후발적 경정청구 사유 해당 여부

사 건 2025구합61559 종합소득세경정거부처분취소 원 고 aaa 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 10. 30. 판 결 선 고

2025. 11. 27.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 11. 4. 원고에게 한 2012년부터 2018년까지 귀속 종합소득세 8,900,204,530원의 경정거부처분을 취소한다

• 가. 원고는 2011년 7월경 bbb과 주식회사 CCC(이하 ‘CCC’이라 한다)을 설립하고, 2012. 6. 8. ddd, eee, bbb과 주식회사 FFF(이하 ‘FFF’라 한다)를 설립하여 철강재인 인바(INVAR) 등을 일본과 중국에서 수입하여 판매하는 사업을 했다. ddd은 2014. 12. 24. 주식회사 위드에이(이하 ‘GGG’ 라 한다)를 설립하고 중국에서 배터리랙을 수입해 국내 기업에 판매하는 사업을 했다.
• 나. ○○지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2018. 1. 23.부터 2018. 12. 20.까지 실시한 법인통합 세무조사 결과, FFF와 GGG가 인바, 배터리랙을 직접 수입하였음에도 홍콩에 설립한 이른바 ‘페이퍼컴퍼니’인 HHH(이하 ‘HHH’이라 한다)를 통해 수입한 것처럼 거래관계를 위장하여 매입단가를 조정하고 실제 매입가격과의 차액을 HHH에 지급함으로써 그 자금을 유출했으며, 유출된 자금이 원고, ddd, eee 등에게 귀속되었다고 보아 원고에게 배당(FFF), 기타소득(GGG)의 소득처분을 하도록 피고에게 통보했다. 피고는 그에 따라 원고에게 소득처분 및 소득금액변동통지를 했다. 피고는 위 소득금액변동통지 및 CCC에 대한 세무조사 결과에 따른 소득금액변동통지(상여)를 고려하여 2019. 5. 2. 및 2019. 11. 6. 원고에 대한 2012년 내지 2017년 귀속 종합소득세를 각 결정․고지했다.
• 다. 이후 조사청은 소득금액변동통지된 상여, 배당, 기타소득 중 일부 귀속연도에 오류가 있음을 발견하여 이를 바로잡아 피고에게 과세자료를 통보했고, 피고는 2020. 4. 22. 원고에게 2015년 귀속 종합소득세 454,691,630원, 2018년 귀속 종합소득세 2,734,989,040원 합계 3,189,680,682원을 경정․고지했다. 원고에 대한 2012년 내지 2018년 귀속 종합소득세 부과처분의 자세한 내역은 아래 표와 같다(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).
• 라. 원고는 HHH이 실체를 가진 법인으로서 독자적으로 FFF, GGG 등과 거래하였다는 등의 주장을 하며 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하였으나, 수소법원은 아래와 같은 사정을 이유로 들어 FFF와 GGG가 인바, 배터리랙을 직접 수입하였음에도 HHH을 통해 수입한 것처럼 거래관계를 위장하여 자금을 유출했다고 인정하고 이 사건 각 부과처분은 적법하다고 판단하여 원고의 청구를 기각했다(서울행정법원 2019구합82301). 위 판결은 항소심(서울고등법원 2021누73104), 상고심(2022두42136)을 거쳐 확정되었다(이하 ‘선행 행정확정판결’이라 한다).

① FFF와 HHH의 주주 구성이 동일하고, HHH은 당시 아무런 인적․ 물적 설비를 갖추지 못했다. ② 수출업체는 FFF의 대표자인 ddd에게 송장을 발송하였고 구매주문서도 FFF가 직접 수출업체에 발송하였으며 수출업체로부터 HHH, HHH으로부터 FFF, GGG에게 실제 물품 이동이 이루어지지 않았다. ③ 거래가 이루어진 기간 HHH에서 경영과 관련한 영업행위나 의사결정행위가 없었고, FFF와 HHH 간 계약관계를 뒷받침할 자료도 없다.④ HHH으로 입금된 돈 중 물품대금으로 지급되고 남은 돈은 원고 등에 분배되었을뿐 HHH에 귀속되어 사업 목적에 쓰이지 않았다. ⑤ 원고는 FFF의 사업과 관련된 조세 절감이나 리베이트 비용 마련 등을 목적으로 HHH을 설립한 것으로 보인다.

• 마. 원고는 HHH 주식에 관한 bbb의 주주권은 존재하지 않는다는 확인을 구하는 소송을 제기했고, 수소법원은 ‘HHH 주식(10,000주) 중 2,500주에 대한 bbb의 주주권이 존재하지 않음을 확인한다’는 판결을 선고했다(수원지방법원 2022가단517455 판결). 위 판결은 항소심(수원지방법원 2023나59407)을 거쳐 2024. 8. 9. 확정되었다(이하 ‘별건 민사확정판결’이라 한다).
• 바. 원고는 2024. 9. 3. 피고에게 최초의 신고․결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 별건 민사확정판결에 의하여 다른 것으로 확정되었다고 주장하며, 이 사건 각 부과처분에 대하여 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 따른 후발적 경정청구를 했다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다). 피고는 2024. 11. 4. 이 사건 경정청구 중 2012년, 2013년 귀속 종합소득세 부분에 관하여는 별건 민사확정판결과 관련 없는 소득처분(소득발생처: CCC)에 의하여 이루어진 것이므로 각하하고, 나머지 부분에 관하여는 별건 민사확정판결에 의하여 FFF, GGG와 HHH과의 가공거래에 대한 사실관계가 다른 것으로 확정되지 않았다고 보아 기각하는 결정을 했다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 사. 원고는 이에 불복하여 심판청구를 제기했으나, 조세심판원은 2025. 5. 8. 원고의 청구를 기각했다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 7호증, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법성에 관한 판단

• 가. 원고의 주장 별건 민사확정판결은, ddd 등이 HHH의 주주로서 운영 및 수익 배분에 관여했음을 인정할 아무런 자료가 없고, ddd 등이 지급받은 액수, 시기 등을 결정함에 있어 내부적 합의가 없었음을 근거로 원고가 HHH의 100% 지분권자라고 판단했다. 별건 민사확정판결에 따라 이 사건 각 부과처분의 전제가 된 HHH에 대한 ddd 등의 지분 및 배당관계에 대하여 양립 불가능한 사실이 확정되었고, 이는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 가 정한 후발적 경정청구 사유에 해당하므로, 경정을 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적․절차적 위법사유를 취소 원인으로 하는 것으로 그 심판의 대상은 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이므로, 그 과세표준 및 세액의 인정이 위법하다고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과하다(대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두58991 판결 참조).

2. 앞서 인정한 사실에 의하면, 선행 행정확정판결의 소송물과 이 사건 소의 소송물은 모두 원고에 대한 2012년 내지 2018년 귀속 종합소득세의 과세표준과 세액의 객관적 존부로서 동일하고, HHH이 실체를 가진 법인으로서 독자적으로 FFF, GGG와 거래하였다는 주장은 선행 행정확정판결의 변론종결 이전에 이미 행사하였던 공격방어방법이므로, 원고가 이를 이유로 다시 이 사건 처분의 취소를 구하는 것은 선행 행정확정판결의 기판력에 저촉되어 허용될 수 없다. 따라서 원고의 청구는 이와 모순 없는 판단을 하기 위하여 기각되어야 한다. [설령 원고 주장이 선행 행정판결의 기판력에 저촉되지 않는다고 보더라도, ① 이 사건 경정청구 중 2012년, 2013년 귀속 종합소득세 부분은 CCC과 관련된 부분으로서 별건 민사확정판결과 관련이 없는 점, ② 별건 민사확정판결은 HHH이 원고가 자본금 전부를 출자하여 설립한 회사로서 그중 bbb의 주주권은 존재하지 않는다고 확인한 것일 뿐, HHH과 FFF, GGG의 거래관계가 가공거래가 아닌 실제 거래관계라고 판단한 것은 아닌 점, ③ 선행 행정확정판결에 의하더라도 FFF와 HHH의 주주 구성이 동일하다는 것은 HHH과 FFF, GGG의 거래관계가 실제로 없었음을 뒷받침하는 근거 중 하나일 뿐이고, 다른 여러 사정을 고려하여 HHH이 FFF, GGG와의 가공거래를 통해 자금 유출 용도로 사용되었다고 판단한 점 등을 종합하면, 이 사건 각 부과처분의 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 별건 민사확정판결에 의하여 다른 것으로 확정되었다고 볼 수 없으므로, 후발적 경정청구 사유가 없다고 보아 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다]

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다. (별지)

■ 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구)

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때