국세환급가산금의 기산일을 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때로 봄이 적법함

[이유]

청구법인은 금융업을 영위하는 법인으로 2000.3.31. 1999사업년도 법인세를 신고하고 2000.4.30. 처분청으로부터 법인세 119,676,078,270원을 환급받았다. 처분청은 청구법인이 1999사업년도 법인세 과세표준 신고시에 대출채권의 장부가액과 현재가치와의 차액인 현재가치할인차금 등을 비용계상한 것에 대하여 손금불산입하여 1999사업년도 법인세 22,345,271,760원 및 동 농어촌특별세 6,151,870원을 2001.7.1. 청구법인에게 경정ㆍ고지하였다(2001.7.6. 납부) 청구법인이 이에 불복하여 2001.9.6. 국세심판청구를 제기한 결과, 2002.2.22. 국세심판원의 "대손충당금 추가손금 산입액 77,128,980,000원과 신탁보전금 손금산입액 9,470,392,269원을 소득금액 계산시에 손금산입하라"라는 결정에 따라, 처분청은 1999사업년도 법인세를 경정하여 국세환급금 29,738,055,530원과 이에 따른 국세환급가산금 2,013,212,610원을 2002.3.7. 청구법인에게 지급하였다. 처분청은 2002.3.7 지급한 국세환급가산금 2,013,212,610원 중 2001.7.1. 고지분에 대한 결정취소금액 22,351,423,630원에 대한 국세환급가산금 869,023,340원의 지급은 적정하나 청구법인이 당초 신고한 과세표준의 감액으로 인하여 기납부세액이 과다하여 발생한 국세환급금 7,386,631,900원은 국세기본법 제52조 제6호 의 단서규정에 따라 환급세액을 잘못 신고함에 따른 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액임으로 경정결정일로부터 30일이 경과한 때를 기산일로 보아 2002.4.11. 국세환급가산금 1,144,189,270원을 취소 결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.7.11. 이의신청 (2002.8.22. 기각결정)을 거쳐 2002.11.20. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다. 처분청은 당초 법인세 신고납부시 기납부세액이 결정세액을 초과하는 것으로 신고하여 그 초과세액을 환급 받은 후 다시 과오납에 따른 경정결정으로 추가로 세액을 환급받을 경우에는 그 국세환급가산금 기산일을 "경정결정일로부터 30일이 경과하는 날의 다음날"로 보아야 하고, 당초 법인세 신고납부시 단 1원이라도 납부한 경우 환급세액이 발생하면 그 국세환급가산금 기산일은 "신고납부일의 다음날"로 보아야 한다고 주장하나(청구법인의 경우 1999사업년도 법인세 환급신고로 납부일 없음). 이는 납세자간 형평에 어긋난다 할 것이고, 국세환급가산금 지급에 있어 신고납부기한 전에 원천납부세액, 중간예납세액 등을 상대적으로 더 많이 납부하여 환급세액을 신고한 자가 신고시 세액을 납부한 자보다 오히려 불리하도록 국세환급가산금 기산일을 달리 보아야 할 이유가 없다. 따라서 처분청이 2002.3.7. 청구법인에게 지급한 국세환급금 중 2001.7.1. 당초 신고한 과세표준의 감액으로 인하여 기납부세액이 과다하여 발생한 국세환급금 7,386,631,900원에 대하여 국세기본법 제52조 제1호 의 규정에 따라 "당초 법인세 신고납부일의 다음날부터 지급결정일까지" 기간에 대해 국세환급가산금을 계산하여 지급한 것은 정당한 것이었음에도 불구하고, 그 기산일을 국세기본법 제52조 제6호 의 단서에 의해 "경정결정일로부터 30일이 경과한 날"로 보아 기지급한 국세환급가산금 1,144,189,270원 지급을 취소결정한 것은 부당하다.

위 청구주장에 대하여 처분청은 국세기본법 제52조 제6호 단서에서 "환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때"를 기산일로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 기본통칙 6-0-28-52에서 "법 제45조의 2 제1항 및 제2항에 의한 결정 또는 경정의 청구에 따라 동조 제3항에서 규정한 결정 또는 경정에 의한 국세환급금이 발생한 때에는 법 제52조 제6호 단서 규정에 따라 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 날의 다음날부터 국세환급가산금을 가산하여 지급한다."라고 규정하고 있는 바 위 국세환급금은 잘못 신고함에 따른 경정결정에 해당되어 국세환급가산금 기산일을 국세기본법 제52조 제6호 단서 규정에 따라 국세환급금의 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날로 보아 국세환급가산금을 지급을 취소한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 이 건 국세환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일을 법인세 신고납부일의 다음날로 볼 것인지, 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날로 볼 것인지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 ㅇ 국세기본법 제52조 [국세환급가산금] 세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 기산하여야 한다.

1. 착오납부ㆍ이중납부 또는 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회 이상 분할 납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소금하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다. 2.~5. (생략)

6. 소득세법ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ특별소비세법ㆍ 주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액을 신고에 의하여 환급함에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때(2000.12.29개정) ㅇ 구 국세기본법 제52조 [국세환급가산금] (2000.12.29. 개정전의 것) 세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다.)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

6. 소득세법ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ특별소비세법ㆍ 주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액을 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때 ㅇ 국세기본법 부칙 제4항 [국세환급가산금 기산일에 관한 적용례] 제52조 제1호 및 제6호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 국세환급금을 충당 또는 지급하는 분부터 적용한다. ㅇ 국세기본법시행령 제30조 [국세환급가산금의 결정]

② 제1항의 국세환급가산금의 이율은 시중은행의 1년만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율로 한다.

③ 제1항의 국세환급가산금을 계산함에 있어서 국세에 관한 법률에 의한 자진신고납부액ㆍ원천징수에 의한 납부액 또는 중간예납액은 당해 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다.(2000.12.29. 삭제) ㅇ 국세기본법시행령 부칙(2000.12.29. 공포, 대통령령 제17036호) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제30조 제2항, 제32조, 제33조 및 제34조 내지 제43조의 개정규정은 2001년 4월1일부터 시행한다.

• 다. 사실관계 및 판단

① 청구법인은 2000.3.31. 1999사업년도 법인세 신고시 결정세액을 78,604,990,274원(농어촌특별세 34,870,381원 포함)으로하고 원천납부세액 등 198,281,068,550원을 기납부세액으로 하여 119,676,078,270원을 환급받았다. 청구법인이 1999사업년도 법인세 과세표준 신고시에 현재가치할인차금 등을 비용 계상한 것에 대하여, 처분청이 이를 손금불산입하여 1999사업년도 법인세 22,345,271,760원 및 동 농어촌특별세 6,151,870원을 2001.7.1. 청구법인에게 경정ㆍ고지하자, (2001.7.6. 납부)청구법인은 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다. 국세심판원이 2002.2.22. "대손충당금 추가손금 산입액 77,128,980,000원과 신탁보전금 손금산입액 9,470,392,269원을 소득금액 계산 시에 손금산입하라."라고 결정함에 따라, 처분청은 1999사업년도 법인세를 경정하여 국세환급금 29,738,055,530원과 이에 따른 국세환급가산금 2,013,212,610원을 2002.3.7. 청구법인에 지급하였다가, 2003.3.7. 지급한 국세환급가산금 2,013,212,610원 중 2001.7.1. 고지분에 대한 결정취소금액 22,351,423,630원에 대한 국세환급가산금 869,023,340원(2001.7.7.부터 기산)의 지급은 적정하나, 청구법인이 당초 신고한 과세표준의 감액으로 인하여 기납부세액이 과다하여 발생한 국세환급금 7,386,631,900원은 국세기본법 제52조 제6호 의 단서규정에 따라 환급세액을 잘못신고함에 따른 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액임으로 경정결정일로부터 30일이 경과한 때를 기산일로 보아 2002.4.11. 국세환급가산금 1,144,189,270원 (당초 착오로 2000.5.1.부터 기산)을 취소 결정하였다.

② 청구법인은 국세기본법 제52조 제1항 의 규정에 의하여 1999사업년도 법인세 신고ㆍ납부일의 익일부터 기산하였던 당초 환급가산금 2,013,212,610원은 정당한 것이었으며 경정결정일(2002.3.2.)로부터 30일이 경과한 때를 기산일(2002..4.2.)로 보아 환급가산금 1,144,189,270원의 지급을 취소한 것은 부당하다고 주장한다.

③ 이 건 환급금은 1999.1.1.~1999.12.31. 사업년도 법인세와 관련된 것이나 2002.3.7. 지급된 것으로 2000.12.29 개정 국세기본법이 적용되므로 관련규정을 살펴보면, 국세기본법 제52조 제1호 는 착오납부ㆍ이중납부ㆍ또는 납부의 기초가 되는 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인하여 마땅히 납부하여야 할 세액이 아님에도 납부하였거나 납부하여야 할 세금을 초과하여 납부한 세액에 대하여 국세환급금을 지급하는 경우 국세환급금기산일에 관한 규정이고, 국세기본법 제52조 제6호 는 (각 세법에 따라 중간예납, 원천징수 등 신고기한 전에 기납부한 세액을 과세기간별로 정산이 필요한 세목으로서 환급세액을 신고에 의하여 환급하는 경우에 관한 규정으로 신고납부세목인 법인세의 경우 당해 사업년도의)총부담세액을 초과하는 중간예납세액 또는 원천징수세액을 등 기납부세액에 대하여 세법에 따라 납부할 세액을 정산한 결과 발생하는 국세환급금을 지급하는 경우 국세환급금기산일에 관한 규정인 반면 후단의 단서규정은 납세자가 환급세액을 신고하지 아니하거나, 잘못 신고하여 정부가 결정 또는 경정하는 경우의 환급가산금의 기산일에 관한 규정이라 할 것이다.

④ 청구법인은 1999.1.1.~1999.12.31. 사업년도 법인세 과세표준 및 세액 신고 당해 사업년도 중 원천징수한 세액을 환급신고한 자이며, 동 원천징수납부세액은 각 세법의 규정에 의하여 적법하게 징수된 세금으로 납세자의 착오납부 또는 이중납부 등으로 국가가 납부일로부터 부당이득을 보유하는 경우로 볼 수 없고, 청구법인의 신고에 의하여 환급하는 것이라는 점에서 청구주장과 같이 국세기본법 제52조 제1항 의 규정이 적용될 여지는 없는 것이라고 판단된다.

⑤ 또한, 납세자가 법인세 과세표준 및 세액 신고시 환급신고하여 이를 결정하는 경우는 국세기본법 제52조 제6호 본문을 적용하는 것이나, 청구법인이 당초 환급신고를 잘못함으로 인하여 추후 경정청구하여 환급세액을 결정하는 경우에는 단서규정이 적용되는 것으로 보아야 할 것인 바, 위에서 열거한 구 국세기본법시행령 제30조 제3항 에서 법률에 의한 원천징수납부액 등은 당해 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다고 한 규정을 2000.12.29. 삭제한 법 개정취지도 이를 뒷받침하고 있는 것이라고 보아야 할 것(국심2002서659, 2002.6.10. 같은 뜻)이다.

⑥ 따라서 처분청에서 청구법인이 당초 환급세액을 잘못 신고함에 따른 과세표준의 감액으로 인하여 발생한 환급세액에 대하여 국세기본법 제52조 제6호 의 단서규정을 적용하여 국세환급가산금 지급일을 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때로 보아, 지급하였던 국세환급가산금을 취소 결정한 당초처분은 적법한 것으로 판단된다.

앞에서 살펴본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 국세기본법 제52조 / 국세기본법시행령 제30조 /