대도시 내에서 도, 소매업을 영위하는 합병법인의 지점을 설치한 후 새로이 부동산을 취득하는 경우 등록세를 중과세한 처분의 당부

처분청은 1999. 6. 8.자로 청구인에게 한 등록세 771,028,350 원(가산세 128,504,720원 포함)과 교육세 141,355,090원(가산세 12,850,470원 포함) 계 912,383,540원의 부과처분을 취소하여야 한다.

• 가. 청구인은 1997. 11. 1. 청구 외 주식회사 ○○을 흡수합병하고, 주식회사 ○○의 본점과 영업본부가 있던 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 청구인 소속 영업본부(이하이 사건 지점이라 한다)를 설치하여 같은 달 4. 사업자등록을 한 후 1998. 2. 3. 같은 동 ○○번지 대지 497.8㎡, 건축물 181.42㎡와 같은 해 4. 30. 같은 동 ○○번지 대지 429.8㎡, 건축물 1,305.2㎡(이하, 위 같은 동 ○○번지의 부동산을 포함하여이 사건 쟁점 부동산이라 한다)를 각각 취득하여 이 사건 지점의 업무용으로 사용하고 있다.
• 나. 처분청은 청구인이 이 사건 쟁점 부동산을 취득하여 등기한 것이 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항과 구 지방세법시행령(1998. 7. 16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항에서 등록세 중과세율 적용대상으로 규정한 ‘대도시 내에서의 법인의 지점 설치 이후의 5년 이내에 취득하는 부동산 등기’에 해당하는 것으로 보아 이 사건 쟁점 부동산의 과세표준 5,354,363,636원에 등록세 표준세율(30/1,000)의 5배인 중과세율(150/1,000)에서 청구인이 신고납부시 적용한 표준세율을 뺀 나머지 세율 120/1,000을 곱하여 산출한 등록세 771,028,350원(가산세 128,504,720원 포함)과 교육세 141,355,090 원(가산세 12,850,470원 포함) 계 912,383,540원을 1999. 6. 8.자로 부과, 고지하는 처분(이하이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.

• 가. 청구 취지 이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
• 나. 청구 이유 청구인은 1997. 11. 1. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 주식회사 ○○(이하피합병법인이라 한다)을 흡수합병하고 그 자리에 있던 피합병법인의 영업본부지점을 청구인의 영업본부로 소속을 변경하여 그 부동산에 관한 소유권을 이전하였으며, 피합병법인의 사업을 그대로 영위하기 위하여 그 업태와 종목이 같은 사업자등록증을 교부받아 이 사건 지점으로 전환한 후 이 사건 지점의 소재지와 인접한 이 사건 쟁점 부동산을 취득하여 사업장으로 사용하고 있고, 그 취득세와 등록세를 일반과세에 의해 신고납부하였다. 이 사건 지점은 종전에 없던 새로운 사무실을 설치한 것이 아니라 피합병법인의 지점을 청구인 소속 지점으로 바꿔 그대로 존속시킨 것에 불과하기 때문에 새로운 지점설치로 볼 수 없는데도 이를 새로운 지점설치로 보아 이 사건 쟁점 부동산의 등기에 대하여 등록세를 중과세한 것은 대법원판례(대법원 1993. 5. 25. 선고 92누12742 판결)에도 배치되는 것이고, 또한 이 사건 지점명의로 사업자등록증을 신규로 교부받았다고 하더라도 이는 부가가치세법상의 절차나 형식에 따른 것인지 그 실질에 있어서는 위와 같이 새로운 지점의 설치로 볼 수 없는 것이기 때문에 이 사건 부과처분은 부당하다. 그리고 이 사건 지점의 업종인 도․소매업은 유통산업발전법 제2조 제1호 의 규정에 따른 유통산업에 해당되고, 지방세법 관계 규정에서 이와 같은 유통산업에 대하여는 지점설치 후 5년 이내에 취득하는 부동산등기라 하더라도 그 등록세를 중과세하지 아니한다고 하고 있으며, 이 사건 지점은 다른 업종을 겸업하지 않고 중과세 제외업종인 도․소매업만을 하고 있기 때문에 이 사건 쟁점 부동산의 등기에 대하여는 그 등록세 중과세를 배제하여야 한다.

• 가. 다툼 합병법인이 소멸된 피합병법인의 지점을 승계하여 합병법인의 지점을 설치한 후 그 지점용으로 새로 취득한 부동산의 등기가 등록세 중과세대상에 해당하는지, 그리고 그 지점의 업종인 도․소매업을 등록세 중과세대상에서 제외되는 유통산업에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 인정 사실 이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인의 법인등기부등본(1995. 1. 3. 구 등기용지로부터 이기된 것임)에 따르면 청구인은 1956. 7. 14. 설립된 법인으로서 그 상호가 1997. 10. 31. ○○공업주식회사에서 ○○주식회사로 변경등기되었고, 그 목적은 1997. 10. 31. 식품 및 식품첨가물의 제조와 판매업 등 58개 사업, 1999. 3. 13. 조미료 및 식품첨가물 제조업과 상품중개업, 음식료품 및 담배, 가정용품, 산업용 중간재 및 재생재료, 산업용 기계장비 및 관련용품 도매 등 일반 도매업 등 57개 사업으로 각각 변경등기되었으며, 본점 소재지는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지로 되어 있다.

(2) 청구인은 1997. 11. 1. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 주식회사 ○○을 흡수합병하였다.

(3) 청구인은 위 “(2)”항의 주식회사 ○○의 본점 및 영업본부가 있던 자리에 이 사건 지점(영업본부)을 설치하고 1997. 11. 4. ○○세무서장으로부터 신규로 이 사건 지점의 소재지를 사업장으로 한 사업자등록증(업태: 도매업, 소매업, 종목: 조미료, 글루코나이스)을 교부받았는데 이는 1997. 9. 2. ○○세무서장으로부터 교부받은(교부사유: 정정) (주) ○○ 영업본부 명의의 사업자등록증에 기재된 업태와 종목이 동일하다.

(4) 그리고 청구인은 1997. 11. 6. 처분청으로부터 청구인 명의의 영업신고증(업종의 종류: 식품판매업, 식품의 종류: 유통전문판매업, 조건: 유통전문판매 영업자의 준수사항 이행조건)을 교부받았다.

(5) 청구인은 1998. 2. 3. 위 “(3)”항의 이 사건 지점과 인접한 같은 동 ○○번지 대지 497.8㎡와 그 지상건축물 181.42㎡(2층, 점포)를 청구 외 ○○○ 외 1명으로부터 2,568,000,000원에 취득하고, 같은 날 위 금액을 과세표준으로 하여 표준세율 1,000분의 30을 적용하여 산출한 등록세 77,040,000원과 교육세 15,408,000원 합계 92,448,000원을 신고납부하는 한편, 1998. 4. 30. 같은 동 ○○번지 대지 429.8㎡와 그 지상건축물 1,305.2㎡(5층, 근린생활시설)를 청구 외 ○○○ 외 1명으로부터 2,800,000,000원에 취득하고, 같은 날 2,786,363,636원(위 금액에서 건물분 150,000,000 원에 포함된 부가가치세 13,636,364원을 뺀 금액임)을 과세표준으로 하여 표준세율 1,000분의 30을 적용하여 산출한 등록세 83,590,900원과 교육세 16,718,180원 합계 100,309,080원을 신고납부하였으며, 위 부동산을 각 취득한 날에 청구인 앞으로 소유권이전등기를 하였다.

(6) 청구인은 1998. 9. 7. 위 “(5)”항의 같은 동 ○○번지 대지 429.8㎡를 같은 동 ○○번지에 합병하였으며 이 사건 지점의 사무실 등으로 사용하고 있다.

(7) 그리고 위 “(3)”항의 영업본부 건물(지하1층, 지상6층) 중 3층을 ○○지점인 식품영업본부가 사용하고 있고, 나머지 층은 본점(경영지원본부, 축산사업본부, 구조조정본부, 무역사업본부)이 입주하여 있거나 공용으로 사용하고 있다.

(8) 한편 청구인은 1998. 6. 2. ○○시장으로부터 청구인 명의로 이 사건 지점의 소재지를 사업장으로 하여 방문판매등에관한법률 제17조 제1항 등의 규정에 따라 통신판매업신고증을 교부받았다.

(9) 처분청은 청구인이 취득한 이 사건 쟁점 부동산의 등기와 관련하여 1997. 11. 4. 지점설치 후 5년 이내 취득한 부동산 등기에 해당하는 것으로 보아 1999. 5. 3. 등록세 중과세 예고를 한 후 같은 해 6. 8. 이 사건 부과처분을 하였다.

• 다. 관계 법령의 규정 (1) 지방세법 제131조 제1항 은 부동산에 대한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다고 규정하면서 그 제3호에서 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득 중 (1)목 농지는 부동산가액의 1,000분의 10으로, (2)목 기타는 부동산가액의 1,000분의 30으로 한다고 각 규정하고 있다.

(2) 구 지방세법 제138조 제1항 은 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음 그 제3호에서 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 등기를 들고 있다. (3) 지방세법시행령 제101조 제1항 의 규정에 따르면 법 제138조 제1항 단서의 규정에서 ‘대통령령으로 정하는 업종’이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다고 되어 있고, 그 제8호는 유통산업발전법에 의한 유통산업, 농수산물유통및가격안정에관한법률에 의한 농수산물 도매시장․농수산물 공판장․농수산물 물류센터․유통자회사 및 축산업법에 의한 가축시장, 이 경우 유통산업발전법 등 관계 법령에 의하여 임대가 허용되는 매장 등의 전부 또는 일부를 임대하는 경우에는 임대하는 부분도 당해 업종에 직접 사용하는 것으로 본다고 되어 있으며, 같은 조 제2항의 규정에 따르면 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다고 되어 있다. (4) 지방세법시행령 제102조 제1항 의 규정에 따르면 법 제138조 제1항 제1호에서 대통령령으로 정하는 대도시라 함은 수도권정비계획법 제6조 의 규정에 의한 과밀억제권역을 말한다고 되어 있고, 수도권정비계획법 제6조 제2항 과 같은 법 시행령 제9조 별표1에 의하면 과밀억제권역의 하나로 ○○시가 포함되어 있다.

(5) 구 지방세법시행령 제102조 제2항 의 규정에 따르면 법 제138조 제1항 제3호에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 특별시 외의 지역에서 특별시 내로의 전입은 대도시 내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산 등기를 말하며, ‘그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다.(“이 경우” 이하 중략) ‘지점 등’이라 함은 내무부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 되어 있고, 구 지방세법시행규칙(1998. 7. 23. 행정자치부령 제11호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2의 규정에 따르면 영 제102조 제2항 후단에서 ‘내무부령이 정하는 사무소 또는 사업장’이라 함은 법인세법, 부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장과 법인세법, 부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제 대상으로서 인적ㆍ물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 하면서 1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소 2. 물품의 보관만을 하는 보관창고 3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장은 제외한다고 되어 있다. (6) 유통산업발전법 제2조 제1호 의 규정에 따르면 ‘유통산업’이라 함은 농ㆍ임ㆍ축ㆍ수산물 및 공산품의 도매ㆍ소매ㆍ보관ㆍ포장 및 이와 관련된 정보․용역의 제공 등을 목적으로 하는 산업을 말한다고 정의하고 있다. (7) 방문판매등에관한법률 제2조 제6호 의 규정에 따르면 ‘통신판매’라 함은 판매업자 또는 용역업자가 광고물ㆍ우편ㆍ전기통신ㆍ신문ㆍ잡지 등의 매체를 이용하여 상품 또는 용역에 관하여 광고를 하고 우편ㆍ전기통신 기타 총리령이 정하는 방법에 의하여 소비자의 청약을 받아 상품을 판매하거나 용역을 제공하는 것을 말한다고 정의하고 있고, 같은 법 제17조 제1항의 규정에 따르면 통신판매업을 하고자 하는 자는 시․도지사에게 신고하여야 한다고 되어 있으며 같은 법 시행규칙 제10조 제1항의 규정에 따르면 법 제17조 제1항의 규정에 의하여 통신판매업의 신고를 하고자 하는 자는 별지 5호 서식의 신고서에 사업자등록증 사본 및 법인등기부등본(법인인 경우에 한한다)을 첨부하여 특별시장ㆍ광역시장ㆍ도지사(이하 ‘시ㆍ도지사’라 한다)에게 제출하여야 한다. 다만, 사업자등록증 사본은 제2항의 규정에 의한 신고증의 교부일부터 30일 이내에 제출할 수 있다고 되어 있다. (8) 식품위생법시행규칙 제20조 의 규정에 따르면 법 제21조의 규정에 의한 업종별시설기준은 별표 9와 같다고 되어 있고, [별표 9]업종별 시설기준5. 식품소분․판매업의 시설기준 가. 공통시설기준에 따르면 (1)작업장 또는 판매장(식품자동판매기영업․유통전문판매업 및 식품 등 수입판매업을 제외한다)은 (가)건물은 독립된 건물이거나 주거장소 또는 다른 용도로 사용되는 시설과 분리 또는 구획되어야 한다(다만, 이하 생략)고 되어 있고, 나. 업종별시설기준 (7)유통전문판매업은 (가)영업활동을 위한 독립된 영업소가 있어야 한다. (나)식품을 위생적으로 보관할 수 있는 창고를 갖추어야 한다(‘이 경우’ 이하 생략) (다)영업신고한 영업소와 같은 장소 또는 같은 건물 안에 상시 운영하는 반품․교환품의 보관시설을 두어야 한다고 되어 있다.

• 라. 판단 위 인정 사실에 의하면 청구인은 1997. 11. 1. 주식회사 ○○을 흡수합병하고 피합병법인의 본점과 지점이 있던 자리에 이 사건 지점을 설치하여 같은 달 4. 사업자등록증을 교부받은 후 1998. 2. 3.과 같은 해 4. 30. 위 지점의 업무용으로 사용하기 위하여 이 사건 쟁점 부동산을 취득, 등기하였고, 이와 관련하여 처분청은 지방세법 관계 규정에 따라 등록세 중과세율을 적용받아야 할 ‘대도시 내에서의 법인의 지점설치 이후 5년 이내에 취득하는 부동산 등기’에 해당한다고 보아 이 사건 부과처분을 한 사실을 알 수 있다. 그런데 청구인은 이 사건 지점의 설치와 관련하여 종전에 없던 것을 새로 설치한 것이 아니라 피합병법인의 지점을 청구인 소속으로 바꿔 그대로 존속시킨 것에 불과한 것으로서 새로운 지점설치로 볼 수 없기 때문에 지점설치 이후 5년이 지나 취득한 이 사건 쟁점 부동산의 등기에 대한 등록세 중과세는 부당한 것이고, 또한 위 지점의 업종이 도ㆍ소매업으로 지방세법 관계 규정에서 등록세 중과세 대상에서 제외하고 있는 유통산업발전법 관계 규정에 따른 유통산업에 해당하므로 등록세를 중과세할 수 없다고 주장하므로 위 다툼에 대하여 차례로 살펴본다. 첫째 다툼에 관하여 보면 대도시 내에서의 신설법인 등에 대한 등록세 중과세 제도는 대도시의 균형있는 발전과 인구집중억제를 위하여 1972. 1. 1.이후 신설 또는 지점을 설치한 법인부터 적용하여 온 것으로 위 관계 법령의 규정에서 보듯이 대도시 내에서의 법인의 지점설치 이후 5년 이내에 취득한 부동산 등기의 경우에는 등록세 중과세율의 적용대상이 되는 것인바, 종전 법인을 흡수합병하여 그 피합병법인이 있던 자리에 그 업종을 그대로 승계하여 합병법인의 지점을 설치한 경우에는 종전에 없던 새로운 지점을 설치한 것이 아니라 종전부터 있던 지점을 소속만 합병법인의 지점으로 바꾸어 유지존속시킨 것에 불과하다고 보는 것이 등록세 중과세 취지에 부합하는 것이라고 할 때 피합병법인의 부동산을 합병법인이 그 지점용으로 취득하여 등기한 것과 관련하여서는 그 등록세를 중과세할 수 없는 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것이나, 이 사건 청구인의 경우와 같이 합병으로 인하여 피합병법인의 부동산을 취득하여 그 자리에 이 사건 지점을 설치하는 외에 신규로 사업자등록증을 교부받은 후 이 사건 지점을 확장하기 위하여 새로 취득한 이 사건 쟁점 부동산의 등기와 관련하여서는 그 등록세를 중과세하지 아니할 아무런 근거가 없는 것으로서 이에 관하여는 지점설치 이후 5년 이내에 취득한 부동산등기에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것이므로 이 사건 쟁점토지의 등기와 관련된 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다. 둘째 다툼에 관하여 보면 위 지방세법 관계 규정에서 보듯이 유통산업발전법에 의한 유통산업을 업종으로 하는 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 중과세하지 아니한다고 하고 있으므로 이 사건 지점의 업종이 위 유통산업에 해당하는지의 여부가 관건이라 할 것인바, 유통산업발전법 제2조 제1호 에서 유통산업이라 함은 농ㆍ임ㆍ축․수산물 및 공산품의 도매ㆍ소매ㆍ보관ㆍ포장 및 이와 관련된 정보ㆍ용역의 제공 등을 목적으로 하는 산업을 말한다고 정의하고 있고, 청구인은 이 사건 지점의 소재지를 사업장으로 하고 사업의 종류 중 업태를 도매업과 소매업으로, 종목을 조미료와 글루코나이스(식이섬유 가공식품)로 하여 1997. 11. 4. 사업자등록을 한 후 같은 달 6.에는 처분청으로부터 식품판매업(식품의 종류: 유통전문판매업) 영업신고증을 교부받고, 또한 1998. 6. 2.에는 ○○시장으로부터 통신판매업신고증을 교부받아 통신 등을 이용하여 식품을 판매하고 있으므로 이 사건 지점의 도ㆍ소매업종이 위 유통산업에 해당하지 않는 것으로 볼 만한 아무런 이유가 없는 것이라 하겠다. 이와 관련하여 처분청은 도ㆍ소매업이란 매장을 일정규모 이상 확보하여 판매행위가 이루어져야 하나 이 사건 지점의 부동산은 직접 판매가 이루어지지 않는 사무실 등 업무시설의 용도로 사용되고 있기 때문에 청구인의 주장을 받아들일 수 없는 것으로 판단하고 있으나, 위 유통산업발전법 관계 규정에서 대규모점포 등에 한정하여 일정규모 이상의 매장면적을 확보하도록 하고 있는 것이지 모든 도ㆍ소매업종에 매장을 확보하도록 명시하고 있는 것은 아니고, 나아가서 청구인이 처분청에 영업신고하여 수리된 식품판매업(식품의 종류: 유통전문판매업)과 관련하여 위 관계 법령의 규정에서 본 식품위생법시행규칙 [별표 9] 업종별 시설기준에 의하면 유통전문판매업의 경우 판매장 시설을 제외하고 있는 반면, 영업활동을 위한 독립된 영업소와 식품보관창고, 반품ㆍ교환품의 보관시설을 갖추도록 하고 있어 위 매장이 도ㆍ소매업을 영위하는 데 반드시 갖춰야 할 시설이 아님을 알 수 있고, 또한 방문판매등에관한법률 관계 규정을 보더라도 청구인의 경우와 같은 통신판매업자에 대하여 위 매장과 관련된 별다른 제한 규정이 없는 점 등을 종합하여 볼 때 청구인이 이 사건 지점에서 영위하는 도ㆍ소매업은 매장확보여부와 관계없이 유통산업발전법에 의한 유통산업에 해당한다고 보아야 할 것이므로 이 사건 부과처분은 적법한 처분이 아니라고 하겠다.

그렇다면 처분청이 이 사건 지점의 업종이 유통산업에 해당하지 않는다고 보아 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.