3주택 이상 보유자의 주택 보유기간 기산일은 당해 주택의 취득일이 아닌 종전 주택 양도일

사 건 수원지방법원 2025구단10400 양도소득세경정거부처분취소 원 고 FFF 피 고 aaa세무서장 변 론 종 결 2025.9.23 판 결 선 고 2025.10.28

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 12. 7. 원고에게 한 2022년 귀속 양도소득세 원의 경정청구거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2015. 10. 1. @@시 # @@리 ##-## 소재 주택건물(이하 ‘이 사건제1 주택’이라 한다)을 취득하고, 2018. 9. 27. @@시 @@동 ### AAA 아파트 동 호(이하 ‘이 사건 제2 주택’이라 한다)를 취득하고, 2019. 11. 28. @@시 ## #### BBB 아파트 동 호(이하 ‘이 사건 제3 주택’이라 한다)를취득하였다.
• 나. 원고는 2021. 5. 28. 이 사건 제1 주택을 양도하고 피고에게 이 사건 제1 주택의양도에 대하여 양도소득세를 신고 납부하였다. 원고는 2022. 1. 3. 이 사건 제2 주택을양도하고 2022. 3. 30. 피고에게 이 사건 제2 주택의 양도에 대하여 2022년 귀속 양도소득세 ****원을 신고․납부하였다.
• 다. 원고는 2023. 10. 10. 피고에게 이 사건 제2 주택의 양도는 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1항이정한 일시적 1세대 2주택 양도로서 1세대 1주택의 비과세 적용 대상에 해당한다고 주장하면서 신고․납부한 양도소득세액 ****원을 전액 환급해 달라는 내용의 양도소득세 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 기획재정부 유권해석(재산세제과-953, 2021. 11. 2.)에 따라, 2021. 1. 1.기준으로 원고는 다주택자(3주택)에 해당하고 이 경우 이 사건 제2 주택의 보유기간은이 사건 제1 주택의 양도일인 2021. 5. 28.부터 기산하여야 하므로, 이 사건 제2 주택양도일 현재 1세대 1주택 비과세 요건 중 보유기간(2년) 요건을 충족하지 못한 것으로보아 원고의 양도소득세 경정청구를 기각하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고가 이에 불복하여 2024. 6. 14. 조세심판원에 조세심판을 청구하였고 조세심판원은 2024. 11. 1. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 제1 주택은 구 소득세법 시행령 제155조 제20항, 제154조 제1항에 따른 장기임대주택 특례주택에 해당한다. 이 사건 제2 주택의 보유기간은 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서 괄호 규정 등에 따라 제154조 단서의 적용이 배제되고 구 소득세법 시행령 제98조 제4항 에 따라 이 사건 제2 주택의 취득일인 2018. 9. 27.부터기산하여야 하고 이러한 경우 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 의 특례 규정이 적용되는 일시적 1세대 2주택 양도로서 1세대 1주택의 양도로 간주된다. 따라서 이 사건 제2 주택의 양도에 대하여는 양도소득세가 부과되지 않는다.그럼에도 피고는 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서 규정에 따라 원고의 이사건 제2 주택 보유기간의 기산일을 이 사건 제1 주택의 양도일인 2021. 5. 28.로 기산하여 일시적 1세대 2주택의 양도로서 1세대 1주택 양도로 간주되기 위한 종전주택의 보유기간의 요건을 충족하지 못하였음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 제2 주택이 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 정하는 비과세 대상에 해당하는지 여부

• 가) 관련 규정 및 법리 구 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호는 ‘다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택과 주택부수토지의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니한다’고 규정하면서, (가)목에서 ‘1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택’을, (나)목에서 ’1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하는 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택‘을 각각 들고 있다.그 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 본문은 ’법 제89조 제1항 제3호(가)목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것을 말한다’고 규정하고 있고, 제11항은 ‘법 제89조 제1항 제3호 (나)목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대 1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.’고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 는 1세대 1주택의 특례에 관하여 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우, 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지 난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다‘고 규정하고 있다. 위 각 규정의 문언 내용과 체계, 입법 취지 및 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 점(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두26544 판결 등 참조) 등을 종합하면, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 는 국내에 1주택을 소유한 1세대가 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우를 전제로 한 규정으로 보아야한다. 따라서 국내에 2주택을 소유한 1세대가 신규 주택을 취득함으로써 3주택이 되었다가 종전의 주택 중 1주택을 처분하여 2주택이 된 경우는 구 소득세법 시행령 제155 조 제1항 제1호에 따른 양도소득세 비과세 대상에 해당하지 않는다(대법원 2025. 2.13. 선고 2024두55426 판결).
• 나) 구체적 판단 ⑴ 이 사건 제2 주택이 구 소득세법 제155조 제1항 제1호 의 비과세 대상에 해당하는지 여부 적용 여부 ㈎ 이 사건 제1 주택이 구 소득세법 시행령 소정의 장기임대주택 해당하는지에관한 판단 이 사건 제2 주택이 구 소득세법 제155조 제1항 제1호 의 비과세 대상에 해당하는지 여부에 관한 판단에 앞서 이 사건 제1 주택이 구 소득세법 시행령 소정의 장기임대주택에 해당하는지에 관하여 본다. 원고는 이 사건 제1 주택이 구 소득세법 시행령 제155조 제20항, 제167조의3 제1항 제2호 가목에서 규정하는 1세대 3주택에서 제외되는 장기임대주택에 해당한다고 주장한다. 앞서 등 증거에 의하면, 원고는 DD시청에 2018. 7. 20. 부가가치세 면세사업자로 사업자등록(부동산업, 임대업)을 하고 2018. 7. 23. 장기 일반민간임대주택에 관하여 (임대사업자 등록 2018-DD시-임대사업자-****)을 하였으나 2021 6. 4. 위 임대사업을 폐업하고 임대사업자 등록을 말소한 사실이 인정된다. 구 소득세법 시행령 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 이 인용하고 있는 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 가목의 1세대 3주택에서 제외되는 장기임대주택에해당하기 위하여는 무엇보다 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택일 것이 전제되는데, 원고는 일반민간임대주택에 관한 임대사업자로서 2018. 7. 23. 등록을 하고 2021. 6. 4. 폐업하였고 이로써 5년 이상 임대하여야 하는 장기임대주택 요건을 충족하지 못한 상태에서 이 사건 제1 주택을 양도하였으므로 나아가 나머지 해당 요건에 대하여 판단할 필요 없이 이사건 제1 주택은 구 소득세법 시행령 제155조 제20항, 제167조의3 제1항 제2호 가목에서 규정하는 1세대 3주택에서 제외되는 장기임대주택에해당하지 않는다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. ㈏ 이 사건 제2 주택 양도에 소득세법 시행령 제155조 제1항 등이 적용되는지에 관한 판단 원고가 2015. 10. 1. 이 사건 제1 주택을 취득하고, 2018. 9. 27. 이 사건 제2주택을 취득하고 2019. 11. 18. 이 사건 제3 주택을 취득하여 1세대 3주택이 된 사실, 원고가 2021. 5. 28. 이 사건 제1 주택을 양도하여 다시 1세대 2주택이 되었고 그 후 2022. 1. 3. 이 사건 제2 주택을 양도한 사실, 원고가 일반민간임대주택에 관한 임대사업자로서 5년 이상 임대하여야 하는 장기임대주택 요건을 충족하지 못한 상태에서 이사건 제1 주택을 양도한 사실은 앞에서 본 바와 같다.그리고 앞서 본 법리에 따르면 국내 2주택을 소유한 1세대가 신규 주택을 취득함으로써 3주택이 되었다가 종전의 주택 중 1주택을 처분하여 2주택이 된 경우는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 에 따른 양도소득세 비과세 대상에 해당하지 않는 것인데, 원고 역시 국내 조정지역에서 이 사건 제1, 2주택을 소유한 상태에서 이 사건 제3 주택을 취득하여 1세대 3주택이 되었다가 종전의 주택 중 이 사건 제1 주택을처분하여 2주택이 되고 이 사건 제2 주택을 양도한 경우이므로 이러한 경우에는 위 법리에 따라 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 를 적용할 수 없고 같은 법 시행령 제155조 제1항이 인용하고 있는 제154조 제1항, 제89조 제1항 등을 적용할 수 없다고 할 것이다. 이와 달리 1세대 3주택의 경우에도 같은법 시행령 제155조 제1항 등이 그대로 적용됨을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2. 신뢰보호 원칙 위반 여부

• 가) 관련 법리 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2002. 3. 29. 선고 99두1861 판결, 2002. 11.26. 선고 2001두9103 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 먼저 원고가 주장하는 신뢰보호의 원칙은, 이 사건 제2 주택 양도와 관련하여구 소득세법 시행령 제155조 제1항 등이 적용됨을 전제로 위 제155조 제1항이 인용하는 같은법 시행령 제154조 제5항에서 규정하는 보유기간의 기산점과 관련된 기획재정부 유권해석 내용을 그 대상으로 한다. 그러나 원고가 이 사건 제1, 2, 3 주택을 순차로 취득하여 1세대 3주택이 되었다가 종전의 주택 중 이 사건 제1 주택을 처분하여 2주택이 되고 이 사건 제2 주택을 양도한 경우에는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 를 적용할 수 없고 같은법 시행령 제155조 제1항이 인용하고 있는 제154조 제1항, 제89조 제1항 등을 적용할 수 없음은 앞에서 본 바와 같으므로 이 부분 주장은 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다. 설령 이에 관하여 살펴본다고 하더라도 당사자 사이에 다툼이 없거나 기록 및 변론 전체의 취지에 따르면, 기획재정부가 종래 “조정지역 내 3주택을 보유한 1세대가 2021. 2. 주택을 양도(과세)하고, 1세대 2주택이 된 후, 2021. 3. 일시적 2주택 특례로 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 에 따른 보유기간 기산일이 언제인지 여부”라는 질의에 대하여 “3주택 보유세대가 1주택을 양도하여 남은 주택이 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 의 일시적 2주택이 된 상태에서 종전 주택을 양도할 때 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 보유기간 기산일은종전의 주택취득일”이라는 내용의 유권해석(기획재정부 법령해석재산과-404, 2021. 4.12., 기획재정부 재산세제과-194, 2020. 2. 8.)을 내린 사실이 있으나, 기획재정부가2021. 11. 2. 종래의 위 유권해석과 달리 구 소득세법 시행령 부칙(2019. 2. 21. 대통령령 제29523호로 개정된 것) 제1조 단서 제3호와 제2조 제2항이 규정하는 시행․적용일인 2021. 1. 1.을 기준으로 그 이전의 주택 양도에 대해서는 구 소득세법 시행령 본문 규정을, 그 이후의 주택 양도에 대해서는 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 본문규정과 단서 규정을 모두 적용하여 보유기간을 기산하여야 한다는 내용으로 유권해석(기획재정부 재산세제과-953, 2021. 11. 2.)을 내리면서 C(3)주택 취득일은 2020. 12.31. 이전, A(1)주택 양도일은 2021. 1. 1. 이후인 경우 B(2)주택의 보유기간 기산일은A(1)주택 양도일로 하고 위 새로운 유권해석은 해당 회신일 이후에 양도하는 경우부터 적용하겠다고 한 사실이 인정된다. 이에 따라 2022. 1. 3. 양도된 이 사건 제2 주택에대한 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 보유기간 기산일에는 기획재정부의 새로운유권해석 내용이 적용되어 이 사건 제2 주택의 보유기간 기산일은 이 사건 제1 주택의 양도일인 2021. 5. 28.이고 이 사건 제2 주택은 그 양도일인 2022. 1. 3. 기준으로 1세대 1주택 비과세 요건 중 보유기간(2년)을 충족하지 못한다.이러한 사정 등에 비추어 보면 제출된 증거만으로는 피고 등 관세관청이 원고에게 이 사건 제2 주택이 양도소득세 과세대상에 해당하지 아니한다는 내용의 공적인 견해를 표명하였다고 보기 어려울 뿐만 아니라 이를 정당하다고 신뢰한 데 대하여 원고에게 귀책사유가 없다고 볼 수 없어 주택의 보유기간 기산일과 관련된 원고의 신뢰보호원칙 위배 주장은 받아들일 수 없다.

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.