공급자가 직권폐업된 매입자발행세금계산서 발행신청에 대한 거래사실 확인불가통지는 정당함

이 건 심사청구는 기각합니다.

• 가. 청구법인은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 ㅇㅇ번길에서 건물신축 판매업 등을 영위하는 법인으로서, 2012.04.18. 도,소매 고철업을 영위하는 ㅇㅇ개발(주)(이하 “ㅇㅇ개발”이라 한다)와 ㅇㅇ콘도 철거시 발생되는 고철을 총 750백만원에 매입하는 물품매매계약을 체결한 후, 물품대금으로 2012.4.18. 계약금 300백만원, 2012.4.30. 1차중도금 등 180백만원, 총 480백만원(이하 “쟁점거래”라 한다)을 ㅇㅇ개발 등에게 지급하였다.
• 나. ㅇㅇ개발은 2012.5.16.자로 ㅇㅇ콘도현장 건으로 청구법인을 공급받는자로 하여 470백만원(공급가액)의 전자세금계산서를 발행하였으나 2012.6.30. 계약의 해제사유로 당초 발행한 전자세금계산서를 취소하였다.
• 다. 매입세금계산서를 수취하지 못한 청구법인은 조세특례제한법 제126조의4 의 규정에 의한 매입자발행세금계산서 발행을 위하여 청구법인의 관할 ㅇㅇ세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에게 쟁점거래에 대하여 2012.7.25. 거래사실확인을 신청하였다.
• 라. 처분청은 공급자인 ㅇㅇ개발의 관할 ㅁㅁ세무서장에게 청구법인의 거래사실확인신청서를 송부한 바, ㅁㅁ세무서장은 ㅇㅇ개발의 폐문 및 연락두절로 쟁점거래에 대한 거래사실 확인이 불가하다는 내용을 2012.8.23. 처분청에 통보함에 따라 처분청은 2012.8.24. 청구법인에게 거래사실 확인불가 통지를 하였다. * ㅇㅇ개발: 2012.8.21. 사업자등록 직권말소 처리됨
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2012.10.12. 이 건 심사청구를 제기하였다.

• 가. 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인 신청에 대한 경위 청구법인은 ㅇㅇ개발로부터 ㅇㅇ콘도 철거시 발생되는 고철에 대하여 2012.4.18. 물품매매계약을 1,000백만원에 계약을 체결하였으나 당초 ㅇㅇ개발에서 말한 물량차이가 있어 2012.4.28. 물품매매대금을 750백만원으로 한 변경계약을 체결하였다. 물품 매매대금으로 청구법인은 계약금 300백만원을 ㅇㅇ개발에 지급을 하였고, 1․2차 중도금은 ㅇㅇ콘도의 철거업체인 (주)ㅇㅇ산업개발에게 지급하는 것으로 각서를 받아 2012.4.30. 70백만원, 2012.5.11. 90백만원을 (주)ㅇㅇ산업개발 통장으로 지급을 하였으며, 휀스 대금조로 2012.5.3. ㅇㅇ개발에 10백만원을 ㅇㅇ개발의 대리인인 김ㅇㅇ가 요청한 김ㅁㅁ 명의로 된 계좌로 2012.5.11. 10백만원을 지급을 하여 총 480백만원을 ㅇㅇ개발에 지급하였다. ㅇㅇ개발은 2012.5.16.자로 ㅇㅇ콘도 현장건으로 청구법인에게 470백만원의 전자세금계산서를 발행을 한 후, 일방적으로 2012.6.30.에 계약해지라는 명목으로 기 발행한 전자세금계산서를 취소를 함에 따라 그 취소 이유를 들어보니 ㅇㅇ개발에서 발행한 세금계산서에 대하여 부가가치세를 지급하면 정상적으로 처리해 주겠다고 하였다. 부가가치세는 물품을 팔 때 당연히 물품가격에 포함되어 있을 뿐만 아니라 청구법인은 물품대금으로 부가가치세를 지급하고 구매하였음에도 별도로 부가가치세를 지급하라고 하는지 이해가 되지 않아 ㅇㅇ콘도 현장건 470백만원에 대하여 부가가치세 포함으로 세금계산서를 발행을 해 달라고 ㅇㅇ개발에 요청을 하였으나 거절을 당하였다. ㅇㅇ개발에서 건물철거에 따른 행정조치(철거신고 및 석면처리신고서 등)을 하여야 하나 관할 시청에 신고자체가 되어 있지 않는 등 행정처리가 원활하게 이루어지지 않아 현재 청구법인이 내부철거를 하여 수거한 비철 및 집기는 362백만원이고 나머지 철거는 언제 이루어질지 모르는 상황임 청구법인은 ㅇㅇ개발에 480백만원을 지급을 하였는데 ㅇㅇ개발의 잘못으로 더 이상의 철거가 이루어지지 않고 있으며 현재까지 청구법인이 고철로 회수한 금액인 362백만원이므로 부가가치세 포함으로 매입자발행세금계산서를 처분청에 요청하게 된 것임
• 나. 처분청의 거래사실 확인불가 통지서에 대한 경위 ㅁㅁ세무서장은 ㅇㅇ개발이 폐문이고 연락이 되지 않는 사유로 거래사실이 확인이 안 된다고 하면서 ㅇㅇ개발의 사업자등록을 직권폐업 처리하였으나, ㅁㅁ세무서 직원과 ㅇㅇ개발 담당이사와 연락이 되었으나 ㅇㅇ개발 담당이사가 ㅁㅁ세무서에 방문을 하지 않았고 그 후 신규로 사업자등록을 신청을 했다는 사실을 ㅁㅁ세무서 담당직원으로부터 얘기를 들었는데 이는 분명히 청구법인이 신청한 매입자발행세금계산서 신고부분에 대하여 충분하게 ㅁㅁ세무서에서 조사를 할 수 있는 상황이었다.
• 다. 결론 청구법인은 ㅇㅇ개발과 계약체결을 하여 계약금 및 중도금 합계 480백만원을 지급하였고 청구법인이 비철 및 집기철거에서 회수한 금액이 362백만원이므로 그 금액은 ㅇㅇ개발과 정상적으로 거래를 하여 물품을 받은 것이므로 처분청의 거래사실 확인불가 통지서 자체를 인정할 수 없으며, 청구법인이 매입자발행 세금계산서를 신청하여 그 조사를 하는 중에 ㅁㅁ세무서에서 거래처인 ㅇㅇ개발을 직권폐업 처리 했다는 것은 도저히 이해가 되지 않는다. 청구법인은 거래처에 물품에 대한 대금을 정상적으로 지급을 하였고 그에 대한 세금계산서를 받아야 부가가치세를 환급을 받을 수 있는데 거래처의 일방적인 이유로 인하여 기 발행된 세금계산서를 취소함에 따라 막대한 피해를 입고 있으며, 거래처에게 물품대로 지급한 480백만원에 대한 세금계산서를 처분청에 청구하지 않고 청구법인이 거래처로 부터 물품을 공급받아 판매한 362백만원만 청구를 하였는데 청구법인의 입장에서는 거래처에게 지급한 대금은 대금대로 또한 부가가치세도 환급을 받지 못하는 억울한 실정이므로 다시 한번 거래처에 대하여 조사를 하여 거래사실 관계를 확인해 주어야 할 것이다.

청구법인의 거래처인 ㅇㅇ개발의 관할 ㅁㅁ세무서에서 거래사실 확인을 위해 ㅇㅇ개발 사무실을 두 차례 방문하였으나 두 번 모두 문이 닫혀있었고 사무실 전화로 수차례 연락을 시도하였으나 연락이 되지 않아 거래사실 및 금융거래 내역에 대하여 사실상 확인이 어렵기 때문에 조세특례제한법 시행령 제121조 의 4 제8항 규정에 의거 거래사실이 확인되지 아니한 경우에 해당하여 연락두절 및 폐문으로 인한 ‘거래사실 확인 불가’로 당초 처분한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인의 매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인신청에 대한 거부처분의 당부
• 나. 관련법령

1. 조세 특례제한법 제126조의4【매입자발행세금계산서에의한 매입세액 공제 특례】

① 부가가치세법 제16조 에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세법제16조에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장의 확인을 받아 세금계산서를 발행할 수 있다. 2) 조세특례제한법 시행령 제121조의4 【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】

② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 "신청인"이라 한다)는 부가가치세법 제16조 에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다.

④ 제2항에 따른 신청을 받은 관할세무서장은 신청서에 재화 또는 용역을 공급한 자의 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 신청일부터 7일 이내에 일정한 기간을 정하여 보정요구를 할 수 있다.

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다.

1. 제2항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우

2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴·폐업자와 거래한 것이 명백한 경우

⑥ 신청인 관할세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대하여는 거래사실확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할세무서장에게 송부하여야 한다.

⑦ 제6항에 따라 신청서를 송부받은 공급자 관할세무서장은 신청인의 신청내용, 제출된 증빙자료를 검토하여 거래사실여부를 확인하여야 한다. 이 경우 거래사실의 존재 및 그 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있다.

⑧ 공급자 관할세무서장은 신청일의 다음달 말일까지 거래사실여부를 확인하여 다음 각 호의 구분에 따른 통지를 공급자와 신청인 관할세무서장에게 하여야 한다. 다만, 공급자의 부도, 일시 부재 등 기획재정부령이 정하는 불가피한 사유가 있는 경우에는 거래사실 확인기간을 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있다.

1. 거래사실이 확인되는 경우: 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록번호, 작성연월일, 공급가액 및 부가가치세액 등을 포함한 거래사실 확인 통지

2. 거래사실이 확인되지 아니하는 경우: 거래사실 확인불가 통지

⑨ 신청인 관할세무서장은 공급자 관할세무서장으로부터 제8항의 통지를 받은 후 즉시 신청인에게 그 확인결과를 통지하여야 한다.

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 ㅇㅇ번길에서 건물신축 판매업 등을 영위하는 법인으로서, 2012.04.18. 도,소매 고철업을 영위하는 ㅇㅇ개발(주)와 ㅇㅇ콘도 철거시 발생되는 고철을 1,000백만원에 매입하는 물품매매계약을 체결한 후, 2012.04.28.자로 매매대금을 750백만원으로 하여 변경계약을 체결하였는바, 그 계약서의 주요내용은 다음과 같다.

• 가) 물품소재지: ㅇㅇ시 소재 ㅇㅇ콘도
• 나) 물품명: 고철 및 비철, 건물 부착시설물, 철구조물 등 일체
• 다) 물품인도기간

• 1차인도: 집기 비품 및 고․비철 등 부착물 일체도 계약일 즉시 반출하고, 을의 일정으로 철거 반출한다.

• 2차인도: 폐철근 등은 건물의 철근콘크리트 철거일로부터 을의 일정으로 반출한다.

• 잔여분: 철거 시작일 기준 2개월 한으로 정한다.

• 라) 매매대금 및 지불방법

• 계약금(300백만원): 2012.4.18.에 지불한 계약금으로 대체한다

• 1차중도금(70백만원): 2012.4.30. 지불한다

• 2차중도금(110백만원): 2012.5월에 지불한다

• 잔금(270백만원): 철근 반출이 시작된 이후 잔금에 해당하는 잔여 철근 반출시 지불한다.

• 마) 매도자(갑): ㅇㅇ개발(주), 매수자(을): 청구법인 ※ ㅇㅇ콘도 철거공사와 관련 도급자인 AAAA(주)는 ㅇㅇ개발을 수급자로 하여 철거공사 하도급계약(공사금액 평당 16만원, 16억원)을 2012.4.13. 체결함(고철대금은 5억원으로 정하고 발주자에게 납부함)

2. 청구법인이 물품매매계약과 관련 대금을 이체(총 480백만원)한 내역은 다음과 같다.

• 가) 2012.04.18. 인터넷뱅킹 이체 (3억원): 수령자〔ㅇㅇ개발〕
• 나) 2012.04.30. 인터넷뱅킹 이체(70백만원): 수령자〔(주)ㅇㅇ산업개발〕
• 다) 2012.05.03. 인터넷뱅킹 이체 (10백만원): 수령자〔ㅇㅇ개발〕
• 라) 2012.05.11. 인터넷뱅킹 이체 (90백만원): 수령자〔(주)ㅇㅇ산업개발〕
• 마) 2012.05.11. 인터넷뱅킹 이체 (10백만원): 김ㅁㅁ * 청구법인이 제출한 서류에 의하면 (주)ㅇㅇ산업개발은 콘도 철거와 관련 시공비를 수령하는 즉시 모든 권리를 포기한다는 ‘각서’를 작성하여 청구법인 등에게 교부한 것으로 나타난다.

3. ㅇㅇ개발은 2012.5.16.자로 ㅇㅇ콘도 현장 건으로 청구법인을 공급받는자로 하여 공급가액 470백만원의 전자세금계산서를 발행하였으나, 2012.6.30. 계약의 해제사유로 당초 발행한 전자세금계산서를 취소한 사실이 청구법인이 제시한 세금계산서 사본에 의해 확인된다.(ㅇㅇ개발은 청구법인이 부가가치세를 지급하면 세금계산서를 정상적으로 처리해 주겠다는 말을 하였다고 청구법인은 진술하고 있음)

4. 매입세금계산서를 수취하지 못한 청구법인은 조세특례제한법 제126조의4 의 규정에 의한 매입자발행세금계산서 발행을 위해 처분청에 쟁점거래에 대하여 2012.7.25. 거래사실확인 신청을 하였고, 처분청은 공급자의 관할세무서인 ㅁㅁ세무서장에게 청구법인의 거래사실확인신청서를 송부한 결과 ㅁㅁ세무서장은 ㅇㅇ개발이 폐문 및 연락두절 등으로 거래사실 확인이 불가하다는 내용을 2012.8.23. 처분청에 통보함에 따라, 처분청은 2012.8.24. 청구법인에게 거래사실 확인불가 통지를 하였다.

5. ㅁㅁ세무서에서 이 건 거래사실 확인 신청과 관련하여 확인한 주요 내용은 다음과 같다. ㅇㅇ개발 사무실에 두 차례(8.14, 8.16)방문하였으나 모두 문이 닫혀 있으며, 8월중 사무실 전화로 수차례 연락시도 했으나 전혀 받지 않음 금융내역의 경우 5.11.자 9천만원 등 금액이 곧바로 ㅇㅇ개발에 지급된 것이 아니라 당사자간 합의에 의해 (주)ㅇㅇ산업개발로 지급되었다고 주장하나 이 또한 ㅇㅇ개발의 연락 두절 등으로 사실상 확인이 어려움 * ㅁㅁ세무서장은 ㅇㅇ개발에 대하여 2012.08.21.자로 직권폐업 처리함

6. 청구법인은 2012년 제1기에 고철매각대금 329,410,000원을 부가가치세 신고시 신고하였으며, 이 건 심사청구시 ㅇㅇ콘도 고철 등에 대한 현황자료를 다음과 같이 제시하고 있다. 품 명 금 액(원) 내 역 비 고 태양열 매각대 120,000,000 (주)BB에 매각 통장사본 첨부 발전기 매각대 34,000,000 〃 통장사본 첨부 잡신주 매각대 7,164,000 1,990㎏ ×3,600원 계량증명서 첨부 잡스텐 매각대 7,080,000 5,900㎏×1,200원 계량증명서 첨부 운임 등 750,000 고철 및 스텐 52,809,550 136,110㎏×388원 계량증명서 첨부 전선, 동, 피선 65,479,000 18,255㎏×3,586원 계량증명서 첨부 고철 매각대 9,815,400 25,830㎏×380원 계량증명서 첨부 피선, 작업철 등 30,615,400 10,980㎏×2,788원 계량증명서 첨부 TV, 에이컨 2,000,000 (주)BB에 매각 부가세 입금 286,650 계 330,000,000

• 라. 판단 청구법인이 매입자발행 세금계산서 발행을 위하여 처분청에 거래사실 확인신청을 하였는바, 처분청은 청구법인에게 거래사실 확인불가 통지를 한 것에 대하여 청구법인은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 대하여 살펴보면, 청구법인이 ㅇㅇ개발과 물품매매계약서 계약내용에 따라 계약금 및 중도금 등 대금을 지급한 사실은 있으나, 고철 공급자인 ㅇㅇ개발이 청구법인을 공급받는자로 하여 2012.5.16.자로 전자세금계산서(공급가액 470백만원, 부가가치세 47백만원)를 발행하였다가 계약해제 사유로 2012.6.30.자로 당초 발행한 세금계산서를 취소한 사실이 나타나므로, 청구법인과 ㅇㅇ개발간 당초계약이 해지 또는 존속이 되었는지 여부가 확인되지 않고 있는 점, 청구법인은 대금지급 증빙, 고철 계량증명 및 고철판매 내역을 제시하고 있지만 그 대금지급과 관련 고철 등을 ㅇㅇ개발로부터 직접 공급받았다는 거래명세서 등 구체적인 물품 공급흐름과 관련된 증빙을 제시하지 않고 있어, ㅇㅇ개발로부터 직접 공급받았는지 여부 및 물품대금과 별도로 부가가치세를 실질적으로 부담한 사실 관계가 명확하지 아니한 점, 현재 ㅇㅇ개발의 사업자등록이 직권폐업 조치되어 사실상 거래사실 확인이 어려운 점 등을 종합적으로 고려하면, 처분청이 이 건 거래사실 확인신청에 대한 거래사실 불가통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.