지점영업용으로 사용하고 있는 건축물의 취득세 및 농어촌특별세의 취소여부

처분청은 1998. 3.12. 청구인에 대하여 한 취득세 3,322,365,310원(가산세 612,136,750원포함), 농어촌특별세 301,629,710원(가산세 30,606,830원포함), 계 3,623,995,020원의 부과처분중에서 지점영업용으로 사용하고 있는 건축물 1,687.71㎡(전용면적 936.55㎡, 공용면적 751.16㎡)에 해당하는 취득세162,872,680원(가산세 27,145,440원포함), 농어촌특별세 14,929,990원(가산세 1,357,270원포함), 계 177,802,670원의 부과처분부분은 이를 취소하여 환부하여야 한다. 나머지 청구를 기각한다.

처분청은 청구인이 1991. 5.31. 서울특별시장으로부터 건축허가를받아 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 7,106㎡에 통신 및 업무시설용 건축물(지상11층 지하6층, 연면적 56,415.29㎡, 이하 “○○사옥”이라 한다)을 건축하고 1995.12.28. 건축물 임시사용승인을 받은 이후 1996.1.27., 1996.5.25. 및 1997.10.29. 등 3회에 걸쳐 취득세 등을 자진신고납부한 데 대하여 위 ○○사옥중에서 ○○생산본부, 구 ○○마케팅본부(현 ○○지사) 및 디지털사업본부가 사용하는 건물면적 계 33,700.84㎡(전용면적 18,701.34㎡, 공용면적 14,999.50㎡, 이하 ‘위 중과세건축물’이라한다)는 본점부서의 일부인 ○○생산본부, 구 ○○마케팅본부 및 디지털사업본부가 입주하여 사무를 처리하는 장소로 사용하고 있으므로 본점의 사업용부동산을 취득한 경우에 해당한다고 보아 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제112조 제3항에 규정되어 있는 일반세율 20/1000의 100분의 500인 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 3,322,365,310원(가산세 612,136,750원포함)과 이에 부가되는 농어촌특별세 301,629,710원(가산세 30,606,830원포함), 계 3,623,995,020원을 1998. 3.12.자로 청구인에게 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였다.

청구인은 처분청이 한 이 사건 부과처분 중 취득세 3,165,351,110원(가산세 527,558,520원포함)과 이에 부가되는 농어촌특별세 290,157,180원(가산세 26,377,930원포함), 계 3,455,508,290원에 대한 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구를 하면서 그 이유로서 위 중과세건축물중 기계실용 등으로 전용사용하는 면적 17,264.79㎡와 역사관시설용으로 전용사용하기로 한 면적 936.55㎡ 계 18,201.34㎡(이하 ‘이 사건 건축물’이라 한다)는 외형상으로는 본점부서의 일부인 ○○생산본부와 구 ○○마케팅본부가 입주하여 사무를 처리하는 장소로 사용하고 있는 것처럼 보이나 실제 그 이용현황을 보면 ○○지역의 가입자 및 사업규모가 확대됨에 따라 1995. 3.27. 법인조직을 사업별구조에서 기능별구조로 개편하면서 ○○지사를 폐지함과 동시에 이에 대체하여 ○○생산본부(당초 ‘○○운용본부’를 1996. 3. 1. 명칭변경한 것임)와 구 ○○마케팅본부를 설치하여 과거 서울지사가 수행하던 ○○지역내의 교환기, 기지국 및 전송시설 등의 설치운용과 영업업무를 계속 수행하고 있고, 역사관은 설치한 바가 없으며 위 2개본부를 독립된 회계단위로 하여 ○○지사 명의로 상업등기와 사업자등록을 하고 사업을 영위하고 있으므로 지사 또는 분사무소의 사업용 부동산에 해당하는데도 이 사건 건축물까지 포함하여 본점의 사업용부동산을 취득한 것으 로 보아 취득세 등을 중과세한 이 사건 부과처분은 부당한 것이라고 주장한다.

이 건 심사청구의 다툼은 ○○생산본부 및 구 ○○마케팅본부가 사용하는 이 사건 건축물이 본점 사업용부동산에 해당되는지의 여부에 있다. 먼저 청구인이 조직개편을 한 내역과 ○○사옥을 취득, 이용하고 있는 현황 및 처분청의 과세경위 등 사실관계를 보면, 위 청구인은 청구외 구 ○○공사의 투자법인으로 1984. 3.29. 상호를 ○○통신주식회사로 하여 무선호출사업, 차량 및 휴대전화사업 등을 목적사업으로 하여 설립운영하다가 1994. 6. 4. ○○그룹이 인수한 이후 1997. 3.21. 목적사업을 기간통신사업, 위성통신사업, 통신판매업, 단말기매매업 및 부동산임대업 등으로 변경함과 동시에 상호를 ○○ 텔레콤주식회사로 변경한 법인으로서 그 목적사업을 수행하기 위하여 법인조직을 이동전화, 무선호출, 기획조정 등의 사업별로 대별하고 본사에 4실 11본부 2소 1연수원을 두는가 하면 본점 소재지에 서울지사를 설치하는 등 전국을 시ㆍ도별로 분할하여 9개의 지사를 두었고, 각 지사관할구역내의 통신시설 설치 및 운용관리를 위하여 서울지사에는 1984년도부터 청구외 구 한국○○공사의 ○○전화국 및 ○○전화국 등 2개소를 임차하여 교환국사를 시설 운영하여 오다가 1988.12.29.자로 ○○전화국내 시설을 ○○전화국으로 임차이전하여 ○○교환국사(보유교환기 4식)를 설치하는 한편 1992. 9.22.자로 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○번지 및 ○○번지 소재 건축물을 취득하고 ○○전화국내 시설을 이전하여 ○○동교환국사(보유교환기 15식)를 설치하는 등 ○○지사 관내에 2개 교환국사를 설치한 것을 비롯하여 그외 각 지사마다 1개 교환국사를 설치(○○지사와 ○○지사는 1개 교환국사를 공동설치사용)하였고 그 관하에 1,073개의 기지국(이동전화 747개, 무선호출 326개)을 설치하는 한편 각 지사의 영업업무를 수행하기 위하여 전국에 39개의 영업소를 각각 설치․운영하여온 사실, 그리고 청구인은 1994년도에 이르러 ○○지역의 가입자수가 전국가입자 4,718,844명의 47%인 2,232,798명에 이르게 되고 1995년도에는 전년도보다 45%가 증가한 3,245,075명에 이르는 등 ○○지역의 사업규모가 계속 확대하게 되자 1995. 3.27. 조직관리규정을 전면개정하여 기존의 사업별조직을 통신서비스생산부문, 마케팅부문, 사업지원부문 및 재무부문 등의 기능별조직으로 대별하고 그 관하에 2원 3실 16본부 2연구원을 두고 지사를 부산지사 등 8개지사로 축소하면서 ○○지역을 관할하던 ○○지사를 폐지함과 동시에 ○○지사 관장업무중에서 통신시설의 설치운용업무를 수행하기 위한 조직으로 ○○생산본부(1996. 3. 1. 당초 ‘○○운용본부’를 명칭변경한 것임)를, 영업업무를 수행하기 위한 조직으로 ○○마케팅본부를 각각 본점조직으로 격상시켜 신설하여 ○○지역의 통신시설 설치운용과 영업업무를 계속 수행하게 하면서 본사소재지를 사업장소재지로 하여 조직관리규정에 없는 ‘○○지사’라는 상호로 1995.7.1. ○○세무서에 통신서비스업 사업자등록을 하고는 ○○생산본부와 ○○마케팅본부의 재무활동에 관한 회계 및 조세관리를 ○○지사 명의로 통합관리함과 동시에 1996.3.14.자로 상업등기를 하였고, 위 ○○생산성본부및 ○○마케팅본부와 ○○지사외 7개지사 관하에 교환국사(9개), 기지국(1,467개), 영업소(55개)를 두는 등 지역사업조직망을 두고 운영하다가 1998.1.12. 경쟁력강화 대책의 하나로 조직운영의 효율화와 기업경영의 합리화를 도모한다는 방침에 따라 조직관리규정을 다시 개정하여 각 지사 관장업무중 통신시설 설치운용업무를 분리하여 본점의 생산기획본부를 총괄부서로 하면서 전국을 4개권역으로 나누어 기존의 ○○생산본부외에 ○○생산본부, ○○생산본부 및 ○○생산본부를 두어 관장하게 하는 한편 영업업무는 본점의 마케팅기획본부를 총괄부서로 하면서 기존의 ○○마케팅 본부를 폐지함과 동시에 전국을 5개 권역으로 나누어 ○○지사, ○○지사, ○○지사, ○○지사 및 ○○지사등 5개지사로 축소하여 관장하게 하면서 각 생산본부와 지사관하에 교환국사(9개), 기지국(3,769개) 및 지점(44개)을 두는등 지역사업조직망을 두어 통신서비스업을 영위하고 있는 사실, 한편 청구인은 1990.11.12. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 지상에 본사사옥건설공사 기본계획을 수립한 바 있으나 같은 해 9.6. 구 ○○부장관으로 부터 청구인은 청구외 구 ○○공사가 출자한 정부재투자기관이므로 국무총리 지시 제12호(1982.5.13.)의 규정에 따라 ○○내에서는 본사사옥의 신․증축이 금지된다는 통보를 받는 한편 1991.5.31. ○○시장으로부터 ○○사옥건축허가를 받으면서 동 사옥을 신축한 후에는 서울지사 용도로 사용하겠다는 각서를 공증하여 같은 달 22. ○○시에 재출한 이후 1993.10.19, 1994.4.23 및 1995.9.20. 등 3회에 걸쳐 ○○사옥확보기본계획을 조정하여 ○○지사 및 전산실용으로 활용하기로 그 용도를 변경하여 확정한 사실, 그리고 청구인은 ○○사옥을 건축하여 1995.12.28. ○○시장으로부터 건축물 임시사용승인을 받고나서 1996.4.13. ○○생산본부를 입주하게 하여 지상8층 및 9층의 일부인 전용면적 계 3,682.54㎡를 사무실로 사용하고 ○○지역의 통신서비스업무 수행에 필수적으로 소요되는 교환기(19식), 전송장비(10식) 및 각종부대장비 등을 지하1층, 지상2층, 지상3층 및 지상4층 등의 일부인 전용면적 계 9,806.45㎡에 시설하였고 전기통신설비의기술기준에관한규칙 제7조에서 예비전원설비로 의무화되어있는 축전지실과 교환국, 기지국 등의 설치보수용 기자재창고를 지하2층의 전용면적 계 3,775.8㎡에 시설하는 등 지하2층에서 지상4층에 걸쳐 전용면적 합계 13,582.25㎡에 ○○교환국사를 설치하여 1996.5.5부터 ○○지역내의 교환, 신호전송등 통신서비스업무를 수행하는데에 사용하는 동시에 구 ○○지사관하에 설치운용하여온 ○○동 교환국사와 ○○교환국사중 임차하여 운영하던 ○○교환국사를 같은 해 5.18. 폐쇄조치함으로써 ○○생산본부관하에 ○○교환국사와 ○○동교환국사등 2개 교환국사와 1,171개 기지국(이동전화 1,039개, 무선호출 132개)이 설치 운용되고 있는 사실, 한편 홍보실소관으로○○사옥 1층의 일부(전용면적 936.55㎡)에 역사관을 시설하기로 당초 계획을 한 바 있으나 이를 추진하지 아니한 채 계속 공실상태를 유지하게 되자 구 ○○마케팅본부(현 ○○지사)에서는 1997.11.12. 그 장소에 ○○지점관할지역을 분할하여 ○○지점을 신설하기로 방침을 정한 후 ○○사옥의 소재지를 사업장소재지로 하고 ○○텔레콤주식회사 ○○지점을 사업자로 하여 1998.1.22. ○○세무서에 통신업 및 부동산서비스업 등의 사업자등록을 하고 1998.2.1. 전화가입청약및 해약 등의 영업업무를 개시한 후 같은 달 12. ○○지점설치 상업등기를 함으로써 당초 역사관을 설치하기로 계획되어 있던 장소를 지점영업장으로 사용하고 있는 사실, 그리고 처분청은 1995.3.27. 개정된 조직관리규정에 의한 조직표상 본점부서로 편제되어 있는 ○○생산본부와 구 ○○마케팅본부가 이 사건 건축물에 입주하여 위와 같이 사용하고 있으므로 본점의 사업용부동산을 취득한 경우에 해당한다고 하여, 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제112조 제3항에서 규정하고 있는 취득세 중과세율을 적용하여 청구인에게 이 사건 부과처분을 한 사실을 일건기록에 의하여 인정할 수 있다. 다음으로 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법(1998. 12. 31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제112조 제3항에서 ○○정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득할 경우의 취득세율은 제1항의 세율(1000분의20)의 100분의 500으로 한다고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제84조의2 제3항에서는 법 제112조 제3항에서 “대통령령이 정하는 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산”을 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)으로 규정하고 있는바, 이와 같이 법인이 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산을 취득한 경우에 그 취득세를 중과하려는 취지는 과밀억제권역안에 인구유입과 산업집중을 유발시키는 본점 또는 주사무소의 신설이나 증설을 억제하려는데 있다 할 것이고 이러한 중과납세의무의 성립시기는 본점 또는 주사무소의 사무소로 최초로 사용한 날이 된다고 할 것이며, 한편 지방세법시행령 제102조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제55조의 2에서 등록세중과대상인 지점 또는 분사무소를 법인세법, 부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적ㆍ물적설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소라고 규정하고 있으므로 당해 사업장에 대하여 회사조직표상의 위치, 부동산의 취득경위 및 그 이용상황 등을 종합적으로 검토하고 위 입법취지를 감안하여 본점사업용 부동산 여부를 판단하여야 할 것이다. 살피건대 청구인은 이 사건 건축물을 사용하고 있는 ○○생산본부와 구 ○○마케팅본부가 조직표상으로만 본점부서의 일부로 편제되어 있을 뿐이고 실제로는 구 ○○지사가 수행하여온 ○○지역내의 통신시설의 설치운용과 영업업무를 계속 수행하고 있고 역사관은 설치한 사실이 없으며 그 회계관리는 ○○지사 명의로 하고 있으므로 이 사건 건축물은 본점의 사업용부동산에 해당되지 아니한다고 주장하나 통신서비스는 본점과 각 지역조직망의 유기적인 연계와 총체적 기능의 소산인 것으로 고유의 본점업무와 지점업무가 존재한다고 할 수 없을 뿐만 아니라 청구인도 이를 구분할 수 있는 명확한 기준을 제시하지 못하고 있으며, 조직표상의 사무분장내용을 보더라도 ○○생산본부가 수행하는 통신시설의 설치운용업무는 본점부서인 시설본부, 운용지원본부와 각지사의 시설부, 운용보전부 그리고 각 지점 등이 공히 수행하도록 되어 있어 그 수행업무의 내용을 기준으로 하여 본점여부를 판단하는 것은 지방세법 운용상 혼란만을 가중시켜 그 공정성을 저해하게 될 우려가 있다 할 것이고 ○○지사용으로만 사용하기로 ○○사옥 확보기본계획을 확정한 당시와는 달리 정부재투자기관이던 청구법인이 민영화되어 위 신축된 ○○사옥을 본점용으로 사용하는데에 제한을 받지 않게 된 상황에서 ○○지역의 가입자수가 증가되어 그 중요성이 커짐에 따라 ○○지역에 대한 사업을 본사차원에서 중점적으로 추진하고자 조직관리규정을 개정하여 ○○지사를 폐지하고 본점의 부서로 ○○생산본부를 신설하고 ○○사옥에 통신장비를 확장시설하여 이를 사용하게 된 것이므로 이 사건 건축물중 사용개시 당시의 조직관리규정상 본점 부서로 편제되어 있는 위 ○○생산본부가 그 소관업무를 수행하는데에 사용하는 부분은 비록 구 ○○지사에서 수행하던 업무를 계속하여 수행하고 있다 하더라도 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산에 해당한다고 보아야 할 것이며, 그 후 조직관리규정을 개정하여 기존의 ○○지사등 8개지사를 5개지사로 축소하면서 각 지사에서 관장하여온 통신시설의 설치운용업무를 분리하여 ○○생산본부, ○○생산본부 및 ○○생산본부를 신설하여 관장케 하였다고 하여 이것이 곧 위 ○○생산본부의 회사조직표상의 위치나 이 사건 건축물에 대한 이용현황을 변경시켜 지사와 동격으로 되었다고 단정할 수 없는데다가 조직관리규정상의 조직표에 편제되어 있지도 아니한 가공의 ○○지사 명의로 사업자등록을 하고 상업등기를 한 후 ○○생산본부의 재무활동에 대하여 독립된 회계관리를 하다가 2년 7개월여만에 조직관리규정을 개정하여 조직표에 공식적으로 ○○지사로 설치한 것은 청구인의 세무회계 관리를 위한 편의에 기인한 것이며 이것은 법인세법이나 부가가치세법 등에서 인정하는 사업장에 해당될 수는 있으나 지방세법상의 본점ㆍ지점의 구분기준이 될수는 없다 할 것이어서 이 부분에 대한 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다. 한편 이 사건 건축물중 구 ○○마케팅본부(현재 ○○지사)에서 1997.11.12. ○○지점을 설치하여 1998.2.1.부터 가입자청약과 해지 등의 영업업무를 수행하는데에 사용하고 있는 부분(전용면적 936.55㎡)은 당초 본점부서인 홍보실에서 역사관을 시설하기로 계획을 하였던 것이나 이를 추진하지 아니하고 공실상태로 관리하여오다가 위와 같이 사용하게된 사실이 명백한데도 본점부서가 사용하고 있다고 단정하고서 한 이 사건 부과처분의 일부는 잘못된 것으로서 이를 주장하는 청구부분은 이유있다 하겠다.

그렇다면 처분청이 한 이 사건 부과처분중 공실상태로 관리되다가 지점 등 현업부서의 업무인 영업업무를 수행하는데에 사용되고 있는 부분의 건축물에 대하여 일반세율(1000분의 20)의 100분의 500인 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 부분은 잘못이라 할 것이고, 나머지 부과처분은 정당하다 할 것이므로 이 사건 심사청구는 일부 이유있는 것이라 할것이므로 감사원법 제46조 제2항 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.