토지와 건물을 함께 공급하는 경우 기준시가로 안분하여 과세한 이 사건 처분은 적법함

사 건 2024구합71474 부가가치세경정고지처분취소소송 원 고 민씨 피 고 AA세무서장 변 론 종 결 2025.1.16. 판 결 선 고 2025.2.27.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 8. 16. 원고에게 한 부가가치세 662,339,340원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 동생과 AA시 DD구 GG동 0번지와 그 위의 집합건물(다수의 구분점포로 이루어진 상가건물이다) 중 42개 구분건물을 1/2 지분씩 공유하면서 부동산 임대업을 해왔다.
• 나. 원고 동생은 원고를 상대로 공유물인 구분건물의 분할을 구하는 소(수원지방법원 AA지원 0000가합0000, 이하 ‘종전 공유물분할소송’이라 한다)를 제기하였고, 수소법원의 촉탁을 받은 감정인은 계쟁 구분건물의 시가를 대지와 일괄해 평가했다(이하 이 감정평가액을 ‘민사소송 감정액’이라 한다). 종전 공유물분할소송은 ‘원고 동생은 계쟁 구분건물 중 2층, 4층, 6층, 7층, 지층의 것을, 원고는 1층, 3층, 5층, 8층의 것(총 21채로, 이하 ’이 사건 각 구분건물‘이라 한다)을 단독소유하는 방식으로 분할하고, 원고가 동생에게 3,750만 원을 지급한다’는 내용의 화해권고결정이 확정됨으로써 종결되었다.
• 다. 원고는 2019. 5. 29. 화해권고결정에 따라 이 사건 각 구분건물에 관해 동생 지분의 이전등기를 마쳤고, 2019. 3. 1. 임대사업자등록을 하였다.
• 라. 피고는, 원고가 이 사건 각 구분건물 중 동생 지분에 관한 이전등기를 마친 것은 공동사업자가 출자지분을 현물 반환받는 것으로서 재화의 공급에 해당한다고 보고, 민사소송 감정액을 실지거래가액으로 삼되 이를 대지와 건물의 기준시가(소득세법 제99조)를 기준으로 안분하여 건물만의 공급가액을 구하고, 2023. 8. 16. 원고에게 2019년 제1기 부가가치세 662,339,340원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 과세처분에 불복하여 2024. 1. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 6. 26. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항은, 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에는 건물의 실지거래가액을 공급가액으로 한다고 규정하면서, 다만 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정했다.
• 나. 구 부가가치세법 시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1항 제1호는, 토지와 건물에 대한 기준시가가 모두 있는 경우 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액을 공급가액으로 하되, 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣ 제2조제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다고 규정했다.

구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호 단서에 따라 건물의 공급가액을 구할 때 토지와 건물의 감정평가액이 있다면 그에 안분해 토지와 건물의 가액을 계산하여야 하는데, 이 사건 과세처분 당시 민사소송 감정액이 있었으므로 그 금액에서 토지와 건물에 대한 부분을 따로 감정한 금액으로 건물의 공급가액을 계산할 수 있었는데도, 기준시가를 기초로 안분한 금액을 건물의 공급가액으로 한 이 사건 과세처분은 위법하다.

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정을 고려하면, 기준시가를 기초로 이 사건 각 구분건물의 공급가액을 산출한 피고의 이 사건 과세처분이 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

• 가. 법령 조항의 단서는 본문과 조화롭게 해석해야 하는데, 토지와 건물을 함께 공급하는 경우 건물의 공급가액 계산방법을 규정한 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호 는 본문에서 기준시가가 토지와 건물에 관해 ‘모두 존재하는 경우’ 안분의 기초금액으로 삼을 수 있도록 하고 있으므로, 단서 역시 토지와 건물에 각각 감정평가가액이 있는 경우를 상정하였다고 봄이 자연스럽다.
• 나. 구분건물은 통상 대지와 일체로 거래되고 법률적으로도 분리해 처분하는 것이 곤란하므로(｢집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률｣ 제20조 제2항) 거래사례 등을 근거로 산정한 시가에 대지와 건물의 가액이 모두 포함될 수밖에 없고, ‘가액에 비례하여 안분계산하는 방식’이 애초에 가능하지도 않다.
• 다. 원고의 의뢰로 수행된 감정평가(갑제5호증)는 이 사건 각 구분건물의 건물분과 대지분 가액을 “원가 방식에 따라서 도출된 토지와 건물의 구성비율을 참작하여 배분”했다는 것인데, 이러한 평가방식이 널리 쓰이고 있다고 보기 어려울뿐더러 이 사건 과세처분 당시에 그러한 감정평가가 존재하지도 않았고, 피고가 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호 본문에 규정된 원칙인 기준시가에 따른 안분을 하지 않고 이례적인 방식의 감정평가까지 해보아야 할 의무를 인정하기 어렵다[원고가 내세우는 대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8751 판결은, 상속재산의 양도에 따른 양도소득세를 부과할 때 상속 개시 당시 시가를 소급하여 감정할 수 있다는 것으로 이 사건과 다른 사안에 관한 판시이다]

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.