신 공장 양도차액이 구 공장 취득가액을 초과하고 있어 과세이연할 수 있는 금액은 100%범위 내에서 가능한 것인바 과세이연금액을 특별부가세 감면의 종합한도액 계산 시 감면세액으로 볼 수 없음
신 공장 양도차액이 구 공장 취득가액을 초과하고 있어 과세이연할 수 있는 금액은 100%범위 내에서 가능한 것인바 과세이연금액을 특별부가세 감면의 종합한도액 계산 시 감면세액으로 볼 수 없음
[이유]
청구법인은 접착제 생산업체로서 ○○도 ○○시 ○○동 ○○외 2필지 소재에 있던 공장과 본사(토지 4,218.5㎟, 건물 3,037㎟, 이하 "구 공장"이라 한다)를 2000년도에 양도하고, ○○광역시 ○○동 621-7외 1필지(주물공단으로서 수도권외지역임, 이하 "신 공장"이라 한다)로 2000년도에 이전하면서, 구 공장의 양도차액에 대한 특별부가세 481,197,509원(산출세액의 100%해당)을 2000.1.1.~12.31. 사업연도 법인세과세표준 및 세액조정계산서에 전액 감면세액으로 기록하여 신고하였다. 처분청은 ○○지방국세청의 감사지적에 따라, 청구법인의 특별부가세 감면세액이 특별부가세 감면종합한도(산출세액의 50%)를 초과한다 하여 2000.1.1~12.31. 사업연도 특별부가세 296,056,760원을 2002.7.5. 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.7.29. 심사청구하였다.
청구법인은 특별부가세 산출세액의 50%상당액인 240,598,755원만 세액감면하고 나머지는 과세이연한 것으로서, 법인세과세표준 및 세액조정계약서에 감면세액을 240,598,755원으로 기재할 경우 차감납부할 세액이 나타나게 되어 신고서 기재의 기술상 특별부가세 산출세액 전액인 481,197,509원으로 감면세액을 기재하였을 뿐, 특별부가세 감면한도액(산출세액의 50%) 범위내에서 세액감면 하였음에도, 처분청이 과세이연세액을 특별부가세 감면종합한도액 계산에 포함한 것은 잘못된 것이다.
감면조세에는 세액감면 뿐 아니라 손금산입 등의 소득계산의 특례, 소득공제, 세액공제 등 궁극적으로 조세의 부담이 경감 또는 면제되는 조세를 말하는 데(대법92누16874, 1993.5.27), 청구법인은 구 공장의 양도차액을 과세이연하는 것으로 신고하였고, 과세이연세액이 조세특례제한법 제134조 의 규정에 의한 특별부가세 감면의 종합한도(산출세액의 50%)를 초과하므로 그 초과액에 대해 감면을 배제하여 과세한 이건 처분은 정당하다.
④ 수도권생활지역외 지역이전 법인이 과밀억제권역안의 공장 또는 본사의 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세는 다음 각호의 규정에 따라 이를 과세이연 하거나 감면을 받을 수 있다.
1. 과밀억제권역안의 공장 또는 본사의 대지와 건물의 양도가액으로 수도권생활지역외의 지역에서 공장 또는 본사의 대지와 건물을 취득하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연 한다.
2. 제1호 규정에 의하여 과세이연의 적용을 받지 못한 소득에 대하여는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
(2) 같은 법 시행령 제60조의 2 [법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면 등]
⑥ 법 제63조의 2 제4항 제1호의 규정에 의한 과세이연을 적용함에 있어서 과세이연금액 및 과세이연세액과 수도권생활지역외의 지역으로 이전한 공장 또는 본사의 건물 및 그 부속토지를 양도함에 따른 이연취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
1. 과세이연금액: 가목의 금액에 나목의 비율을 곱하여 계산한 금액
2. 과세이연세액: 과세이연금액에 세율을 곱하여 계산한 금액
3. 이연취득가액: 수도권생활지역외의 지역으로 이전한 공장 또는 본사의 건물 및 그 부속토지의 실지취득가액에서 제1호의 금액을 차감한 금액
(3) 같은 법 제2조 [정의]
① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
7. "과세이연"이라 함은 공장의 이전 등을 위하여 개인 또는 법인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용고정자산 등을 대체취득한 경우에 종전사업용 고정자산 등의 양도에 따른 양도차익 중 다음의 산식에 의하여 계산한 금액(과세이연금액)에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 과세하지 아니하는 것을 말한다. 이 경우 신사업용고정자산 등의 양도에 대하여는 신사업용고정자산 등의 취득가액에서 과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세 또는 특별부가세를 과세한다. 과세이연금액 = 종전사업용고정자산 등의 양도에 따른 양도차익 신사업용고정자산등의 취득가액 × ───────────────── 종전사업용고정자산등의 양도가액
(4) 같은 법 제134조 [특별부가세 감면의 종합한도] 법인이 제43조, 제60조, 제61조, 제63조의2제4항, 제69조, 제70조, 제71조, 제77조내지 제80조, 제84조, 제2항 및 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다)ㆍ제3항 및 제6항의 규정에 의하여 각 사업연도에 감면받을 특별부가세액의 합계액이 대통령령이 정하는 특별부가세산출세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 다만, 특별부가세산출세액의 100분의 50에 상당하는 금액이 1억원 이하인 경우에는 이를 1억원으로 한다.
(1) 청구법인이 구 공장을 양도한데 대한 특별부가세 등의 과세이연 및 세액감면을 신청함에 있어, 구 공장의 양도차액을 3,207,983,397원, 신 공장의 취득가액을 6,124,877,910원으로 하고, 구 공장의 양도차액에 대한 과세이연금액을 3,207,983,397원, 감면세액을 240,598,755원으로 신청하였는 바, 처분청은 과세이연금액도 세액감면에 포함된다고 보아 조세특례제한법 제134조 의 특별부가세 감면의 종합한도 규정을 적용 감면을 배제하여 이건 과세하였음이 청구법인의 특별부가세등 과세이연 및 세액감면신청서와 처분청의 조사서에 의하여 확인된다.
(2) 이에 청구법인은 2000.1.1.~12.31. 사업연도 법인세 신고 당시 조세특례제한법 제63조의2 제4항 제1호 에 따라 양도차액의 50%인 1,603,991,698원만 과세이연하고, 같은 조항 제2호에 따라 산출세액의 50%인 240,598,755원을 세액감면하였다고 주장하고 있어 살펴보면, 청구법인의 주장과 같이 양도차액의 50%를 과세이연하고, 산출세액의 50%를 세액 감면하였음이 법인세신고서 부속명세인 공제감면세액 및 추가납부세액합계표(병)과 공제감면세액 계산서(2)에 의하여 확인되고 있어 청구주장과 같이 신고되었음이 인정된다 할 것이다.
(3) 과세이연이 특별부가세 등의 감면종합한도는 최저한세 제도와 같이 정책목적상 세금을 감면받는 경우라도 세부담의 형평성ㆍ국민개납ㆍ재정확보의 측면에서 소득이 있으면 누구나 최소한의 세금을 내도록 하는 취지에서 도입된 제도로서, 이때 감면은 부담하여야 할 세액을 영구히 면제(일부면제 포함)하여 주는 것인 반면, 과세이연은 공장이전 기업 등에 대한 자금지원 목적으로 종전자산 양도시에는 세액을 부담하지 아니하고 일정기간 과세를 유예하되 대체취득자산 양도시 종전자산 양도차익 상당액에 대한 특별부가세를 납부하도록 하는 것으로 세액감면과는 성격이 다르다 할 것(법인46012-211, 2003.3.29.와 같은 뜻)이므로, 이 건의 경우 신 공장 양도차액이 구 공장 취득가액을 초과하고 있어 과세이연할 수 있는 금액은 100%범위 내에서 가능한 것이고 청구법인은 이 범위 내인 50%를 과세이연하였으므로 과세이연금액은 정당하고, 처분청이 과세이연금액을 특별부가세 감면의 종합한도액 계산 시 감면세액으로 본 것은 관계법령을 오해하고 있는 것이다.
(4) 청구법인이 신고한 감면세액 240,598,755원이 정당한 특별부가세 감면세액인지 살펴보면, 조세특례제한법 제63조의2 제4항 제2호 의 규정에 의하여 감면할 세액을 계산하면 아래와 같이 120,299,377원임에도 청구법인이 감면세액을 산출세액의 50%인 240,598,755원으로 신고한 것은 감면세액 계산이 잘못되었다 할 것이므로 이 50%를 초과하여 감면한 120,299,377원은 감면을 배제하여야 할 것이다. <감면할 세액 계산 내역> 1호) 과세이연금액 1,603,991,698원 = 양도차액 3,207,983,397원 × 50%(청구법인이 50%만을 선택) 2호) 감면할 세액 120,299,377원 = (양도차액 3,207,983,397원 - 과세이연금액 1,603,991,698원) × 세율 15% × 50%
결정내용은 붙임과 같습니다.