신고ㆍ납부한 등록세 중과세액의 일부를 환급할 수 있는지 여부

1. 이 사건 심사청구 중 신고ㆍ납부한 등록세 중과세액의 일부를 환급하여 달라는 청구부분은 각하한다.

2. 나머지 청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 있던 청구인의 본점을 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지로 전입하면서 2000. 8. 24. 지방세법 제137조 제1항 제4호 에서 규정한 세액(75,000원)을 3배한 등록세 225,000원, 지방교육세 45,000원을 신고납부하고 같은 해 8. 30. 본점이전등기를 하였고, 그 후 같은 법 제138조 제1항의 규정에 의하여 자본금 515,000,000원을 과세표준으로 하고 여기에 중과세율(세율 1000분의 4의 100분의 300)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 5,955,000원, 지방교육세 1,191,000원 합계 7,146,000원을 같은 해 9. 2. 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 본점이전등기 이후에 신고ㆍ납부하면서 가산세를 납부하지 않자 등록세 가산세 1,191,000원, 지방교육세 가산세 119,100원 합계 1,310,100원을 2001. 7. 15.자로 청구인에게 부과, 고지하는 처분(이하 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구 취지

2000. 9. 2.자로 이미 납부한 등록세 5,955,000원, 지방교육세 1,191,000원 합계 7,146,000원 중 등록세 일반세율(1000분의 4)에 해당하는 등록세 2,060,000원 및 지방교육세 412,000원 합계 2,472,000원을 환급하고 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

• 나. 청구 이유 (1) 지방세법 제150조의2 제2항 의 규정에 의하여 ○○시에서 법인 설립 시 이미 납부한 세액 2,472,000원을 공제하고 등록세를 신고․납부하여야 하나 이를 공제하지 아니하고 등록세율을 1000분의 12로 하여 납부하였으므로 이미 납부한 위 세액에 해당하는 부분은 환급하여야 하고,

(2) 등록세 중과는 그 중과 대상이 되는 본점사무소가 설치된 날로부터 30일 이내에 신고ㆍ납부하도록 되어 있으므로 동 기간내에 신고ㆍ납부하였으므로 가산세 적용대상이 아닌데도 가산세를 부과한 이 사건 부과처분은 부당하다.

• 가. 다툼 중과세액 납부기한 경과로 가산세 부과 시 이에 대한 불복을 하면서 당초 신고ㆍ납부한 중과세액에 대한 불복도 가능한 지와 대도시외에서 대도시내로 본점 이전등기 시 등록세 중과세액의 신고․납부기한을 언제로 볼 것인 지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1996. 5. 16. 건축설계 감리업무, 건설업무, 부동산 컨설팅업무 등을 목적으로 설립된 법인이고, ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 본점을 두고 있다가 2000. 8. 24. 지방세법 제137조 제1항 제4호 의 세액(75,000원)에 3배 중과한 등록세 등 270,000원을 신고ㆍ납부하고 그 영수증을 첨부하여 같은 달 30. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지로 본점 이전등기를 하였다.

(2) 청구인은 같은 해 9. 2. 지방세법 제138조 제1항 의 규정에 따라 청구인의 자본금 515,000,000원을 과세표준으로 하고 여기에 중과세율(세율 1000분의 4의 100분의 300)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(270,000원)을 차감한 등록세 5,955,000원, 지방교육세 1,191,000원 합계 7,146,000원을 추가로 신고ㆍ납부하였다. (3) 처분청은 청구인이 본점이전등기 이후에 신고ㆍ납부하였는데도 등록세 중과세액에 대한 등록세 가산세 1,191,000원, 지방교육세 가산세 119,100원, 합계 1,310,100원을 납부하지 않았다는 사유로 이 사건 부과처분을 하였다.

(4) 이에 대하여 청구인은 2001. 10. 6.자로 우리 원에 심사청구를 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 감사원법 제44조 제1항 에는 이해관계인은 심사청구의 원인이 되는 행위가 있는 것을 안 날부터 90일, 그 행위가 있은 날부터 180일 이내에 심사의 청구를 하여야 한 다 라고 규정하고 있고, 제46조 제1항에는 감사원은 심사의 청구가 제43조 및 제44조와 감사원규칙이 정하는 요건과 절차를 갖추지 못한 때에는 이를 각하한다 라고 규정하고 있다. (2) 감사원심사규칙 제6조 제1항 제3호에는 청구기간이 경과하여 제기한 심사청구 는 법 제46조제1항의 규정에 의하여 심사청구를 각하한다 라고 규정하고 있다. (3) 지방세법 제72조 제1항 에는 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청 및 심사청구를 할 수 있다 라 고 규정하고 있다. (4) 지방세법 제124조 에는 등록세는 재산권 기타 권리의 취득․이전․변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다 라고 규정하고 있다. (5) 지방세법 제137조 제1항 제1호 에는 상사회사 기타 영리법인의 설립 등기를 받 을 때에는 불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 이외의 출자가액의 1,000분의 4에 해당하는 세액을 등록세로 납부하여야 한다 라고 규정하고 있고, 제4호에는 본점 또는 주사무소의 이전 시 매 1건당 75,000원을 등록세로 납부하여야 한다 라고 규정하고 있다. (6) 지방세법 제138조 제1항 에는 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다 라고 규 정하면서 그 제2호에 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입 (전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다 라고 규정하고 있고, 제3항에 는 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 라고 규정하고 있다. (7) 구 지방세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것) 제102 조 제1항에는 법 제138조 제1항 제1호에서 대통령령으로 정하는 대도시라 함은 수도권정비계획법 제6조 의 규정에 의한 과밀억제권역(공업배치 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다)을 말한다. 다만 법 제138조 제1항 제4호의 규정을 적용함에 있어서는 대도시에서 공업배치 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 유치 지역과 도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다 라고 규정하고 있고, 제2항에 는 법 제138조제1항 제3호에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 ○○시외의 지역에서 ○○시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다 라고 규정하고 있으며 제4항에는 법 제138조 제1항 제2호의 규정에 의한 대도시외의 법인이 대도시내로의 본점 또는 주사무소의 전 입에 따른 등기는 당해 대도시외의 법인이 당해 대도시내로의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소의 전입에 따른 등기를 말한다 라고 규정하고 있다. (8) 수도권정비계획법 제6조 와 같은 법 시행령 제9조에는 과밀억제권역에 ○○시 와 ○○시가 포함되는 것으로 규정하고 있다. (9) 지방세법 제150조의2 제1항 의 규정에는 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 신고ㆍ납부하여야 한다 라고 규정하고 있고, 제2항에는 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고․납부하여야 한다 라고 규정하고 있다. (10) 지방세법 시행령 제104조의2 제1항 에는 법 제150조의2제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지"라 함은 등기 또는 등록의 신청서를 등기소 또는 등록관청에 접수하는 날까지를 말한다 라고 규정하고 있다.

(11) 구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제151조에는 등록세 납세의무자가 제150조의2의 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나 신고․납부한 세액이 제130조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다 라고 규정하고 있다.

• 라. 판단

(1) 먼저 중과세액 납부기한 경과로 가산세 부과 시 이에 대한 불복을 하면서 당초 신고ㆍ납부한 중과세액에 대한 불복도 가능한 지에 대하여 살펴보면 가산세는 본세의 일부이거나 일체로 부과되는 것이 아니고 이와는 별개로 납세의무자가 세법에 규정되어 있는 신고의무 등을 이행하지 아니하거나 위반한 경우에 가해지는 행정상의 제재적 성질을 띤 세금이라 할 것이다. 처분청이 이 사건 가산세 부과처분 시 청구인이 신고한 과세표준과 세액을 경정한 바가 전혀 없고 가산세의 부과가 본세의 증액 경정처분한 것이 아니므로 본세는 가산세와는 별개로 다루어져야 한다. 따라서 당초 신고ㆍ납부한 중과세액에 대한 불복은 가산세와 별개로 할 수 있고 본세인 등록세의 처분일(등록세 신고납부일)인 2000. 9. 2.부터 심사청구기간 90일을 지나서 제기한 이 사건 심사청구부분은 부적법하다 할 것이다.

(2) 다음으로 대도시외에서 대도시내로 본점 이전등기 시 등록세 중과세액의 신고․납부기한을 언제로 볼 것인 지에 대하여 본다. 위 관계법령을 종합하면 본점 또는 주사무소를 대도시외에 둔 법인이 그 본점 또는 주사무소를 대도시내로 이전하여 그 전입에 따른 등기를 하는 때에는 등록세를 중과하도록 하고 그 전입을 법인의 설립으로 보아 그 자본금의 1000분의 12에 해당하는 세액을 납부하도록 되어 있고, ○○시와 ○○시는 수도권정비계획법 제6조 의 규정에 의한 과밀억제권역에 해당하여 모두 대도시이나 구 지방세법 시행령 102조 제2항 에서 수도권의 경우 ○○시외의 지역에서 ○○시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다고 규정하고 있어 이 사건 ○○시에서 ○○시로의 본점 이전등기는 대도시내로 전입에 해당한다. 살피건대 등록세는 신고에 의하여 과세표준 및 세액이 확정되는 신고납부방식의 조세이고 신고납부시기는 등기 또는 등록의 신청서를 등기소 또는 등록관청에 접수하는 날까지이므로 납세의무자가 등기 또는 등록 시에 등록세 과세표준 및 세액을 납부하지 않았다면 과세관청으로서는 구 지방세법 제151조 의 규정에 따라 등록세의 가산세를 보통징수의 방법에 의하여 징수할 수 있을 것인바, 당해 대도시외의 법인이 당해 대도시내로의 본점의 전입에 따른 등기는 그 본점 이전등기 시에 이미 등록세 중과 요건이 충족되므로 납세의무자는 이전등기 전까지 그 등록세 중과의 과세표준 및 세액을 자진신고ㆍ납부하여야 할 것이다. 청구인은 지방세법 제150조의2 제2항 의 규정에서 등록세 중과는 그 중과 대상이 되는 본점사무소가 설치된 날로부터 30일 이내에 신고․납부하도록 되어 있으므로 동 기간 내에 신고․납부하였으므로 가산세 적용대상이 아닌데도 가산세를 부과한 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장하나 위 규정은 등록세 과세물건을 등기 또는 등록할 당시에는 당해 과세물건이 중과세 대상인지 확정되지 아니하다가 등기한 이후에 등록세 중과가 확정된 경우에 확정된 날로부터 30일 이내에 등록세 중과세율로 신고ㆍ납부하라는 규정으로 청구인의 경우와 같이 본점 이전등기 전까지 이미 등록세 중과가 확정된 경우에는 동 규정을 적용할 수 없고 같은 조 제1항이 적용되어 본점 이전등기 전까지 등록세 중과세율을 적용하여 신고ㆍ납부하여야 한다. 따라서 청구인이 본점 이전등기 전까지 등록세 중과세율을 적용하여 등록세를 신고ㆍ납부하지 아니하였다 하더라도 가산세 부과대상이 아니라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다할 것이다.

그렇다면 이 사건 심사청구 중 신고․납부한 등록세 중과세액의 일부를 환급하여 달라는 청구부분은 청구요건을 갖추지 아니하였고 나머지 청구는 이유 없다고 인정되어 감사원법 제46조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.