경정청구로 환급금발생시 국세환급가산금의 기산일은 언제인지 여부

[이유]

청구법인은 금융업을 영위하는 법인으로 1999사업연도 법인세 신고ㆍ납부시 신탁계정의 채권재조정에 대한 손실보전액 38,457,458,291원을 손금에 산입하지 않음에 따라 법인세 과세표준을 과다신고하여 2001.3.30. 동 손실보전액을 추가로 손금에 산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정청구하였다. 처분청은 청구법인의 위 경정청구를 받아들여 과세표준을 166,976,391,474원으로 하고 산출세액을 46,741,389,612원으로 경정결정하여 2002.4.10. 초과납부세액 9,002,603,620원을 청구법인에게 환급하였으나 이와 관련된 국세환급가산금은 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정에 따라 잘못 신고함에 따른 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액이라는 이유로 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때를 기산일로 보아 국세환급가산금을 지급하지 아니하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.7.2. 이의신청 (2002.8.22. 기각결정)을 거쳐 2002.11.20. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은, 청구법인의 위 국세환급금은 국세기본법 제52조 제1호 본문에서 정한 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 환급금으로 그 납부일의 다음날을 국세환급가산금의 기산일로 하여야 하고, 총부담세액이 예납적 원천징수세액에 미달하여 환급세액이 발생하는 경우에도 신고 후 이를 취소 또는 경정하는 등 과오납으로 인하여 당초부터 법률상 원인없이 납부하는 경우로 보아 신고ㆍ납부일의 다음날을 기산일로 하여야 함에도 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때를 기산일로 보아 국세환급가산금을 지급하지 아니한 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.

이에 대하여 처분청은 국세기본법 제52조 제6호 단서에서환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때를 기산일로 보도록 규정하고 있고, 같은법 기본통칙 6-0-28ㆍㆍㆍ52에서법 제45조의 2 제1항 및 제2항에 의한 결정 또는 경정의 청구에 따라 동조 제3항에서 규정한 결정 또는 경정에 의한 국세환급금이 발생한 때에는 법 제52조 제6호 단서 규정에 따라 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 날의 다음날부터 국세환급가산금을 가산하여 지급한다라고 규정하고 있는 바, 청구법인의 국세환급금은 잘못 신고함에 따른 경정결정에 해당되어 국세환급가산금 기산일을 국세기본법 제52조 제6호 단서 규정에 따라 국세환급금의 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날로 보아 국세환급가산금을 지급하지 아니한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 청구법인의 국세환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일을 법인세 신고ㆍ납부일의 다음날로 볼 것이지 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날로 볼 것인지 여부를 가리는데 있다 할 것이다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴본다. ㅇ 국세기본법 제52조 [국세환급가산금] 세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

1. 착오납부ㆍ이중납부 또는 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금의 2회 이상 분할 납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 2회 이상 분할 납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다.

6. 소득세법ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ특별소비세법ㆍ 주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액을 신고에 의하여 환급함에 있어서는 그 신고를 한날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때(2000.12.29. 개정) ㅇ 구 국세기본법 제52조 [국세환급가산금] (2000.12.29. 개정전의 것) 세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

6. 소득세법ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ특별소비세법ㆍ 주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고 기일전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때 ㅇ 국세기본법 부칙 제4항 [국세환급가산금 기산일에 관한 적용례] 제52조 제1호 및 제6호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 국세환급금을 충당 또는 지급하는 분부터 적용한다. ㅇ 국세기본법시행령 제30조 [국세환급가산금의 결정]

② 제1항의 국세환급가산금의 이율은 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율로 한다.

③ 제1항의 국세환급가산금을 계산함에 있어서 국세에 관한 법률에 의한 자진신고납부액ㆍ원천징수에 의한 납부액 또는 중간예납액은 당해 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다.(2000.12.29. 삭제) ㅇ 국세기본법시행령 부칙(2000.12.29.공포, 대통령령 제17036호) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제30조 제2항, 제32조, 제33조, 및 제34조 내지 제43조의 개정규정은 2001년 4월부터 시행한다.

• 다. 사실관계 및 판단

① 청구법인은 2000.3.31. 1999.1.~1999.12.31. 사업연도 법인세 과세표준금액을 199,177,443,814원으로, 총부담세액을 54,943,428,511원으로 하고 원천납부세액 171,697,406,323원을 기납부세액으로 하여 116,762,630,727원을 환급신고하였고, 2001.3.30. 당초 법인세 과세표준 및 세액신고시 손금으로 산입하지 아니한 신탁계정의 채권재조정에 대한 손실보전액 38,457,458,291원을 추가로 손금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정청구하였으며, 2002.4.10. 처분청이 청구법인의 위 경정청구를 받아들여 법인세 과세표준을 166,976,391,474원으로, 산출세액 46,741,389,612원으로, 총부담세액을 45,944,247,633원으로 결정하여 초과납부세액 9,002,603,620원을 환급하면서 환급가산금을 지급하지 아니한 사실이 처분청의 심리자료에 의하여 확인되며, 이러한 사실들에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다.

② 청구법인은 이 건 국세환급금은 국세기본법 제52조 제1항 의 규정에 의하여 1999사업년도 법인세에 대한 신고ㆍ납부일의 다음날인 2000.4.1.부터 2002.4.9.까지의 기간동안 계산된 환급가산금 1,507,395,950원을 지급하여야 한다고 주장한다.

③ 이 건 국세환급금은 청구법인의 1999사업연도의 법인세와 관련된 것이나 2002.4.10. 지급된 것으로 2000.12.29. 개정 국세기본법이 적용되므로 관련규정을 살펴보면, 국세기본법 제52조 제1호 의 규정은 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인하여 마땅히 납부하여야 할 세액이 아님에도 납부하였거나 납부하여야 할 세금을 초과하여 납부한 세액에 대하여 국세환급금을 지급하는 경우 적용되는 환금가산금 기산일에 관한 규정이고, 국세기본법 제52조 제6호 는 과세기간별로 정산이 필요한 세목으로서 각 세법에 따라 중간예납, 원천징수 등 신고기한 전에 기납부한 세액으로 인한 환급세액을 신고에 의하여 환급하는 경우에 관한 규정으로 신고납부세목인 법인세의 경우 당해 사업년도의 총부담세액을 초과하는 중간예납세액 또는 원천징수세액 등 기납부세액에 대하여 세법에 따라 납부할 세액을 정산한 결과 발생하는 국세환급금을 지급하는 경우 환급가산금 기산일에 관한 규정인 반면, 후단의 단서규정은 납세자가 환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고하여 정부가 결정 또는 경정하는 경우의 환급가산금의 기산일에 관한 규정이라 할 것이다.

④ 청구법인은 1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 당해 사업연도 중 원천징수한 세액을 환급신고한 자이며, 동 원천징수납부세액은 각 세법의 규정에 의하여 적법하게 징수된 세금으로 납세자의 착오납부 또는 이중납부 등으로 국가가 납부일로부터 부당이득을 보유하는 경우로 볼 수 없고, 청구법인의 신고(경정청구)에 의하여 환급하는 것이라는 점에서 청구법인의 주장과 같이 국세기본법 제52조 제1호 의 규정이 적용될 여지는 없는 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.

⑤ 또한 납세자가 법인세 과세표준 및 세액 신고시에 환급신고하여 이를 결정하는 경우에는 국세기본법 제52조 제6호 본문의 규정을 적용하는 것이나, 청구법인이 당초 환급신고를 잘못함으로 인하여 추후 경정청구로 인하여 환급세액을 결정하는 경우에는 단서규정이 적용되는 것으로 보아야 할 것인바, 위에서 열거한 구 국세기본법시행령 제30조 제3항 에서 원천징수에 의한 납부액 등은 당해 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다고 한 규정을 2000.12.29. 삭제한 법 개정취지도 이를 뒷받침하고 있는 것이라고 보아야 할 것(국심2002서659, 2002.6.10. 참조)이다.

⑥ 따라서 처분청에서 청구법인이 당초 환급세액을 잘못 신고한 것으로 보아 청구법인에 대한 국세환급금을 결의하면서 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정을 적용하여 그 국세환급가산금 기산일을 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때로 보아 국세환급가산금을 지급하지 아니한 당초 처분은 적법한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 국세기본법 제52조 / 국세기본법시행령 제30조 /