1. 처분의 경위
- 가. 원고는 2015. 6. 25. 주식회사 ○○(이하 ‘○○’이라 한다)과 사이에, 원고를 도급인, ○○을 수급인으로 하여 시 구 **동 887번지 외 7필지 지상에 지하 4층 ~ 지상 13층 규모의 공동주택 113세대(연면적 14,361㎡) 및 상가 2개동(연면적 17,008㎡)으로 구성된 주상복합건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하는 내용의 공사도급계약(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하고, 그 무렵 공사에 착수하여 2018. 3. 26.경 준공을 마치고 관할 행정청으로부터 사용승인을 받았다.
- 나. 원고는 이 사건 건물 중 공동주택 부분의 분양사업이 종료된 이후인 2018. 10. 8.경 비주거용 임대업 등의 영위를 목적으로 하는 주식회사 JJJJJJ를 설립하여(자본금 50,000,000원, 원고 지분 100%, 이하 ‘JJJJJJ’라 한다) 같은 달 15. 피고에게 비거주용 건물임대업을 주업종으로 하는 사업자등록신청서를 제출하였고, 2018. 12. 31. JJJJJJ와 사이에 원고가 개입사업자의 지위에서 소유·관리하고 있던 이 사건 건물 중 상가 부분(미분양주택 1세대 포함) 및 부채 일체를 JJJJJJ에 포괄적으로 양도하는 내용의 사업포괄 양도·양수 계약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다. <표1> 사업포괄 양도,양수 계약서
- 다. 원고는 2019. 2. 26. 위 사업포괄 양도·양수 계약에 따른 사업용고정자산의 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)에 관하여 구 조세특례제한법(2020. 12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조, 구 조세특례제한법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31444호로 개정되기 전의 것) 제29조 제4항에 따라 양도소득세(세액: 7,425,751,664원) 이월과세 적용을 신청하였다.
- 라. OO원은 2022. 5. 11.부터 2022. 5. 31.까지 OO지방국세청장에 대한 업무감사를 실시한 결과 ‘원고가 사업양수도를 통하여 법인으로 전환한 사업장의 순자산가액산정시 포함된 부채 중 법인전환 대상 사업용고정자산(상가)과 관련 없는 부분인 아파트(공동주택) 공사비에 해당하는 5,708,864,030원을 제외하면, JJJJJJ의 자본금(50,000,000원)이 순자산가액(5,708,864,030원)에 미달하여 이월과세 요건을 충족하지 못하였다’라고 지적하였다.
- 마. 이에 따라 피고는 2023. 3. 6. 원고에게, 2018년 귀속 양도소득세 10,054,987,550원(납부불성실가산세 2,629,235,890원 포함)을 경정·고지하였고(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 위 양도소득세에 대한 가산금 377,062,020원을 납부할 것을 고지하였다.
- 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 6. 2. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2024. 2. 28. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 5, 7, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 소 중 가산금 부과처분의 취소청구 부분의 적법 여부에 관한 직권판단
- 가. 구 국세징수법(2018. 12. 31. 법률 제16098호로 개정되기 전의 것) 제21조2)가 규정하는 가산금 또는 중가산금은 국세를 납부기한까지 납부하지 아니하면 과세청의 확정절차 없이도 법률 규정에 의하여 당연히 발생하는 것이므로, 가산금 또는 중가산금의 고지는 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다(대법원 2005. 6. 10. 선고 2005다15482 판결 등 참조).
- 나. 피고가 2023. 3. 6. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세 10,054,987,550원 및 그에 대한 가산금 377,062,020원의 납부고지를 한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 위와 같은 가산금 납부고지는 국세징수법의 규정에 따라 당연히 발생하여 확정된 가산금의 납부를 안내하는 취지일 뿐 이를 별도의 가산금 부과처분으로 볼 수 없고, 달리 피고가 그 가산금의 액수를 확정하여 독촉장에 의해 그 납부를 독촉하는 등 별도의 징수처분을 하였다고 볼 만한 자료가 없다. 따라서 이 사건 소 중 가산금에 대한 취소청구 부분은 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당하지 않는 것의 취소를 구하는 것이어서 부적법하다.
3. 본안에 관한 판단: 이 사건 처분의 적법 여부
1. 피고는 원고가 JJJJJJ에 양도한 사업장의 순자산가액 산정시 부채로 계상된 이 사건 건물의 잔여 공사비 미지급금 11,244,826,500원(이 사건 도급계약에 따라 ○○에 지급하여야 할 잔존 공사비채무로서, 이하에서는 ‘이 사건 잔존 공사비채무’라 한다)을 관념적으로 아파트 부분과 상가 부분의 면적 비율에 따라 안분한 다음, 그 중 아파트 부분에 해당하는 공사비(5,708,864,030원) 채무는 양도대상 사업인 상가 임대업과 관련이 없는 채무이므로 순자산가액 산정에서 제외되어야 한다고 보았으나, 이 사건 잔존 공사비채무는 이 사건 건물 전체에 관한 잔여 공사비채무로서 아파트 부분과 상가 부분으로 명확히 구분되기 어렵고, 설령 구분이 가능하다고 하더라도 이 사건 건물 중 아파트 부분은 JJJJJJ 설립 당시(이 사건 양도 당시) 1세대를 제외하고 이미 분양이 완료되었기 때문에 아파트 공사비채무는 그 분양 수입금으로 충당되어 모두 소멸하였다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 잔존 공사비채무는 그 전부가 이 사건 건물 중 상가와 관련된 채무에 해당한다고 보아야 할 것인바, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
2. 피고는 원고의 이 사건 양도에 관한 2019. 2. 26.자 양도소득세 이월과세 적용신청에 대하여 2023. 1. 26. 과세예고통지를 하기 전까지 일체의 지적이나 수정, 변경요구 등을 하지 않았고, 이에 원고는 이월과세 적용 신청이 인용된 것으로 신뢰하고 그에 기초하여 JJJJJJ를 운영해 왔는바, 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 위반되어 위법하므로 취소되어야 한다.
- 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
- 다. 양도소득세 이월과세 적용 요건을 충족하는지 여부
1. 관련 규정 및 법리
- 가) 구 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호 는 "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전 사업용고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 제32조 제1항은 “거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.”라고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 “제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.”라고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제29조 제5항, 제28조 제1항 제2호에 의하면 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있도록 하되, 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액(법인전환일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액) 이상인 경우에 한하여 이를 적용하여야 한다.
- 나) 이처럼 양도소득세 이월과세의 요건으로 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것을 규정한 이유는, 개인사업장을 법인으로 전환하여 기업의 조직 형태를 변경하는 것은 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과한데 이처럼 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만 바꾼 것으로 평가되기 위해서는 사업양수도 대상의 순자산가액이 신설 법인에 그대로 승계되어야 하기 때문으로, 위와 같은 이월과세 제도의 취지는 개인기업을 법인기업으로 전환하는 것을 장려하되 그 과정에서 개인사업자가 출자금액을 부당하게 축소시키는 것을 방지하려는 데에 있다. 따라서 양도소득세 이월과세의 요건인 순자산가액 즉, ‘시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액’을 계산함에 있어 그 자산이나 부채는 해당 사업장의 사업과 직접 관련된 자산이나 부채로 한정하는 것이 타당하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두17865 판결, 대법원 1994. 11. 18. 선고 93누20160 판결 등 참조).
- 다) 한편, 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있으므로(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조), 개인사업자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업 양도·양수의 방법으로 법인으로 전환하는 경우 앞서 본 가)항의 규정에 따라 양도소득세를 면제받기 위하여는, 법인전환일 당시의 순자산가 액이 그 법인의 자본금 이하라는 점은 그 개인사업자가 증명하여야 한다(위 대법원 93누20160 판결 등 참조).
2. 구체적 판단
- 가) 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 건물의 준공 후 ‘1번지빌딩’이라는 상호로 이 사건 건물 중 상가 부분에 관한 임대사업을 영위하고 있었던 점, ② 원고는 위와 같은 개인사업장을 법인으로 전환하기 위하여 JJJJJJ를 설립하고 JJJJJJ에 위 개인사업장에 속하는 사업용고정자산을 양도한 점, ③ 원고가 JJJJJJ의 대표이사로서 피고에게 제출한 JJJJJJ의 사업자등록신청서(을 제7호증)에는 주된 사업의 종류가 ‘비주거용 임대업’으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 양도소득세 이월과세 적용 대상으로 신청한 ‘사업용고정자산의 양도’는 이 사건 건물 중 상가 부분의 양도에 한정된다고 봄이 타당하다. 따라서 구 조세제한특례제한법 제32조 제2항, 구 조세제한특례법시행령 제29조 제5항, 제28조 제1항 제2호에서 정하는 양도소득세 이월과세의 적용 요건이 충족되었는지 여부를 판단하기 위하여 ‘법인으로 전환되는 사업장의 순자산가액’을 산정함에 있어서는, 당해 사업장의 목적사업, 즉 상가 임대업(비주거용 임대업)과 관련이 없는 자산이나 부채는 제외되어야 한다.
- 나) 그런데 앞서 든 증거들, 을 제6, 8, 10, 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 양도소득세 이월과세를 신청하면서 당해 사업장의 부채로 계상한 이 사건 잔존 공사비채무에는 이 사건 건물 중 상가 공사비에 해당하는 부분뿐만 아니라 아파트 공사비에 해당하는 부분도 혼재되어 있는 것으로 봄이 타당하고, 원고 주장과 같이 이 사건 잔존 공사비채무 전부가 상가 부분에 관한 채무라고 볼 수는 없으므로, 이 사건 잔존 공사비채무에서 아파트 공사비에 해당하는 부분은 당해 사업장의 순자산가액 산정시 부채에서 제외되어야 한다.
(1) 원고와 효성은 이 사건 도급계약을 체결하면서 계약금액을 44,770,000,000원으로 정하였는데, 이 사건 도급계약에 따르면 위 계약금액은 평당 공사단가에 연면적을 곱하여 산출한 금액에 부가가치세액을 더한 금액이다(아래 표 기재 공사도급계약 일반조건 제8조 제1항, 을 제9호증 제5면). 즉 이 사건 건물의 신축공사비는 아파트와 상가를 구분하지 아니하고 면적을 기준으로 일괄 계산하여 산정되었음을 알 수 있다. 여기에 이 사건 건물의 신축공사와 관련하여 아파트 부분과 상가 부분의 각 공사원가에 있어 본질적인 차이가 있다고 볼만한 자료가 없는 점까지 고려하면, 이 사건 건물의 신축공사비 중 아파트 공사비에 해당하는 부분과 상가 공사비에 해당하는 부분을 구분하기 위해서는 위 각 부분의 면적 비율에 따라 공사비를 안분하는 것이 가장 합리적인 방식이라고 판단된다.
(2) 위와 같은 방식으로 이 사건 건물의 신축공사비를 아파트 공사비에 해당하는 부분과 상가 공사비에 해당하는 부분으로 구분하더라도, 이 사건 잔존 공사비채무(원고가 ○○에게 지급하여야 할 이 사건 건물의 신축공사비에서 이 사건 양도가 이루어질 당시까지 변제된 총액을 제외한 채무) 중 아파트 공사비에 해당하는 부분과 상가 공사비에 해당하는 부분을 구분하려면, 원고가 이 사건 양도가 이루어질 당시까지 ○○에게 지급한 공사비 중 아파트 공사비로 충당되는 부분과 상가 공사비로 충당되는 부분을 구분·확정할 수 있어야 한다. 그러나 이 사건 도급계약이나 이 사건 건물의 신축·분양사업과 관련하여 원고와 KKK신탁 주식회사 사이에 체결된 관리형토지신탁계약(을 제10호증) 등에는 공사비의 충당 순서 등에 관하여 특별한 정함이 없고, 기록을 면밀히 살펴보아도 공사비 충당금액을 아파트 부분과 상가 부분으로 구분하여 특정할수 있는 기준과 자료를 찾을 수 없다.
(3) 오히려 아래 표 기재와 같은 이 사건 도급계약의 내용(을 제9호증 제6, 7, 9, 10면)에 비추어 보면, 이 사건 건물 중 상가는 당초부터 분양의 대상이 아니라 준공후에도 원고가 계속 보유한 상태에서 입주예정자와 임대차계약을 체결하기로 예정한 것으로 보이고, 원고는 ○○에게 이 사건 도급계약에 따른 공사비를 아파트 분양 수입금, 상가 임대차보증금 및 PF대출금 등을 재원(財源)으로 하여 지급하기로 약정하였던 것으로 보이는바, 이에 의하면 원고가 변제한 공사비채무의 변제 재원에는 아파트 분양 수입금뿐만 아니라 이 사건 건물 중 상가 부분에 관한 임대차보증금도 포함되어 있었다고 봄이 타당하다. <표2> 공사도급계약 일반조건
(4) 원고는 이 사건 양도 당시 이 사건 건물 중 아파트에 대한 분양이 이미 완료되었다는 점을 그 주장의 주요 근거로 들고 있으나, 원고가 아파트 수분양자들로부터 분양대금을 지급받는 것과 공사수급인인 효성에 공사비채무를 지급하는 것은 별도의 법률관계에 기초한 것으로 양자 사이에 어떤 논리적 필연관계를 인정하기 어려우므로, 아파트에 대한 분양이 완료되었다거나 아파트 분양 수입금의 발생이 종료되었다는 사정만으로 그에 관한 공사비 지급도 당연히 완결되었다고 단정할 수는 없다.
- 다) 위와 같이 이 사건 잔존 공사비채무에서 아파트 공사비에 해당하는 부분을 구분·확정하려면 원고가 이 사건 양도가 이루어질 당시까지 ○○에게 지급한 공사비 중 아파트 공사비로 충당된 부분과 상가 공사비로 충당된 부분을 구분할 수 있어야 하는데, 이를 구분할 수 있는 객관적 기준이나 자료가 제출되지 아니한 이상(앞서 본 법리에 따라 이에 대한 증명책임은 원고에게 있다고 보아야 한다), 그 지급된 공사비는 이 사건 건물의 신축공사비 중 아파트 공사비에 해당하는 부분과 상가 공사비에 해당하는 부분의 비율과 동일한 비율로 각 그 변제에 충당되었다고 보는 것이 합리적이므로, 이 사건 잔존 공사비채무 중 아파트 공사비에 해당하는 부분은 아파트 부분과 상가 부분의 면적비율에 따라 안분하여 산정함이 타당하다. 그렇다면 이 사건 잔존 공사비채무 중 아파트 부분에 해당하는 공사비 채무액은 5,147,979,003원{= 11,244,826,500원 × 14,361㎡ / (14,361㎡ + 17,008㎡), 원 미만 버림}이고, 이를 당해 사업장의 부채 합계(61,194,902,500원)에서 제외하면 JJJJJJ의 자본금 50,000,000원이 당해 사업장의 순자산가액 5,147,979,003원(= 자산합계 61,194,902,500원 – 부채합계 56,046,923,497원3))에 미달하게 되어 앞서 본 양도소득세 이월과세의 요건을 충족하지 못하므로, 이를 이유로 한 이 사건 처분은 적법하다고 보아야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
- 라. 신뢰보호원칙 위반 여부
1. 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙내지 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2006. 5. 26. 선고 2003다18401 판결 등 참조).
2. 그러나 피고가 원고의 양도소득세 이월과세 적용 신청에 대하여 약 4년의 기간동안 과세처분을 아니한 것이 원고의 위 신청에 하자가 없다는 피고의 공적인 견해표명이라고 볼 수 없고, 설령 원고가 주관적으로 더 이상 양도소득세가 부과되지 아니하리라고 신뢰하였다 하더라도 원고는 그러한 이월과세 적용에 관한 신뢰를 기초로 단지 양도소득세를 납부하지 아니하였을 뿐 그에 상응하는 어떠한 적극적인 행위를 하였다고 볼 수 없으므로, 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.