경정청구로 환급금발생시 국세환급가산금의 기산일은 언제인지 여부

[이유]

청구법인은 금융업을 영위하는 법인으로 1999사업년도 법인세 신고ㆍ납부시 신탁보전보족금 11,662,799,752원을 손금산입하지 않음에 따라 법인세 과세표준을 과다신고하여 2001. 3. 29. 동 신탁보전보족금을 추가 손금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정청구하였다. 처분청은 청구법인의 위 경정청구를 받아들여 과세표준을 163,314,623,251원으로, 산출세액을 45,716,094,510원으로 경정결정하여 2002.4.10. 초과납부세액 3,265,583,930원을 청구법인에게 환급하였으나 이와 관련된 국세환급가산금은 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정에 따라 잘못 신고함에 따른 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액임으로 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때를 기산일로 보아 국세환급가산금을 지급하지 아니하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002. 7. 2. 이의신청 (2002. 8. 22. 기각결정)을 거쳐 2002. 11. 20. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다

(1) 납세의무자가 기납부한 원천징수세액이나 중간예납세액이 있고 과세관청의 경정결정시 기납부한 세액의 전액을 환급받지 않았으나 이를 경정결정함으로서 과거에 환급받지 못했던 기납부세액을 추가로 환급받았다면 이는 명백한 국가의 부당이득에 해당된다

(2) 신고납부방식인 법인세의 신고는 과세관청의 부과고지와 동일한 결정의 효력을 가지므로 과세관청의 부과고지에 의하지 않고 신고납부에 의하여 결정세액을 과다하게 신고함에 따라 기납부한 원천납부세액을 환급받지 못한 경우에도 그 세액이 경정에 의하여 감액되는 것이라면 당초 과다하게 납부한 세액은 국가의 부당이득이다 (3) 국세기본법 제52조 제6호 단서 규정의환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과되는 때라고 정하고 있는 규정은 총부담세액의 변동없이 단지 환급신고를 하지 않거나 환급에 관한 사항을 잘못 적용한 경우에 한하여 적용하는 것이 형평에 맞는다고 할 것이다.

(4) 중간예납세액 또는 원천징수세액의 과다로 법인세 환급신고후 경정결정으로 감액되어 추가로 환급대상이 되는 경우에 기납부세액이 법인세 결정세액을 초과하여 환급세액이 발생한다할 지라도 당해 법인세의 신고납부일의 익일부터 기산하여 국세환급가산금을 지급함이 타당하다.

위 청구주장에 대하여 처분청은 국세기본법 제52조 제6호 단서에서환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로 부터 30일이 경과하는 때를 기산일로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 기본통칙 6-0-28-52에서법 제45조의 2 제1항 및 제2항에 의한 결정 또는 경정의 청구에 따라 동조 제3항에서 규정한 결정 또는 경정에 의한 국세환급금이 발생한 때에는 법 제52조 제6호 단서 규정에 따라 결정 또는 경정결정일로 부터 30일이 경과하는 날의 다음날부터 국세환급가산금을 가산하여 지급한다.라고 규정하고 있는바 쟁점 국세환급금은 잘못 신고함에 따른 경정결정에 해당되어 국세환급가산금 기산일을 국세기본법 제52조 제6호 단서 규정에 따라 국세환급금의 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날로 보아 국세환급가산금을 지급하지 아니한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 이 건 국세환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일을 법인세 신고납부일의 다음날로 볼 것이지, 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날로 볼 것인지 여부를 가리는 데 있다
• 나. 관련법령 ㅇ 국세기본법 제52조 [국세환급가산금] 세무서장은 국세환급금을 제52조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

1. 착오납부ㆍ이중납부 또는 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경졍하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회 이상 분할 납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다.

2. ~ 5.(생략)

6. 소득세법ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ특별소비세법ㆍ 주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액을 신고에 의하여 환급함에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니하거나 잘못 신고함에 따른 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때(2000. 12. 29 개정) ㅇ 구 국세기본법 제52조 [국세환급가산금] (2000. 12. 29. 개정전의 것) 세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

6. 소득세법ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ특별소비세법ㆍ 주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때 ㅇ 국세기본법 부칙 제4항 [국세환급가산금 기산일에 관한 적용례] 제52조 제1호 및 제6호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 국세환급금을 충당 또는 지급하는 분부터 적용한다 ㅇ 국세기본법 시행령 제30조 [국세환급가산금의 결정]

② 제1항의 국세환급가산금의 이율은 시중은행의 1년만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율로 한다

③ 제1항의 국세환급가산금을 계산함에 있어서 국세에 관한 법률에 의한 자진신고납부액ㆍ원천징수에 의한 납부액 또는 중간예납액은 당해 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다.(2000. 12. 29. 삭제) ㅇ 국세기본법 시행령 부칙(2000. 12. 29. 공포, 대통령령 제17036호) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제30조 제2항, 제32조, 제33조 및 제34조 내지 제43조의 개정규정은 2001년 4월 1일부터 시행한다

• 다. 사실관계 및 판단

① 청구법인은 2000. 3. 30. 1999. 1. 1.~1999. 12. 31. 사업년도 법인세 과세표준금액을 174,977,423,003원으로, 총부담세액을 48,416,294,897원으로 하고 원천납부세액 50,453,395,790원을 기납부세액으로 하여 2,037,100,893원을 환급신고하였고, 2001. 3. 29. 당초 법인세 과세표준 및 세액신고시 손금으로 산입하지 아니한 신탁보전보족금 11,662,799,752원을 추가 손금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정청구하였으며, 2002. 4. 10. 처분청이 청구법인의 위 경정청구를 받아들여 법인세 과세표준을 163,314,623,251원으로, 산출세액을 45,716,094,510원으로, 총부담세액을 45,510,710,967원으로 결정하여 초과납부세액 3,265,583,930원을 환급하면서 환급가산금을 지급하지 아니한 사실이 처분청의 심리자료에 의하여 확인되며, 이러한 사실들에 대하여는 처분청과 청구인간 다툼은 없다.

② 청구법인은 이 건 국세환급금은 국세기본법 제52조 제1항 의 규정에 의하여 1999 사업년도 법인세 신고ㆍ납부일의 익일인 2000. 3. 31.부터 2002. 4. 10.까지의 기간동안 계산된 환급가산금 553,973,650원을 지급하여야 한다고 주장한다

③ 이 건 환급금은 1999. 1. 1.~1999. 12. 31. 사업년도 법인세와 관련된 것이나 2002. 4. 10. 지급된 것으로 2000. 12. 29. 개정 국세기본법이 적용되므로 관련규정을 살펴보면, 국세기본법 제52조 제1호 는 착오납부ㆍ이중납부ㆍ또는 납부의 기초가 되는 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인하여 마땅히 납부하여야 할 세액이 아님에도 납부하였거나 납부하여야 할 세금을 초과하여 납부한 세액에 대하여 국세환급금을 지급하는 경우 국세환급금기산일에 관한 규정이고, 국세기본법 제52조 제6호 는 각 세법에 따라 중간예납, 원천징수 등 신고기한 전에 기납부한 세액을 과세기간별로 정산이 필요한 세목으로서 환급세액을 신고에 의하여 환급하는 경우에 관한 규정으로 신고납부세목인 법인세의 경우 당해 사업년도의 총부담세액을 초과하는 중간예납세액 또는 원천징수세액 등 기납부세액에 대하여 세법에 따라 납부할 세액을 정산할 결과 발생하는 국세환급금을 지급하는 경우 국세환급금기산일에 관한 규정인 반면 후단의 단서규정은 납세자가 환급세액을 신고하지 아니하거나, 잘못 신고하여 정부가 결정 또는 경정하는 경우의 환급가산금의 기산일에 관한 규정이라 할 것이다

④ 청구법인은 1999. 1. 1.~1999. 12. 31. 사업년도 법인세 과세표준 및 세액 신고시 당해 사업년도 중 원천징수한 세액을 환급신고한 자이며, 동 원천징수납부세액은 각 세법의 규정에 의하여 적법하게 징수된 세금으로 납세자의 착오납부 또는 이중납부 등으로 국가가 납부일로부터 부당이득을 보유하는 경우로 볼 수 없고, 청구인의 신고에 의하여 환급하는 것이라는 점에서 청구법인의 주장과 같이 국세기본법 제52조 제1호 의 규정이 적용될 여지는 없는 것이라고 판단된다.

⑤ 또한, 납세자가 법인세 과세표준 및 세액 신고시 환급신고하여 이를 결정하는 경우는 국세기본법 제52조 제6호 본문을 적용하는 것이나, 청구법인이 당초 환급신고를 잘못하으로 인하여 추후 경정청구하여 환급세액을 결정하는 경우에는 단서규정이 적용되는 것으로 보아야 할 것인 바, 위에서 열거한 구 국세기본법시행령 제30조 제3항 에서 법률에 의한 원천징수납부액 등은 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다고 한 규정을 2000. 12. 29. 삭제한 법 개정취지도 이를 뒷받침하고 있는 것이라고 보아야 할 것(국심2002서659, 2002. 6. 10. 참조)이다

⑥ 따라서 처분청에서 청구법인이 당초 환급세액을 잘못 신고한 것으로 보아 국세환급금을 결의하면서 국세기본법 제52조 제6호 의 단서규정을 적용하여 국세환급가산금 지급일을 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때로 보아 국세환급가산금을 지급하지 아니한 당초처분은 적법한 것으로 판단된다. 앞에서 살펴본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 국세기본법 제52조 / 국세기본법시행령 제30조 /