사실과 다른 세금계산서에 대한 증명책임

사 건 수원지방법원 2024구합70528 부가가치세경정거부처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2025.8.20. 판 결 선 고 2025.10.22.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 12. 5. 원고에게 한 별지 부과내역 표 기재 각 부가가치세 및 법인세 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 문구 제조업, 문구 도소매업 등을 목적으로 설립된 회사이다.
• 나. CCC세무서장은 표지, 샘플북 등의 제조업을 영위하는 DDD S&B(이하 ‘DDD’라고 한다)에 대한 세무조사를 실시한 결과, 아래 표 기재와 같이 DDD가 2016년 제1기부터 2017년 제1기 과세기간 동안 원고에게 실제 재화를 공급하지 아니하고 공급가액 합계 179,550,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 하고, 위 거래를 통틀어‘이 사건 거래’라고 한다)를 발급한 것을 확인하여 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 발급한 가공계산서로 확정한 후 해당 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 다. 이에 따라 피고는 이 사건 세금계산서가 실제 재화의 공급 없이 가공으로 수취된 것이라고 보고 원고에게 2023. 12. 5. 별지 부과내역 표 기재 각 부가가치세 및 법인세를 부과(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다)하였다.
• 라. 원고는 2024. 1. 11. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나 2024. 5. 24. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고와 DDD 사이의 이 사건 거래는 재화의 인도 또는 양도가 이루어진 실제 거래이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.

• 가. 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조). 한편 행정재판에서 형사재판의 사실인정에 구속을 받는 것은 아니라고 하더라도 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 유력한 증거자료가 되므로, 행정재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실은 인정할 수 없다(대법원 2012. 5. 24. 선고 2011두28240 판결 등 참조).
• 나. 앞서 든 증거에 을 제2, 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 고려하면, 이 사건 세금계산서는 실물 거래 없이 수취된 가공의 세금계산서라고 볼 수 있다.

① DDD의 운영자인 EEE은 범칙조사 심문 과정에서 ‘원고에게 실제로 재화나 용역의 거래 없이 매출세금계산서를 발급해주었다’는 취지로 진술하여 이 사건 거래 및 이 사건 세금계산서가 가공된 것임을 스스로 자백하였다. 이러한 EEE의 진술이 EEE의 의사에 반하여 강제로 이루어지는 등 구체적인 사실에 대한 증명자료로 삼기 어려운 특별한 사정이 있다고 볼 만한 아무런 정황도 찾을 수 없다.

② EEE은 2019. 2. 14. ○○○지방법원에서 ‘DDD에서 재화나 용역의 공급을 하지 않았음에도 원고와 FFFF에게 2016. 8. 3.부터 2017. 6. 30.까지 총 26회에 걸쳐 공급가액 합계 615,750,000원 상당의 세금계산서를 발급하였다’는 등의 조세범처벌법위반죄로 징역 6월에 집행유예 2년 등의 유죄판결을 선고받았고, EEE이 항소를 제기하지 않아 위 판결이 그대로 확정되었다(2018고단2989). 위 형사 판결에 첨부된 범죄일람표에 따르면 이 사건 거래 중 2016년 제1기분(제2면 기재 표 중 순번 1 내지 3번 부분)을 제외한 나머지가 모두 가공거래로 인정되었다.

③ 실제로 원고와 DDD 사이의 금융거래내역을 보더라도 원고가 이 사건 세금계산서를 수취한 이후 공급가액 전부가 아닌 그 부가가치세액에 해당하는 금액만을 DDD에 이체하거나, 공급가액 전부가 입금된 경우에도 그 즉시 대체 출금되는 정황이 확인되는 등(갑 제2호증 8, 9면), 이 사건 거래가 실물거래 없이 이루어진 것이라는 점을 짐작할 수 있다.

④ 게다가 원고는 이 사건 세금계산서가 가공으로 수취된 것이 아니라고 주장하면서 그 유일한 증거로 원고가 DDD로부터 직접 물품을 제공받아 생산하였다는 편지지의 실물 사진(갑 제5 내지 10호증)을 제출하였으나, 위 실물 사진만으로는 원고와 DDD 사이의 이 사건 세금계산서가 재화의 인도 또는 양도가 이루어진 실제 거래에 따라 수취된 것이라고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 아무런 증거를 제출하지 못하고 있다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. [별지생략]