사원용주택으로서 과세표준에서 합산배제되는 주택에 해당하는지 여부

사 건 2025구합61730 종합부동산세부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2026. 3. 26. 판 결 선 고

2026. 4. 16.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20xx. xx. xx. 원고에 대하여 한 20xx년 귀속 종합부동산세 xx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원, 20xx년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원, 20xx년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원의 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 20xx. x. xx. 설립되어 스포츠용품 제조 및 판매업 등을 영위하고 있는 법인으로, 20xx. x. xx. 임의경매를 통해 □□시 △△구 ○동 xxxx ☆☆☆☆☆☆☆☆☆☆ x단지 xxx동 xxxx호(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)에 관한 소유권을 취득하였다.
• 나. 원고는 20xx. x. xx. 이 사건 부동산의 주택유형을 건축법상 기숙사로 기재하여 합산배제 사원용주택으로 신고하였으나, 피고는 위 부동산이 합산배제의 대상인 사원용주택의 요건을 갖추지 못하였다고 보아, 20xx. xx. xx. 원고에게 이 사건 부동산에 대한 20xx년 귀속 종합부동산세 xx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원, 20xx년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원, 20xx년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원을 결정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 다. 원고는 20xx. x. x. 이 사건 처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 20xx. x. xx. 청구를 기각하였다.

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

이 사건 처분은 다음과 같은 이유에서 위법하다.

• 가. 20xx년 및 20xx년 귀속 종합부동산세 부과 부분에 대하여 20xx년 관련 법령의 개정으로 합산배제 사원용주택의 공시가격 요건이 ‘3억 원 이하’에서 ‘6억 원 이하’로 완화되었는데, 이는 부동산 공시가격이 급격히 상승한 현실을 반영하지 못하였다는 반성적 고려에서 이뤄진 것이므로, 원고에게 유리한 개정 법령이 적용되어야 한다. 이 사건 부동산의 20xx년 및 20xx년 공시가격은 6억 원 이하였고, 당시 직원 BBB가 거주하고 있었으므로, 합산배제 사원용주택의 요건이 충족되었다고 보아야 한다.
• 나. 20xx년 귀속 종합부동산세 부과 부분에 대하여 직원 BBB가 원고 회사에서 퇴사한 이후 원고 회사의 다른 직원들이 이 사건 부동산을 사원용주택으로 계속 사용하였으므로, 피고가 20xx년 귀속 종합부동산세에 관하여 합산배제 사원용주택의 요건이 충족되지 않았다고 본 것에는 사실을 오인한 잘못이 있다.
• 다. 신뢰보호원칙 위배 원고가 이 사건 부동산에 관하여 합산배제 사원용주택으로 신고를 마친 이후 약 3년의 시간이 지나는 동안, 피고는 원고에게 법적요건이 구비되지 않았다는 통보를 하거나 별도의 과세처분을 한 사실이 없다. 이로 인해 원고는 이 사건 부동산이 합산배제 사원용주택으로 적법하게 인정되었다는 확고한 신뢰를 갖게 되었는바, 이에 반하는 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에도 위배된다.

• 가. 관련 규정 및 법리

1. 구 종합부동산세법(2023. 4. 18. 법률 제19342호로 개정되기 전의 것) 제8조 제2항은 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다’라고 규정하면서, 제2호에서 ‘제1호의 주택외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택, ｢수도권정비계획법｣ 제2조 제1호 에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택’이라고 정하고 있다. 위 법률의 위임을 받은 구 종합부동산세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33266호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항은 ‘법 제8조 제2항 제2호 전단에서 대통령령으로 정하는 주택이란 다음 각 호의 주택을 말한다’라고 규정하면서, 제1호 본문에서 ‘종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 국민주택규모 이하이거나 과세기준일 현재 공시가격이 3억 원 이하인 주택’이라고 정하였는데(이하 ‘종전 시행령 규정’이라고 한다), 위 규정은 2023. 2. 28. 대통령령 제33266호로 ‘종업원에게 무상이나 저가로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 국민주택규모 이하이거나 과세기준일 현재 공시가격이 6억 원 이하인 주택’이라고 개정되어, 같은 날 시행되었다(이하 위 개정된 규정을 ‘개정 시행령 규정’이라고 한다).

2. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2011. 12. 13. 선고 2011두20116 판결 등 참조).

• 나. 구체적 판단 앞서 든 증거, 을 제4 내지 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 부동산은 2021년부터 2023년까지 각 귀속년도에 대하여 합산배제 사원용주택의 요건을 갖추지 못하였다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

① 이 사건 부동산은 주거전용면적이 xx.xx㎡이므로, 주택법 제2조 제6호 에 따른 국민주택규모 이하로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 부동산이 합산배제 사원용주택에 해당하기 위해서는 과세기준일 현재 공시가격이, 종전 시행령 규정에 따르면 3억 원 이하, 개정 시행령 규정에 따르면 6억 원 이하이어야 한다. 그런데 이 사건 부동산의 공시가격은 20xx. x. x. 기준 x억 x,xxx만 원, 20xx. x. x. 기준 x억 x,xxx만 원으로 종전 시행령 규정에 따른 공시가격 기준을 충족하지 못하였으므로, 2021년 및 2022년 귀속 종합부동산세와 관련하여 이 사건 부동산은 합산배제 사원용주택에 해당하지 아니한다.

② 종전 시행령 규정이 개정되어 공시가격의 기준이 ‘6억 원 이하’로 변경되었음은 앞서 살펴본 바와 같은데, 개정 시행령 규정에 관한 경과규정인 부칙 제2조는 ‘제4조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다’라고 명시하고 있다. 따라서 개정 시행령 규정의 시행 이전에 이미 납세의무가 성립한 20xx년 및 20xx년 귀속 종합부동산세에 대해서는 개정 시행령 규정을 소급하여 적용할 수 없고, 원고의 이 부분 주장은 그 적용범위를 합리적 이유 없이 확장하는 것으로서 허용될 수 없다.

③ 원고는 20xx년 귀속 종합부동산세와 관련하여, 직원 BBB가 20xx. xx. xx. 퇴사한 이후에도 원고 회사의 임․직원인 CCC, DDD, EEE이 이 사건 부동산을 기숙사로 사용하였다고 주장하나, 위 기간에 이 사건 부동산이 사원용주택으로 사용되었음을 인정할 객관적인 자료는 찾아볼 수 없고, 오히려 이 사건 부동산에 관한 전입세대확인서의 기재에 따르면, BBB가 퇴사 이후에도 계속 거주한 사실이 확인될 뿐이다.

④ 피고가 원고의 합산배제 사원용주택 신고를 수리한 이후 원고에게 법적요건이 구비되지 않았다는 통보를 하지 않았다거나 원고에게 별도의 과세처분을 하지 않았다는 사정만으로는 원고에 대하여 공적견해를 표명한 것으로 볼 수 없다. 따라서 신뢰보호원칙 위배 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.