1세대 1주택 양도소득 비과세규정이 적용되지 않음을 이유로 한 이 사건 처분은 적법함

사 건 2025구단10724 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA BBB 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2026. 3. 10. 판 결 선 고

2026. 3. 24.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. xx. xx. 원고들에게 한 2021년도 귀속 양도소득세 103,559,530원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고 AAA와 그 배우자인 원고 BBB은 2018. 11. 19. ○○시 ○○○○○로xx길 xx xxx동 xxxx 아파트(이하 ‘종전주택’이라 한다)를 공동명의(공유자 지분 각 1/2)로 취득하고 거주하였다.
• 나. 원고 AAA는 2021. 1. 6. ○○시 ○○로 376-11 ○○○○○○○○오피스텔 x동 xx1호(이하 ‘이 사건 오피스텔 xx1호’라 한다) 및 같은 동 xxx4호(이하 ‘이 사건 오피스텔 xx2호’라 하고, 이 사건 오피스텔 xx1호와 이 사건 오피스텔 xx2호를 통틀어 ‘이 사건 각 오피스텔’이라 한다)를 각 취득하였다.
• 다. 원고들은 2021. 3. 24. 종전주택을 양도하고 신고기한을 경과한 2023. 3. 31. 종전주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정이 적용되는 것으로 보고 이에 따른 양도소득세를 기한 후 신고하였다.
• 라. 피고는 2024. 8. 26.부터 2024. 9. 14.까지 종전주택의 처분 당시 원고들이 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추었는지 확인하기 위한 세무조사를 실시한 후 2024. 10. 2. 원고들에게 ‘종전주택 양도 당시 원고 김용서잉 주거용인 이 사건 각 오피스텔을 보유하여 1세대 1주택 비과세가 적용되지 않는다’는 이유로 2021년 귀속 양도소득세 103,559,530원을 각 결정 및 고지(이하 ‘이 사건 각 양도소득세’라고 한다)하였다.
• 마. 원고들은 이에 불복하여 2024. 10. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2025. 7. 21. 심판청구가 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 6, 11호증(각 가지 번호 있는 것은 가지 번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

가.원고들 주장의 요지

1. 실체적 주장 이 사건 각 오피스텔은 업무용 목적으로 취득하였고 취득 후 종전주택을 양도할 때까지 공실 상태로 유지되는 등 주거용으로 사용되지 않았거나 설령 그렇지 않더라도 사실상 용도가 불분명한 경우에 해당하여 소득세법 제88조 제7호 후문에 따라 공부상 용도인 업무시설로 보아야 한다. 따라서 종전주택의 양도와 관련하여 소득세법 제89조 가 정하는 1세대 1주택의 비과세 특례 규정이 적용되어야 한다. 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 처분은 부당하다.

2. 절차적 주장 국세기본법 제45조의3 제1항 및 제3항에 따르면, 기한후과세표준신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일로부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지해야 한다고 규정하고, 조사 등에 장기간이 걸리는 등의 부득이한 사유로 신고일로부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다고 규정한다. 원고들은 2023. 3. 31.에 양도소득세 기한 후 신고를 하였으나, 피고는 원고들에게 3개월을 넘어 과세표준과 세액에 대한 어떠한 통지도 하지 않았으며, 약 17개월 후인 2024. 8.경에 세무조사를 하겠다고 연락하고 기한 후 신고로부터 약 19개월이 지난 2024. 10. 2.에서야 이 사건 처분을 하였다. 이 사건 처분은 국세기본법 제45조의3 을 위반한 중대한 절차위반이 존재하여 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 실체적 주장에 대한 판단

• 가) 관련 규정 및 법리 소득세법 제88조 제7호 는 ‘“주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.’라고 규정하고있다. 건물이 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 같은법 시행령 제154조 제1항에 정한 ‘주택’에 해당하는지 여부는 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고(대법원 1987. 9. 8. 선고 87누584 판결 등 참조), 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 앞의 인정사실 및 앞서 본 증거들과 갑 제7 내지 10호증, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 각 오피스텔은 종전주택의 양도 당시 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지, 관리되고 있어 언제든지 원고들이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 상태여서 주택에 해당한다. 따라서 종전주택의 양도와 관련하여 소득세법 제89조 가 정하는 1세대 1주택 비과세 규정이 적용되지 않음을 전제로 한 이 사건 처분에 원고 주장과 같은 잘못이 있다고 할 수 없다.

① 이 사건 각 오피스텔의 등기사항전부증명서 표제부에 ‘업무시설(오피스텔)’이라고 기재되어 있고, 이 사건 각 오피스텔의 각 분양계약서에 ‘○○써밋프라움 오피스텔 공급계약서’라고 기재되어 있다. 이 사건 오피스텔의 각 분양계약서 제11조 2)항에는 ‘을(수분양자)은 입주 전 갑(분양자)이 설치한 내부구조물을 변경할 수 없으며, 입주 후 불법 구조변경 시 관계법령 따른 처불은 을이 부담하여야 한다’라고 규정되어 있다.

② 이 사건 각 오피스텔은 분양 당시 ‘아파트형 특화설계’, ‘1~2인 가구를 위한 주거공간’, ‘지역 내 실수요자의 신규 주거상품 거주 욕구 높다는 반증’과 같은 문구와 검토를 중심으로 하여 대외적으로 홍보되었다. 실제로 분양 당시 이 사건 각 오피스텔 내부에는 인덕션, 싱크대, 침실, 화장실, 주방 설비, 붙박이장 등이 갖추어져 언제든지 주택으로 사용될 수 있는 상태였다.

③ 원고들은 과세사업자로 사업자등록을 하면 이 사건 각 오피스텔에 관한 부가가치세를 환급받을 수 있음에도 불구하고 그 임대 전까지 사업자등록을 하지 않았고, 2021. 4. 1. 이 사건 각 오피스텔에 대하여 ‘주거용 건물 임대업’을 업종으로 한 면세사업자로 사업자등록을 마쳤다.

④ 원고 AAA은 2021. 3. 10. 이xx와 사이에 이 사건 오피스텔 xx1호에 대하여, 2021. 3. 11. 김xx와 사이에 이 사건 오피스텔 xx2호에 대하여 각 임대차기간을 2021. 4. 1.부터 2022. 4. 2.까지로 한 각 임대차계약을 체결하였다. 위 각 임대차계약서에는 건물의 용도가 ‘오피스텔, 주거용’으로 명시되어 있으며, 특약사항으로 ‘현시설물 상태의 임대차계약이고 시설물 훼손시 원상복구하여야 한다’, ‘임차인은 전입 및 확정일자 받을 수 있고 주거용으로만 사용하기로 한다’, ‘기타 사항은 주택임대차보호법 및 민법 일반관례에 따른다’라는 내용이 기재되어 있다. 이에 따르면 원고 AAA은 이 사건 각 오피스텔의 실제 용도가 주거임을 전제로 위 각 임대차계약을 체결한 것으로 보인다.

⑤ 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 오피스텔이 분양 당시부터 주거에 적합함을 장점으로 내세워 홍보된 점과 이 사건 각 오피스텔 공급계약서에 이 사건 각 오피스텔의 구조를 변경할 수 없도록 되어 있는 점, 이 사건 각 오피스텔의 사용 상태 등을 고려하면 이 사건 각 오피스텔은 종전주택의 양도 당시 구조·기능이나 시설 등이 주거용에 적합한 상태에 있었고 주거기능이 그대로 유지·관릴되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있었으므로 종전주택의 양도 당시 실질적인 용도가 주택용이었다고 봄이 타당하고, 종전주택의 양도 당시 까지 이 사건 각 오피스텔의 사용용도가 주거용으로 유지·관리되고 있었던 이상, 원고가 이 사건 각 오피스텔을 업무용으로 사용할 목적으로 취득하였다거나 이 사건 각 오피스텔에 대하여 임차인과 사이에 주거용 임대차계약을 체결하기 전까지 단기간 공실 상태로 두었다거나 주거용 임대차계약의 임대차계약기간을 종전주택의 양도일 이후로 기재하였다는 사정은 그에 별다른 영향을 주지 않는다.

⑥ 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정된 것) 부칙 제4조에 의하면 조정대상지역의 다주택자 양도소득세 중과 적용 배제에 관하여 규정하고 있으나, 위 규정은 2022. 5. 10. 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용하는 것인데 이 사건에서 종전주택의 양도일은 2021. 3. 24.이므로 종전주택의 양도와 관련하여 위 다주택자 중과 배제 규정은 적용되지 않는다.

2. 절차적 주장에 대한 판단 국세기본법 제45조의3 제3항 이 ‘기한후과세표준신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 똔느 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.’라고 규정하고 있으나, 위 과세표준과 세액의 결정 및 통지에 관한 규정은 과세관청이 이를 결정할 시기를 정함으로써 가급적 소득세업무가 효율적으로 이루어지도록 하기 위한 훈시적 규정에 불과하므로, 과세관청이 그 기간을 넘겨 결정하였더라도 그 부과처분이 위법하게 되는 것은 아니다.

• 라. 소결 이 사건 처분에 원고 주장과 같은 잘못이 있다고 할 수 없다.

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.