손익의 귀속시기 적용오류로 발생한 국세환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일

○○세무서장은 청구법인의 1996사업연도분 법인세 환급금 378,134,660원에 대하여 국세기본법 제52조 제1호 및 같은 법 시행령 제30조의 규정에 의한 국세환급가산금을 결정합니다.

청구법인은 1994년도에 착공한 분양아파트의 수익인식기준 적용착오로 1997사업연도에 귀속시기가 도래하는 공사진행율 수입금액 25,346,066,053원(대응원가 19,352,965,656원)을 1996사업연도의 수입금액으로 계상하고, 동 금액을 포함한 수입금액기준으로 기술개발준비금 1,300,000,000원을 설정하여 1996사업연도분 법인세를 신고하였다. 이에 따라 처분청은 청구법인의 1996사업연도 소득금액에서 착오계상된 상기 수입금액과 대응원가의 차이 5,993,100,397원을 익금불산입하고, 기술개발준비금 중 과대 설정된 348,486,738원을 손금불산입하여 경정함에 따라 발생한 환급세액을 1999.09.18. 국세환급금 378,134,660원(이하 “쟁점환급금”이라 한다)으로 결정하여 같은 날 청구법인에게 고지된 법인세에 충당하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.12.15. 이건 심사청구를 제기하였다.

쟁점환급금은 손익의 귀속시기 적용착오에 기인하여 발생한 환급세액으로 국세기본법 제52조 제1호 의 규정에 의해 국세환급가산금의 기산일을 납부일로 하여야 하나 처분청이 국세환급가산금의 기산일을 같은 조 제6호의 규정을 적용하여 경정결정일로부터 30일이 경과하는 날의 다음날로 보아 국세환급가산금을 쟁점환급금에 가산하지 아니한 처분은 부당하다.

국세기본법 제52조 제1호 에 규정된 국세환급가산금의 기산일은 부과과세제도를 채택하고 있는 세목에서 발생한 국세환급금에 적용되는 것으로 쟁점환급금금은 법인세의 환급세액으로 같은 조 제6호 단서에 규정한 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때인 바, 청구법인에 대한 1996사업연도분 법인세 경정결정일부터 30일 이내인 1999.09.18. 쟁점환급금을 청구법인에게 고지된 국세에 충당하였으므로 국세환급가산금을 가산하지 않은 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 손익의 귀속시기 적용오류에 의하여 경정결정으로 발생한 쟁점환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일이 언제인지를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 국세기본법 제51조 【국세환급금】 제1항에서는 『세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금ㆍ체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다』고 규정하고, 같은 법 제52조 【국세환급가산금】에서 『세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

1. 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 부과의 취소ㆍ경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다.

2. 세법에 의한 정기결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 당해 세법에 의한 정기결정일(단서생략)

3. 적법하게 납부된 국세에 대한 감면으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 결정일

4. (삭제)

5. 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일

6. 소득세법(양도소득세 제외)ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ특별소비세법ㆍ 주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일부터 30일이 경과하는 때』라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제30조 【국세환급가산금의 결정】 제1항에서 『세무서장은 국세환급금을 법 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 환급하고자 할 때에는 법 제52조에 규정하는 국세환급가산금을 결정하여야 한다』라 규정하고, 같은 조 제2항에서는 『제1항의 국세환급가산금의 이율은 국세환급금 100원에 대하여 1일 3전으로 한다』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 먼저 사실관계를 살펴본다. 청구법인은 분양목적으로 1994년도에 착공한 아파트의 공사진행율 수입금액에 대해 1997사업연도에 귀속시기가 도래하는 수입금액 25,346,066,053원(대응원가 19,352,965,656원)을 1996사업연도 수입금액으로 계상하고, 동 금액을 포함한 수입금액기준으로 기술개발준비금 1,300,000,000원을 설정하여 1996사업연도분 법인세를 신고ㆍ납부하였고, 국세청의 처분청에 대한 정기감사시 청구법인이 수익의 인식기준 적용착오로 수입금액을 계상함으로써 신고가 잘못되었음을 지적한 사실이 감사결과 시정사항에 의하여 확인된다. 이에 따라 처분청은 청구법인의 1996사업연도 소득금액에서 착오계상된 상기 수입금액과 대응원가의 차이 5,993,100,397원을 익금불산입하고, 기술개발 준비금 중 과대 설정된 348,486,738원을 손금불산입하여 경정함에 따라 발생한 환급세액을 1999.09.18. 쟁정환급금으로 결정하여 같은 날 청구법인에게 이미 고지된 법인세에 충당한 사실이 법인세결정결의서 및 국세통합시스템(TIS)에 의해 확인된다. 다음으로 쟁점에 대하여 살펴본다. 쟁점환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일에 대하여 청구법인은 전시한 국세기본법 제52조 제1호 의 규정을 적용하여야 한다고 주장한 반면, 처분청은 같은 조 제6호의 규정을 적용하여야 한다는 것이므로 이에 대하여 보면,

1. 국세기본법상의 국세환급금은 ①납부 또는 징수의 기초가 된 부과처분이 존재하지 않거나 당연무효임에도 납부 또는 징수된 오납액, ②신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니지만 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 초과납부액, ③적법하게 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 세법에서 환부하기로 정한 환급세액으로 구분할 수 있으며(같은뜻: 대법원91다6689, 1991,07,23), 국세기본법 제51조 에서도 이러한 개념을 사용하고 있음을 알 수 있다.

2. 전시한 국세기본법 제52조 제6호 의 규정을 보면, 그 본문은 법인세법 등에 의한 환급세액으로서 납세자가 신고한 경우의 환급세액에 관하여 규정한 것이고 그 단서는 같은 환급세액으로서 정부가 결정 또는 경정결정한 경우의 환급세액에 관하여 규정한 것이라 할 것이므로 그 본문에서 규정하고 이는 환급세액과 그 단서에서 규정하고 있는 환급세액은 납세자가 신고한 것인지 정부가 (경정)결정한 것인지에 따른 구별일 뿐 그 대상은 같은 것이라 할 것이다. 즉, 국세기본법 제52조 제6호 의 적용대상은 법인세의 경우 당해 사업연도의 총부담세액을 초과하는 기납부세액(중간예납세액, 원천징수세액 등), 부가가치세의 경우 당해 과세기간의 매출세액을 초과하는 매입세액 등 당초 납부할 때는 각 세법에 따라 마땅히 납부할 세액이었으나 각 세법에 따라 일정기간의 세액을 정산한 결과 발생하는 환급세액으로서 위 1)에서 구분한 ③의 환급세액에 해당하는 것으로 이는 원칙적으로 납세자가 각 세법에 따라 환급세액으로 신고하는 것이며, 신고를 한 경우에는 국세기본법 제52조 제6호 분문의 규정이 적용되고, 납세자가 신고를 하지 아니하거나 잘못 신고하여 정부가 (경정)결정하는 경우에는 그 단서의 규정이 적용되는 것이라 할 것이다.

3. 한편, 국세기본법 제52조 제1호 는 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 부과의 취소ㆍ경정결정으로 인한 국세환급금에 관하여 규정하고 있는 바, 신고납세의 경우 신고는 부과납세의 경우 부과처분에 상응하는 개념이며, 위 1)에서 본 바와 같이 ②의 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하는 것이므로 제1호에서 “…그 부과의 취소ㆍ경정결정…”이라 함은 부과과세의 경우만을 가리키는 것으로 해석하여서는 안 될 것(같은 뜻: 대법원91다6689, 1991.07.23, 국심99서490, 1999.08.09.외 다수)이고,

4. 신고납부세목이라 하여 모두 국세기본법 제52조 제6호 의 규정이 적용되는 것이 아니라 당초 납부할 때는 각 세법에 따라 마땅히 납부할 세액이었으나 그 후 각 세법에 따라 일정기간의 세액을 정산한 결과 발생하는 환급세액에 대하여는 그 규정이 적용되고, 당초 납부할 때부터 마땅히 납부할 세액이 아님에도 납부하였거나 마땅히 납부하여야할 금액을 초과하여 납부한 초과납부액에 대하여는 같은 조 제1호의 규정이 적용되는 것이라 할 것(같은 뜻: 국심99서490, 1999.08.09. 다수)이다.

5. 또한, 이건과 관련 우리청의 질의(징세46101-523, 2000.04.06)에 대한 재정경제부 회신(조세46019-246, 2000.10.19)에 의하면 손익의 귀속시기 적용착오에 의한 경우에 국세환급가산금의 기산일은 국세기본법 제52조 제1호 의 규정에 의하여 납부일의 다음날이라고 하였음을 알 수 있다. 위 관련법령으로 볼 때, 쟁점환급금은 손익의 귀속시기 적용오류로 인하여 초과납부한 것을 경정결정하여 발생한 국세환급금으로 청구법인이 1996사업연도 법인세 신고할 때 납부한 세액으로 이는 청구법인이 마땅히 납부할 것이 아니었는데 납부한 초과납부액에 해당하므로 국세환급가산금 기산일을 국세기본법 제52조 제1호 의 규정을 적용하여 자진납부일의 다음날로 하여야 함에도 처분청이 쟁점환급금에 환급가산금을 가산하지 아니한 것은 관련법령을 오해한 잘못이 있다고 판단된다. 따라서, 이건 심사청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.