 제1호에 따른 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행하여 공급자에게 교부하여야 한다.

⑪ 제10항에도 불구하고 신청인 및 공급자가 관할 세무서장으로부터 제8항 제1호의 통지를 받은 때에는 신청인이 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부한 것으로 본다.

• 다. 사실관계 1) 청구법인이 DDD신탁(주)가 발주한 NN신도시 BB아파트 신축관련 신축공사를 시행하면서 쟁점공사와 관련하여 2015.12.21. AA산업과 계약한 건설업 표준하도급 계약서의 주요 내용을 보면,
• 가) 쟁점공사의 공사가액은 1,800백만원(부가세 제외)이며 기성청구는 월1회, 공사착공은 2015.12.21. 준공은 2017.2.28. 하는 것으로 되어 있다.
• 나) 계약서에는 2015.12.21. 원사업자는 청구법인(90%), MM건설(10%)이고 수급사업자는 GG산업(주)로 계약하였다가, 2016.10.28. 수급사업자가 AA산업(주)로 상호 변경되어 합의서를 재작성하였다.
• 다) 청구법인과 MM건설은 쟁점공사를 공동으로 시공하면서, 청구법인은 AA산업으로부터 매입세금계산서를 수취한 후에 공동경비를 안분 계산하여 MM건설에 청구하고 매출세금계산서를 발행하였다.
• 라) 계약서 내용 중 쟁점공사 계약서에 첨부된 ‘공사하도급 계약특수조건’ 제25조에 의하면, “공사 완료 후 실시공 물량에 대하여 계약단가에 의해 정산하며, 정산시 증액금액이 당초금액의 5% 이내일 경우 여하한 사유에 의한 것일지라도 변경 없이 정산 처리하는 것을 원칙으로 한다.”라고 되어 있는 등 계약해지 조건 및 분쟁해결 방법 등에 관한 내용은 다음과 같다. (생략)

2. AA산업은 쟁점공사와 관련하여 10회 기성분까지는 청구법인에게 정상적으로 기성청구하고 세금계산서를 발급하였다.

3. 2016.11.30.까지 기성청구금액누계 1,554백만원을 제외한 잔여공사금액 246백만원에 대하여 기성청구 등 진행과정을 살펴보면,

• 가) 2016.12.31. AA산업이 11회 기성청구(금액 110백만원)를 하였기에 청구법인은 2017.1.2.에 유선으로 전자세금계산서 발행을 요청하였으나 응답이 없어 2017.1.9. 매입자발행세금계산서 신청예정임을 공문으로 발송하였다.
• 나) 2017.1.9. AA산업은 11회 기성청구는 7호 사용인감이 도용되었으므로 기성청구를 부인하고 사용인감을 2호로 변경하겠다는 공문을 청구법인에게 발송하였으나 이후 기성청구가 없었다.
• 다) 2017.1.17. 청구법인은 AA산업에게 2017.1.19.까지 적법한 기성청구를 요청하였으나 이후 기성청구가 없었으며,
• 라) 2017.2.3. 청구법인은 “현장운영에 막대한 차질이 발생되고 있으니 2017.2.7.까지 체불금 완불 및 경기도 품질검수 지적사항과 미시공분에 대한 시공을 완료할 것을 요청하면서 기일 내에 쟁점공사가 완공이 안 될 경우 계약을 해지하겠다는 최고장을 발송하였다.
• 마) 이후 2017.2.22. AA산업은 쟁점공사를 준공하였고, 청구법인은 하도급변경(정산)계약체결에 대하여 2017.2.27.까지 회신하여 줄 것을 AA산업에게 통보하였다.
• 바) 2017.2.28. 청구법인은 AA산업의 현장소장인 ○○○이 확인한 최종 전체공사금액 1,901백만원(공급대가)으로 정산하여 2017.3.3.까지 정산계약관련 구비서류와 함께 잔여기성금액 192백만원(공급대가)을 청구할 것을 요청하였으며, 만약 기한까지 세금계산서를 미발행할 경우 매입자발행세금계산서를 신청하겠다고 통보하였으나,
• 사) 2017.3.10.까지 회신이 없어 최종 정산금액 1,901백만원(공급대가)에서 10회 기성청구 누계 1,709백만원(공급대가)을 차감한 192백만원(공급대가) 중 하자보수보증금액(110백만원, 공급대가) 및 폐기물처리비(18백만원, 공급대가)를 공제한 잔여미지급금 64백만원(공급대가)을 YY지방법원 00지원에 공탁하였다(공탁금은 이후 체납으로 RR세무서에서 수령하였음이 확인되었음).
• 아) 이후 2017.4.28. 매입자발행세금계산서 발급을 위한 거래사실확인 신청서를 처분청에 제출하였다.

4. 처분청은 청구법인의 매입자발행세금계산서 신청에 따라 AA산업의 관할세무서(CC세무서)에 거래사실확인을 요청하였고, CC세무서는 잔여부분에 대한 정산이 당사자 간 합의가 이루어지지 않았다는 사유로 246백만원 전액을 매입자발행세금계산서 대상금액으로 처분청에 통보하였으며, 2017.7.6. 처분청은 246백만원을 매입자발행세금계산서 대상금액으로 거래사실 확인통지서를 청구법인에게 통보하였다.

• 가) 이에 청구법인은 이의신청을 제기하여 기각 결정되었다.
• 나) 청구법인은 처분청의 이의신청 결정에 따라 246백만원으로 세금계산서를 발행하여 AA산업에 통보하였으나 반송되었고, 쟁점공사에 대하여 하자보수를 3회 요청하였으나 반송되는 등 현재 전혀 연락이 안 되는 상태라는 주장이다.

5. 청구법인은 2017.2.28. AA산업의 현장소장인 ○○○이 확인한 정산합의서가 전체공사의 최종금액(1,901백만원, 공급대가)이라고 주장하면서 매입자발행세금계산서를 신청하였다.

6. CC세무서는 청구법인의 매입자발행세금계산서 신청내용을 확인하는 과정에서 AA산업의 대표이사로부터 청구법인이 주장하는 변경합의서는 인정할 수 없고, 잔여공사금액 246백만원에 대해 세금계산서를 발행할 것이라는 확인서를 제출받았다.

7. 처분청에서 청구법인에게 쟁점공사의 잔여부분에 대하여 AA산업과 합의한 사실이 있는지 2017.8.23. 공문으로 문의하였으나, 청구법인은 유선으로 “현장소장과 작성한 정산합의서 외에는 AA산업과 합의된 사실은 없다.”고 답변하였다.

• 라. 판단 앞에서 본 관련 법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 부가가치세법 시행령제71조의2 제2항은 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자는 해당재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 3개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다고 규정하고 있으며, 제7항에서 거래사실확인신청서를 송부 받은 공급자 관할세무서장은 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 하고 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 매입자발행세금계산서 신청인에게 있다고 규정하고 있는바, 청구법인은 AA산업의 현장소장과 작성한 정산합의서를 근거로 잔여공사금액 175백만원이 매입자발행세금계산서 발급대상이라고 주장하나, 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 청구법인에게 있고, 처분청이 확인해야 할 것은 청구법인이 신청한 금액에 한정되는 것이 아니라 청구법인이 제출한 증빙을 검토하여 거래사실에 부합하는 금액을 확인해야 한다는 것으로 보이므로 이러한 것을 고려하여 볼 때, 당사자인 AA산업의 대표이사는 정산합의서를 부인하고 있어 정산합의서만으로는 175백만원을 잔여공사금액으로 보기는 어려운 점, 반면 실제 공사를 하였고 당초 계약금액이 1,800백만원(공급가액)이며, 기성청구 금액이 1,554백만원이라는 점에 대해서는 당사자 간 다툼이 없으므로 당초 계약대로 246백만원을 매입자발행세금계산서 발급 대상금액으로 하고 향후 정산이 완료된 후 수정세금계산서를 수수하는 것이 타당하다고 보이므로 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.