부동산 공급시기 이후 임의로 발행한 세금계산서로 경정청구를 요구한 주장의 당부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 1998.11.30 청구외 (주)○○건설(이하 “청구외 법인”이라 한다)로부터 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 대치 766.1㎡ 및 지상 상가건물 3,297.225㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 건물가액 516,730,355원(부가가치세를 제외한 금액임)을 포함한 840,000,000원에 매입하였고, 이 건 건물매입과 관련하여 세금계산서(1998.11.30자 매입세금계산서 1매, 공급가액 516,730,355원으로 이하 “당초발행세금계산서”라 한다)를 교부받았으나 분실함으로 인하여 1998년 제2기분 부가가치세 신고시 당초발행세금계산서에 대한 부가가치세를 신고하지 못하여 관련 매입세액을 공제받지 못하였다고 주장하며, 1999.04월 청구외 법인으로부터 1998.11.30을 발행일자로 기재한 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 다시 교부받아 그에 대한 매입세액을 공제(환급)하여 달라고 1999.04.03 처분청에 경정청구를 하였다. 이에 대하여, 처분청은 쟁점세금계산서는 공급시기(1998.11.30) 이후에 교부된 세금계산서로 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하여 1999.05.15 경정청구에 대한 거부처분을 하였다. 청구인은 이에 불복하여 1999.06.11 이의신청을 거쳐 1999.10.11 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점부동산을 1998.11.30 매입하고 그에 대한 세금계산서를 교부받았으나 동 세금계산서를 가지고 있던 청구인의 아들 ○○○가 잠적상태에 있었고, 청구인이 무지한 탓으로 1998년 제2기분 부가가치세 신고시 동 세금계산서에 대한 부가가치세를 신고하지 못하였으며, 청구외 법인에게 당초발행 세금계산서에 대한 사본을 요구하였으나 동 법인도 당초발행세금계산서를 분실하여 공급자 보관용 세금계산서의 사본을 받을 수 없어 청구외 법인으로부터 1999.04월 쟁점세금계산서를 재교부받아 경정청구를 한 것으로, 쟁점부동산의 공급시기(1998.11.30)에 당초발행세금계산서를 교부받았으므로 이에 대한 매입세액을 공제(환급)하여도 함에도, 처분청은 청구인이 당초 쟁점부동산의 매입시 관련 세금계산서를 교부받지 아니하였다가 쟁점부동산의 공급시기가 경과한 이후인 1999.04월에 1998.11.30을 발행일자로 한 세금계산서를 교부받아 이 건 경정청구시 제출한 것으로 판단하여 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 공제하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부하였는 바, 이는 부당하다.

청구인은 쟁점부동산의 공급일(1998.11.30)에 관련 세금계산서를 교부받았으나 청구인은 물론 공급자인 청구외 법인도 동 세금계산서를 분실함에 따라 쟁점세금계산서를 부득이 재발행하게 되었다고 주장하나, 처분청에서 청구외 법인에 대한 현지확인 조사시 확인한 바에 의하면, 쟁점부동산의 공급일(1998.11.30)에 청구외 법인의 장부 및 전표상 부가가치세 예수금이 계상되어 있지 아니하고, 쟁점부동산의 공급시기에 발행되었다고 주장하는 당초발행세금계산서상에는 쟁점부동산의 거래대금을 현금으로 영수하였다고 작성되어 있음에도 전표상에는 미지급금과 대체처리 되어 있는 것으로 보아 당초 세금계산서를 발행하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 없고, 청구외 법인은 청구외 ○○○로부터 쟁점부동산을 취득하고서도 그에 대한 취득세 신고를 하지 않고 잇다가 1999.02.01 쟁점부동산의 소유권 이전에 따른 취득세 고지서를 지방자치단체로부터 수령하고 동 부동산의 취득 및 양도에 대한 부가가치세 신고가 누락된 사실을 발견하여 이를 처리하기 위하여 1999.03.08 이후 쟁점세금계산서를 발행하고 양도ㆍ양수자 쌍방이 수정신고 및 경정청구를 한 것으로 보이며, 세금계산서는 재화나 용역의 공급에 대한 영수증으로서 부가가치세법이 정한 공급시기에 교부하여야 하고 공급일자순에 따라 일련번호순으로 발행하여야 하며, 발행한 세금계산서를 분실하는 경우 당초발행세금계산서의 사본으로 대체할 수 있음에도 임의로 세금계산서를 1999.03.08. 이후 재발행하여 교부하였다는 것은 당초 공급시기에 세금계산서를 교부한 사실이 없는 것으로 판단되므로, 청구인이 이 건 경정청구시 제출한 쟁점세금계산서는 쟁점부동산의 공급시기(1998.11.30) 이후인 1999.03.08 이후 임의로 발행한 세금계산서로 이는 부가가치세법 제17조 제2항 의 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 처분청이 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 공제하여 달라는 청구인의 경정청구를 거래한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제16조 【세금계산서】 제1항에서 『납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.(단서생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항』이라고 규정하고 있고 부가가치세법 제9조 【거래시기】 제1항에서 『재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때』라고 규정하고 있으며 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항” 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.(단서생략)』이라고 규정하고 있으며 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】 제1항에서 『법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이정하는 경우는 다음 각호의 규정하는 경우로 한다.

1. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표를 국세기본법 시행령 제25조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 1의 2. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표를 국세기본법시행령 제25조 의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우』라고 규정하고 있다. 국세기본법 제45조 의 2 『경정 등의 청구』 제1항에서 『과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있은 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 사실관계에 대하여 살펴보면, 첫째, 당초 쟁점부동산 중 토지 소유자인 청구외 ○○○가 그의 토지 지상에 여관 및 목욕탕 건물을 신축하기로 하고 청구외 법인과 공사금액 1,800,000,000원(부가가치세 제외)에 도급계약을 체결하여 1998.04.22 상기의 여관 및 목욕탕 건물이 완공되었으나, 상기 건물의 신축시 현장소장이었던 청구인의 아들인 ○○○가 공사대금을 횡령함에 따라 청구인과 청구외 ○○○ 및 청구외 법인이 상호 합의하여 청구외 ○○○가 청구외 법인에게 지급할 상기 건물의 공사대금 중 미지급분을 청구인이 승계하기로 상호 합의하였고, 이 과정에서 청구외 법인은 1998.12.01(1998.09.28 매매를 원인으로 한 소유권이전 등기임) 청구외 ○○○로부터 쟁점부동산에 대한 소유권을 이전받아 동 일자에 청구인에게 다시 쟁점부동산의 소유권을 이전하여 주었음이 청구외 법인의 확인서, 합의각서 및 등기부등본에 의해 확인된다. 둘째, 청구인과 청구외 법인이 쟁점부동산의 소유권이전과 관련하여 작성한 부동산 매매계약서에 의하면, 청구인과 청구외 법인은 1998.11.15 쟁점부동산을 매매대금 840,000,000원에 매매하는 부동산 매매계약을 체결하여, 계약당일에 계약금으로 100,000,000원을 지급하고 1998.11.20 중도금으로 100,000,000원을 지급하며, 1998.11.30 잔금으로 640,000,000원을 지급하기로 매매계약이 체결되었음이 청구인이 제시한 부동산매매계약서에 의해 확인된다. 셋째, 한편 청구인은 상기의 부동산매매계약에 따라 청구외 법인으로부터 쟁점부동산을 매입하고 1998.11.30 그에 대한 매입세금계산서를 교부받았으나, 동 세금계산서를 분실하여 1998년 제2기분 부가가치세 신고시 당초발행세금계산서에 대한 부가가치세를 신고하지 못하여 관련 매입세액을 공제받지 못하였다고 주장하며, 1999.04월 청구외 법인으로부터 1998.11.30을 발행일자로 기재한 쟁점세금계산서를 다시 교부받아 처분청에 그에 대한 매입세액을 공제(환급)하여 달라는 경정청구를 하였고, 이에 대하여, 처분청은 쟁점세금계산서는 공급시기(1998.11.30) 이후에 교부된 세금계산서로 매입세액 공제대상이 아닌 것으로 보아 청구인의 경정청구를 받아들이지 않았음이 처분청이 제시한 심리자료에 의해 확인된다.

(2) 청구인과 청구외 법인은 쟁점부동산의 공급시기에 당초발행세금계산서(7권 27호)를 정상적으로 수수하였으나, 청구인의 상기 세금계산서 분실 및 청구외 법인의 업무소홀(업무부서에서 발행한 상기의 세금계산서를 경리부서로 전달하지 않아 세금계산서 발행사실을 경리부서에서 인지하지 못하였다는 주장임)로 쟁점부동산의 공급일이 속하는 부가가치세 확정신고 기한내에 신고를 하지 못하였다는 주장이고, 처분청은 청구외 법인이 청구외 ○○○로부터 쟁점부동산을 취득하고서도 그에 대한 취득세 신고를 하지 않고 있다가 1999.02.01 쟁점부동산의 소유권 이전에 따른 취득세 고지서를 지방자치단체로부터 수령하고 동 부동산의 취득 및 양도에 대한 부가가치세 신고가 누락된 사실을 발견하여 이를 처리하기 위하여 1999.03.08(7권 43호가 발행된 일자임) 이후 쟁점세금계산서(7권 45호)를 발행하여, 청구외 법인은 1999.04.20 수정신고를 하였고 청구인은 1999.04.03 경정청구를 한 것으로, 쟁점부동산의 공급시기에는 세금계산서가 발행되지 않았다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴보면, 첫째, 쟁점부동산의 매매와 관련하여 공급자인 청구외 법인과 공급받는자인 청구인 모두가 쟁점부동산의 공급일이 속하는 확정신고기한내에 부가가치세를 신고한 사실이 없는 점, 둘째, 청구외 법인은 1998.11.30 쟁점부동산의 공급에 대한 세금계산서를 발행하였다 주장하나, 동일자 청구외 법인은 장부상에는 쟁점부동산의 매각에 대한 부가가치세 예수금의 처리내역이 계상되어 있지 않다가 1999.04.20에야 쟁점부동산의 매각과 관련한 부가가치세 예수금이 계상된 점, 셋째, 청구인이 제시한 당초발행세금계산서에는 쟁점부동산의 매각대금을 현금으로 영수하였다고 기재되어 있으나, 청구외 법인은 1998.12.15 청구외 ○○○ 명의로 입금된 40,000,000원을 제외하고는 청구인으로부터 쟁점부동산의 매각대금을 수령한 사실이 없는 점, 넷째, 처분청이 청구인의 경정청구에 대하여 1999.04.21부터 1999.04.23까지 실시한 환급 현지확인 조사시 청구외 법인으로부터 징취한 쟁점부동산의 매매계약서에는 건물 매매대금과 토지 매매대금이 구분되어 있지 않았음에도(청구인이 이 건 심사청구시에 제출한 부동산 매매계약서에는 토지 매매대금 323,269,645원과 건물 매매대금 516,730,355원이 구분된 것으로 기재되어 있으나 이는 추후에 기재한 것으로 보임) 쟁점부동산의 매매시 건물분에 대한 매매대금을 구분하여 세금계산서를 발행하였다는 것은 신빙성이 없는 점, 다섯째, 또한 처분청이 상기의 환급 현지확인 조사시에 청구인이 경정청구시 제시한 쟁점세금계산서의 문제점을 제기하자 청구외 법인은 당초 분실하였다고 주장한 당초발행세금계산서를 조사공무원에게 제출한 점 등으로 미루어 보아 쟁점부동산의 공급시기에 세금계산서를 수수하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 상기의 사실과 관련법령을 종합하여 심리판단하면, 사업자가 세금계산서를 교부할 때에는 부가가치세법 제9조 에서 규정하고 있는 거래시기에 교부하여야 하고, 동 거래시기 이후에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제 또는 환급하지 아니하는 것이며, 세금계산서를 분실시에는 공급자는 기장 및 제 증빙에 의하여 공급자 보관용 세금계산서를 사본으로 작성하여 보관하여야 하고, 공급받는 자는 공급자가 확인한 사본을 교부받아 보관하여야 하는 것(부가가치세법 기본통칙 16-53-1, 같은 뜻임)인 바, 청구인과 청구외 법인 모두가 1998.11.30 발행된 당초발행세금계산서를 분실하여 부가가치세를 신고하지 못하였다가 199.4월 작성연월일을 1998.11.30로 기재한 쟁점세금계산서를 재발행하여 경정청구 및 수정신고를 하였다는 것은, 위에서 살펴본 바와 같이 청구인이 쟁점부동산의 공급시기에는 세금계산서를 교부받지 못하였다가 1999.4월에야 청구외 법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 경정청구를 한 것으로 인정되므로, 처분청이 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 공제하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 심사청구는 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 에 의하여 주문과 같이 결정한다.