매입세액을 불공제 한 것이 신의ㆍ성실원칙에 위배되는 지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지에서 고철도소매업을 영위하는 일반사업자로서, 재활용폐자원 매입금액 63,216,679원에 대하여 1999년 제1기 매입세액 625,454원 및 1999년 제2기 매입세액 5,121,514원, 합계 5,746,968원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제받는 것으로 하여 부가가치세 신고를 하였고, 처분청은 1999년 11월 청구인에 대한 부가가치세 조사결과 쟁점매입세액이 정당한 것으로 인정하였다. 처분청은 중부지방국세청의 처분청에 대한 정기업무감사시 청구인이 1999년에 매입한 위 재활용폐자원은 공제가 불가능하므로 동 쟁점매입세액 공제를 배출하여야 한다는 지적에 따라 부분조사를 실시하고, 청구인에게 쟁점매입세액을 불공제처분하여 2002.12.1. 1999년 제1기분 부가가치세 1,071,080원 및 8,299,410원, 합계 9,370.490원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.2.14. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은,

(1) 처분청의 청구인에 대한 부가가치세 환급현지확인조사시 쟁점매입세액이 정당하다고 인정하였음에도, 중부지방국세청의 업무감사시 이를 인정하지 아니한 것은 신의성실원칙에 위배되고,

(2) 당초 조사내용에 대한 중복조사를 실시함으로써 국세기본법 제81조 의 2의 규정(중복조사의 금지)에 위배되는 바, 처분청의 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다는 주장이다.

부가가치세법 제21조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 청구인의 부가가치세 신고내용 중 매입세액 공제의 오류를 바로잡은 것으로서, 처분청의 이 건 처분이 신의성실이 원칙에 위배된다고 볼 수 없고, 처분청의 이 건 처분은 중부지방국세청의 처분청에 대한 업무감사시 청구인의 신고내용을 검토하여 청구인의 부가가치세 신고내용 중 잘못된 공제금액을 구체적으로 확인하여 시정조치한 것으로서, 업무감사는 조사에 속하지 아니하므로 중복조사금지원칙에 위배된다고 볼 수 없는 바, 청구주장을 받아들일 수 없다는 의견이다.

• 가. 쟁점

(1) 처분청의 이 건 처분이 신의ㆍ성실원칙에 위배되는 지 여부와

(2) 중복조사금지원칙에 위배되는 지 여부를 가리는데 있다 할 것이다.

• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제3조 【세법등과의 관계】

① 이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법이 이 법 제2장 제1절, 제3장 제2절ㆍ제3전 및 제5절, 제5장 제1절ㆍ제2절 제45조의 2, 제6장 제51조(조세특례제한법에 의한 환급에 한한다)와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의한다.(이하생략)

○ 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

○ 국세기본법 제81조 의 3 【중복조사의 금지】 (1996.12.30 법률 제5189호로, 개정되어 2002.12.18 국세기본법 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정ㆍ재조사를 할 수 없다.

○ 국세기본법 시행령 제63조 의 2 【중복조사의 금지】 (1996.12.31 제령령 15189호로 개정되어 2002.12.30 대통령령 제17830호로 개정되기 전의 것) 법 제81조의 3호에서 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다 1 부동산투기ㆍ매점매석ㆍ무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지 조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

○ 국세기본법 제21조 【경 정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 oe한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. (생략)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때(이하생략)

○ 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방지치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】

① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

② 법 제108조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액” 이라 함은 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 “재활용폐자원 등” 이라 한다)의 취득가액에 108분의 8을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자(폐기물을 재활용하는 경우에 한한다) 또는 폐기물재활용신고를 한자 2.~4. 제4항 제8호의 중고자동차를 수출하는 자

5. 기타 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자

④ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 등의 범위는 다음과 같다.

8. 자동차관리법에 의한 자동차(중고자동차에 한한다)

9. 기타 재활용폐자원 등으로서 재정경제부령이 정하는 것 (이하생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제50조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례】

① 영 제110조 제3항 제5호에서 “재정경제부령이 정하는 자” 라 함은 재생재료 수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다.

② 영 제110조 제4항 제9호에서 “재정경제부령이 정하는 자” 이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구인은 쟁점매입세액을 공제받는 것으로 하여 부가가치세 신고를 하였고, 처분청은 1999년 11월 청구인에 대한 부가가치세 환급현지확인조사를 실시하였으나, 쟁점매입세액을 불공제하지 아니하고 환급조치하였음이 처분청의 부가가치세조사종결복명서 등에 의하여 확인된다.

② 처분청은 중부지방국세청의 처분청에 대한 정기업무감사시 청구인이 1999년에 매입한 위 재활용폐자원은 공제가 불가능하므로 동 쟁점매입세액 공제를 배제하여야 한다는 지적에 따라 청구인에게 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하여 2002.12.1. 1999년 제1기분 부가가치세 1,071,080원 및 8,299,410원, 합계 9,370,490원을 경정고지하였음이 중부지방국세청의 의견서 등에 의하여 확인된다

(2) 다음으로, 이 건 심사청구의 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

① 쟁점매입세액이 매입세액이 공제되지 아니하는 것에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

② 국세기본법 제3조 제1항 에 의하면, 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 하고, 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다고 규정하고 있어, 동 조항이 적용되기 위해서는 과세관청 또는 국세공무원이 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 명시적 또는 묵시적으로 표명하여야 하는 것인 바, 처분청의 청구인에 대한 1999년 11월 부가가치세 환급현지조사 당시 조사공무원이 조세특례제한법 제108조 및 같은 법 시행령 제110조의 규정에 의하여 쟁점매입세액이 부가가치세 공제대상이 아니라는 것을 알지 못하여 과세하지 아니하였다는 것만으로는 청구인에게 쟁점매입세액이 부가가치세 공제대상이라는 공적인 견해를 표시하였다고 할 수는 없는 것이라 할 것이다

③ 또한, 부가가치세법 제21조 제1항 제2호 에 의하면, 사업자의 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 그 사업장 관할세무서장 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다고 규정하고 있음을 알 수 있다

④ 따라서, 처분청의 이 건 처분은 조세특례제한법 제108조 및 같은 법 시행령 제110조의 규정에 의하여 청구인의 쟁점매입세액의 공제오류를 바로잡은 것으로서, 단지, 청구인과 처분청 조사공무원의 관련법령의 부지나 오해를 이유로 매입세액 불공제대상인 쟁점매입세액을 공제받은 청구인의 잘못된 부가가치세 시고내용을 처분청의 조사당시 이를 발견하지 못하였다고 하여 이를 과세관청의 공적인 견해표시로 보아쟁점매입세액을 매입세액 공제되는 것으로 정당화 할 수는 없다고할 것이므로, 이를 신의성실원칙에 위반된다고 볼 수는 없다고 판단된다.

(3) 끝으로, 이 건 심사청구의 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

① 국세기본법 제81조 의 3 단서규정에 의하면, 국세공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 기타 이와 유사한 경우에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정ㆍ재조사를 할 수 있다고 규정하고 있다.

② 중부지방국세청의 의견서 및 국세청전산자료 등에 의하면, 중부지방국세청은 처분청에 대한 업무감사시 조세특례제한법 제108조 및 같은 법 시행령 제110조, 같은 법 시행규칙 제50조의 규정에 의하여 쟁점매입세액은 매입세액 공제가 되지 아니하는 것임을 확인하여, 이를 매출세액에서 공제하지 아니하도록 처분청에 시정요구하였음을 알 수 있다.

③ 처분청의 부가가치세 결정경의서 등에 의하면, 처분청은 중부지방국세청의 감사지적에 따라 쟁점매입세액을 공제가 정당한 것인지 부분조사를 실시하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 관련 가산세를 부과하였음을 알 수 있다.

④ 관련법령과 위의 내용을 종합하여 볼 때, 처분청의 이 건 처분은 중복조사금지원칙에 위배된다고 보기 어렵다고 판단된다.

(4) 그러하다면, 처분청에서 쟁점매입세액이 조세특례제한법령의 규정에 의해 매입세액 공제대상이 아님을 확인하여 이를 매출세액에서 공제하지 아니하고 관련 가산세를 포함하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 할것이 다. 5.결 론 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.