특수관계인으로부터 취득한 특허권 부당행위계산부인 적용

사 건 2024구합69808 소득금액변동통지처분취소 원 고 주식회사 A 피 고 B세무서장 변 론 종 결

2025. 10. 30. 판 결 선 고

2025. 12. 18.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 7. 3. 원고에게 한 2018년 귀속 700,000,000원의 소득금액변동통지(소득 자 최현길)를 취소한다.

• 가. 원고는 2013. 11. 29. 설립되어 전자부품 및 전자제품 제조, 판매 등을 영위하고 있는 법인이고, C은 원고의 설립 당시부터 현재까지 원고의 대표이사로 재직하고 있는 자로서 배우자 및 자녀들과 함께 원고의 주식 100%를 보유하고 있다.
• 나. C은 아래와 같이 “크기가 상이한 인쇄회로기판(PCB, Printed circuit board)을 고정부재를 이용하여 고정하고 인쇄회로기판의 조립 공정을 실시간으로 모니터링하는 방법 및 장치”에 관한 발명에 대하여 특허를 출원·등록하였다(이하 위 발명을 ‘이 사건 특허발명’이라 하고, 위 발명에 대한 특허권을 ‘이 사건 특허권’이라 한다).
• 다. 원고는 2018. 12. 18. C과 이 사건 특허권을 양도대금 700,000,000원에 양도‧양수하는 내용의 ‘특허권 양수도계약’을 체결하고(이하 ‘이 사건 양도계약’이라 한다), 2018. 12. 31. C에게 위 양도대금에서 원천징수세액을 제외한 653,800,000원을 지급하였다.
• 라. 원고는 이 사건 특허권을 무형자산으로 계상하고 이 사건 특허권에 관한 감가상각비 48,372,334원과 무형자산 컨설팅 비용 6,000,000원을 손금산입하여 2018 사업연도 법인세를 신고‧납부하였다.
• 마. 피고는 2023. 2. 7.부터 2023. 3. 28.까지 원고에 대한 법인세 조사를 실시한 결과, 이 사건 특허발명은 원고의 기업부설연구소에서 발명‧개발되었음에도 불구하고 C이 이 사건 특허권을 출원한 후 원고가 이를 다시 취득하는 방법으로 법인자금을 부당하게 유출하였다고 판단하고, 2023. 7. 5. 원고에게 소득종류를 ‘상여’, 소득자를 ‘C’, 2018년 귀속 소득금액을 700,000,000원으로 하는 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 하였다.
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2023. 12. 15. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2024. 5. 9. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5 내지 10호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

이 사건 특허발명은 C이 원고가 설립되기 이전에 발명한 것으로 원고의 기업부설연구소에서 발명된 것이 아니고, 이 사건 양도계약 이전에 C이 원고에게 이 사건 특허발명에 관한 권리를 양도한 사실도 없으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 관련 법리

1. 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조). 법인세법 제52조 에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조). 2) 특허법 제33조 제1항 본문은 발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 의하여 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하고 있는데, 특허법 제2조 제1호 는 ‘발명’이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다고 규정하고 있으므로, 특허법 제33조 제1항 에서 정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자(공동발명자를 포함한다)에 해당한다고 하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였다거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 한 경우 또는 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완하거나, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다[대법원 2012. 12. 27. 선고 2011다67705(본소), 2011다67712(반소) 판결 등 참조]. 발명자에 해당하는지 여부는 특허출원서의 발명자란의 기재 여부와 관계 없이 실질적으로 정해지는 것이다(대법원 2011. 12. 13. 선고 2011도10525 판결 등 참조).

• 나. 구체적 판단 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제4, 13 내지 20호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1, 3, 4, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 특허발명은 원고의 기업부설연구소에서 발명되었거나 이 사건 양도계약 이전에 원고가 C로부터 이미 그에 관한 권리를 양수받았음에도, 원고와 C은 C 명의로 이 사건 특허권을 출원한 후 원고가 이를 다시 양수하는 형식을 취하여 그 양도대금에 상당하는 법인자금을 부당하게 유출하였다고 봄이 타당하다.

1. 원고는 2013. 11. 29. 설립된 이래로 주로 PCB(인쇄회로기판) 제조업을 영위하고 있고, 이 사건 특허발명은 PCB 제조공정 중 SMT(Surface Mounting Technology) 공정에서의 불량률 감소를 위한 것으로 보이는데, 이는 원고가 영위하고 있는 주된 사업과 직접적이고 밀접한 관련이 있다. 또한 이 사건 특허발명은 ‘광학현미경과 모니터를 부착하여 PCB의 제작공정을 실시간으로 모니터링함으로써, PCB의 조립 시 정확도를 개선할 수 있는 방법을 제공하며, PCB의 크기가 상이한 경우에도 부가적인 부재들을 이용하여 PCB를 고정할 수 있어 하나의 장비에서 PCB의 조립이 가능한 장치 및 방법을 제공하는 것’을 그 주요 내용으로 하고 있다. 이처럼 이 사건 특허발명은 관련 산업현장에서 이용되는 구체적인 제조기술에 관한 것으로서 단순한 구상만으로는 개발이 어렵고, 기술의 실현 가능성, 효율성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 실험을 통한 실제 공정에의 적용 과정이 필요한 것으로 보이며, 그 과정에서 상당한 시설과 설비 또한 필요할 것으로 보인다.

2. 원고는 2017. 5.경부터 기업부설연구소를 개설하여 운영해 오고 있고 경상연구개발비로 2017년 128,617,191원, 2018년 141,998,835원을 지출하였으며(을 제4, 5호증), 그 연구목적 중 하나는 ‘불량률 저하 및 생산성 향상’으로 이 사건 특허발명의 목적과 유사하다(갑 제10호증 29면). 위와 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 특허발명은 원고 소속 부설연구소의 인력 및 시설을 통해 완성된 것으로 보이고, C이 원고가 보유한 인적·물적 자원과 무관하게 독자적으로 이 사건 특허발명을 위하여 연구·개발활동을 할 만한 합리적 동기나 이유가 있다고 보기도 어렵다. 결국 위 사정들에 비추어 보면 이 사건 특허발명은 원고의 기업부설연구소에서 발명된 것으로 보인다. 이에 대하여 원고는, C이 2000. 2.경부터 2012. 10.경까지 PCB 제조업 등을 영위하는 회사에 입사하여 근무하면서 이 사건 특허발명과 관련된 기술을 습득하여 특허발명을 완성하였고, 그 과정에서 실험을 위하여 개인적으로 프린터, 모니터를 구입한 사실도 있다고 주장하나, 그와 같은 사정과 원고가 제출한 증거들만으로는 위 판단을 뒤집기 어렵다.

3. 설령 원고 주장과 같이 C이 원고 설립 이전에 이 사건 특허발명을 완성하였다고 하더라도, ① C은 2012. 11.경부터 와이앤에스전자라는 상호의 개인사업자로 PCB 제조업을 영위하기 시작하였는데, 2013. 11. 29. 원고를 설립하고 2015. 6. 30. 위 개인사업을 폐업하면서 원고에게 종전의 사업을 포괄적으로 양도하였는바, 이로써 원고가 C이 영위하던 사업을 그대로 승계하게 된 점, ② 원고와 C 사이에 작성된 2015. 7. 1.자 사업포괄양도양수계약서(을 제1호증의1)에는 양도목적물이 ‘C이 소유하고 있는 와이앤에스전자의 인쇄회로기판(PCB) 사업에 관한 자산과 부채’로 명시되어 있는 점, ③ 위와 같은 사업포괄양도양수는 실질적으로 동일한 사업주인 C이 개인사업체인 와이앤에스전자에서 1인 주주 회사인 원고로 사업의 운영 형태만 바꾼 것에 불과하므로, 원고가 주장하는 이 사건 특허권의 가치와 중요성 등을 고려하면 그 과정에서 사업상 중요한 자산인 이 사건 특허발명만 떼어내어 원고의 사업에서 제외시켰다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 특허발명과 관련한 권리는 원고와 C 사이의 사업포괄양도양수계약에 따라 이미 C로부터 원고에게 이전되었다고 봄이 타당하다(원고가 이 사건 양수계약 체결 이전까지 C에게 이 사건 특허발명에 대한 이용대가를 지급하였다고 볼 만한 자료도 없다).

4. 원고는 C에게 이 사건 특허권에 관한 양도대금 700,000,000원에서 원천징수세액을 제외한 653,800,000원을 지급하였고 위 양도대금은 C의 기타소득으로 분류되었다. 이러한 방법을 통하여 C은 위 양도대금 상당액을 종합소득으로 분류되는 상여금으로 지급받는 경우와 비교하여 상당한 액수의 세금을 부담하지 않을 수 있었다. 한편 원고는 2018. 12. 24. 주식회사 D에게 무형자산컨설팅 비용으로 6,000,000원을 지출하였고, 위 지출일은 이 사건 양도계약일과 근접하다. 주식회사 D은 절세와 관련한 솔루션 등을 제공하는 사업을 영위하고 있는데, 이 사건 양도계약 당시 C이 실질적으로 원고를 소유하고 운영하고 있다는 점을 고려하면 원고는 주식회사 D으로부터 절세 등을 목적으로 한 컨설팅을 받고 이 사건 양도계약에 이른 것으로 보인다(갑 제10호증 제9, 15면).

• 다. 소결론 결국, 이 사건 양도계약의 실질은 이 사건 특허권에 대한 정상적인 대가가 아니라 C에게 법인 자금을 사외유출하기 위하여 대외적으로 양도의 형식을 취한 것으로서 원고 및 C의 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되므로 부당행위계산의 부인대상에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 특허권의 양도대금을 C에 대한 상여로 소득처분한 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.