이 사건 토지 취득가액에 대하여 환산취득가액을 적용하여야 하는지 여부

사 건 2024구합63633 양도소득세경정거부처분취소 원 고 유ㅇㅇ 피 고 ㅇㅇ세무서장 변 론 종 결

2025. 3. 13. 판 결 선 고

2025. 3. 27.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송 비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2022. 12. 21. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 1,794,288,510원의 경정 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고와 한○○의 교환계약 체결

1. 원고와 한○○는 2014. 5. 23. 원고 소유 상가[아래 2)항 ‘부동산 교환 계약서’ 중 제1항의 ‘을’ 부분 기재 상가. 이하 ‘이 사건 상가’라고 한다]와 한○○ 소유 토지[아래 2)항 ‘부동산 교환 계약서’ 중 제1항의 ‘갑’ 부분 기재 토지. 이하 ‘이 사건 토지’라고한다] 및 지상 건축물 등을 서로 교환하기로 하는 부동산 교환계약(이하 ‘이 사건 교환계약’이라고 한다)을 체결하였다.

2. 이 사건 교환계약 중 이 사건과 관계된 부분의 내용은 다음과 같다.

3. 이 사건 토지에 관하여 2014. 5. 23. 교환을 원인으로 △△지방법원 □□지원 □□등기소 2014. 7. 8. 접수 제xxxxx호로 원고 명의 소유권이전등기가 마쳐졌다.

• 나. 한○○의 권리 포기와 원고의 토지 양도

1. 한○○와 한●●는 2015. 1. 30. 이 사건 상가에 대한 일체의 권리를 포기한다는 내용의 권리포기각서를 작성하였다.

2. 원고는 2017. 12. 4. □□시에 이 사건 토지를 15,482,338,000원에 매도하였다. 이 사건 토지에 관하여 2017. 12. 4. 매매를 원인으로 △△지방법원 □□지원 □□등기소 2017. 12. 8. 접수 제xxxxx호로 □□시 명의 소유권이전등기가 마쳐졌다.

• 다. 원고의 양도소득세 신고 및 납부 원고는 2018. 5. 30. 피고에게 양도가액을 15,482,338,000원, 취득가액을 9,935,432,859원으로 하여 2017년 귀속 양도소득세 1,794,288,510원을 확정신고 및 납부하였다.
• 라. 원고의 경정청구와 피고의 거부처분 원고는 2022. 11. 10. 피고에게 ① 이 사건 토지의 취득일부터 3개월 내에 이 사건 토지에 대한 감정가액이 존재하므로 위 감정가액을 이 사건 토지의 가액으로 보아야하고, ② 그렇지 않더라도 이 사건 토지는 교환으로 취득한 토지로서 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 환산가액을 토지의 가액으로 보아야 한다고 주장하며 이미 신고․납부한 2017년 귀속 양도소득세 1,794,288,510원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 피고는 2022. 12. 21. 원고의 경정청구에 대하여 원고가 처분의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 경정청구를 하지 않아 청구기간이 도과하였다는 이유로 각하 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.
• 마. 원고의 이의신청 및 기각결정 원고는 2023. 2. 23. 피고의 이 사건 처분에 대하여 ▲▲▲▲국세청장에게 이의를 신청하였다. ▲▲▲▲국세청장은 2023. 4. 20. ① 원고의 경정청구는 법정신고기한으로부터 5년이 경과하지 않아 적법한 청구이기는 하나, ② 원고가 주장하는 가액을 취득가액으로 적용할 수 없고 환산가액을 적용하여야 한다는 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분에 잘못이 없으므로 원고의 이의신청을 기각하는 결정을 하였다.
• 바. 원고의 심판청구 및 기각결정 원고는 2023. 7. 7. ▲▲▲▲국세청장의 결정에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였다(조심 20xx중xxxx). 조세심판원은 2023. 12. 27. 이 사건 교환계약은 실질적으로 성립하지 않고 해제된 것으로 보이고, 한○○의 권리 포기에 따라 이 사건 토지의 채무액을 실지거래가액으로 한 사실상의 새로운 매매계약으로 인해 이 사건 토지가 원고의 소유로 이전된 것으로 보이는 점, 원고가 취득가액으로 신고한 금액이 원고와 한○○가 약정한 실지거래가액으로 보이는 점 등에 비추어 보면 이 사건 토지의 취득가액은 환산가액에 의하여야 한다는 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분에는 잘못이 없다고 보아 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 5, 6 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 교환계약은 유효하고 사후에 해제되거나 효력이 소멸된 사실이 없는 점, 원고가 한○○와 매매계약서를 작성하거나 한○○에게 이 사건 토지를 매도한 사실이 없는 점, 부동산 등기에는 추정력이 인정되는데, 이 사건 토지의 등기사항증명서에는 등기원인이 ‘2014. 5. 23. 교환’이라고 기재되어 있는 점, 원고가 최초에 잘못 신고한 내용이 실지거래가액의 근거가 될 수는 없는 점 등의 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 교환계약에 따라 이 사건 토지를 취득한 것은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 그 취득가액에는 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호 나목의 금액이 적용되어야 하는데, 매매사례가액과 감정가액이 존재하지 않으므로 환산가액이 취득가액이 되어야 한다. 따라서 피고가 이 사건 토지의 취득가액을 매매거래에 의한 실지취득가액으로 보아 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 인정 사실 갑 제2, 6호증, 을 제2호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

1. 이 사건 교환계약의 계약서에는 다음과 같은 내용의 별표가 첨부되어 있다.

2. 한○○는 2014. 7. 8. 이 사건 토지의 매매대금으로 8,436,400,780원을 원고로부터 지급받았다는 내용의 영수증을 작성하였다.

3. 원고가 2018. 5. 30. 피고에게 제출한 양도소득과세표준 신고서에는 이 사건 토지의 매입가액이 ‘8,897,000,000원’으로, 매입가액과 취득세, 취득시 쟁송비 등을 합한 취득가액이 ‘9,935,432,859원’으로 각 기재되어 있다.

• 나. 구체적 판단

1. 구 소득세법 제96조 제1항 에 의하면 양도가액은 해당 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따르고, 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 에 의하면 양도가액에서 공제할 취득가액은 해당 자산의 취득에 든 실지거래가액에 의하며, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액에 의한다. 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 해당 자산의실지거래가액은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액 혹은 양수자가 자산을 양수하고 그 대가로 지불한 가액으로서 계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다.

2. 앞서 인정한 사실과 제출된 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면, 원고가 최초에 양도소득과세표준 신고서에 기재한 가액이 실지거래가액으로서 이 사건 토지의 취득가액에 해당한다고 판단되므로, 이를 전제로 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 청구는 이유 없다.

• 가) 원고가 양도소득과세표준 신고서를 작성․제출하면서 이 사건 토지의 매입가액을 8,897,000,000원으로 기재한 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 인정 사실에 의하면 원고도 당초 이 사건 토지의 가액을 위 금액으로 인식하고 있었던 것으로 보인다.
• 나) 원고는 이 사건 교환계약 제2조에 따라 이 사건 토지를 양수하면서 이 사건 토지에 관한 채무도 함께 인수하였다. 이 사건 토지에 관한 채무의 합계액이 8,897,000,000원인 사실은 앞서 본 바와 같고, 이는 원고가 이 사건 토지의 매입가액으로 기재한 금액과 동일하다.
• 다) 한○○가 이 사건 토지의 매매대금으로 8,436,400,780원을 수령하였다는 영수증을 작성한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제1호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면 원고가 한○○에게 460,599,220원을 지급한 사실을 인정할 수 있다. 한○○가 수령한 금액과 원고가 한○○에게 송금한 금액의 합계액이 8,897,000,000원이고, 위 금액은 원고가 이 사건 토지의 매입가액으로 기재한 금액과 일치한다.
• 라) 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 토지의 소유권을 취득하였으나 한○○는 그 반대급부인 이 사건 상가의 소유권을 취득하지 못한 상태에서 이 사건 상가에 대한 권리를 포기하여 아무런 경제적 이익을 얻지 못하였고, 이는 이 사건 교환계약 제2조 단서에 따라 유효하다.
• 마) 이 사건 교환계약서에는 교환대금은 ‘맞교환’이고, 매매가액은 ‘없음’이라고 기재되어 있기는 하나, 이 사건 교환계약의 내용, 계약 대상 목적물의 실질적인 자산가치의 차이, 원고와 한○○ 사이에 이루어진 계약의 구체적인 이행 경과, 부동산 거래의 일반적인 관행 등을 고려하면 이 사건 교환계약은 계약의 형식에도 불구하고 그 실질이 원고가 한○○의 채무를 인수함으로써 매매대금 지급에 갈음하고 한○○로부터 이 사건 토지를 매수하는 매매계약에 가깝다고 판단된다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.