3. 우리원의 판단
- 가. 다툼 당해 사업연도의 법인세 신고기한이 지난 후에 직전 사업연도의 법인세가 과세된 경우 결손금 소급공제에 의한 환급을 받을 수 있는지 여부
- 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
(1) 청구인은 1995. 12. 13. 무선통신망의 개발 사업 등을 목적으로 설립된 법인이다.
(2) 청구인이 법인세법 제60조 제2항 제2호 의 규정에 의하여 청구인의 1998사업연도 및 1999사업연도 법인세 과세표준과 세액을 처분청에 신고하면서 첨부한 세무조정계산서 별지51호 서식 “중소기업기준검토표”에 의하면 청구인은 법인세법 제25조 제1항 제1호 의 규정에 의한 중소기업이다.
(3) 청구인은 1999. 3. 31. 및 2000. 3. 31. 처분청에 청구인의 1998사업연도 및 1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 각각 신고하면서 1998사업연도에 5,436,352,143원, 1999사업연도에 94,074,480,468원의 결손금이 발생한 것으로 신고하였다.
(4) 청구인은 1999사업연도 법인세 신고기한인 2000. 3. 31. 현재까지 직전 사업연도인 1998사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액이 없는데도 2000. 3. 30. 처분청에 “소급공제법인세액환급신청서”(환급신청세액 0원)를 제출하였다.
(5) 처분청은 청구인에 대한 세무조사 결과 청구인의 1998사업연도 법인세 과세표준은 38,188,239천 원, 예상고지세액은 18,253,761천 원임을 2001. 12. 17.자로 청구인에게 통지하였고, 2002. 1. 2.자로 청구인에게 1998사업연도 법인세 18,260,950,920원을 부과 고지하였다.
(6) 청구인은 2002. 1. 7. 위 청구인의 1998사업연도 법인세 18,260,950,920원 중 10,680,707,037원을 결손금 소급공제에 의하여 환급하여 달라는 취지로 처분청에 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구서를 제출하였다.
(7) 처분청은 2002. 1. 15. 법인세법 제60조 의 규정에 의한 법인세 신고기한 종료일 현재 부과되지 아니한 직전 사업연도의 법인세액은 법인세법 제72조 의 규정에 의한 결손금 소급공제 환급신청 대상 세액에 포함되지 아니하는 것이므로 위 경정청구는 국세기본법 제45조의2 의 규정에 의한 경정청구의 대상이 아니라는 뜻을 청구인에게 통보하였다.
- 다. 관계 법령의 규정 (1) 법인세법 제72조 제1항 에는 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급 신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다고 규정하고 있다. (2) 법인세법 제72조 제2항 에는 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다고 규정하고 있다. (3) 법인세법 제14조 제2항 에는 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다고 규정하고 있다. (4) 법인세법 제60조 제1항 에는 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다. (5) 법인세법시행령 제110조 제6항 에는 납세지 관할 세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준 금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급 세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수하여야 한다고 규정하고 있다. (6) 법인세법 제13조 에는 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다고 규정하면서 제1호에 각 사업연도의 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산에 있어서 공제되지 아니한 금액을 규정하고 있다.
(7) 구 국세기본법(2000. 12. 29. 법률 제6303호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항에는 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있다.
- 라. 판단 위 관계법령에 의하면 법인세법상 결손금의 공제 방법에는 이월공제 방법과 소급공제 방법이 있는데 이월공제 방법은 내국법인의 각 사업연도의 법인세 과세표준을 계산할 때에 각 사업연도의 소득에서 각 사업연도의 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 별도의 신청이 없어도 당연히 공제해 주는 것이고 소급공제 방법은 중소기업이 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 부과된 법인세액을 한도로 법인세액을 환급해 주는 것인 바, 법인세법 제72조 의 결손금 소급공제에 의한 환급은 중소기업을 대상으로 특별히 조세 정책적 목적에서 인정된 제도로서 관할 세무서장이 직전 사업연도의 법인세 과세, 당해 사업연도의 결손금 발생, 당해 사업연도의 법인세 신고기한 내에 환급 신청 등 그 실체적 요건 및 절차적 요건의 충족 여부를 판단하여 환급 세액을 결정하는 것이고 같은법시행령 제110조 제6항의 환급세액 재결정은 당초 결손금 소급공제에 의한 환급세액의 결정이 있었던 경우에만 가능한 것이라 할 것이다. 국세 등의 환급신청은 납세의무자가 국세 등으로서 납부한 금액 중 과오납한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액이 있는 때에 할 수 있는 것인데 청구인의 경우는 1999사업연도 결손금 소급공제에 의한 환급신청기한인 2000. 3. 31.까지 직전 사업연도인 1998사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액이 없어 납부 세액이 없으므로 법인세법 제72조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결손금 소급공제에 의한 환급을 신청할 수 없는 것이고 따라서 청구인은 법인세 환급세액의 경정을 청구할 수도 없으며 처분청은 청구인의 1998사업연도 법인세 환급세액을 결정한 사실이 없어 법인세법시행령 제110조 제6항 의 환급세액 재결정도 할 수 없다 할 것이다. 한편 청구인이 직전 사업연도에 결손금이 발생하여 결손금 소급공제에 의한 환급받을 세액이 없었으나 장래 과세관청의 경정결정 등에 의하여 직전 사업연도의 납부 세액이 발생할 것에 대비하여 미리 결손금 소급공제에 의한 환급 신청서를 제출하였던 것이라 하더라도 납세자의 신고로 조세채무가 확정되는 신고납부제도하에서는 확정되지 아니한 세액을 미리 환급신청할 수는 없는 것임을 감안할 때 이 또한 법인세법 제72조 제1항 의 규정에서 정한 적법한 결손금 소급공제에 의한 환급신청이었다고 볼 수 없어 환급세액 재결정 대상이 아니기는 마찬가지라 할 것이다.