제2차 납세의무자로 지정하고 쟁점통지금액을 납부 통지한 것이 적법한지 여부

△△세무서장이 2007.4.24. 청구인에게 한 2004년 제1기 부가가치세 64,530, 200원과 2004.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 9,649,690원에 대하여 법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 납부 통지한 처분을 취소하여 달라는 청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 이를 기각하고, 나머지의 청구는 불복청구기간이 경과되어 이를 각하합니다.

청구인은 ◎◎시 ◎◎◎구 ◎◎동 59-2번지 ◎◎◎오피스텔 1103호에서 주식회사◎◎◎제이(이하 “쟁점법인”이라 한다)라는 법인명으로 지금 도매업을 영위하는 법인의 대표이사로서, 2003년 제1기～2005년 제1기 기간 중 청구외 주식회사◎◎◎골드 외 7개 업체(사업자등록번호 미상, 이하 “쟁점매입거래처”라 한다)로부터 매입세금계산서(공급가액 27,198백만원, 이하 “쟁점세금계산서”라 하며, 해당 공급가액과 매입세액을 각각 “쟁점금액” 및 “쟁점매입세액”이라 한다)를 수취하여 쟁점매입세액을 공제받는 매입세액으로 하고, 청구외 주식회사◎◎비아(사업자등록번호 미상)에 매출세금계산서(공급가액 3,462백만원)를 발행하여 2003년 제1기～2005년 제1기 기간의 부가가치세를 신고하였으며, 쟁점금액을 손금에 산입하여 2003.1.1～12.31. 사업연도와 2004.1.1.～12.31. 사업연도의 법인세 신고를 하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제하고 쟁점매출세금계산서를 가공매출로 보아 2003년 제2기부가가치세 1,946, 006, 140원과 2004년 제1기 부가가치세 68,026,810원을, 쟁점금액을 손금불산입하여 2003.1.1～12.31.사업연도 법인세 462,686,780원과 2004.1.1.～12.31. 사업연도의 법인세 10,172,580원, 합계 2,486,892,310원(이하 “쟁점고지세액”이라 한다)을 2006.12.1. 쟁점법인에게 경정․고지하였다. 쟁점법인은 쟁점고지세액을 납부하지 못하였는바, 처분청은 2004년 귀속분에 대해서 청구인은 쟁점법인의 제2차 납세의무자에 해당한다 하여 주 식소유지분율 90%를 적용하고 2004년 제1기 부가가치세 64,530,200원과 2004. 1.1. ～12.31. 사업연도 법인세 9,649,690원, 합계 74,179,890원(이하 “쟁점통지금액”이라 한다)을 2007.4.24. 청구인에게 납부통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.6.18. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인이 과점주주가 되기 이전에 이루어진 거래임에도 청구인을 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정한 것은 부당하고 쟁점매입거래처로부터 지금을 매입하여 전량 수출하였음에도 쟁점매입거래처를 자료상으로 확정하여 쟁점매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 처분과 쟁점금액을 손금불산입하고 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

2004.4.8. 쟁점법인의 자본금을 증자한 후 청구인은 주식 소유비율이 90%인 과점주주가 되었으며 2004년 제1기 부가가치세는 2004.6.30. 납세의무가 성립하고 2004.1.1.～12.31. 사업연도 법인세는 2004.12.31.로 납세의무가 성립하므로 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하여 납부 통지한 당초 처분은 정당하고, 쟁점법인은 수입상으로부터 직접 지금을 매입하지 아니하고 복잡한 거래단계를 거쳐 지금을 거래한 것처럼 처리하였고 수입된 지금에 대해서도 거래단계별로 운송하지 아니하고 바로 수출상으로 인계하였으므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 등을 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인을 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 쟁점통지금액을 납부 통지한 것이 적법한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 국세기본법 제21조 【납세의무의 성립시기】

① 국세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.

1. 소득세 또는 법인세에 있어서는 과세기간이 종료하는 때(단서 생략) 2.～ 6.(중략)

7. 부가가치세에 있어서는 과세기간이 종료하는 때(단서 생략, 이하 생략)

2. 국세기본 법 제39조【출자자의 제2차 납세의무】

① 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부할 국세․가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무의 성립일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 과점주주 중 다음 각목의 1에 해당하는 자

• 가. 당해 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상의 주식 또는 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 지배하는 자
• 나. 명예회장․회장․사장․부사장․전무․상무․이사 기타 그 명칭에 불구하고 법인의 경영을 사실상 지배하는 자
• 다. 가목 및 나목에 규정하는 자의 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다) 및 그와 생계를 같이하는 직계존비속

② 제1항 제2호에서 “과점주주”라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인이 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다.

3. 국세기본 법 제61조【청구기간】

① 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다.(단서 생략, 이하 생략) 4) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① (중략)

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때(이하 생략)

5. 부가가치세 법 제21조【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때(이하 생략)

• 다. 사실관계

1. 청구법인은 2003년 제1기～2005년 제1기 기간 중 청구외 주식회사◎◎◎골드 외 7개 업체로부터 매입세금계산서(공급가액 27,198백만원)를 수취하고 청구외 주식회사◎◎비아에 매출세금계산서(공급가액 3,462백만원)를 발행하여 2003년 제1기～2005년 제1기 기간의 부가가치세를 신고하였고, 쟁점금액을 손금에 산입하여 2003.1.1～12.31. 사업연도와 2004.1.1.～12.31. 사업연도의 법인세 신고를 하였다.

2. 처분청은 쟁점법인에 대한 부가가치세 추적조사 결과, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제하고 쟁점매출세금계산서는 가공매출로 보아 2003년 및 2004년 귀속분의 부가가치세 및 법인세를 경정․고지하였다. 3) 처분청은 쟁점법인이 쟁점고지세액을 체납함에 따라 청구인에게 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지를 하였는바, 그 사실관계는 다음과 같다.

• 가) 쟁점법인의 법인세 신고 시 제출한 주식 등 변동상황명세서와 국세통합전산망 자료에 의하면 주주구성은 아래 <표1>과 같음을 알 수 있고 청구인은 2004.4.8. 자본금을 증자한 이후 90%의 지분을 보유하고 있음이 확인된다. 성명 2003.12.31. 증자․양수 양도 2004.12.31. 주식수 지분율 주식수 지분율 권◎◎ 3,000 30 3,000 5 김◎◎ 2,000 20 2,000 박◎◎ 3,000 30 51,000 54,000 90 천◎◎ 2,000 20 2,000 문◎◎ 3,000 3,000 5 계 10,000 100 54,000 4,000 60,000 100 <표 1> (단위: 주, %) 나) 쟁점법인은 2004.4.8. 액면가액 5,000원인 보통주식 50,000주를 발행하 여 자본금 250,000,000원을 증자하고 총 발행주식수 60,000주, 총 자본금 300,000, 000원으로 등기한 내용이 등기부등본에 의해 확인된다.
• 다) 청구인은 증자된 쟁점법인의 주식 50,000주를 전량 인수한 내용이 국세통합전산망 자료 등에 의해 확인되고 2004.4.8. 이후에는 청구인이 쟁점법인의 과점주주에 해당된다는 사실에 대해서는 처분청과 청구인 상호간에 다툼이 없다.
• 라) 처분청이 쟁점법인에게 부과한 쟁점고지세액의 내역은 아래 <표2>와 같으나, 처분청은 체납금액 중 2004.4.8.이후 납세의무가 성립된 2004년 제1기 부가가치세와 2004년 법인세에 대해서는 청구인이 쟁점법인의 제2차 납세의무가 있는 것으로 하여 2007.4.26. 청구인의 지분율(90%)에 해당하는 금액을 납부 통지한 사실이 확인된다. 세목 귀속 납부기한 체납금액 납부 통지금액 납세의무 성립일 계 본세 (중) 가산금 법인세 2003년 2006.12.31. 487,671 462,686 24,985 0 2003.12.31. 부가 가치세 2003년 제2기 2006.12.31. 2,051,090 1,946,006 105,084 0 2003.12.31. 법인세 2004년 2006.12.31. 10,721 10,172 549 9,649 2004.12.31. 부가 가치세 2004년 제1기 2006.12.31. 71,700 68,027 3,673 64,530 2004.6.30. 계 2,621,182 2,486,891 134,291 74,179 <표 2> (단위: 천원)
• 라. 판단

1. 이 건 본안심리에 앞서 청구의 적법성에 대해 살펴본다. 청구인은 2003년 제2기와 2004년 제1기 부가가치세 및 2003.1.1.～12.31. 사업연도와 2004.1.1.～12.31. 사업연도의 법인세 경정처분에 대한 취소를 구하고 있으나, 국세기본법 제61조 에 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다라고 규정되어 있고 국세기본법 제11조 에는 해당고지서가 반송되어 송달이 불가능 한 경우에는 공시송달 하도록 되어 있어 공시송달의 공고를 한 날로부터 14일이 경과함으로써 고지서가 송달된 것으로 보도록 되어있는바, 청구법인의 해당 고지서는 반송되어 2007.1.10. 공시송달 하였고, 공시송달의 공고를 한 날로부터 14일이 경과한 2007.1.24. 송달된 것으로 보도록 되어 있으므로 청구법인은 이에 대한 불복을 2007.4.24.까지 제기하여야 함에도 2007.6.18. 심사청구를 제기하여 청구기간을 도과 하였으므로 2003년 제2기와 2004년 제1기 부가가치세 및 2003.1.1.～12.31. 사업연도와 2004.1.1.～12.31. 사업연도의 법인세 경정처분에 대한 취소청구는 부적법한 청구라고 판단된다.

2. 다음으로 2004년 제1기 부가가치세와 2004.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 에 대해 청구인을 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 납부 통지한 처분의 타당성에 대해 살펴본다. 청구인은 2004년 제1기 부가가치세와 2004.1.1.～12.31. 사업연도 법인세의 경우 청구인이 과점주주가 되기 이전의 거래로서 납부통지는 부당하다고 주장하고 있으나, 법인의 제2차 납세의무자의 지정통지는 거래 일자를 기준으로 지정하는 것이 아닌바, 청구인은 2004.4.8.이후에 쟁점법인의 과점주주에 해당되고 쟁점고지세액 중 2004년 제1기 부가가치세 68,026,810원의 납세의무성립일은 과세기간이 종료되는 2004.6.30.이며 2004.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 10,172,580원의 납세의무성립일은 과세기기간이 종료되는 2004.12.31.이므로 과점주주가 된 이후 납세의무가 성립된 쟁점통지금액에 대해서 처분청이 청구인을 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정하고, 체납금액 2004년 제1기 부가가치세 71,700,250원과 2004.1.1.～12.31. 사업연도 법인세 10,721,890원, 합계 82,422,140원에 주식소유비율 90%를 곱하여 산출한 쟁점통지금액 74,179,890원을 청구인에게 납부 통지한 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장의 일부가 이유 없으며, 그 나머지의 청구는 불복청구 기간이 경과되어 적법한 청구가 아니므로 국세기본법 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.