시가에 미달한 임대료와의 차액에 대하여 소득세를 부과한 처분의 당부

심사청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대 4,004㎡(이하이 사건 토지라 한다)를 특수관계에 있는 ○○주식회사(이하청구외 법인이라 한다)에게 시가에 미달하게 임대하였으므로 적정임대료와의 차액에 대하여 1996년부터 2000년까지 종합소득세 합계 982,468,410원을 2002. 4. 10. 부과 고지(이하이 사건 부과처분이라 한다)하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 소득세법상 부당행위계산 부인제도는 불명확하게 규정되어 있을 뿐만 아니라 처분청이 토지가액에 국유재산 사용료율 5% 또는 정기예금이자율 7.5%를 적용하여 임의로 임대료수입을 산정하고 이를 근거로 과세하는 것은 조세법률주의에 반하고, 이 사건 토지 중 주차장 등 1,776.5㎡는 청구인이 청구외 법인에게 임대한 것이 아니라 ○○회에 임대하였으므로 이는 부당행위계산 부인 대상에서 제외되어야 하며, 재래상가가 입주하고 있는 이 사건 토지의 특성을 무시하고 임대료수입을 과다하게 산정하여 과세하였으므로 이 사건 부과처분은 부당하다.

• 가. 다툼

(1) 소득세법의 부당행위계산 부인규정이 조세법률주의에 반하는지 여부

(2) 이 사건 토지 중 주차장 등 1,776.5㎡를 청구인이 청구외 법인에게 임대하여 준 사실이 인정되는지 여부

(3) 이 사건 토지에 대한 적정임대료 산정시 임대실례가 없어 개별공시지가 등으로 계산한 토지가액에 국유재산 사용료율 또는 정기예금이자율을 적용하여 임대료를 계산한 것이 적정한지 여부

• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대 4,004㎡에 관하여 ○○지방법원○○지원 ○○등기소 1967. 7. 28. 접수 제27722호로 1967. 2. 14. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료받았으며, 2001. 12. 11. 현재까지 소유하고 있다.

(2) ○○세무서장은 1999. 3. 10. 청구인에게 일반과세자 사업자등록증(등록번호: 113-14-65553호, 상호: ㅇㅇ산업, 개업 연월일: 1983년 7월 25일, 사업장소재지: ○○시 ○○ ○○ ○○번지, 사업의 종류: 부동산, 종목: 임대)을 정정교부하였다.

(3) 청구외 법인은 1971. 5. 22. 설립된 회사로서 ○○지방법원 상업등기소에 법인등기(등기번호: 제012697호, 등록번호: 제110111-0115455호, 목적: 점포임대업)되었으며, 1994. 8. 15.부터 2002. 4. 25. 현재까지 청구인이 대표이사로 등기되어 있고, 주식소유지분은 청구인 40%, 청구인의 배우자 ○○○ 40%, 청구인의 자 ○○○ 20%로 구성되어 있다.

(4) 이 사건 토지의 소유자인 청구인은 청구외 법인의 대표이사이므로 청구인과 청구외 법인은 구 소득세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조 제1항 제4호의 특수관계 있는 자에 해당한다.

(5) 청구인은 1996. 12. 1. 청구외 법인에게 이 사건 토지에 관하여 전세보증금 1억 원, 임대차기간 36개월 등으로 정하여 임대한다는 내용의 대지전세계약서를 작성하였다.

(6) 청구외 법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 가동(철근콘크리트조 평스라브 5층 판매시설 및 근린시설: 1층 418.50㎡, 2층 319.50㎡, 3층 319.50㎡, 4층 319.50㎡, 5층 297.00㎡, 지층 319.50㎡)에 관하여 ○○지방법원 ○○지원 ○○등기소 1989. 5. 26. 접수 제36205호로 소유권보존등기를 하였으며, 2002. 4. 10. 현재까지 소유하고 있다.

(7) 청구외 법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○동(철근콘크리트조 평스라브 4층 판매시설및종교집회장(사찰)및근린생활시설교육연구및복지시설: 1층 1908.00㎡, 2층 1908.00㎡, 3층 1908.00㎡, 4층 1908.00㎡, 지층 2316.85㎡)에 관하여 ○○지방법원 ○○지원 ○○등기소 1989. 5. 26. 접수 제36205호로 소유권보존등기를 하였으며, 2002. 4. 10. 현재까지 소유하고 있다.

(8) 이 사건 토지에 대한 개별공시지가는 1997년 2,300,000원/㎡, 1998년 2,300,000원/㎡, 1999년 2,160,000원/㎡, 2000년 2,270,000원/㎡이다.

(9) ○○감정평가법인 감정평가사 ○○○이 이 사건 토지에 관하여 ○○생명보험주식회사의 감정평가 의뢰에 의하여 1999. 3. 3. 기준으로 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 감정한 가액은 1,360,000원/㎡이다.

(10) ○○세무서장은 2000. 7. 1. 청구외 ○○○에게 간이과세자 사업자등록증(등록번호: 113-21-13145호, 상호: ○○○쇼핑주차장, 개업 연월일: 1991년 7월 1일, 사업장소재지: ○○시 ○○ ○○ ○○번지, 사업장의 종류: 운수관련서비스, 종목: 주차장운영업, 교부사유: 과세유형전환)을 교부하였으며, 청구외 ○○○은 위 사업장소재지에서 주차○○○을 하면서 주차장 수입금에 대한 부가가치세 1997년 1기분 20,160원, 1997년 2기분 20,000원, 1998년 1기분 16,800원, 1999년 1기분 21,600원, 1999년 2기분 27,600원, 2000년 1기분 25,200원, 2000년 2기분 36,000원을 간이과세자로 신고 납부하였다.

(11) ○○청 ○○○실에서 2001. 6. 경 작성한토지무상사용 등에 대한 세원관리 요령에는 토지․건물 소유자가 상이한 경우 특수관계자간의 저가임대시 시가(임대료) 확인을 위하여 1) 실거래가액, 2) 감정평가법인의 감정가액, 3) 법인세법시행령 제89조 제4항 에서 정한 시가산정방법에 의한 시가(1999년 이후분), 4) 상속세및증여세법 제61조 에서 정한 재산가액에 국유재산 사용료율 5%를 적용하여 산정한 시가(1998년 이전분)를 순차로 적용하도록 하고 있다.

(12) ○○세무서장은 청구인이 청구외 법인에게 이 사건 토지를 공급한 후 받은 부동산임대소득이 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되므로 당해 연도의 적정 소득금액을 계산하기 위하여 이 사건 토지에 대한 감정가액 또는 개별공시지가를 근거로 별지1과 같이 적정임대료수입을 산정하였다.

(13) ○○세무서장은 2002. 3. 12. 문서번호: 46620-758, 제목:결정결의서“안”통보로 위 적정임대료 수입의 차액에 해당하는 종합소득세 과세표준 증가액을 별지2와 같이 산출한 후 종합소득세(가산세 포함) 1996년 233,993,480원, 1997년 232,554,840원, 1998년 232,568,360원, 1999년 114,437,020원, 2000년 169,610,490원 합계 983,164,190원을 계산한 후 청구인의 주소지를 관할하는 처분청에 부과 의뢰하였다.

(14) 처분청은 2002. 4. 10. 청구인에게 ○○세무서장의 위결정결의서“안”통보에 따라 종합소득세 합계 982,468,410원(통보액 중 오류금액 695,780원 차감)을 부과 고지하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 소득세법 제41조 (부당행위계산) 제1항에는 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 부동산임대소득ㆍ사업소득ㆍ일시재산소득ㆍ기타소득 또는 산림소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 제2항에는 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자의 범위 기타 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다.

(2) 구 소득세법시행령 제98조 (부당행위계산의 부인) 제1항에는 법 제41조 및 법 제101조에서 "특수관계 있는 자"라 함은 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다고 규정하고 있고, 그 제4호에당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 50이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인이라고 규정하고 있으며, 제2항에는 법 제41조에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다고 규정하고 있고, 그 제2호에특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 때라고 규정하고 있으며, 제3항에는 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다(1998. 12. 31. 신설)고 규정하고 있고, 제4항에는 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 법인세법시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다(1998. 12. 31. 신설)고 규정하고 있다. (3) 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) 제1항에는 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 제2항에는 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율․이자율․임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다고 규정하고 있다.

(4) 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되고 2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 (시가의 범위 등) 제1항에는 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다고 규정하고 있고, 제2항에는 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다고 규정하고 있으며, 그 제1호에지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을, 그 제2호에 상속세및증여세법 제38조 ․동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 각각 규정하고 있고, 제4항에는 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다고 규정하고 있고, 제1호에유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각목의 금액 중 큰 금액이라고 규정하고 있으며, 그 가목에당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액으로, 그 나목에당해 자산의 감가상각비(기준내용연수와 그에 따른 상각률 및 제26조 제4항의규정에 의한 감가상각방법에 의하여 계산한 당해 사업연도중의 임대차기간에 해당하는 상각범위액을 한도로 한다) 및 공과금․수선비 등 그 자산을 유지․관리함으로써 발생하는 비용의 합계액을 규정하고 있다.

(5) 구 상속세및증여세법(2000. 12. 29. 법률 제6301호로 개정되기 전의 것) 제61조 (부동산등의 평가) 제1항에는 부동산에 대한 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다고 규정하고 있고, 제1호에토지: 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가라고 규정하고 있다.

• 라. 판단

(1) 조세법률주의에 반하는지 여부에 대하여 살펴본다. 청구인은 소득세법상 부당행위계산 부인규정은 문리해석상 과세관청의 자율판단에 의하여 세법을 적용할 수 있는 것처럼 불명확하게 규정되어 있을 뿐만 아니라 이 사건 토지에 대한 개별공시지가에 국유재산 사용료율 5%나 정기예금이자율 7.5%를 곱하여 처분청이 임의로 임대료를 산정하는 것은 조세법률주의 및 위임입법의 한계를 위반하는 과세권 남용이라고 주장하나, 위 관계법령에서와 같이 소득세법 제41조 제1항 에는 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 거주자가 부동산임대소득 등 계산에 있어 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해 연도의 소득금액을 계산할 수 있는 것으로 규정하고 있고, 같은 법시행령 제98조 제3항 및 제4항(1998. 12. 31. 신설)에서 준용하는 구 법인세법시행령 제89조 제1항 내지 제5항에서 그 계산방법을 명시하고 있어 그에 따라 1999년도와 2000년도 종합소득세를 부과하였으므로 이는 조세법률주의에 위반하였다고 볼 수 없고, 1996년도부터 1998년도까지 종합소득세는 위 구 법인세법시행령 계산방법을 고려하여 이 사건 토지의 개별공시지가에 국유재산 사용료율 5%를 적용하여 적정임대료를 산정한 후 부과하였으므로 위 소득세법 제41조 제1항 에서 규정한 거주자의 소득금액 계산방법으로서 합리성과 타당성을 결여하였다고 보기 어려우므로 이 역시 조세법률주의에 위반하였다고 할 수 없다.

(2) 이 사건 토지 중 주차장 등 면적 1,776.5㎡를 청구외 법인에게 임대하였는지 여부에 대하여 살펴본다. 청구인은 청구인이 대표이사로 재직중인 청구외 법인과 관계규정의 특수관계 있는 자에 해당한다는 사실, 청구인이 청구외 법인에게 임대보증금 1억 원에 임대한 사실은 다툼이 없으나, 청구인은 청구외 법인에게 주차장 등 면적을 제외한 2,227.5㎡를 임대하는 것으로 기재하려 하였으나 착오로 4,004㎡로 기재하였다고 하며 이 사건 토지 중 주차장 등 면적 1,776.5㎡는 부당행위계산 부인대상에서 제외되어야 한다고 주장한다. 살피건대, 청구인이 1996. 12. 1. 청구외 법인에게 이 사건 토지(4,004㎡)모두에 대하여 전세보증금을 1억 원, 임대차 기간은 36개월로 하는 대지전세계약서를 작성한 사실과 이 사건 토지 중앙에 바닥면적이 2,227.5㎡나 되는 청구외 법인의 건물이 위치하고 있어 청구외 법인이 그 부속토지로 이 사건 토지 대부분을 임차할 필요성이 있음을 감안할 때 특별한 사정이 없는 한 청구인이 이 사건 토지 전부를 청구외 법인에게 임대한 사실이 인정되고, 이에 반하는 증거로 청구인과 ○○회장 작성의 주차장사용약정서를 제시하고 있으나, 위 주차장사용약정서는 1995. 5. 경 작성된 것으로 되어 있으면서 청구인에 대한 세무조사 당시에는 제시하지 아니하였을 뿐만 아니라 청구인과 청구인이 대표이사로 있는 청구외 법인 소유건물을 임차한 상인들로 구성된 ○○회 사이에 작성된 것으로 서로 이해관계 있으므로 그 내용이 또한 진정한 것으로 믿기 어렵고, 청구외 ㅇㅇㅇ의 사업자등록증, 주차장운영에 대한 부가가치세 신고현황 등은 청구인이 청구외 법인에게 이 사건 토지 전부를 임대하였다는 사실을 부인하기에는 부족하므로 청구인의 주장을 인정할 만한 특별한 사정은 없다고 할 것이다. (3)당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는지 여부에 대하여 살펴본다. 구 소득세법시행령 제98조 제2항 에 의하면,조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때라 함은특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 때라고 규정하고 있는 바, 청구인이 청구외 법인에게 받은 이 사건 토지에 대한 전세보증금 1억 원은 이 사건 토지에 대한 1999년도 감정가액이 5,445,440,000원이고 2000년 개별공시지가에 의한 토지가액이 9,089,080,000원인 점, 국유재산법과 지방재정법상의 사용료율 5%나 시중은행의 정기예금이자율 7.5% 등을 고려할 때용역을 낮은 이율 등으로 제공한 때에 해당한다고 보지 아니할 수 없다. (4)당해 연도의 소득금액계산이 적정한지 여부에 대하여 살펴본다. 구 소득세법시행령 제98조 제4항 에 의하면, 소득금액의 계산은 법인세법시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용하도록 하고 있고, 구 법인세법시행령 제89조 제4항 에는용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다고 규정하고 있으며, 그 제1호에유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각목의 금액 중 큰 금액이라고 규정하면서, 그 가목에당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액으로, 그 나목에당해 자산의 감가상각비(기준내용연수와 그에 따른 상각률 및 제26조 제4항의 규정에 의한 감가상각방법에 의하여 계산한 당해 사업연도중의 임대차기간에 해당하는 상각범위액을 한도로 한다) 및 공과금.수선비 등 그 자산을 유지․관리함으로써 발생하는 비용의 합계액이라고 규정하고 있다. 이에 따라 처분청은 이 사건 토지에 대한 적정임대료 산정시 임대실례가 없어 소득금액 계산이 불분명하므로 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이나 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가를 이 사건 토지의 시가로 보고, 별지1과 같이 개별공시지가에 국유재산 사용료율(5%)를 곱하거나 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 임대보증금(1억 원)을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하는 등으로 별지2와 같이 적정임대료를 산정한 후 이를 근거로 종합소득세 과세표준 증가액을 계산하여 이 사건 부과처분을 하였다. 이에 청구인은 이 사건 토지에 대한 적정임대료 산정시 재래시장이 입주해 있는 이 사건 토지의 특성을 무시하여 산정하였다고 주장하면서, 이 사건 토지의 인근토지에 대한 거래자료를 제출하고 있으나, 이 사건 토지는 연면적 약 11,900㎡의 ○○쇼핑이라는 시장건물의 부속 토지로서 청구인이 주장하는 인근토지와 토지의 지목 기타 사용용도, 면적, 입지조건, 위치, 주위환경, 이용상황 등이 서로 다르므로 인근토지의 거래자료를 기초로 임대료를 산정할 수는 없다 할 것이다. 또한 청구외 법인이 특수관계자 아닌 ○○○아파트로부터 토지 48㎡를 20년간 25,000,000원에 임차하였으므로 이를 기초로 적정임대료를 산정하여야 한다고 주장하나, 이에 대한 임대차계약서나 임차료를 입증할 수 있는 자료를 제시하지 아니하므로 받아들일 수 없다. 한편 청구인은 ○○감정평가법인 감정평가사 ○○○이 이 사건 토지에 대하여 1999년 감정한 감정가액을 과세대상 전기간에 적용할 이 사건 토지의 시가로 보고 임대료를 산정하여야 한다고 주장하고 있으나, 부동산의 감정가액은 대상물건의 위치, 지형, 면적, 용도, 이용상황, 주변환경 등 입지조건 및 효용성 등 토지가격형성의 제반 요인을 종합적으로 고려할 뿐만 아니라 임금상승률, 물가상승률 등의 경제상황도 반영되어 각 연도마다 차이가 있으므로 1999년 감정가액을 과세대상 전기간에 적용할 시가로 보기는 어려울 것이다.

그렇다면 처분청이 이 사건 토지의 적정임대료를 개별공시지가 또는 감정가액에 국유재산 사용료율 5% 또는 시중은행의 정기예금이자율 7.5%를 적용하는 등으로 산정한 이 사건 부과처분은 정당하고 따라서 이 사건 심사청구는 이유 없으므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다. [별지1] 적정임대료 과세기간 토지 가액 적정 임대료 토지가액 산정기준 1996년 9,209,200,000원 460,460,000원 개별공시지가 1997년 9,209,200,000원 460,460,000원 개별공시지가 1998년 9,209,200,000원 460,460,000원 개별공시지가 1999년 5,445,440,000원 196,704,000원 감정평가법인 감정가액 2000년 상반기 8,648,649,000원 157,109,000원 개별공시지가 2000년 하반기 9,089,080,000원 168,040,000원 개별공시지가

○ 적정임대료 산정시 적용한 요율 <1998년 2기분까지> 개별공시지가 × 국유재산법에 의한 사용료율 5% <1999년 1기분부터> [(감정평가법인 감정가액 또는 개별공시지가 × 50/100) ― 100,000,000] × 법인세법시행규칙 제6조 의 정기예금이자율 7.5% [별지2] 종합소득세 과세표준 증가액 과세기간 정당 수입금액 (적정임대료) 신고 수입금액 과세표준 증가액 비 고 1996년 460,460,000원 6,918,900원 453,542,000원 개별공시지가 1997년 460,460,000원 8,999,999원 451,460,000원 개별공시지가 1998년 460,460,000원 8,999,999원 451,460,000원 개별공시지가 1999년 196,704,000원 7,500,000원 189,204,000원 감정평가법인 감정가액 2000년 325,149,000원 7,520,000원 317,629,000원 개별공시지가