쟁점거래에 대한 조사는 중복조사에 해당하지 아니함

이건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2001. 11. 20. 설립하여 부산 OO구 OO로 74에서 건설업을 영위하고 있는 법인이다.
• 나. 처분청은 2013. 3. 27.부터 2013. 4. 25.까지 청구법인의 2009사업연도 및 2010사업연도에 대한 법인통합조사(이하 “1차 세무조사”라 한다)를 실시하여, 청구법인이 OO건설(부산 동래구 소재)로부터 공급가액 합계 677백만원의 사실과 다른 세금계산서(2009년 제2기 45백만원, 2010년 제2기 632백만원)를 수취한 것을 확인하고 부가가치세 및 법인세 과세표준과 세액을 경정하고, 통고처분 하였다.
• 다. 처분청은 2014. 4. 29.부터 2014. 6. 2.까지 OO건설에 대한 거래질서 조사를 실시하여, OO건설이 2009년 제1기∼2010년 제2기(이하 “쟁점과세기간”이라 한다)에 청구법인에게 총 1,995백만원(위 677백만원 포함)의 사실과 다른 세금계산서를 발급하였음을 확인하고 과세자료(이하 “쟁점과세자료”라 한다)를 파생하였다.
• 라. 처분청은 2016. 4. 18. OO건설로부터 파생된 과세자료에 대한 청구법인의 신고 적정성을 검증하기 위하여 쟁점과세기간에 청구법인과 OO건설 간 거래에 대한 부가가치세 부분조사(조사기간: 2016. 4. 18.∼ 2016. 5. 20, 이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시한다는 내용으로 청구법인에게 세무조사 통지를 하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2016. 6. 15. 이의신청을 거쳐, 2016. 7. 14. 심사청구를 제기하였다.

• 가. 처분청은 청구법인에 대하여 다음과 같이 세무조사를 실시한 사실이 있다.

1. 처분청은 2013. 3. 27.부터 2013. 4. 25.까지 청구법인에 2009사업연도 및 2010사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하여 청구법인이 허위세금계산서를 수취하였음을 적발하여 부가가치세 및 법인세를 부과하고 청구법인에게 범칙행위에 대하여 통고처분까지 하였다.

2. 처분청은 2014. 4. 29.부터 2014. 6. 2.까지 OO건설에 대하여 세무조사를 실시하고 OO건설의 실사업자가 청구법인의 대표이사 서OO이라고 하여 서OO을 검찰에 고발하였다.

• 나. 청구법인에 대한 쟁점세무조사는 중복조사의 예외사유에 해당하지 않는다. 1) 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 의 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우라 함은 조세의 탈루사실에 대한 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며, 이러한 자료에는 종전세무조사에서 이미 조사된 자료는 인정되지 않는 것이다(대법원2010두6083, 2011. 1. 27.)

2. 또한 국세기본법시행령 제63조의2 제2호 전단에서 정하고 있는 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사’에서의 ‘각종 과세자료’란 세무조사권을 남용하거나 자의적으로 행사할 우려가 없는 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위하여 작성하거나 취득하여 과세관청에 제공한 자료로서, 국세의 부과․징수와 납세의 관리에 필요한 자료를 의미하고, 이러한 자료에는 과세관청이 종전 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료는 포함되지 않는 것이다(대법원2014두43257, 2015. 5. 28.).

• 다. 상기와 같이 청구법인은 쟁점과세기간에 대하여 이미 세무조사를 받았으므로 동일한 세목에 대하여 동일한 과세기간을 조사하는 쟁점세무조사 통지는 중복조사에 해당하여 위법하므로 취소되어야 한다.(참고: 대법원2004두12070, 2006. 6. 2.)

가. 2016. 4.

18. 세무조사 통지한 쟁점세무조사는 2013.

3. 27부터 2013.

4. 25.까지 시행한 법인통합조사와 같은 과세기간에 해당하나, 국세기본법 제81조의4 (세무조사권 남용금지) 제2항 제1호에서 ‘명백한 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’가 있는 경우에는 재조사를 할 수 있다고 규정하고 있으며,

• 나. 국세기본법 시행령 제63조의2 (세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 제2호에 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우’에는 재조사를 할 수 있다고 규정하고 있어 쟁점세무조사는 중복조사 예외사유에 해당되어 위법한 세무조사가 아니다.

• 가. 쟁점 쟁점세무조사가 중복조사에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제81조의4 【세무조사권 남용 금지】

① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정 또는 제81조의15 제4항 제2호에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

○ 국세기본법시행령 제63조의2 【세무조사를 다시 할 수 있는 경우 】 법 제81조의4 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 조세범처벌절차법 제2조 제1호 에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 조세범처벌절차법 제5조 제1항 제1호 에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

○ 조세범처벌절차법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. (2011. 12. 31. 개정)

1. “조세범칙행위”란 조세범 처벌법 제3조 부터 제14조까지의 죄에 해당하는 위반행위를 말한다. (2011. 12. 31. 개정)

2. “조세범칙사건”이란 조세범칙행위의 혐의가 있는 사건을 말한다. (2011. 12. 31. 개정)

3. “조세범칙조사”란 세무공무원이 조세범칙행위 등을 확정하기 위하여 조세범칙사건에 대하여 행하는 조사활동을 말한다. (2011. 12. 31. 개정)

○ 조세범처벌법 제3조 【조세 포탈 등】

① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급ㆍ공제받은 세액(이하 “포탈세액등”이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 3년 이하의 징역 또는 포탈세액등의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. (2010. 1. 1. 개정)

1. 포탈세액등이 3억원 이상이고, 그 포탈세액등이 신고ㆍ납부하여야 할 세액(납세의무자의 신고에 따라 정부가 부과ㆍ징수하는 조세의 경우에는 결정ㆍ고지하여야 할 세액을 말한다)의 100분의 30 이상인 경우 (2010. 1. 1. 개정)

2. 포탈세액등이 5억원 이상인 경우 (2010. 1. 1. 개정)

○ 조세범처벌법 제10조 【세금계산서의 발급의무 위반 등】

① 부가가치세법에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 작성하여 발급하여야 할 자와 매출처별세금계산서합계표를 정부에 제출하여야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. (2010. 1. 1. 개정)

1. 세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 경우 (2010. 1. 1. 개정)

2. 거짓으로 기재한 매출처별세금계산서합계표를 제출한 경우 (2010. 1. 1. 개정)

② 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자와 매입처별세금계산서합계표를 정부에 제출하여야 할 자가 통정하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 경우에는 1년 이하의 징역 또는 매입금액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. (2010. 1. 1. 개정)

1. 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 경우 (2010. 1. 1. 개정)

2. 거짓으로 기재한 매입처별세금계산서합계표를 제출한 경우 (2010. 1. 1. 개정)

③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 그 세금계산서 및 계산서에 기재된 공급가액이나 매출처별세금계산서합계표, 매입처별세금계산서합계표에 기재된 공급가액 또는 매출처별계산서합계표, 매입처별계산서합계표에 기재된 매출ㆍ매입금액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. (2010. 1. 1. 개정)

1. 부가가치세법에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위 (2010. 1. 1. 개정)

2. 소득세법 및 법인세법에 따른 계산서를 발급하거나 발급받은 행위 (2010. 1. 1. 개정)

3. 부가가치세법에 따른 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 정부에 제출한 행위 (2012. 1. 26. 개정)

4. 소득세법 및 법인세법에 따른 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 거짓으로 기재하여 정부에 제출한 행위 (2010. 1. 1. 개정)

④ 제3항의 행위를 알선하거나 중개한 자도 제3항과 같은 형에 처한다. 이 경우 세무를 대리하는 세무사ㆍ공인회계사 및 변호사가 제3항의 행위를 알선하거나 중개한 때에는 세무사법 제22조 제2항 에도 불구하고 해당 형의 2분의 1을 가중한다. (2010. 1. 1. 개정)

• 다. 사실관계

1. 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 처분청은 2013. 3. 27.부터 2013. 4. 25.까지 청구법인에 대하여 세무조사를 실시하였는바, 다음과 같은 사실이 확인된다.

• 가) 조사원증 확인 내용 <표1> 조사원증 확인내용 구 분 내 용 조사자 동래세무서 조사과 이**외 2명 조사대상자 청구법인 조사대상 세목 법인세 조사대상기간

2009. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지 조사기간

2013. 3. 27.부터 2013. 4. 25.까지 조사목적 2009사업연도부터 2010사업연도까지 신고내용을 검토한 결과 손익계산서 및 공사원가명세서상 원가과다계상 등이 있는 것으로 분석 되어, 신고의 적정성을 검증하기 위하여 조사대상자로 선정

• 나) 청구법인의 대표자 서OO은 청구법인이 OO건설로부터 공급가액 기준으로 2009년 제2기 45,454천원, 2010년 제2기 631,909천원의 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다는 내용의 확인서를 제출하였다.
• 다) 처분청은 2013. 6. 10. 확인서 내용에 따라 매입세액 불공제하여 청구법인에게 2013. 6. 30. 납기로 각 8,485천원, 111,051천원을 경정․고지하였으며, 청구법인은 동 세액을 완납하였다.
• 라) 처분청은 청구법인이 OO건설과 통정하여 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 조세를 포탈한 것에 대하여 2013 5. 7. 청구법인에게 67,736천원의 벌금을 부과하는 내용의 통고서를 발부하였으며, 청구법인은 2013. 5. 31. 이를 납부하였다.

2. 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 처분청은 2014. 4. 29.부터 2014. 6. 2.까지 OO건설에 대하여 세무조사를 실시하였는바, 다음과 같은 사실이 확인된다.

• 가) 조사원증 확인 내용 <표2> 조사원증 확인내용 구 분 내 용 조사자 동래세무서 조사과 조**외 2명 조사대상자 OO건설 조사대상 세목 부가가치세 조사대상기간

2010. 7. 1.부터 2010. 12. 31.까지 (조사범위확대, 조사대상기간: 2009. 6. 2.∼2010. 12. 31.) 조사기간

2014. 4. 29.부터 2014. 6. 2.까지 조사목적 신고내용을 검토한 결과 사실과 다른 세금계산서를 주고 받는 등 신고내용과 실제 거래내용이 일치하지 아니하여, 신고의 적정성을 검증하기 위하여 조사대상자로 선정

• 나) OO건설의 대표자 서OO은 세무서 내방 시 청구법인의 작업복을 착용하고 있었으며, 조사공무원이 OO건설의 매입․매출처에 대하여 대하여 질문하자, 자신이 거래처와 계약서 등을 작성하거나 세금계산서를 발급한 사실이 없고, 거래처에 대하여는 아는 바가 없으며, OO건설의 매출․매입은 모두 청구법인의 것이고 청구법인에서 OO건설을 관리하였다고 진술하였다.
• 다) 처분청은 OO건설이 2009년 제1기∼2010년 제2기에 발행한 매출세금계산서와 수취한 매입세금계산서 전액을 가공세금계산서로 보아 OO건설이 자료상에 해당되는 것으로 판단하고, OO건설과 실행위자인 청구법인의 대표자 서OO이 1과세기간에 3억원 이상의 실거래 없는 거짓세금계산서 발급자 및 수취자로서 이들을 범칙처분 대상자로 분류하였으나, 통고이행의 자력이 없을 것으로 보고 통고처분 없이 고발하였다.
• 라) 처분청은 2014. 12. 4. 2009년 제1기∼2010년 제2기 총계 1,955백만원을 OO건설의 청구법인에 대한 위장가공매출자료로 보아 처분청 앞으로 과세자료를 파생하였다.

3. 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 처분청은 2016. 4. 18.부터 청구법인에 대한 세무조사를 실시하고 있는바, 다음과 같은 사실이 확인된다.

• 가) 조사통지서 확인 내용 <표3> 조사통지서 확인내용 구 분 내 용 조사자 동래세무서 조사과 문**외 2명 조사대상자 청구법인 조사대상 세목 부가가치세 조사대상기간

2009. 1. 1.부터 2010. 12. 31.까지 조사기간

2016. 4. 18.부터 2016. 5. 20.까지 조사목적 2009년 제1기부터 2010년 제2기까지 OO건설과의 거래에 대한 과세자료가 발생되어 신고의 적정성을 검증하기 위하여 조사대상자로 선정

• 나) 쟁점세무조사는 청구법인의 소명자료 준비를 위한 조사중지(중지기간: 2016. 5. 3.∼2016. 6. 3.)로 인하여 2016. 6. 21.까지 조사기간이 변경되었다가 이 건 불복으로 현재 조사중지된 것으로 확인된다.
• 라. 판단 국세기본법 제81조의4 제2항 은 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우(제1호), 그 밖에 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우(제6호)에는 재조사를 할 수 있다고 규정하고 있고, 국세기본법시행령 제63조의2 제3호 는 조세범처벌절차법 제2조 제1호 에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 세무조사를 다시 할 수 있다고 규정하고 있으며, 조세범처벌절차법 제2조 는 “조세범칙행위”란 조세범처벌법 제3조 부터 제14조까지의 죄에 해당하는 위반행위를 말한다고 규정하고 있고, 조세범처벌법 제3조 는 조세포탈(사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자), 같은 법 제10조는 세금계산서의 발급의무 위반 (거짓으로 기재한 세금계산서를 수수한 자)을 조세범칙행위로 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점과세자료가 청구법인에 대한 종전세무조사에서 이미 조사된 자료라는 이유로 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 에 따른 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우로 보기 어렵다고 주장하나, 쟁점과세자료는 청구법인에 대한 1차 세무조사가 아닌 OO건설에 대한 조사OO에서 확인되어 청구법인에 대한 종전세무조사에서 이미 제시된 자료에 근거하여 조사된 자료로 보기 어렵고, 또한 OO건설과 청구법인의 대표자 서OO이 쟁점과세자료와 관련하여 조세범처벌절차법 제2조 에 따른 조세범칙행위(거짓세금계산서 발급 및 수취 혐의 등)로 검찰에 고발되어 기소된 점 등으로 보아 쟁점과세자료는 국세기본법시행령 제63조의2 제3호 에서 규정하고 있는 “조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료”로 보이는바, 쟁점세무조사를 중복조사로 보기는 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점과세자료를 근거로 청구법인에 대하여 쟁점세무조사를 실시한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.