토지의 환산 취득가액을 구할 때 보상액 산정의 기초가 된 양도 당시의 기준시가는 토지 보상액 산정의 기초가 된 고시일 외 연도를 사용할 수 있는 지

사 건 2025구단10567 양도소득세경정거부처분취소 원 고 원A,이A,원B,한A,김A,이B,원C,임A,정A 피 고 A세무서장 변 론 종 결

2025. 9. 17. 판 결 선 고

2025. 10. 22.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 7. 24. 원고들에 대하여 한 2018년 또는 2019년 귀속 양도소득세 161,761,540원(가산세 포함)의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고 김A를 제외한 나머지 원고들과 박A(이하 ‘원고 등’이라 한다)은 ㅇㅇ시 소재 11동, 22동, 33동 등 일대에 있는 답, 전, 목장용지 등의 토지(이하 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다)를 아래 기재와 같이 각 취득하였다.
• 나. 원고 등은 ㅇㅇㅇ시티 일반산업단지 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 편입된 이 사건 토지에 관하여 아래 기재와 같이 공공용지의 협의취득을 원인으로 하는 각 소유권이전등기를 ㅇㅇㅇ시티프로젝트금융투자주식회사 또는 ㅇㅇ도시공사 앞으로 마쳐주었다(이하 통틀어 ‘이 사건 양도’라 한다).
• 다. 원고 등은 이 사건 양도에 관하여, 이 사건 토지의 취득가액을 환산가액으로 산정하면서 소득세법 시행령 제176조의2 에 따른 환산 취득가액을 구하기 위한 산식 중 ‘양도 당시의 기준시가’로 이 사건 토지에 관한 보상액 산정의 기초가 된 2016년 기준 공시지가를 적용하여 2018년 또는 2019년 귀속 양도소득세를 각 신고ㆍ납부하였다.
• 라. 박A는 2023. 8. 23. 사망하여 배우자인 원고 김A가 박A의 재산을 분할협의로 단독 상속하였다.
• 마. 이후 원고들은 위 양도 당시의 기준시가로 토지보상법 제70조 제5항 에 따른 2009년 기준 공시지가의 적용을 주장하면서 2024. 5. 28.부터 2024. 7. 18.까지 피고를 상대로 아래 기재와 같은 양도소득세의 경정을 청구하였다.
• 바. 피고는 2024. 7. 24. 원고들의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건처분’이라 한다). 원고 ㅇㅇ시 수용토지 취득일자 양도일자 신고납부 양도세액(원) (농특세제외) 경정청구 양도세액(원) 원A 무무동 10 1982.5.18. 2019.1.10. 23,378,181 0 이A 무무동 20 2003.4.1. 2018.7.28. 105,942,196 15,115,605 원B 무무동 30 1984.7.4. 2019.1.16. 72,028,291 52,639,149 한A 모모동 47 1985.5.6. 2019.1.10. 11,883,498 1,617,850 김A(박A상속인) 모모동 21 1982.5.18. 2019.1.10. 33,188,792 6,470,319 이B 모모동 1, 2 1985.3.11. 2019.1.10. 46,186,918 19,430,406 원C 무무동 1 1977.3.3. 2018.7.18. 25,115,413 0 임A 무무동 3,5 1995.12.28. 2018.9.10. 216,214,954 187,521,651 정A 조조동 5 2001.4.21. 2019.1.16 46,964,205 37,132,156 [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장 협의나 재결에 의하여 취득하는 토지에 관한 보상액 산정의 기준이 되는 공시지가는 토지보상법 제70조 제4항, 제5항에 따라 결정되는바, 이 사건 사업인정 후 공익사업 토지수용으로 취득된 이 사건 토지의 경우 보상액 산정의 기준이 되는 공시지가는 이 사건 사업의 계획 또는 시행이 공고되거나 고시됨으로 인하여 이 사건 토지의 가격이 변동되었다고 인정되는 경우에 해당하여 해당 공고일 또는 고시일 전의 시점을 공시기준일로 하는 공시지가로서 이 사건 사업의 공고일 또는 고시일과 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가인 2009년 표준지공시지가임에도, 피고가 이 사건 양도의 환산취득가액을 구하기 위한 산식 중 양도 당시의 기준시가로 이 사건 토지의 각 수용가액의 근거가 된 2016년 표준지공시지가를 적용한 이 사건 처분은 토지보상법 제70조 제5항 에 위반되어 위법하므로 전부 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정 사실

1. 이 사건 사업에 관하여, ㅇㅇ시장은 2009. 2. 4. ㅇㅇ시 고시 제2009-23호로 ㅇㅇ개발행위허가 제한지역(ㅇㅇ시티 산업단지 예정지)을 고시하였고, ㅁㅁ도지사는 2010. 3. 15. 계획승인 고시를 하였다가(산업단지 개발기간: 2009년 8월부터 2013. 12. 31.까지), 2014. 4. 11. 위 산업단지 지정을 해제하는 고시를 하였고, 이후 2016. 6. 27. 위 해제를 철회하는 고시를 하고 2016. 8. 26. 이 사건 사업의 개발기간과 방법을 변경하는 내용의 변경승인 고시를 하였다.

2. 이 사건 토지의 수용 원인은 ‘협의매수’이고, 이 사건 사업인정 의제시점을 위 변경승인 고시일로 판단하여 그와 가장 가까운 2016년 표준지공시지가를 적용한 감정평가 결과에 의하여 보상액 산정이 이루어졌다.

3. 반면에, 이 사건 사업에 협의매수가 아닌 ‘수용재결’에 의하여 공공용지로 취득된 토지는 증액손실보상 소송 결과 이 사건 사업계획 공고일과 가장 가까운 시점인 2009. 1. 1. 표준지공시지가를 적용한 보상액 산정이 정당한 것으로 확정되었다. [인정 근거] 갑 제4~9, 11, 15호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 앞서 살펴 본 증거와 사실관계에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 원고들이 소득세법 시행령에 부합하게 신고·납부한 이 사건 양도에 관한 소득세에 대한 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하지 아니하다.

1. 공익사업을 토지 등을 수용하거나 사용할 사업으로 결정하는 이 사건 ‘사업인정’이 ‘변경 고시’로써 새로운 개발계획(실시계획)에 대한 승인을 득하여 실효되지 아니하고 의제되는 것으로 보는 것이 타당하다.

2. 원고들로서도 이 사건 토지의 환산 취득가액을 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 산식에 의하여 구할 때 ‘양도 당시의 기준시가’를 이 사건 양도 시기인 2018년 또는 2019년 기준시가가 아니라 금액이 더 적은 소득세법 시행령 제164조 제9항 에 따라 보상액 산정의 기초가 된 변경승인 고시일과 가장 가까운 2016년 기준시가를 적용하였던 것이다.

3. 원고들이 토지보상법 제70조 제5항 이 우선 적용됨으로써 2009년 표준지공시지가로 보상액이 산정되었다고 들고 있는 사례들은, 전부 수용재결 절차를 통하여 취득된 토지의 ‘보상액 산정의 정당성’이 쟁점인 경우로서 협의취득된 이 사건 토지의 양도가액인 보상액에서 공제할 취득가액으로 구할 ‘환산 취득가액 산식에 적용할 양도 당시의 기준시가 판단’에 원용하기에는 부적절하다.

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 전부 기각한다.