등록신청 거부처분을 취소하고 사업자등록증을 발급해야하는지 여부

심사청구를 기각한다

처분청은, 청구인이 2000. 8. 10. “법인으로 보는 단체의 승인 신청서”(이하 이 사건 등록신청이라 한다)를 제출한 데 대하여 청구인은 법인설립등기가 되어 있지 아니한 법인격 없는 단체로서 청구인의 대표자 또는 관리인이 선임되어 있는 것으로 볼 수 없다는 이유로 2000. 8. 19. 이 사건 등록신청을 반려(이하이 사건 등록신청 거부처분이라 한다.)하였다

• 가. 청구 취지 이 사건 등록신청 거부처분을 취소하고 청구인에게 사업자등록증을 발급하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 청구인의 대표자는 ○○○로서 처분청은 당초 위 ○○○를 청구인의 대표자로하여 사업자등록증을 교부한 사실이 있음에도 그 후 청구 외 ○○○ 명의의 사업자등록증을 부당하게 교부하여 두 개의 사업자등록이 있게 되자 양측으로부터 동의를 받아 위 사업자 등록 전부를 직권말소한 것이나 위 직권말소 행위는 강행법규에 위배되는 무효의 행위에 해당되는 것으로서 청구인의 이 사건 등록신청은 부당하게 말소된 사업자 등록의 회복을 요구하는 것이므로 이를 거부하는 것은 부당하다.

• 가. 다툼 법인으로 보는 단체의 대표자가 확정되지 아니하여 사업자등록증을 발급하지 아니하고 사업자 등록신청를 거부한 것이 정당한 처분인지 여부
• 나. 인정사실 이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 1968. 4월 경(일자 미상) ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 도장을 설치하고 인간개조, 보국안민 등을 목적으로 창설된 종교단체이나 법인설립등기를 하지 않았다.[ “재단법인 ○○”라는 명칭으로는 1987. 12. 14.자로 법인설립등기 및 사업자등록(등록번호: 000-00-00000, 대표자: ○○○, 업태: 부동산, 종목: 임대)을 하였다].

(2) 청구인은 1969. 4. 1. ○○○를 대표자로 하여 최초로 사업자등록(등록번호: 000-00-00000, 업태: 비영리, 종목: 종교)을 하였다.

(3) 처분청은 1999. 6. 7. 청구 외 ○○○ 외 2인이 ○○종회회의록 등을 첨부하여 사업자등록을 정정신청함으로써 대표자 명의를 ○○○에서 ○○○ 외 2인으로 변경하였으나, 위 ○○○가 같은 해 7. 5. 위 ○○종회회의록은 허위로 작성되었다고 주장함에 따라 청구인의 대표자를 ○○○로 다시 변경하였다. 그 후 위 ○○○ 외 1인은 ○○종회회의록을 다시 첨부하여 사업자변경을 신청하였고 처분청은 1999. 8. 23. 이미 발행한 사업자등록증(1999. 7. 5. ○○○ 명의로 발급)을 반납하는 조건으로 ○○○ 외 1인을 대표자로 하는 사업자등록증을 재발급하였다. 그러나 청구인은 위 ○○○ 명의의 사업자등록증을 반납하지 아니하여 대표자 명의가 서로 다른 2개의 사업자등록증을 소지하게 되었다.(처분청 담당공무원은 위 사업자등록증 발급을 위한 신청서, ○○종회회의록, 기안서류 등 사업자등록변경 관련서류를 1999. 9. 1.자로 ○○세무서와 처분청이 통합하는 과정에서 분실되었다고 진술하고 있음)

(4) 처분청은 1999. 9. 8. 위 (3)항에서와 같이 청구인의 대표자를 명확히 파악할 수 없는 등의 사유로 위 ○○○와 ○○○ 양측으로부터 사업자등록 직권말소에 동의한다는 내용의 각서를 받고 같은 달 9. 위 양측의 사업자등록을 직권말소 하였다.(이하 청구인의 대표자문제와 관련하여 각각 ○○○측 및 ○○○측이라 한다)

(5) 또한, ○○○측에서는 2000. 8. 17. 위 ○○○측을 상대로 “대표자 지위확인 청구의 소”를 제기하여 심사청구일 현재 ○○지방법원 ○○지원에 계류 중에 있는가 하면 ○○○ 측에서도 “대표자 지위확인 소송을 준비 중”이라고 하면서 양측은 서로 상대방에게 사업자등록증을 발급하여서는 안된다고 주장하는 등 위 사업자등록이 말소된 이후에도 대표자 지위와 관련한 분쟁이 계속되고 있다.

(6) 처분청은 2000. 8. 10. 청구인으로부터 “법인으로 보는 단체의 승인 신청서”를 제출받았으나 같은 달 19. 청구인은 법인격 없는 단체로서 국세기본법 제13조 제2항 규정에 의한 ‘대표자 또는 관리인이 선임되어 있지 아니하다’는 이유로 위 신청서를 반려하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 법인세법 제111조 제1항 의 규정에 의하면 신규로 사업을 개시하는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 등록하도록 되어 있고, 같은 법 제109조 제1항에서 ‘내국법인은 그 설립등기일부터 1월 이내에 다음 각 호의 사항을 기재한 법인설립신고서에 그 설립등기일 현재의 대차대조표 기타 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 이를 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제111조의 규정에 의한 사업자 등록을 한 때에는 법인 설립신고를 한 것으로 본다’고 규정하고, 그 제1호에서 ‘법인의 명칭과 대표자의 성명’을 기재하도록 규정하고 있다. 법인세법 시행령 제152조 제1항 에서는 ‘법 제109조 제1항의 규정에 의하여 법인의 대표자는 재정경제부령이 정하는 법인 설립신고 서에 제2항 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있고 제2항에서는 법 제109조 제1항에서 ‘대통령령이 정하는 서류’라 함은 설립등기의 등기부등본, 정관, 재정경제부령이 정하는 주주 등의 명세라고 규정하고 있다. (2) 국세기본법 제13조 제2항 에 의하면 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 그 제1호에서 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 ‘대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것’ 이라고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 시행령 제8조(법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인등) 제4항에서는 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하도록 하고 있다.

(3) 법인사무처리규정 제9조 제1항에서는 ‘세원관리과장은 사업자등록을 한 법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 지체없이 사업자등록을 말소하고 사업자등록증을 회수하여야 한다. 다만, 사업자등록증을 회수할 수 없는 경우에는 등록말소의 사실을 관보게재 또는 게시판 공고 등의 방법으로 공시하여야 한다’고 규정하고 그 제4호에서 인ㆍ허가 취소 또는 기타 사유로 사업목적 수행이 불가능하여 사실상 폐업상태에 있는 경우라고 규정하고 있다.

• 라. 판단 위 관계법령에서 살펴 본 바와같이, 법인세법 제111조, 법인세법 제109조 제1항 및 국세기본법 제13조 제2항 등의 규정을 종합하여 보면 법인설립등기가 되지 아니한 법인격 없는 단체의 경우 납세지 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 얻은 때에는 법인세법 소정의 사업자등록을 한 것으로 보도록 되어 있다. 또한법인으로 보는 단체의 승인을 얻기 위하여서는 ‘대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것’을 그 요건으로 하고 있는 반면, 그 승인을 얻은 단체가 위 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하도록 되어 있다. 그런데 청구인의 경우 인정사실에서 본 바와같이 종교활동을 목적으로 설립되었으나 법인설립등기를 하지 아니한 법인격 없는 단체로서 당초 ○○○를 청구인의 대표자로 하여 1969. 4. 1. 사업자등록을 한 사실이 있으나 1999. 6월경부터 청구인의 대표권 문제와 관련하여 ○○○측과 ○○○측간의 분쟁이 제기되어 사업자등록증 상의 대표자가 수차 변경되거나 서로 다른 명의의 두 개의 사업자등록이 있게 되는 등 불합리한 결과가 초래되어 처분청은 양측으로부터 사업자등록 직권말소에 따른 동의를 얻어 1999. 9. 9. 청구인의 사업자등록을 모두 직권말소하였고 이 사건 심사청구일 현재 청구인의 대표자문제와 관련하여 “대표자 지위확인의 소”가 제기되어 있는 등 청구인의 사업자등록이 말소된 이후에도 청구인의 대표자 지위와 관련한 분쟁이 지속되고 있음을 알 수 있다. 사정이 이러하다면 처분청이 청구인의 이 사건 사업자 등록신청에 대하여 “대표자 또는 관리인이 선임되어 있지 아니하다‘는 이유로 한 이 사건 등록신청 거부처분에 잘못이 있다고 볼 수 없는 것이라 하겠고, 청구인이 처분청의 사업자등록 직권말소 행위가 강행법규에 위반되어 무효라거나 이 사건 등록신청은 신규의 사업자 등록신청이 아니고 원상회복을 요구하는 것이므로 이를 거부하는 처분청의 행위는 위법․부당한 것이라는 청구주장은 모두 받아들일 수 없는 것이다.

그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 등록신청 거부처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.