경정청구 기한이 지난 환급신청은 고충민원으로 보아 환급가산금을 지급하지 않음

청구법인의 주장 중 2003년 제1기 부가가치세 국세부과제척기간 경과여부는 “각하”하고, 국세환급가산금 지급대상 여부는 “기각”한다.

청구법인은 1999년 12월 ○○○○시설공단과 경춘선 복선전철화 6-8 공구에 대한 철도건설용역 공급계약을 체결하고 당초 과세로 신고 후 경춘선 춘천구간(이하 “ 쟁점공사 ”라 한다)의 철도건설용역에 대하여는 영세율이 적용되는 거래에 해당되는 것으로 보아 수정세금계산서를 교부한 후 2008.7.25. ○○세무서(이하 “ 처분청 ”이라 한다)에 경정청구를 하였으나 2008년 12월 쟁점공사 구간은 도시철도건설용역에 해당되지 않는다는 사유로 거부되었고, 2010.1.25. 국토해양부의 유권해석을 첨부하여 재차 경정청구한 결과 2010년 8월 2005년～2007년 과세기간분에 대해서는 영세율적용에 따른 부가가치세를 환급받았으나 2010.10.28. 청구법인은 이에 불복하여 2003년～2004년 부가가치세 환급을 구하는 이의신청한 바 2010.12.10. 처분청은 2003년 제2기～2004년 2기분 부가가치세만 환급하면서 2003년 제1기분 126,373,471원은 부과제척기간 만료를 이유로 환급을 제외하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.3.23. 이 건 심사청구를 제기하였다.

○ 2003년 제1기분 부가가치세의 경정청구 기한은 2008.7.26.까지다.

• 국세 부과제척기간의 기산일은 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날이다. 그러므로 2003년 제1기분 부가가치세의 기산일은 2003.7.26.이며 소멸일은 2008.7.26.이므로 청구법인이 2008.7.25. 접수한 경정청구는 정당한 것이다.

○ 이의신청에 따른 환급금 지급시 환급가산금은 지급되어야 한다.

• 이의신청 결정서 판단부분에서와 같이 청구법인의 2008.7.25. 경정청구는 직전 5년간의 거래에 대해 소급적용 되어야 한다. 동일 건에 대한 여타의 건설회사(공동 시공사 15개사)와의 형평성 등을 고려하여 직전 5년내 과오납분에 대해 환급을 결정하였고 이에 대해서는 국세기본법 제52조 에 의거 국세환급금이 지급되어야 한다.

이의신청 결정문에서와 같이 2003년 제1기 부가가치세의 경정청구는 당초 경정청구서의 접수일에 국세부과제척기간이 만료되어 경정청구 거부처분은 정당하고 재정경제부 조세정책과-716(2007.06.11.), 징세과-1370(2009.03.11.), 징세과-555(2010.05.25.) 등의 예규에 따라 경정청구 기한을 초과한 과세기간에 대하여 국세환급금을 가산하지 않은 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 2003년 제1기 과세기간의 국세부과제척기간 경과 여부와 2003년 제2기～ 2006년 제2기 과세기간이 국세환급가산금 지급대상인지 여부를 가리는데 있
• 다. 나. 관련법령 1) 국세기본법 제26조 의 2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세·증여세는 제1호부터 제3호까지의 규정에 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 이를 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

• 가. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 상속세·증여세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우
• 나. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출하지 아니한 경우
• 다. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출한 자가 대통령령이 정하는 허위신고 또는 누락신고를 한 경우(그 허위신고 또는 누락신고를 한 부분에 한한다)

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의 또는 경정청구에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장의 규정에 의한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 의한 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 경우

3. 제45조의2 제2항에 따른 경정청구가 있는 경우 2) 국세기본법 제45조 의 2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (이하 생략) 3) 국세기본법 시행령 제25조 의 2 【후발적 사유】 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한후에 발생한 때"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 관청의 허가 기타의 처분이 취소된 때

2. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등의 효력에 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때

3. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 장부 및 증빙서류의 압수 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그후 당해 사유가 소멸한 때

4. 기타 제1호 내지 제3호에 준하는 사유에 해당하는 때+ 4) 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급 】

① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부·이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다 5) 국세기본법 제61조 【청구기간】

① 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일이내에 제기하여야 한다. 다만, 제66조 제6항 단서의 규정에 의한 결정기간내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 지난 날부터 심사청구를 할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항 본문의 기한내에 우편으로 제출(제5조의2의 규정에서 정한 날을 기준으로 한다)한 심사청구서가 청구기간을 지나서 도달한 경우에는 그 기간 만료일에 적법한 청구가 있었던 것으로 본다.

④ 심사청구인이 제6조에 규정하는 사유(신고·신청·청구 기타 서류의 제출·통지에 관한 기한연장사유에 한한다)로 인하여 제1항에 정한 기간내에 심사청구를 할 수 없는 때에는 그 사유가 소멸한 날로부터 14일이내에 심사청구를 할 수 있다. 이 경우에 심사청구인은 그 기간내에 심사청구를 할 수 없었던 사유, 그 사유가 발생한 날 및 소멸한 날, 기타 필요한 사항을 기재한 문서를 함께 제출하여야 한다 6) 국세기본법 제65조 【결정】

① 심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다.

1. 심사청구가 부적법하거나 제61조에 규정하는 청구기간이 지난 후에 있었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정하는 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

2. 심사청구가 이유 없다고 인정되는 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정되는 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 또는 필요한 처분의 결정을 한다.

② 제1항의 결정은 심사청구를 받은 날부터 90일 이내에 하여야 한다.

• 다. 사실관계 1) 청구법인은 2010.10.28. 2003년 제1기～2004년 제2기 과세기간의 부가가치세 1,114,379원의 경정청구 거부처분에 대해 처분청에 이의신청한 결과 2010.12.10. 처분청의 국세심사위원회 심의를 거쳐 2003년 제1기 과세기간 부가가치세를 제외하고 환급을 결정하였음이 결정서에 의해 확인된다. 2) 등기우편 조회 결과 처분청은 등기번호 “11328016×××××”로 이의신청 결정서를 2010.12.14. 발송하였으며 2010.12.16. 10:00에 청구법인에 도달하였음이 확인된다. 3) 2010.12.24. 위 이의신청 결정에 의해 청구법인 계좌로 영세율 부가가치세 환급금 988,005,000원이 입금되었음이 나타난다.
• 라. 판단 본안 심리에 앞서 이 건 심사청구가 적법한 청구인지에 대하여 살펴본다. 국세기본법 제68조 제1항 에서 “심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 처분청이 제시한 국내등기우편 조회에 의하면 청구법인에 대한 이의신청 결정서를 2010.12.16. 10시에 회사동료(직원)인 김▣▣이 수령한 사실이 확인되므로 적법하게 송달된 것으로 판단되므로 2003년 제1기 부가가치세 환급에 관하여 청구법인이 2011.3.23. 제기한 이 건 심사청구는 청구기간(90일)을 도과하여 제기한 청구로 적법한 청구라고 할 수 없다. 환급가산금 지급여부에 대해 살펴보면, 2010.12.24. 국세환급통지서가 발송되었고 같은날 국세환급금이 청구법인 계좌로 이체된 것이 확인되는 바 청구법인이 당초 경정청구한 날 이미 경정청구 기한이 경과하여 과세표준과 세액이 확정되었으나 이의신청 심의과정에서 다른 공사업체와의 형평성에 문제가 있어 고충민원으로 보아 국세환급한 것에 환급가산금을 지급하지 않은 것은 정당한 것으로 판단됨(재정경제부 조세정책과-716,2007.06.11.; 징세과-555,2010.05.25.외 다수 같은 뜻)

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.